莫扎特的新歌剧《唐·磺》的创作成功和在布拉格的空前胜利，在欧洲产生了巨大反响。但是在维也纳上演，却困难重重。
维也纳的宫廷里，以萨里埃利为首的一伙小人得志，他们时时感到才华非凡的莫扎特对他们的威协，特别是天才的音乐家同优秀的剧本作者，两人携手合作取得巨大成就的时候，他们就更加怀有一种不可告人的卑鄙心理。
在这种情况下，莫扎特感到心灰意冷。整整一个冬天，莫扎特和罗伦佐都在找各种理由说服皇帝约瑟夫陛下准许演出《唐·璜》。
一天，罗伦佐来到莫扎特的寓所，给他带来一个好消息：“嘿！沃尔夫冈，有一个好消息，皇帝陛下恩准可在宫廷剧院演出《唐·璜》啦。”
莫扎特有点不敢相信，他半信半疑地问：“你说什么？在维也纳演出？”
“是的，在维也纳宫廷剧院，为维也纳人演出。”罗伦佐非常肯定的回答。
莫扎特高兴得几乎跳起来，他想到从中捣鬼的萨里埃利等人的沮丧表情，不禁微微一笑说：“哈哈，让萨里埃利他们见鬼去吧！”
为了使作品更加完美，莫扎特和罗伦佐又重新对《唐·璜》改写了几场，并做了一些必要的加工和润色。
1788年5月的一天，《唐·璜》如期在维也纳演出。但让莫扎特和罗伦佐没有想到的是，演出明显地失败了。
维也纳皇帝约瑟夫在看完这部歌剧后说：“这部歌剧妙极了，我甚至应该说它比《费加罗》还要精彩。不过，这样的音乐不合我的维也纳臣民的口味！”
莫扎特唯一的反应是平心静气地对罗伦佐说了一句：“给他们时间去品尝吧”。
维也纳人对《唐·璜》的冷淡，粉粹了莫扎特想在维也纳取得辉煌成功的最后希望，也打破了他总有一天会得到承认的乐观幻想。
紧接着，以萨里埃利等人为首的各种恶意的诽谤、攻击的语言，一唱一和地围绕在莫扎特和罗伦佐的周围。
有人说：“《唐·璜》简直就是荒唐的罗伦佐的活生生的写照！”
有还人说：“莫扎特为什么不亲自担任指挥！”
有又说：“莫扎特负债累累，债务都压得他抬不起头来，还顾得上什么指挥！”
更有人说：“这样淫秽的主题，怎么可以用来写出一部歌剧？真是笑话！”
这些诽谤、指责，使莫扎特伤心不已，他痛切地感到，在维也纳已经没有他的立足之地了，想到未来，他感到茫然。他几乎像变了一个人似的，变得越来越沉默寡言了。
然而，更让他伤心的是，随着这场演出的失败，他的音乐会也遭到了禁止，找他学琴的学生也越来越少。
一天，他到出版商那里，查询他的下次音乐会的预售票情况，结果是只预售了17张门票。从这里，他还了解到先前印的献给海顿的那几首四重奏曲，顾客们都退货了，说是难度太高，卖出的还不到五份。甚至于出版商还伸手问他索取刻收费。
莫扎特实在有苦难言。为了生活，莫扎特只好卖掉了家里的一切家具和首饰，房间里也仅仅只剩下他的钢琴和写字台。
尽管这样，他还是没有办法应付高额的房租，最后他打算带着全家搬到郊区去住，因为，他发现在维也纳城市的花费实在太高了。
然而，正当一家人忙碌地收拾行李的时候，刚出世不久的特莱西纳死了。
这个孩子一共活了六个月，还不可能给人们留下深刻的印象，但一次又一次地发生这样的伤心事，作为父亲的莫扎特怎么能不感到难过呢？
在他妻子前面的四次生产中，只有唯一的儿子卡尔活了下来，这个活泼的小家伙已经4岁了，很逗人喜欢，但丝毫没有他父亲在同样年龄时就显露出来的天才迹象。
在这种忧伤悲愤的感情支配下，莫扎特又开始了一项极不寻常的工作，他在八个星期内写出了他最伟大的三部交响曲。
首先完成的是降E大调交响曲，这首曲目于1788年6月26日脱稿，随后是G小调交响曲，它和同样采用G小调的一首四重奏有着一些令人称羡的共同特点。最后，8月10日，他在自己的小目录本里记下了《朱庇特》交响曲。
莫扎特创作交响曲的态度是非常严肃认真的。以前他在为音乐聚会写室内乐、为自己写钢琴协奏曲、为学生写奏鸣曲、为好朋友们演奏的各种乐器写协奏曲时，都是随心所欲地信笔写去，但在创作交响曲时却完全不同了。
他似乎认为交响乐博大精深、感情充沛、力重千钧，是通向音乐发展中璀灿夺目的下一个境界的康庄大道。他每隔很长一段时间才写一些交响曲，这次是为几个音乐会而创作的，但那几个音乐会始终没有开成。
但尽管如此，这些交响曲和莫扎特他的其它作品一样，都是以纯粹的创造力表达了精神上的快乐。
这三部交响曲分别表现了欢乐明快、深沉有力和宏伟壮丽三种不同的风格。被人们看作是纯粹音乐思维的结晶，而在配器手法方面又有了明显的突破，使原来用得较少的定音鼓、单簧管、横笛、圆号、长号都有了用武之地。
其中，降E大调第三十九交响曲中加进了强劲的小步舞曲，这在别的曲子中是难以找到的，中段田园诗般的旋律又带有浓郁的奥地利民间风味。整个乐曲中还流露出海顿的笔触，是古典交响曲中精湛的典范。人们以为他是世界上最幸福的人，其实他的敏感的自尊心已受到了严重的伤害，但在乐曲中却已烟消云散。
这三部交响曲标志着莫扎特的三个重大飞跃，也为19世纪交响乐大师们气魄宏大、色彩丰富的音乐语言开创了先河。同时，这三部伟大的作品不容辩驳地证明了莫扎特在世界乐坛中的不朽地位。
为了继续生活下去，也为了归还他借一些高利贷的钱，在这之后，莫扎特强压下痛苦的心情，以最快的速度写出了一批又一批的舞曲。
除此之外，他还完成了几首别人预订的钢琴三重奏曲。其中的G大调是这一年10月份写成的。
它的行板乐章和变奏曲极其宁静、澄澈，深受人们喜爱。莫扎特把这首乐曲题赠给了戈特弗里德·雅坎的妹妹巴巴拉。
在辛酸凄楚之中，莫扎特迎来了他一生中精神最烦躁、生活最悲惨的一年，也是作品最少、灵感最为枯竭的一年，即1789年。
在这期间，莫扎特常常去看望冯·斯维登男爵。
男爵因为有个很好的图书馆，莫扎特才得以熟悉巴赫和亨德尔的创作。男爵此时已经声名大振，一直到后来贝多芬来维也纳时他的名望仍然盛极一时。他居于音乐的贵族保护人之首，还是个笔锋犀利、令人生畏的批评家。他利用自己担任宫廷图书馆馆长的职务和对显贵名流的影响力来扶植德国北部的音乐，那种音乐在大众轻浮的眼光里自然是过于死板、过于冷漠，也过于深奥了。
他在图书馆宽敞的大厅里和自己的府宅连续演出了许多次亨德尔的清唱剧，但由于缺乏管风琴，只好请人把这些清唱剧全都重新谱成管弦乐曲。
他聘请莫扎特改写其中的一部分，即《阿西士与迦拉提亚》《弥赛亚》《圣西西利亚颂》和《亚力山大的酒宴》。
这一纯技术性的改观工作产生的最直接效果就是它对莫扎特创作《安魂曲》的影响。
正当莫扎特为偿还不清债务而情绪低落的时候，康施坦莎告诉他，她又怀孕了。这意味着那可怕的债务又得大大增加了。
莫扎特准备再一次出去寻找出路。1789年4月初，莫扎特和他以前的学生卡尔·李希诺夫斯基一起上路了，到德国中部和柏林去觐见普鲁士国王弗莱德里克·威廉。