1791年，这已经是莫扎特生活中的第三十四个年头了，在这一年，他的创作能力又奇迹般地得到了恢复。
一天，莫扎特偶然遇到了一个叫席卡奈德尔的人。此人是十年前在萨尔茨堡相识的，他当时是一个巡游剧团的经理人，现在在维也纳城边经营一家私人剧院。
席卡奈德尔提出要莫扎特与他合作一部新歌剧，否则他的维登剧院就要关门了。莫扎特则考虑到席卡奈德尔是共济会的会员，是自己的兄弟，兄弟有难，理当相助，于是两人一拍即合。
这部歌剧的脚本由席卡奈德尔来写，他打算写一部神话歌剧，后来命名为《魔笛》。
这部歌剧主要讲述一位埃及王子被巨蛇追赶，逃到了一个叫“夜后”的国度。他在夜后嫔妃送给他的魔笛的帮助下，历尽艰险，找到了夜后的公主，他们相爱了。经过各种考验后，这对情人携手走进了大司祭的庙宇，光明战胜了黑暗。
席卡奈德尔的这个剧本对当时的莫扎特来说有着不可抗拒的诱惑力，因为它带来了实现他在音乐上最心爱的愿望的机会，即创作一部真正的德国歌剧。
由于席卡奈德尔已经到了破产的边缘：他连预付款都拿不出来，于是莫扎特和他商定，他支付总谱原稿的报酬再少也没关系，条件是全部总谱抄本都归莫扎特所有。如果歌剧获得成功，他就把这些抄本卖给任何一家前来索取剧本的剧院，以此来补偿欠款。
结果似乎是不言自明的：席卡奈德尔最后只付给莫扎特一百个金币，却把总谱和所有抄本都扣下了。他靠着《魔笛》的成功连续好几年大赚其钱，而莫扎特一家却一直在和债主们打交道。
为了保证莫扎特尽快地创作完歌剧总谱，席卡奈德尔让莫扎特住到离剧院不远的一座小凉亭里去工作，听起来这是关心莫扎特，实际上是席卡奈德尔控制莫扎特的一种手段。
不过，当这部歌剧出名时，这个凉亭也成了人们流连忘返的“魔笛凉亭”。
在这期间，莫扎特的妻子康施坦莎因为生病又到巴登疗养去了，她把儿子卡尔也带走了，莫扎特便可以专心在小凉亭里创作。
由于席卡纳德尔老追着莫扎特要歌剧，他没有时间到巴登为康施坦莎办一些小事。她又要生了，莫扎特感到很焦急，幸亏，在这年年初时，他收了一个名叫弗兰茨·克萨韦尔·居斯迈尔的年轻人跟他学作曲，这位年轻人可以利用业余时间来为他跑跑腿。
后来，这个青年人成了莫扎特的真传弟子。7月26日，莫扎特在他的小儿子降生之前及时赶到了巴登。这孩子取名弗兰茨·克萨韦尔·沃尔夫冈。莫扎特和康施坦莎共生了六个孩子，只活下来这个和卡尔。
1791年9月30日，《魔笛》在维登剧院首次公演。
在公演前，剧院经理已把海报贴到剧院门前最醒目的地方。席卡奈德尔在海报中有意突出了莫扎特宫廷作曲家的身份，借此来抬高一下自己。
剧院经理的广告，对于招来观众，收效甚大。《魔笛》首演的那天，维也纳人或乘车或步行，络绎不绝地涌向位于郊区的维登剧院，一些达官贵人也不惜屈尊来到这里。
剧院大厅里熙熙攘攘，有穿着华贵的贵族显宦，有衣冠楚楚的文人雅士，也有浑身珠光宝气的贵妇名媛，但更多的是粗衣布衫的普通市民。人们对这位年轻作曲家的这部独具风格的新作，怀着极大的兴趣，焦急地等待着歌剧的开演。
帷幕拉开，观众为莫扎特抱病前来，亲临现场指挥演出而热情欢呼，掌声经久不息。
剧情随着乐曲而展开。优美的、动人心弦的、精采无比的旋律，连同那奇异的、扑朔迷离、梦幻般的剧情，把人们带入一个绚丽多采的音乐世界，给人以莫大的美的享受，并激起人们无限美妙的道想。《魔笛》演出的布景、道具也华丽别致，使观众大饱眼福。
终场，台上的布景显现出星光闪烁的夜空。突然，电闪雷鸣，震得夜女王浑身颤抖，这个要与萨拉斯托罗和全人类为敌的黑暗势力的代表，终于在雷鸣声中跌入黑暗的深渊。
雨过天晴，一轮红日冉冉升起，象征光明的萨拉斯托罗周身祥光万道，在埃及祭师们的簇拥下走上舞台，他以洪亮的、铿锵有力的声音唱道：“阳光驱散了黑暗，消灭了鬼王的魔力。”
接着是众祭师合唱：“光荣属于你们，伟大的神圣！你们驱除了黑暗，你们威力无比，美和光明永存！”
这一惩恶扬善，光明必将战胜黑暗的声音，正与那个时代的思想家们所高喊的自由、平等、博爱的精神相呼应。这也许正是莫扎特当时信仰并参与其活动的共济会组织所倡导的思想原则。这些富有煽动性的声音，几乎成了舞台上的又一次“暴动”。全剧演出产生了极为强烈的戏剧效果。
此时，全场起立，掌声雷动，观众情绪异常亢奋。一时间，“大师万岁！”“莫扎特万岁！”的欢呼声响彻大厅。
帷幕后，多次谢幕的莫扎特和演员们也都陶醉在巨大成功的狂喜之中。
《魔笛》轰动了全维也纳，每天晚上，维登剧院前人来人往，摩肩接踵，车水马龙，热闹非常。场场演出都赢得观众长时间的掌声和欢呼声。人们谈论的中心话题是《魔笛》，嘴里哼的是《魔笛》中的乐曲。就这样到第二年11月3日演满了100场。
《魔笛》是莫扎特歌剧创作中的重要代表作，贝多芬认为这是莫扎特最杰出的歌剧。它成了奥地利民族歌剧发展的重要里程碑。在欧洲歌剧的发展史上，宛如一座金字塔熠熠生辉。
《魔笛》的成功使席卡奈德尔干瘪的衣袋又鼓得装不下了，席卡奈德尔笑裂了嘴，而脸色苍白的莫扎特却病倒了，人们绝对不会想到，《魔笛》竟是莫扎特去世前上演的最后一部大型歌剧。