阿睦尔撒纳叛乱刚刚平定，又发生回部大小和卓叛清分裂的严重事件。
回部是指天山南路回教徒居住之地，古有袁纥、韦纥、乌护，乌纥、回纥、回鹘、畏兀儿等不同名称。据说唐朝以前，那里的居民信仰佛教。元朝以来，随着伊斯兰教的东渐，百姓改而从之。伊斯兰教在中国有回教之名，故该地区通称回部。
回部旧汗是蒙古成吉思汗次子察哈台之后裔。明末，伊斯兰教开发人穆罕默德第 26 世孙玛木特迁入喀什噶尔，在政治上和宗教上逐渐取代了蒙古人的统治地位。但是，从 17 世纪以来，回教内部“白山宗”与“黑山宗”两个教派对立，逐渐演变为两个政治派别之间的斗争，回部地区各城镇从此如一盘散沙。17 世纪末，喀什噶尔“白山宗”首领阿法克被“黑山宗”排挤，北上投靠准噶尔。噶尔丹看有机可乘，于康熙十七年（公元 1678 年）攻打天山南路各部，立“白山宗”
哈资拉忒阿法克为首领，掌控回部地区。
从此，回部上层受准部统治者压制，下层亦受其剥削，时间长达半个多世纪。
为防南路反抗，准噶尔贵族把有影响、有威胁的回部首领都弄到伊犁做人质。阿布都实特之子玛罕木特，因其族贵而得回人尊敬，曾受命总理南部各城。他身居叶尔羌，广收人心。噶尔丹策零将他迁入伊犁。他死后，两个儿子即大、小和卓木兄弟遭到同样命运。据记载：
和卓木特在伊犁生二子：长子为布拉敦，亦称布拉伊敦，次子和（霍）集占，即回子所称之大小和卓木也。和卓木墨特（玛罕木特）死，二子仍在伊犁，因准噶尔虑其生事，不肯放其回城。回部贵族命运都如此，普通回人的命运便不难想象了，据《平定回部勒铭叶尔羌碑文》中讲：
“准夷昔强广……以回为羊，役以耕耘，利其善贾，三倍市欣。……四大回城，输租献赋，腾格是供，卫拉是惧，茧丝奚堪，沟壑已遽”。
在噶尔丹策零统治时期，只有叶尔羌一地每年务必得纳贡赋 10 万腾格。凡回民所种米、谷、菽、麦，“眼同收割，先与平分，然后用十分取一之法，重征
粮税”。准部差往各地之头目，“日奉以酒肉妇女，去仍多索赆遗，少不如意，辄纵其从人，恣行抢掠”。而且，准噶尔统治者还强迫大量回人去伊犁从事耕作，受役者若奴佃，“课其引水种稻籼，服劳供赋不敢怠”。许多地方的回人不堪其扰，死绝逃亡。
顺治三年（公元 1646 年），吐鲁番首领派使奉表入贡，这可说是清朝与回地正式往来的开始。后因河西回民丁国栋等联合哈密、吐鲁番抗清，清政府下令关闭嘉峪关，交通断绝。顺治八年（公元 1651 年），叶尔羌头目主动送还所掠内地民人，取得清廷谅解，重开贡道与之贸易。然而噶尔丹入侵南路后，强行阻断回部地区与清朝的通贡。
康熙三十五年（公元 1696 年），被准部作人质的回部首领阿布都实特自拔来投，康熙派遣专人护送到哈密。为了避免哈密、吐鲁番两地回人受准部的骚扰，清朝将两处部分回人移居内地。康熙六十年（公元 1721 年）五月，厄鲁特宰桑和勒博斯额穆齐率兵 500 围攻投清的回人，抚远大将军允溜令发兵 2000 赴吐鲁番。
雍正三年（公元 1725 年）四月，大兵退还，朝廷议徙吐鲁番回人于内地，这次愿迁入内地者共 650 人。雍正九年三月，再次晓谕回人，“伊等倘自揣力不能敌，不妨仍为移避之计”。雍正十年十二月，回民 1 万余口内附安插于瓜州，皇帝命总督刘于义、巡抚许容妥善处理此项事宜，帮助其筑堡、造房，给与口粮、牛种等。
乾隆初，准噶尔问题尚待解决，清朝对回政策依然只盘桓在防护与迁移兼顾。
十二年（公元 1747 年）七月，命将金塔寺 100 余户回众移于哈密种地居住。征准前夕，又遣派官员赴瓜州编旗队，置管旗章京、副管旗章京、参领、佐领、骁骑校各员，如哈密例。十九年，清军准备两路出击，横扫回疆北路。此举得到各地回民的大力支持，他们与清军积极配合，有乘机逃离准部者，有为清军当向导者，亦有直接参与战斗者。
二十年五月，伊犁贸易回人阿达莫米木等十三宰桑共率 2000 余户来投，并组织熟悉地形的回军 300 名帮助追擒叛首达瓦齐。
清军攻下伊犁后，大小和卓木兄弟终于结束了长期受制于人的囚徒生涯，回部地区亦摆脱了准噶尔贵族残暴统治。此种新形势下，对大小和卓木的合理安排和对回部地区的妥善管理，成了乾隆面前一个新的急待解决的问题。
二十六年六月，定北将军班第提出，让两和卓木重返南疆招服回众：
“伊等原系喀什噶尔回人头目，因叶尔羌、喀什噶尔人心所服，是以恳求前往阿克苏城，招服叶尔羌、喀什噶尔人众”。
乾隆对这一建议十分赞成，但作了两点补充；一是尽快催促兄弟阀进京觐见，二是仍令复回原部，并将此预行告知，俾知感激。其实，在乾隆的潜意识里有这么一种想法：由于回部长期为准噶尔所困，大小和卓木不过是厄鲁特人的囚徒，北路荡平，足以震慑南路，回部地区归顺已指日可待，没有想到纵虎归山留下后患。
二十一年四月，他听闻回部有投诚之意，遂派策楞带兵晓谕南路，“即准其归降，其如何安插纳贡之处，奏闻靖旨”。十月，别有用心的小和卓木派人来北京城里试探风声，乾隆竟高兴不已，以为回部遣使来谒，甚有诚意，“果能遵谕贡赋，即不必加以兵力”。他以为大小和卓木是“感激图报，永知恭顺之忱”。因此下旨召见大小和卓木，意欲通过对其施恩加宠，从而抚定回部。但小和卓木却暗揣算盘。他并不想让回部就这么轻易纳入清朝版图，受中央政府的管辖。恰又逢当时阿睦尔撒纳在北路叛清。这更使野心勃勃的回部强人受到鼓舞，决定脱离清朝，参与阿睦尔撒纳的叛变行动。阿睦尔撒纳叛乱转眼问被平定，小和卓木不得不逃回故居，私下开始策划反清。
起初，大和卓木对弟弟的行为颇有疑虑，规劝说“从前受辱于厄鲁特，非大国兵力，安能复归故土，恩不可负，即兵力亦断不能抗”。小和卓木却不以为然地说：“你我兄弟二人被准噶尔禁锢，历有年所，今始得归故土，若听大皇帝谕旨，当与禁锢何异？”其实，这位民族分裂分子小和卓木真正担心的是，乾隆会追究其“率众助逆”之责，决心与清朝闹独立：“莫若与中国抗拒，地方险远，内地兵不能即来，来亦率皆疲惫，粮运难继，料无奈我何。且准噶尔已灭，近地并无强邻，收罗各城，可以自立”。
对于小和卓木的狂悖叛逆行为，乾隆渐有耳闻，因此耐心逐渐消失，遂于二十二年正月，指示军机处：
“令波罗泥都（大和卓木）等酌定贡赋章程，前来陈奏，伊等遵行则已，倘稍有拒犯，俟剿灭厄鲁特后，再派兵前往办理”。
同年四月，乾隆再谕军机大臣；“伊等不即前来投顺，明系别生异心，立刻派兵擒拿”，他还特别强调：即使两和卓此时来归，也定要擒拿来京，否则，即
派兵剿灭。
同年五月，又发生副都统阿敏道在南疆被害事件。二十一年秋，阿敏道奉右副将军兆惠之命，率索伦兵 1000 名、厄鲁特兵 2000 名及来投的回部伯克（意即总管）鄂对（回部汗的部属），前往南路招抚两和卓木。由于侍卫托伦泰的文书报告内容失实，兆惠误认为回城地方并无事故，不用多带兵前往，而阿敏道也因此丧失警惕，但随行的伯克鄂对曾提醒他注意小和卓木的阴谋，然而他不听，仅以满兵百人驰入库车城内，结果被拘留。二十二年五月，小和卓杀害阿敏道。正式叛清。
阿敏道被杀，清朝招抚政策宣告失败。乾隆十分恼怒地说，决不能“忍心于死事之臣，而不为之复仇也”，于是立刻命雅尔哈善为靖逆将军，统兵征讨。
叶尔羌和喀什噶尔是大小和卓木的叛乱基地。两城中皆，都有他们祖父阿布都实特的党羽和亲戚故旧。由于小和卓木说服哥哥叛清，二回城云集响应。他们还派员传示各城整备鞍马器械，听两和卓木差遣。除了叶尔羌、喀什噶尔，和阗等所属数十万回户外，库车、阿克苏，乌什，拜城、赛里木等所属部分回人也受其惑。一时之间，天山南路黑云压城，大有分裂割据之势。
乾隆低估了叛军力量，以为“厄鲁特等既皆剪除，则回部自可招服”。由于轻敌，导致他平叛初期犯下了用人不当、主观冒进的错误。二十三年（公元 1758年）四月，他竟下旨调平准主帅兆惠返京休整，又令雅尔哈善代兆惠总理回部事务。
雅尔哈善，全名觉罗雅尔哈善，文人出身，在征准战役中，因剿杀降人沙克都尔曼济立功，被授予参赞大臣、兵部尚书等职，随即又以靖逆将军挂帅讨伐归来。《啸亭杂录》作者昭裢说：“雅固书生，未娴将略，惟听偏裨等出策，令不画一”。对雅尔哈善的弱点，乾隆亦有所闻，只因他忽视回部现有力量，认为只一雅尔哈善足矣！一念之差，却带来严重后果。
平定大小和卓木叛乱后，如何管理回部地区问题提到议事日程。廷臣积极上疏，各抒己见。问题围绕着怎样对待伯克（总管）、建立什么体制展开。
二十三年（公元 1758 年）九月初，负责征回后勤供应的陕甘总督黄廷桂在有关踏勘运粮道路及调拨马匹驼只的奏折中，建议将来回部平定，亦应驻兵。乾隆认为这种想法“于回地情形，尚未深悉”。他说，回部和伊犁不同，伊犁控制辽
阔，必须得兵弹压，回部则应“拣选头目，统辖城堡，总归伊犁军营节制”。他晓谕兆惠，“将来办理回部，惟于归顺人内择其有功而要信者，授以职位，管理贡赋等事”。九月中旬，兆惠奏请任用库车阿奇木伯克鄂对为各回城总管，乾隆不太赞成，他说：
“现在招徕新附，令鄂对暂行管理尚可，若平定叶尔羌，喀什噶尔办理安插回众时，朕意不必用回人为总管，仍循其旧制，各城分设头目，统于驻扎伊犁之将军，再于库车派大臣一员管理”。
所谓“循其旧制”，是指沿用其官制旧名，但不以回人为总管。乾隆在具体运用中，主要突出二点：一是各城分设回人头目，保持原有官职，以统辖城堡，二是除少数重镇外，尽量在各回城少驻或不驻军队，但强调各回城应受到驻扎伊犁的将军的限制。换言之，也就是，要在清中央政府的管辖下，让各回部自治，以回治回。乾隆在征讨大小和卓木的过程中，曾联络一批回部上层人物，如吐鲁番回部望族额敏和卓、哈密头目玉素布、库车阿奇木伯克、乌什阿奇木伯克霍集斯，拜城回人噶岱墨特父子、拜城旧伯克色提卜阿勒第兄弟等人，利用他们在回人中的影响，分化叛乱队伍，从而取得了很好的效果。平叛后，他们成了乾隆实行“以回治回”政策的社会政治基础。
根据乾隆“以回治回”的构想，兆惠等人制定了具体措施。二十四年七月，兆惠抚定喀什噶尔后，就该地设官、定职、征粮，铸钱及驻兵分防诸事提出了具体的建设性主张。他提议各城村设立阿奇木伯克为首的政权机构，以阿奇木伯克总理一城，伊沙噶伯克协办，噶杂纳齐伯克管理地亩钱粮，商伯克管理租赋，哈子伯克管理刑名，密喇卜管理水利，讷克布管理匠役，帕察沙布查拿盗贼，茂特色布承办经教，等等。对此意见表示同意，但对于阿奇木伯克等职，不许世袭，“应如各省大臣之例，遇缺补授，或缘事革退，则开缺另补”。唯哈密、吐鲁番两地回人之所以对清朝统一新疆南北路出刀尤多，特准“世袭罔替”。
关于阿奇木伯克的地位问题，舒赫德指出：阿克苏是回部大城，村庄甚多，过去由伯克、密喇卜等管理，今虽不必准以内地官制，但品级职掌宜为厘定，庶足以辨等威而昭信守。乾隆以为此奏特别是，“著照所请，以阿奇木伯克为三品，伊沙噶伯克为四品，噶杂纳齐伯克为五品，……其小伯克密喇卜等为六，七品。……其余各城，俱一体办理。”二十六年（公元 1761 年），乾隆还实施回城等
级制度，将所有大小回城分为三个等级，其中喀什噶尔、叶尔羌、阿克苏、和阗四重镇为第一等级；乌什、库车、辟展、英吉沙尔等城次之；拜城、赛里木、沙雅尔等 23 城为下。各城伯克地位的高低、特权的大小。不仅取决其本身条件，同时还根据清政府对他们的重视程度。叶尔羌，喀什噶尔曾是回地中心，地理位置较重要，乾隆分别任额敏和卓、玉素布为伯克。乾隆认为“有此等旧人在彼，始堪倚任”。是年，又根据左都御史永贵的建议，阿奇木伯克等原私刻图记一律停用，由清中央政府“一体给与印信”。
对于大小和卓木的霍集占家族，乾隆始终不能以心信之，遂将他们迁到京郎。
二十四年九月，他说：
“至于霍集占族戚等所以留住京师，并令伯克霍集斯等俟撤兵时同来者，因恐伊等仍居旧地必妄生希冀，致启衅端，此正所以保全之地。兆惠等此时宜曲加抚慰，不可稍有泄漏，俟霍集斯到京后，即晓示各城回人，以中外一家惟知共主，阿奇木伯克不过办事人员，毋许自称‘诺颜’，私收贡赋。即阿奇木等缺出，亦拣选贤员或以伊沙噶什补，不准世袭。章程既定，则伊等希冀之念自消”。
“霍集占族戚”即指当时额尔克和卓额色尹及他的侄子鄂托兰珠和卓冯木特。他们虽属和卓木家族，但与小和卓木向来有仇，于二十四年投靠清朝，移居北京。一起去的还有额色尹的弟弟帕尔萨，以及他哥哥阿里和卓的儿子图尔都等。
二十七年，办事大臣永庆等又奏称，大小和卓木族人阿塔木和卓，居乌什所属之喀萨哈，无知回人因他系和卓木近族而俱来礼拜，“伊又将所收粮食散给贫人，以沽名誉，若听其留住，于地方无益，特请将阿塔木和卓及其家属十三名，送往哈密安插”。乾隆同意迁移安插，但安插地不是在哈密，而是京师。
为了加强中央对回城的管理，清朝在回城派遣办事大臣、领队大臣。乾隆在喀什噶尔设参赞大臣管制南路各回城，“各城大者设办事大臣，小者领队大臣”，其中大城主要包括：西四城包括喀什噶尔、叶尔羌，英吉沙、和阗，东四城有乌什，阿克苏、库车、辟展，连东路哈密，吐鲁番、哈喇沙共 11 城为中心城镇，而各城周围下辖 5—6 个、10 余个或 20 余个不等的卫星小镇，层层隶属，但同时又受北路伊犁将军的管辖。
清军驻防南路的情形，主要以各城地位而定。阿克苏是回部适中之地，喀什噶尔、叶尔羌为回城之冠。英吉沙尔境属边围，与外藩相接。以上几城都是满营、
绿营分兵防守。其他如哈喇沙尔、库车、赛里木，乌什，和阗等只留绿营以资捍卫。军台、卡伦之设，是清朝固边守疆的又一项辅助办法、北路在戡定准部叛乱后已设，南路稍晚。
据《西域图志》记载：“荡平西域，全隶版图，地周二万余里，为之遍置军台，而与其严疆要隘，毗接外藩处所，酌设卡伦以资捍卫”。在回疆哈喇沙尔、乌什、阿克苏、叶尔羌、喀什噶尔之间，有河沟阻绝戎马之处，“造舟以济，回民为水手，免其纳赋”。军台以营员和笔帖式领之，卡伦则以前锋校、骁骑校领之，统于侍卫。各处驻兵多少则“视其地之大小简要为差”。
为解决驻防清军的生计问题，乾隆施行了若干相关的赋税、货币及贸易政策。
据兆惠厘定贡赋数目，回人每人纳粮、棉、红花等税 21000 余腾格。南路驻防官兵数量虽不算多，但由于回部初定，赋税收入不稳定，并且数量有限，清政府必须每年拨银补给。二十六年十二月，军机大臣奏称：
“现在伊犁回部马兵三千一百十名，步兵一万一千三百四十七名，台站、卡伦兵二千六百二十三名，共兵一万七千余名，所需粮食料豆八万二千八百余斤，俱于屯田支给，大臣养廉、官兵菜银岁需三十三万三千四百余两，计叶尔羌等城所交腾格作价五万八千余两，每年内地添用银二十七万五千余两”。
乾隆依照“量入为出”的指导思想，不赞同从内地拨银过多。二十五年六月，他让参赞大臣舒赫德认真核查新疆的租赋收入，酌定屯驻官兵的所有经费，强调：
“伊犁、叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏，库车等处驻兵，应即计其地之所入，以定章程，不可致烦内地民力”。十月，舒赫德经过核实，报告回地各城官兵口粮不缺，明人不做暗事所征腾格钱文，不敷支给。乾隆指示：“所奏钱文不敷支给，自应计各城钱粮，量入为出。阅所奏支给之项，不敷者十分之三，即可撤去三分兵额”。
为了填补“量入为出”不足所带来的缺口，乾隆允许在南路试行新的货币与贸易政策。二十四年，定边将军兆惠奏请在叶尔羌开局设炉，改铸制钱。参赞大臣舒赫德则请于阿克苏开鼓铸局，为阿克苏、乌什、库车、沙雅尔、赛里木、喀（哈）喇沙尔，拜城等七城鼓铸。新铸之钱初如旧式，后改如内地模样，面铸乾隆通宝汉字，而以设局地名附于背面，如铸局在叶尔羌，即书叶尔羌回文字样，每“普尔”重二钱。
因计划不周，新钱一经上市，立即引来通货膨胀，铜钱与白银比例猛跌。二十四年，铜钱 50 文合银 1 两，二十五年，70 文折银 1 两，二十六年，100 文才折银 1 两，三年之内翻了一番。于是二十七年，他批准叶尔羌办事都统阿桂的建议，劝课回人织布，每年大约可得 5 万疋，再由官府发库贮余钱购买。接着，喀什噶尔办事尚书永贵亦建议，将该地所征粮赋折成现钱，购买布匹、棉花运往伊犁。第二年八月，新柱又请将此法推行于叶尔羌、和阗两地。这些措施的出台，终于使“钱法流通，而兵丁回人衣食亦有裨益”。
和灵活的货币政策相比较，乾隆的回部贸易措施就显得保守。为解决驻回官兵的生活必需，他曾经鼓励内地商人往南路交易。二十七年（公元 1762）三月，谕陕甘总督杨应琚，酌通新疆商贩：
“自回部荡平，内地商民经由驿路及回人村落，彼此相安。台站回人又疏引河渠，开垦田地，沿途水草丰饶，行旅并无阻滞，若晓示商民，不时前来贸易，即可与哈密、吐鲁番一体，于官兵亦有裨益”。然而，清政府的贸易政策很快便由鼓励改为限制。乾隆谕：
内地贸易商民将来渐多，所居或与官兵相近，尚可弹压，不今生事。若听其随意栖止，与回人相杂，不免易滋事端。
三十年（公元 1765 年）乌什事变后，限制更加严厉。乾隆还明令禁止哈萨克商人直接入回疆，说“回疆新定，不可令哈萨克纷纷往回地行走，故只准在伊犁贸易”。这些贸易禁令，显然不有碍回部地区与外界的交往，影响其社会经济发展。
三十年（公元 1765 年）二年，乌什回人掀起了一场规模不大却颇具影响的抗暴斗争，使乾隆“以回治回”政策受到挑战。
乾隆“以回治回”政策的实施，维护了南疆地区少数上层统治集团的权益。
尤其是额敏和卓、玉素布二大望族，被乾隆特别看重。南疆各城统治核心，差不多全是二大家族成员组成。他们居功恃宠，援引故乡回人在各大臣衙门做通事，掊克虐杀，作恶多端，其中又以乌什情况最为恶劣，乌什，因乌赤山而得名，在今新疆维吾尔族自治区西部。乌什伯克阿布都拉性情暴戾，对乌什人横征暴敛，稍不如意，即鞭策侮辱。跟随他的的属下，四出诈骗，“乌什回人不堪其虐”。对于回部伯克们的种种劣迹，乾隆虽有耳闻，却从不过问。
乾隆派到各回城任职的官员，多用侍卫及口外驻防武官，这帮人素质差，缺
乏行政能力，又身兼“监督”回人职责，分外专横拔扈。他们惹事生非贪赃枉法，成了回地一大祸害。他们与伯克狼狈为奸，敛派回户。据有关史书记载：
“喀什噶尔岁敛普尔钱八、九千缗，叶尔羌岁敛普尔钱万缗，和阗岁敛普尔钱四五千缗。又土产毡裘金玉缎布，赋外之赋需索称是，均被章京、伯克分肥，而以十之二侍奉办事大臣。各城大臣不相统届，又离伊犁将军鸾远，恃无稽察，威福自出。而口外驻防笔帖式更习情况，工搜括。甚至广渔回女，更番人直，奴使兽畜，而回民始怨矣”。
清朝驻乌什办事大臣苏成父子在回地久有臭名。他们经常派乌什回人去伊犁收购马匹，采办官粮，又从不给价，甚至将瘦羊以每只白银四两的高价强制性地卖给回人。苏成性淫暴，回人女子稍有姿色，皆唤入署内，“父子宣淫，且令家人兵丁裸逐以为乐，经旬累月，始放出衙。乌什回子，久欲寝其皮而食其肉矣”。
乌什小伯克赖和木图拉之妻就曾经被留宿衙内。
三十年二月，苏成强征回人 240 名运送沙枣树前往济克德栽种，派自己儿子押运，沿途行李俱令回人背负，运夫对此十分不满。早已对苏城父子怀恨在心的小伯克赖和木图拉趁此机会，于二月十四日夜，与 240 名运沙枣树回人，挑起了变乱，聚噪城中。回部各城闻变，反应激烈。叶尔羌人情势汹汹，岌岌可危；阿克苏回众“微有不安意”；库车城中“不逞之徒亦思因之作乱”。
此次回部之乱，其实是一次“官逼民反”的抗暴斗争。事发前夕，有回人得知情况，奔赴阿奇木伯克阿布都拉家报告。阿布都拉正“饮酒半酣，以为扫兴，不信其言，斥逐而去”。是夜三更，暴动回众三、四百人先杀民愤极大的阿布都拉，而后攻入苏成署内，杀其父子家人和属众。
阿克苏距乌什最近，办事大臣边特哈（又有称边他哈或卞塔海），得知乌什有变，急忙率领数百名驻防官兵前来镇压。其时乌什城门虽打开，边特哈却以为里面有诈，不敢进城，而令炮手向城内放炮。此举激怒乌什回人，他们群起反抗，共推赖和木图拉为阿奇木伯克，并联手打败边特哈。
乌什事态持续扩张，总理南路回疆之参赞大臣那世通不得不从喀什噶尔赶来。伊犁将军明瑞、参赞大臣永贵亦率满汉官兵 1 万余人由穆苏尔达巴罕赶到，各路清军联合围困乌什。明瑞抵乌什后发现那世通与边特哈不和，遇事推脱，遂具折参奏。三十年四月，乾隆下令将两人处死，并派阿桂去乌什襄助明瑞。
阿桂到达乌什后，壮大清军攻击力量。六月，赖和木图拉在一次战役中中箭身亡，回人军心动摇，遂于八月十五日被镇压下去。乌什暴动失败后，清朝对回人实行血腥屠杀。早在五月间，乾隆就下定决心，降谕“克复乌什城后，勿留孑遗，尽数杀戮”。乌什攻陷，明瑞、阿桂报告已擒首恶，分别正法及送往伊犁。
乾隆却认为惩罚失之过轻，应当“大示惩创”。依照乾隆旨意，除屠杀事件参与者 360 余人外，又将幸存乌什人送往内地，赐给大臣官员为奴。十月，明瑞等奉旨起解，因害怕人多出乱子，途中将 2350 名男子全部处死，仅将妇女儿童留下。
乌什城原有回人 2 万余人，经此浩劫，所剩无几，一片废墟。
乌什风波平息后，明瑞认为回部各伯克久专一城，根基坚固，敲诈勒索无所不为，应予调换。乾隆不同意。他唯恐“若尽行移调，则回人，布鲁特等不情事别，妄起猜疑，谓国家乘新取乌什之威，将伊等移调”。由此看来，乾隆害怕移调会引起回部上层人物的不满。然而，对于伯克权力又不能不予以限制。因此，三十年底，他谕令伊犁将军明瑞等，重新吏政回部事宜条例。最后作出如下规定：
第一，“阿奇木之权宜分”。以后所有事宜，阿奇木伯克应先递交给承办大员，俟其呈禀，仍与伊沙噶伯克会商。若有仍前揽权独办，许伯克于该驻扎大臣前告发，查讯得实，即治阿奇木之罪，虚者反坐。
第二，“格讷坦之私派宜革”，准噶尔执政时期，有临时酌派“格讷坦”名色，没有定额。年年各城或派四五千腾格不等，易滋扰累。以后部落使人已官给口粮羊只，大臣等均有养廉，自应将前项陋规禁止。
第三，“回人之差役宜均”。每两年，派委妥员查核一次，若有轻重不等，一经首告访闻，即将该阿奇木议处。
第四，“都官伯克之补用宜公”。嗣后该伯克缺出，定与伊沙噶、杂伯齐（噶杂纳齐）、商伯克共同推举，阿奇木等族姻俱令回避。
第五，“伯克等之亲随宜节”。伯克所有亲信谓之“颜齐”，向有名额，惟取中等人户。应将各该伯克之“颜齐”令阿奇木共同审查，如有额外挑派，一律剔除。
第六，“赋役之定额宜明”。回人每人应办赋役定额，令该大臣以印文告榜，俾众共知，如有不遵定额，准其告发，虚者反坐。
第七，“民人之居处宜别”。内地贸易商民与回人相杂，容易惹事生非。请交
各大臣彻底清查，俱令赴驻兵处所贸易，若仍与回人杂处，即行治罪。
第八，“伯克等与大臣官员相见之礼宜定”。从今往后阿奇木伯克、伊沙噶伯克见大臣官员，照总官、副总官之例，其余伯克均依据官兵之例，仍令大臣官员不得稍形简傲。
由此上规定看出，这次对回政策的更定，弥补了由乌什事变所暴露出来的各种漏洞。乾隆吸取了乌什之变教训，重在解决回部大小伯克与驻扎官员勾结擅权、贪赃勒索等问题，但他对回政策的基本思想和策略没有变。
乾隆二十八年九月二十九日，四川总督阿尔泰、提督岳钟琪呈报金川欺凌九土司及九土司联手反攻情形之折，送到北京。阿尔泰、岳钟琪奏：西南两路，惟金川居各土司之中，地势险要。大金川土司郎卡“贪顽成性，狡黠异常，素来逞强，滋扰邻境”，例如绰斯甲布、革布什咱、巴旺、小金川、党坝（丹坝）五土司，与金川连界，“夙被欺凌，结怨已久”。沃日、松冈、梭磨、卓克基四土司，离金川略远，与绰斯甲布等五土司接壤，非亲即族，唇齿相依不可分离。九土司之中，绰斯甲布势力稍强，可与金川相敌，其余或兵力微弱，或土司愚庸，分处各巢，只可勉力防守，联为一气，则可合力攻击，“此九土司共为合纵之计，以遏郎卡窥伺之机也”。去年九月，因郎卡侵占党坝地方，绰斯甲布发兵相助党坝，并约会各土司禀恳官府，准其攻击金川，以图报复。本年五月二十九日，九土司会攻金川，分路前进。三个月以来，节据两路委员禀报，各土司或连连捷报，或互相杀伤，核计杀掳数目，及焚碉夺卡抢获马匹器械，“郎卡甚为受创”。
四川总督阿尔泰、提督岳钟琪所奏大金川与绰斯甲布、党坝等九土司之争的情况，并不始于乾隆二十七年或二十八年，而是历来已久，首次金川之役，便系由此而生。虽然乾隆帝两派经略大臣，调兵六万余名，耗银近千万两，花了三年的时间，大金川土司莎罗奔顶佛经立誓，亲诣大学士傅恒军营乞降，誓归侵占其他土司之地，纳军械，献凶酋，停兵和好，但从此以后战争仍然时常发生。
乾隆二十五年莎罗奔因病逝世，其侄郎卡主持大金川土司事务。郎卡呈请袭叔之职，四川总督开泰奏请准其承袭，并不需取具本土司内土舍头人及邻近土司的勾结。乾隆帝就此事于二十七年二月十一日下谕：该督如此办理，意在直截简便，且不令土司等因此通同附和，所见固是，但是不向郎卡等人明白宣谕，恐此等土舍不知畏惧，转疑开泰对郎卡有意迁让，一似徇其所请，竟不待各处甘结就
允其请，“或致潜生骄纵，殊非控驭之道”。
乾隆传旨开泰、岳钟琪即行向郎卡晓谕，“谓邻近土司与尔素有嫌隙，今因承袭之事，照例取结，伊等定不乐从，今据尔恳求，竟免其展转取结，以示加惠上司之意。但袭职之后，在尔与邻境诸部既不能相协，而封疆大臣亦断不肯为尔少贷”，如此办理，“方足令其知所儆惕，于体制亦为允协”。
尽管乾隆帝对大金川滋生事端已有所防范，但没有能奏效。郎卡早在叔父去世之前，就已经因为叔父年老多病，而实际上主持了土司事务。他于乾隆二十三年起兵，攻打革布什咱，并扰及小金川，将革布什咱土司四郎多博登与小金川土司僧格桑（色刚桑）团团围困，僧格桑逃出，四朗多博登被迫携带家眷投降清政府，革布什咱地区悉为郎卡占据。二十七年，郎卡又发兵进攻党坝官寨。三十年十二月二十八日至三十一年正月初，郎卡又攻占党坝土司之额碉，炮击党坝格藏官寨，并攻围巴旺土司之卡卡角，焚毁寨房，杀掳人口。
大金川土司郎卡及其继承人索诺木势力日益壮大，不断侵扰和占夺邻近弱小土司地土，若不及时加以痛击，不仅各土司之间争端愈来愈多，广大地区不得安宁，而且金川辖地日益扩展，人丁日多，兵马愈强，就不会只是土司内部相斗，势必波及邻近州县，威胁川藏交通，危害川省安全。清政府对此，自然是不能坐视不管的。
乾隆皇帝弘历虽然多次下谕讲述一征金川的不必要，催促经略、大学士傅恒收兵还朝，接受莎罗奔的归降，但他并没有因此就置金川于度外，听其任意扩展。
最晚在乾隆二十三年，他就产生了见机削平金川的想法。是年三月，四川总督阿尔泰、提督岳钟琪呈报金川用兵之情及对策说：革布什咱土司四朗多博登、小金川土司僧格桑从大金川兵围困中被救之后，金川兵又回攻丹多吉地，现在分委将弁，晓谕控制，如果有必须另外处理的地方，再行陈奏，并“分拨土练，弹压打箭炉等处地方”。
乾隆帝阅过此折后，于二十三年四月初十日谕军机大臣：“向来番苗自相攻击，原可不必绳以内地官法。”这次金川与革布什咱等兴兵构怨，据该督两次奏称，原因只不过是因为结亲起衅，看他们情形，“本与蛮触无异”，但打箭炉系通藏要道，如金川意图不专在革布什咱，“势必为边圉滋扰”，“则必须彻底办理”，开泰等当据实速奏，“候朕另行降旨”。“绰斯甲布现与小金川、沃日诸土司联络，
其人众兵力不甚单弱，或传知该土目，果能自出其力，惩创金川，则所得地方人众，不妨量赏伊等以示鼓励，以番攻番之策，亦属可行。总之情形非可悬度，朕意如果番蛮自相攻扰，乃事所常有，只可将就了事。设不得不办，则亦非川省绿营所能任其事者，十三年其明验也”。该督当密行速筹备二三千人数月之粮饷，奏闻请旨。
被乾隆帝任命以治理金川重任的工部尚书、署四川总督阿桂，于二十九年七月上疏，奏报“前往番地体察各酋情形”，建议以九土司攻打金川。乾隆帝十分赞同，于八月十四日谕军机大臣：“（阿桂）所见颇悉番酋情状，看来以番攻番，自是乘机善策，九土司等果能齐心协剿，其势实有可图。”著阿桂以“钦差、总督之意，明谕九土司：郎卡反复狡诈，为众土司之害”，天朝不会复庇“众人之蠹”，“尔土司等集众往攻，原为自除己害起见，钦差及总督控制边隅，不惟不为禁制，且有应行奖励之处，亦决不为之靳惜。尔土司等能殄灭此酋。所有金川之地，就各番寨所近，即令分析，画界管理”。如此以来，各土司既可翦灭仇敌，又得增开疆土，“自必倍加踊跃，其事尤属易成，而于内地不动声色镇靖边番之道，亦深有裨益”。阿桂等立即仔细计议，相机妥办。
阿桂与新任四川总督阿尔泰、提督岳钟琪遵照皇上谕旨，反复筹划以九土司攻打金川的方案，并于二十九年九月初联名上折，呈述九土司情形及有关措施。
阿桂等奏：“郎卡所恃，不过地险碉坚，然合计众土司之力，较金川多至数倍，若果奋力攻击，必可成功，是以番攻番，实为镇静办理之善策”。九土司内，巴旺、革布什咱地小兵单，只可用来牵制一面。沃日不与金川接壤，又兵少力弱。
杂谷之梭磨、松冈、卓克基三部，地势隔绝，与金川只有一路相当，非常难进攻。
党坝本系杂谷土舍，于乾隆二十四年始分设土司，力微地小，逼近金川，屡被金川欺凌，难以自立。“惟绰斯甲布番部，其地势兵力堪称金酋劲敌，且与金川连界之处甚多，进攻颇易”。如果绰斯甲布与党坝各自努力，加上小金川人丁，“则金酋小丑实有可图”。但进攻必须持之以久，才可使金川疲惫，必须对九土司酌予赏恤，“以鼓其奋往”，拟运官茶于打箭炉、松潘两处变卖，“所获余息，暂为夷务赏项之费”，于明年各部士兵进攻金川时，“量给口食之费，并照现定赏格，或割获首级耳记，及阵亡带伤者，均予赏恤”。这样，“庶各部番兵，可期得力，数年可望成功”。乾隆帝对此表示同意。
两个多月以后，乾隆二十九年十一日，四川总督阿尔泰、提督岳钟琪奏报九土司进攻金川情形说：遵旨指示机宜，令臣等会给九土司谕稿，委员分发。今据各委员禀称：亲抵各土司，“传示檄谕，且驾驭鼓励，量为犒赏，该土司、土合、头目人等都感激踊跃，或奋欲剿掠，以冀复仇，或亟图攻取，思除后患”。各委员目睹小金川、党坝、三杂谷、绰斯甲布等土司，派拨头人土兵，分路进赴金川地，明击暗攻，并将攻劫抢掠情形，禀报前来。现在已经飞饬绰斯甲布、革布什咱、巴旺等土司，各干要隘添兵防守，设伏巡警，如有金川兵到，即奋力剿杀，第二月，乾隆三十年正月初，阿尔泰等又上奏：“绰斯甲布等九土司会攻金川，节次得胜，最好乘机鼓励”，现筹办银一万两，以备赏用。乾隆帝批示：“如所议行。”
虽然皇上、钦差大臣、总督、提督都把压制大金川的希望寄托在九土司身上，九土司也一再表示要出尽全效劳，但是九土司中，弱者居多，并且心力不齐，故持继数年，无甚实效。郎卡于三十年十二月发兵攻打党坝、巴旺二土司，烧毁寨房，击杀人丁，掠夺人口，使九土司十分慌恐，合攻的策略难以继续进行。
乾隆帝知道情况后，于三十一年三月初四日下谕，再次强调执行“以蛮攻蛮”
之策。他说：金川攻占党坝额碉、巴旺卡卡，抢奋碉卡，“该处土司未免惊惶失措”。金川虽然在诸土司中略为强大，若九土司果能齐心协力，联络声援，不难夺卡进攻，“捣其巢穴，自属以蛮攻蛮之善策”。“但恐土司等因连次挫衄，心存畏沮，遂尔闻风辄怖，停滞不前，致金蛮益得肆其猖獗，究于番地有碍”。著该总督、提督详察最佳时机，“或于攻剿之时，量增赏恤以励其心，或于驻防处所，酌助军声以壮其气，俾土司兵目有所恃而不恐，立效自当较易”。
阿尔泰、岳钟琪遵旨议复回奏：各土司中，松冈、梭磨、卓克基、沃日距金川远，革布什咱兵少，只可随众攻守。“绰斯甲布、小金川地势兵力堪与金川为敌，因郎卡未大挫衄，观望不前”，党坝、巴旺贫懦，人丁十分稀少，并且金川据险下攻则易，党坝、巴旺仰攻则难，现拟派土练兵分赴党坝、巴旺，助其军声，量增赏恤，并谕绰斯甲布、小金川等土司，“进攻获胜，不但可分其地，兼除伊等子孙之害。总使金蛮分头抵御，党坝、巴旺即可乘虚而入”。
圣旨固然可以震慑臣僚，但金川并不因此而罢干戈，九土司也未转为协力进剿，“以番攻番”之术难以成功。乾隆三十一年六月十六日，乾隆帝为这件事再
谕军机大臣：“九土司会攻金蛮一事，相持已将数载，尚无就绪。”兹询岳钟琪，亦无善策，只奏称党坝力弱兵单，难以抵御金川，沃日等土司“大率意存观望，不为策应”，“绰斯甲布又与金酋迹涉姻党，不无首鼠两端。看来土司等性多狡猾，以蛮攻蛮之计，似难责效”。岳钟琪等并称如金川悔罪，退出额碉，恳请施恩宽宥金川，等语。“所奏未得此事要领”。著传谕九土司齐心奋力攻击，若九土司畏缩不前，被金川占据，则当特发大兵，捣平金川，并将九土司地方“概行收取，改土归流，以永靖蛮服”。
尽管乾隆帝多次下谕指授办理金川方略，督促实行“以蛮攻蛮”之策，然而九土司并不齐心，合攻之法无以收效。眼见此情，四川总督阿尔泰不仅没有找出症结之所在，练兵备粮，勇于进取，反而因循苟且，企图招抚金川，草率了结。
阿尔泰与提督岳钟琪于乾隆三十一年九月初上奏说：奉旨出口查办郎卡之事，于八月二十八日起程，行至杂谷脑口外，郎卡差大头人当噶尔拉等来迎，禀称愿退还占地碉卡，恳求赏给新印，赏还从藏返川的七名金川喇嘛，允许郎卡与绰斯甲布联姻。臣等当亲至其地，“示以咸棱，晓以利害，如果感悔输诚”，就饬委员督令郎卡退还各处碉卡，划清界址，各安住牧。郎卡既与各土司同听约束，可以允许其差人赴省贸易，给予自藏返川的七名喇嘛，明春发给金川土司印信。
乾隆帝阅览过奏折后，下谕斥责阿尔泰“有将就了事之意”。
阿尔泰、岳钟琪没有接到欢声雷动旨，继续前行，到达金川康八达，“郎卡率领土舍头人，环跪叩首，畏罪输诚，情愿将所占额碉山梁并先后所抢各土司人口退还，各安心牧，不敢再出来滋扰”。阿尔泰、岳钟琪当即当面答应其承袭新印，并且给还喇嘛人口，“验办完毕”。不久，阿尔泰又从郎卡之请，允许郎卡以女配与小金川土司泽旺之子僧格桑。
阿尔泰这种做法显然并不明智，这使金川与九土司之间的关系及力量对比，发生了重大的变化。在此之前，即使九土司不能齐心协力进攻大金川，但总还算是与其保持着敌对的关系，还不时出兵向其进攻，可是，从阿尔泰这样办理以后，九土司之间本已松懈的联合，便完全崩裂了，不敢再与大金川相抗，而且小金川也自九土司中分离出来，与大金川共同谋事，从而使大金川土司郎卡及其子索诺木等再加放手兼并邻地扩大势力，屡生事端。
四川总督阿尔泰虽然反复推敲，巧饰言语，将苟且招抚大金川之事蒙混上奏，
并得到了皇上的批准，但乾隆帝在批允之时，已看出此举欠妥，将贻后患，然而当下正在用兵缅甸，难以脱身，而“以番攻番”之策又无结果，因此不得不姑从其请。
尽管处于这样的形势之下，乾隆帝仍然对阿尔泰给予了严厉的斥责。三十一年十月初八日，他在批准阿尔泰之奏的谕旨中说道：阿尔泰、岳钟琪办理郎卡之折，“未免存将就了事之见。金酋和众土司互相仇杀，并未干犯内地，原无庸声罪致讨，且其事亦不值一办，特因九土司各怀观望，不能齐心协力，共剿金酋，则以蛮攻蛮之策，难以复行，是以谕令该提督等亲赴此处，明白晓谕各土司，俾其咸知鼓励，合群力以自相捍御，使金蛮不敢侵扰邻封，如土司等游移两端，致为金蛮蚕食，或潜相党附，则并土司之地收剿之，改土归流，永靖边徼”。但是阿尔泰竟允许其领取承袭新印，草草了事。“既已允其所恳，自不便复有改变，此时亦只可将错就错，以完此案矣。但该督提这样办理，究未妥善，不知蛮性反复靡常，现在姑为此乞恩幸免之计，果能保其永远不复更滋事端耶？”“此奏姑从所请办理，但该督提等迁就苟安，实没能体朕原谕大旨”。当他在三个月后看到阿尔泰奏称允准郎卡以女配与小金川土司泽旺之子僧格桑的折子时，马上感到不安：“此又伏一衅端矣。当留心，不可隐讳”。
乾隆帝的判断和预见是英明的，他所担心之事很快就发生了，不但大金川土司滋生事端，小金川土舍僧格桑也在闹事。原来大金川土司郎卡病故，儿子索诺木继为土司，小金川土司泽旺老病，其子僧格桑实掌土司事务。僧格桑以沃什土司人寡势单，欲图兼并其地，借口沃什土司色达克拉咒诅自己及父亲泽旺，导致父子患病，继而率兵进攻，沃什土司抵挡不住，求官府保护。
四川总督阿尔泰、提督董天弼于乾隆三十五年三月、四月两次上折，奏称小金川和沃什土司“争地起衅，用兵相攻”，僧格桑与“多事头人怂恿生事”，明正、革布什咱土司劝阻无效，遂派官前往弹压。僧格桑遵谕停兵，但要求“应照蛮礼，打伤人口，罚赔命价”，要沃什交出三寨，“准小金川耕获作押”。寻因僧格桑“托词观望”，不退侵占沃什之地，不撤进攻之兵，色达克拉请求官府发兵围剿，僧格桑再次围攻其官寨，并派人防守官兵进攻小路。阿尔泰、董天弼一面亲往查办，派将官督各土司进攻僧格桑，一面向朝廷奏报，乾隆帝于三十五年闰五月十九日下谕，赞其办理尚属正确，命速行具奏剿办情形。
三十五年七月初七日，乾隆帝就其小金川之事，谕军机大臣：据阿尔泰奏，拟对小金川剿抚并用。“所办亦是。番夷自相仇杀，其事本不值一办，乃小金川敢于恃强，侵占沃克什地方”总督、提督大员既亲临查办，自当速令解怨息争，各守境土，何得任其顽梗不遵。当传集小金川土司，谕以尔土司乃弹丸之地，又非险要，若稍有不驯，大兵朝发夕至，“尔自度量力，能与天朝相抗乎”？“且尔从前数次被大金川欺凌，大皇帝悯尔残弱，特发大兵征服，尔得保守疆土，数十年来安享太平”。今尔乃侵犯邻封，屡经饬谕，仍执迷不悟，“是尔全不知感恩安分，竟成一冥顽不灵之人”。若大金川复侵尔疆界，朝廷岂能为尔保护维持。
“祸福惟尔自取，早自抉择，毋贻后悔”。如此以来，谅小金川“自必感发天良，怡然服从，胜于派兵会剿多矣”。
乾隆帝本想实行攻心为上的策略，晓以大义，使小金川遵谕停兵退后，不料僧格桑对圣旨却视若无睹，继续我行我素。明正土司、木坪土司见此情景，向官府禀告，愿前往晓谕僧格桑，令其退还沃什地方。阿尔泰遣派“番兵”六千余名，欲剿抚并行。僧格桑遂亲至军营，叩见阿尔泰、董天弼，“叩头谢罪”，愿退让附近达木巴宗之墨穆尔吉日古噜等地，交出所抢沃什土司之母舅僧格及“番民”二十四人，其沃什土司认罚愿给与小金川之地方，仍听众土司调处，不敢违抗。但事后僧格桑又违约不行，并再一次侵扰瓦寺土司。
小金川之事还没结束，大金川风波又起。革布什咱土司的个别头人勾结大金川，杀害土司，大金川占据了革布什咱的官寨。乾隆帝得知后，于三十六年五月二十六日下谕说：“金川土合索诺木幼小罔识利害，而革地头人又复顽劣不法，则慑以兵威，自不可少”。阿尔泰当派人晓谕大金川，责其擅自发兵侵占邻地，“实为非理”，且念索诺木年幼无知，受人怂恿，特予宽恕，令该土司速将士兵全部撤回，退出占地。六月二十五日，他又下旨：据阿尔泰奏，“索诺木恳乞将革布什咱地方百姓赏给当差”，“此断不可允行”，“断不可稍涉迁就，致彼无所顾忌，滋生事端”。阿尔泰若稍露就便完局之意，使索诺木得逞其欲，“势必于附近土司渐图蚕食，又复何所底止”！著阿尔泰等见机行动，详慎筹度，以期经久无弊。
经过反复推敲和深思熟虑，乾隆帝终于下定了发兵围剿小金川的决心。乾隆三十六年七月初六日，他谕告军机大臣：阿尔泰等奏称，小金川土舍僧格桑围攻
沃什，“请临以兵威，以挫士气”。此折“所见甚是”。“蛮夷自相仇杀”，虽属常情，不值烦我兵力，但小金川去年与沃什构衅，占据其地，经阿尔泰等亲往饬谕，虽遵令退还，但为日无几，复敢兴兵滋事，“似此怙恶不悛，非复可以理喻”。且现在金川与革布什咱之事，尚未办完，“而小金川又复效尤生事，此而不加以惩创，伊等将视内地大臣专务调停和事，不复知所畏忌，于抚驭番夷之道，甚有关系”。小金川不像大金川那样危险，今董天弼既亲往该处，“竟当统兵直入其巢穴，或计以诱敌，或竟以力取，将僧格桑擒解省城候旨，另择驯谨奉法之人立为土司，安抚其地为妥协”，断不宜仍以和解了事，这样，亦可使大金川闻风丧胆，禀受教约返回本地。
过了四天，因四川总督阿尔泰奏称，明正土司甲勒参得沁禀告小金川不听劝告，坚攻沃什，并发兵攻占本土司的纳顶等寨，他再谕军机大臣：僧格桑既攻沃什，又侵明正，“若不慑以兵威，番夷岂复知所畏怕”，遂于成都调满兵一千，于绿营选派精锐数千，加上土练，共五千名，“捣其巢穴，务获凶渠”。若僧格桑向大金川求救，则谕大金川往掠小金川，“所获财物，即以赉之，惟地方仍还内地”。
由于阿尔泰“惟图急于迁就了事”，“一味畏首艮尾，不想也不敢承担攻克小金川之艰险重任，乾隆帝屡次下谕对其厉行斥责，三十六年九月十三日，乾隆帝谕军机大臣：阿尔泰”总欲图姑息苟安“，如小金川认罪求饶，”阿尔泰必将迁就，此断不可“。小金川反复滋扰，”僧格桑竟敢抗拒官兵，实为可恶，尤不可不大示惩创，总以克期觅道进兵，捣其巢穴，擒获凶渠，将该处番地番户分给就近各土司编管抚治，并将僧格桑之妻孥近族，及其党恶土目，尽行俘系，请旨办理，其事才能完结。
乾隆帝虽然下定了剿灭小金川的决心，但对于大金川，仍迟迟没能确定征讨的方针。他这样犹豫不决，原因有二：一是大金川兵强势大，地形险要，“跬步皆山”，难攻易守，二是索诺木还未正式与官府为敌，表面上尚属“安分”。但是随着征讨小金川的顺利进行，乾隆帝越来越感到，必须剿灭大金川，才能根除祸根。三十六年十一月十五日，他谕告军机大臣：若索诺木见小金川已破，“心知畏惧，敛迹退归，或诣军营请罪”，可以宥其既往之罪，不必穷究。如索诺木“仍然罔知忌惮，屯聚不退，即当以我胜兵全力，剿击金川，亦属一劳永逸之计”。
过了二十三天，即十二月初八日，他再次下旨：“小金川以服属土司，敢于跳梁
肆恶，抗拒官兵，非捣穴擒渠，不足以示惩创”。今大兵分路进剿，若僧格桑势穷力迫窜入金川，“而索诺木冥顽梗化，桀傲不驯，其势难以中止，岂可一任两凶竖狼狈为奸，渐致蚕食邻近土司，甚或扰及边境，尚复成何事体！我大清正当全盛之时，中外一家，岂容近徼弹丸，独轶化外！”
过了一段时间，当他得知大金川土司索诺木暗中派兵支持小金川对抗官军，索诺木并想侵占各土司，偷袭内地，更为恼怒，愈加坚定了剿灭大金川的决心。
三十七年三月初十日，乾隆帝谕军机大臣：“金川投诚番人彤锡供情，是僧格桑力不能支，不惜奉地为饵，耸动金川助兵，索诺木实欲吞占各土司，令其诸弟分布，且有即打到维州桥亦不难之语，竟思扰乱内地，其情尤为可恶。……若仍稍事因循，将来土司境壤，必尽为金川蚕食，尚复成何事体！”著平小金川后，即“出其不意，攻剿金川，并擒索诺木”。
此后，他屡次下谕，反复讲述征剿大金川的必要，并于三十七年七月初十日下谕宣布正式进剿金川。他说：“现在进剿小金川后，必须并剿大金川，累降谕旨甚明”，但未透露。现应传檄金川：昔年郎卡恃远跳梁，大军进逼，“郎卡悔罪投诚，蒙大皇帝格外矜全，允其降服”。郎卡感恩畏法，恭顺如初，二十多年恪奉上职，“故番众尚得安享太平”。乃自郎卡去世，索诺木不遵父教，不感国恩，与僧格桑狼狈为奸，侵扰邻境土司。今大兵分路进剿，索诺木若能悔罪改过，缚献僧格桑，则可赦其一死，否则必诛无赦。此时，二征大金川之役，正式拉响了导火索。
温福于乾隆三十六年十月十八日到成都，十一月中抵达章谷军营。乾隆帝决心剿灭大、小金川，故给温福提供了极为优厚宽大的待遇。他大调士卒，三十六年九月，三路共调汉土官兵一万六千五百名；十月，温福所带之兵抵达，又奏准添调贵州兵二千、陕甘兵三千；十二月又派增陕甘兵三千。三十七年二月再派增贵州兵三千、陕甘兵三千。
至此，陕甘，贵州共调兵一万七千名，再加上川省汉土官兵，共三万三、四千名，而小金川“番民”仅一万多人。到三十七年十月宣布征剿大金川时，各省共调士兵三万八千余名，加上川省汉土兵三万余名，共约七万名，而大金川“番民”不过二万余人，官兵显然处于优势。官兵拥有大批枪炮火药。温福还未到川之前，官兵各营已有火药十万零九千余斤、子弹五百二十八万余颗、火绳六万盘，
还有大批枪炮。温福又铸重达四千斤、三千斤至一千斤的大炮，另有靖远炮、劈山炮等。
乾隆帝调拨了大量军需银两，三十六年十二月，以钦差侍郎桂林奏称川省已动支备贮银三十七万余两为军需之用，仅存备贮银六十七万余两，不敷应用，乾隆命于湖南、湖北各拨三十万两，广东六十万两，广西一百二十万两，又于广东盐课内拨六十万两，共三百万两，押往蜀中兵营。后又多次拨银，到三十八年六月初，已拨银二千九百万两，三倍于一征金川之军费，而且乾隆帝下谕，“但能扫荡擒歼，为一劳永逸之计，即使再多花一千万两，朕亦不靳”。
乾隆帝给温福派去了不少猛将，如参赞大臣、都统海兰察、参赞大臣明亮、提督哈国兴等，皆久经战场军功卓著之名将，特别是有大将之才的原副将军阿桂亦在军营，可以说清军之中确是人才济济。
乾隆帝还对温福尤为器重。温福是乾隆帝一手提拔起来的。温福原系翻译举人，雍正六年补兵部笔帖式，乾隆五年始迁兵部主事，此后迅速升迁，八年迁员外郎，任军机章京，十年迁吏部郎中，十一年提升为湖南布政使，十四年调贵州布政使，以办案轻率，于十九年革职，自备资斧于乌里雅苏台办理粮饷，效力赎罪。二十三年温福被授为内阁侍读学士，赴定边将军兆惠军营办公，随军征战，手受枪伤，“奋勉效力”，蒙帝嘉奖，授内阁学士，议叙军功，加六级，二十五年回京后授仓场侍郎，三十四年晋福建巡抚，三十五年五月任吏部侍郎、军机大臣，七月授理藩院尚书，八月兼正黄旗蒙古都统，擢任定边右副将军，赴滇办理征缅军务。乾隆帝于三十六年九月调温福赴川，十一月便授其为武英殿大学士兼兵部尚书，第二年又升为定边将军，对其异常信任和宠爱。并听从其言，将自己的亲女婿固伦额驸、亲王、尚书、参赞大臣色布腾巴尔珠尔革职削爵，将参赞大臣伍岱革职遣戍伊犁。对于用兵金川策略，乾隆帝亦多依温福所奏而定移。
温福蒙帝恩泽，拥有这样优越的条件，在征战初期，确系知恩图报，统率官兵，奋勇杀敌。温福由汶川出口，为西路军，总督桂林由打箭炉出口，为南路军。
三十七年春天，桂林克复革布什咱土司故地，温福克资里、阿喀。五月，桂林派遣参将薛琮率兵三千人墨龙沟，全军陷没，帝任阿桂为参赞大臣，代桂林，统南路兵。两军连夺取碉卡险隘，不断深入敌围，至三十七年十二月，温福领兵连克东玛、固卜济山梁、路顶宗、博尔根山梁、达克苏、公雅山、明郭宗；阿桂率南
路军克甲尔木、僧格宗，并与温福西路军会合，取僧格桑所居之美诺。僧格桑赴父泽旺居住的底木达，泽旺闭寨门不接待，僧格桑遂逃入大金川，泽旺降。至此，尽取小金川全境，大获全胜。
乾隆帝在得悉攻取僧格宗消息后，于三十七年十二月十三日下旨：小金川之局，年内即可告成，“金川索诺木助恶主谋，罪更浮于僧格桑，即应移师并剿，歼此渠魁，庶杜边夷后患”。大军应分三路进攻，温福被授予定边将军，阿桂、丰升额皆为副将军，授舒常为温福一路之参赞大臣，海兰察为阿桂一路参赞大臣。
哈国兴为丰升额一路参赞大臣，各自统率兵弁，分路进剿。
温福、阿桂上奏陈述用兵大金川之法说：过去张广泗等征金川时，十路七路分合不常，其实只有六路，总以前抵勒乌围、噶尔崖为主。一为喀尔萨尔，由小金川美诺至噶尔崖约五程，乃傅恒进兵之路，一为党坝（丹坝），由维州桥经番地抵勒乌围，约二十余里，中有穆津冈天险，为岳钟琪进兵之路，前后三载未差寸步。一为僧格桑由美诺抵噶尔崖，六七程，即总兵马良柱之路。一为革布什咱，一为马尔邦，皆距噶尔崖五六程，险狭难行。一为绰斯甲之官寨，至勒乌围，仅二程，山路平坦。今既得美诺，即当由喀尔萨尔正路进兵，俄坡一路既有绰斯甲土司愿出兵复收失地，可为犄角，其余各路分兵牵制，使之不得兼顾。温福统军由功噶尔拉至喀尔萨尔，进捣噶尔崖（噶拉依），阿桂自僧格宗、纳围、纳扎木至当噶尔拉，进攻噶尔崖，丰升额由章谷吉地驰往绰斯甲布，经俄坡，攻勒乌围。
乾隆帝阅奏后于三十七年十二月二十七日降旨给予奖励。
三路大军分头进攻后，温福以攻噶尔拉碉固路险，墙坚冻滑，改从别道攻昔岭，驻营木果木，令提督董天弼分屯底木达，以守小金川。乾隆帝读过温福奏折后，十分忧心，恐大金川袭掠官兵后路，于三十八年二月二十三日、二十四日两次谕告军机大臣：“朕按图察观，我兵业已深入，后路各处，均关紧要，贼匪本属狡诈，不敢明为接仗，或乘间由大兵之后，前来偷袭，亦未可知，”实为惦念，著令诸将谨慎防护。
乾隆帝的担心不是没有依据的。三个多月以后，果然发生了大金川截断官兵后路大败清军的惊人事件。原来，主帅定边将军、大学士、兵部尚书温福，刚愎自用，居功自傲，仗势凌人，轻视同仁，当进攻昔岭遭金川兵猛烈抵抗，难以前进时，“不广咨方略，惟袭讷亲、张广泗以碉卡逼碉卡之故事，修筑千计，所将
兵二万余大半散于各卡，每逾数日当奏事，即派兵扑碉，不计地势之难易，得不偿失，士心低落”。温福还“狃于易胜，不复调檄各路兵马，惟日与董、提督天弼辈置酒高宴”。参赞大臣、都统伍岱曾上密折劾温福“自以为是，不听劝告，以致众兵寒心”，参赞大臣、额驸色布腾巴勒珠尔赞成伍岱之议，亦疏劾温福，但均被温福诡辩驳回，反使帝信其言，重罚二臣。参赞大臣海兰察对温福屯兵坚碉之下十分不满，扣刀讥温福说：“身为大将，而惟闭寨高卧，苟安旦夕，非丈夫也。今师虽疲老，使某督之，仍可致胜。若公终不肯出战，不若饮刃自尽，使某等各竭其力可也。”温福虽被此尖利言辞刺痛，拂袖而起，但仍因循苟且，“亦无有所指挥也”。
温福将大营扎于木果木，命侍卫德尔森保领兵驻扎簇拉角克一带，令提督董天弼坚守底木达。由于屯兵日久，屡攻不下，金川番兵又藏匿各处密林，夜间四出抢劫，官兵不胜其扰，防不胜防，士气低下，防范松懈。大金川土司索诺木乘机让僧格桑遣派许多头目由美卧沟出至小金川，“煽故隆番，使复叛。诸降番见大军久停不进，遂蜂起应之”。乾隆三十六年六月初一日夜间，大小金川番兵由大板昭山口而下，夺清军卡五所，抢占底木达营盘，击杀董天弼，后又夺占粮台。
潜攻木果木。
温福听讯后，依然不严备山后要隘。六月初八日金川夺据炮局，初九日抢夺大营东北山上木栅，初十日又夺占大营后面木栅。此时温福军营也还有官兵近二万人，本可据营坚守，甚至反守为攻，但几日来的失败，使许多官兵心惊胆战，绿营兵丁又向来怯懦惧战，加上温福指挥失策，当运粮民夫三千余人逃奔大营时，温福竟然下令紧闭大营四门，民夫溃散，“声如坏堤，于是军心益震”。金川兵四面攻击，突入营中，“温福中枪死，各卡兵望风溃退”，海兰察率领部分士卒突围出，沿途收集溃兵，于十二日退至美诺。
清军损失十分惨重。阵亡或未经冲出的文武官员有：定边将军温福，提督董天弼，四川提督马全等，共一百余员，兵士阵亡三千多人。木果木军营遗失米粮一万七千余石、银五万余两、火药七万余斤、大炮五位。这是乾隆帝执政三十六年来第一次惨败。
温福命丧木果木之时，远在数千里外的乾隆皇帝并不知内情，还在苦苦思考克敌妙计，等待捷音，并连发谕旨，传授用兵方略。当大金川兵于六月初一突袭
大板昭、底木达时，乾隆帝于此日再次下谕，重申必灭金川的决心。他谕示军机大臣：温福等奏，攻围昔岭及达扎克角木栅，均有金川人出寨邀击官兵。金川“竟敢公然打仗，实为可恨，必当剿洗净尽，不可稍有游移”。又拨军需银两共二千九百万两，预计可用到明年四五月，尽属宽裕。六月初十日，他又谕示军机大臣，遣春宁、特成额带荷包、奶饼，往温福、阿桂军营分赏，并查观打仗情形。他不知道，此时温福早已身死木果木。
正当皇上等候捷音之时，急报接连而到。六月十六日，温福、阿桂于五月末发出的奏折到京，言及金川侵扰粮站。第二日阿桂之折又到，奏称六月初二日得知，底木达于初一夜间失陷，喇嘛寺粮台被占。二十三日参赞大臣海兰察紧急奏折至京，言及初十日木果木大营失陷，温福阵亡，已带满兵突围，于十二日退至美诺，四川总督刘秉恬也由登春逃跑，正会同博清额、伍岱、和隆武商议固守及开通将军阿桂后路。
乾隆帝获悉木果木惨败后，当日（六月二十三日）连下五道谕旨，又于第二日下达七道上谕，部署紧急对策。这十二道谕旨主要是讲五个问题。
其一，添派满兵。“温福等失事，都为绿旗兵所误。去年春天，朕已派定健锐等营精兵数千备调，因温福、阿桂奏，以京兵较绿旗兵费几数倍，朕为其说所游移，遂尔中止”。今事已至此，后悔莫及，现选派健锐、火器营兵各一千、黑龙江兵一千、吉林兵一千、伊犁厄鲁特兵一千，前往军营，照例厚给赏赐。
其二，再次增派将官。色布腾巴勒珠尔复为固伦额驸，仍戴宝石顶、三眼孔雀领，授为参赞大臣，富德著由三等侍卫授为头等侍卫、领队大臣，并派出乾清门侍卫保宁、伊达里、纳木扎、珠尔格德等人前往。
其三，传授方略。此时海兰察已与刘秉恬、富勒浑（署四川总督，率领贵州兵）会合一处，“惟当示以镇静”，将美诺至明郭宗一带办理周密，其余各紧要处，须开通者迅速开通，“应剿杀者竭力剿杀，总须占住小金川、沃克什地方，整顿兵众，鼓励士气，即定”。留参赞大臣舒常带兵驻守，副将军丰升额即由该处径往阿桂军营。
其四，缓征钱粮。川省官兵经过州县，钱粮缓征二年，京兵、陕甘兵经过州县，钱粮分别缓征五分到八分。
其五，惩奖士卒。“温福军营绿旗兵尽皆溃散，实堪发指，若不将倡首及附
和者正法多人，军律安在！”必须严办。其随从海兰察、伍岱剿敌之兵，亦系绿营，尚知奋勉打仗，即应赏赐表示鼓励，或赏一分盐菜银，或赐半月饷银，对士兵土练也一体赏赐。
温福失败以后，乾隆帝把希望全全寄托在阿桂身上，于六月二十四日下谕说，据阿桂奏：“现在派兵防守，杀贼众多，并设法将叛逆降番羁其头人，歼其丑类，剿清后路军营，军心稳定”，储备充裕，铅药敷用。阿桂“甚合机宜，实为嘉慰”，立即授阿桂为定边将军，另整规模，等京兵到齐后，另筹进剿，“务必扫荡贼巢，擒歼两逆，以雪愤恨而申威令”。
乾隆帝十分担心阿桂一路的安危，担心其被金川截断后路全军覆没，多次下谕指出，“此时最要之事，惟在阿桂从军营回至美诺”，“惟接阿桂，最是要紧”，催促海兰察开通阿桂的后路予以接应，要求阿桂尽快撤退至美诺。他的担心也是有依据的，阿桂处境确实十分危险。木果木清军惨败之讯，激励了大小金川人斗志，纷纷出击，已降之小金川人亦欲起而响应。绿营兵本就懦弱怯战，现得知将军战死，军心更是动摇不定，如不及时采取有力措施，绿营兵必狼狈溃散，那时阿桂就将落到与温福一样丧命的下场，木果木之败的情景便将复现。更使乾隆帝不安的是，海兰察等抵制不住金川的进攻，被迫从美诺撤出，后退至很远的日诺屯驻，更难与阿桂呼应了。
在这万分险恶的紧急关头，副将军阿桂采取了严守阵地、清除内应、断隔河南河北大小金川人丁之间的联系等必要紧急措施。阿桂一听底木达失陷，便“料其必有小金川番人为内应，即察各寨头人内之迹涉可疑者，羁留营中，不令回寨”，又于当噶尔拉至章谷后路一带，“将小金川精壮男番歼灭，碉寨尽行烧毁”，并派兵在达乌、翁古尔垄等处防围，其僧格宗至当噶尔拉之必经之路的色木则，令奎林、崔文杰堵剿，捕杀多人，添兵防护纳围粮站，征剿河以南之拉约寨，“痛加剿戮，焚毁寨落”，又尽收皮船，使河南、河北大小金川兵丁不能往来呼应，从而清除了隐患，切断了大金川的内应，稳定了军心，防御严密，累击敌兵。
因此，尽管海兰察一路官兵已经撤退，“丰升额一路现又分拨官兵护粮防后，亦不能竭力西攻，所有贼番力量全注于当噶尔拉（即阿桂军）一路”，但阿桂依然信心十足，向帝奏称：“当噶尔拉一路，军粮火药尚为充裕，惟有悉力筹办，即贼匪百出侵扰，臣等鼓励众心，亦尚能坚守两三月。”
大金川土司索诺木见阿桂防守严密，难以出击，但又想让清军尽早退出大金川，遂多次遣派头人到军营禀称，“我金川系大皇帝家旧土司，如今官兵百姓等，我金川一点不敢侵扰”；“（索诺木）分付两金川人众，凡阿将军处出来兵丁百姓，断不可稍有伤损”，希望清军退出。阿桂因“当噶尔拉后路险仄绵长，如翁古尔垄、策尔丹色木等处，悬崖鸟道，只需数十人据截，虽兵众多，不能冲过。即如木果木一路官兵二万多人，德尔森保一经失事，即不足恃，皆因后路一断，兵卒等慌张溃乱所致”，故“将计就计”，立允其请，于六月二十五日陆续撤兵，分别拔往思纽、得里、翁古尔垄、阿仰、卡了、邦科、约咱、索布章谷等处，他自己亲带滇兵一千六百余名断后，于七月初一日撤出，在翁古尔垄、思纽扼要地方暂为逗留。大金川守信，未予截击。
撤出之时，阿桂见沿途各隘，皆有忠于清帝之士兵“驻守接应，始知巴旺、布拉革底土司已将得力头人尽数派出，并聚集土司把守后路，其明正土司及革布什咱土司，亦各尚知报效，不肯为贼番等所惑”。
乾隆帝于三十八年七月十六日收到阿桂全师而出退驻翁古尔垄的奏折，非常得意，立谕军机大臣：阿桂此次办理，“事事稳妥，甚属可嘉，已授为定边将军，统办进剿之事，实堪倚任，此外大臣等，亦罕有能出其右者，阿桂即当实力担承此事，不必稍存疑惑”。
乾隆帝认为，阿桂安全回驻，使“大局已定”，此后便只需积极调兵遣将，“一俟兵力略振，即可收复小金川”，一并进剿大金川。
乾隆皇帝弘历从三十八年六月二十三日得知温福丧身于木果木起，至十月底，抓紧进行再征金川的准备工作。
这次他在任用将帅上特别谨慎。经多方考虑，他委任阿桂为定边将军，以丰升额、明亮为副将军，任富德、色布腾巴勒珠尔、海兰察为参赞大臣。乾隆帝特别多次叮嘱“此事惟阿桂是仗”，“军营一应机宜，朕惟阿桂是倚”。他又因检阅将军印谱时，发现定西将军印系顺治年间将军爱星阿征剿李定国时佩带，“成功甚速，最为吉祥”，因此改授阿桂为定西将军，佩带此印。
阿桂等略事休顿后，遂向朝廷报告，定于乾隆三十九年正月初十日，向大金川进攻。乾隆帝于正月初五日得知此奏后，谕军机大臣：“据阿桂等奏，定于正月初十日各路同时并发。所办甚好，伫听捷音。又据称官兵彻赴底木达，令其全
部裹带干粮，不许举火。至所称僧格宗、章谷一路，应于总兵英泰、参将汪腾龙内派留一员驻扎，即著派英泰在彼实力妥办。”
阿桂等将军、参赞大臣仔细商量攻剿方法，拟由谷噶、凯立叶及马奈、博堵三路进击，阿桂自谷噶入，副将军丰升额领兵攻凯立叶，副将军明亮击马奈、博堵，最后三路合攻大金川土司索诺木居住的勒乌围。
阿桂于三十八年十二月中奏称：谷噶第一道山梁，碉卡少，第二道山梁，碉卡紧密，若从此绕越，抢据格鲁瓦觉三寨，断其来援之路，则第二道山梁之敌可不攻自溃。“过此至勒乌围，皆系居高临下，甚为得势”。凯立叶一路，现调丰升额进兵，若占据萨尔赤罗山梁，顺山而下，则康巴达格什戎冈亦被官兵断截在外，而穆尔津冈之敌即不能与勒乌围相通，且官兵一至谷噶山梁，与凯立叶互相对望，从内转攻穆尔津冈，“贼必难于抵御”，而党坝存驻之兵，也可前来会合。绰斯甲布应袭土司雍中旺尔结因“大兵必灭刽旷，除已派三千六百名部下从征外，”愿增派番兵，别寻径路，誓必夺下山梁。
乾隆帝于三十九年正月初六日看到此折后，下旨说：“阿桂等奏筹画进剿情形，颇见诚心，所筹甚善。”
阿桂等准备结束，便分头进军。定西将军阿桂、参赞大臣色布腾巴勒珠尔等于三十九年正月初二日至布朗郭宗，查点满汉兵丁，应带火药铅弹军械及十日口粮，均已齐全，遂分三队起程。第一队五千余名，由海兰察、额森特、普尔普、保宁率领，于初六日出发。
第二队五千余名，由色布腾巴勒珠尔率福康安、乌什哈达、特成额、成德带领，初七日出发。第三队五千余名，由阿桂率积福、倭升额、福珠礼、海禄带领，初八日出发。定边右副将军明亮、参赞大臣富德于正月初五日抵格藏桥，即于桥北地方藏兵，密施号令，兵分三支，河北骆驼沟一路，派兵六千余名，由富德统领，河南博堵一路，派兵四千名，由奎林、三保统领，俱紧随士兵进攻，土屯兵共三千八百余兵。
明亮统兵一千六百名，在河北马奈进攻迎面敌卡。定边右副将军丰升额率兵六千余名，以及阿桂增派已到之兵二千名，于正月初八日至萨尔赤鄂罗山，占据南面雪山，分攻各隘。乾隆帝得知军情后，嘉奖阿桂等将军办理妥当，并因阿桂奏若得新增之兵，“捣虚直入，更可以制其死命”，即谕四川总督文绶，命其派将
到川省的荆州驻防兵一千名、湖广绿营兵一千名，调往布郎郭宗，听从阿桂便令。
阿桂等将军统领满汉官兵三万五千余名及大批土兵，浩浩荡荡，向大金川进军，本想如同进剿小金川般迅速取胜，当时五天下美诺，八天尽取小金川，现在难道不能半月攻克勒乌围吗？然而，战场的现实却是另一番情况。不是一月两月，也不是一年半载，这场战争足足打了两年才告终。
大金川本来就是地险碉坚兵丁勇猛，自乾隆十二、十三年一征金川之役之后，大金川更是“全力抗守，增垒设险，严密十倍小金川”。即使大金川“跬步皆山”，险碉林立，守御严密，但在皇上誓灭金川的决心的鼓舞和激励下，阿桂、明亮、海兰察、普尔普、福康安等将帅矢志克敌，带领满汉官兵奋勇冲杀，绰斯甲布等土司之兵亦争先进击。因此不断取胜，兴胜保等夺占木溪山梁，即系一例。
定边右副将军明亮、参赞大臣富德呈报此战之情时说：卡卡角前山，形如丁字，凡官兵竭力上攻之处，即金川人加意防守之处。查木溪山梁之半，“东向峭壁，攀援俱绝”，其上虽有金川人滚石放枪，但山峰一带并无卡隘，因将扎勒桑所带当噶尔拉牵缀兵一千名撤回，一面命令各队官兵于十九日分路进攻，一面密挑精兵 300，派扎勒桑带领蓝翎兴善保、守备田蓝玉奇袭。当夜，兴善保、田蓝玉潜领吉林兵七名、索伦兵二名、屯兵八名，“于万难容足之地，攀附而行”，黎明时已在峭壁之上，其余兵士接踵而至，金川兵正在四面迎战各队官兵，“突见我兵在此截出，惊惶失措，碉内各番，望风溃散，官兵奋勇齐登”，击毙多人，将两山梁全行控制。
清军大炮特别多，大将军重达三四千斤，食弹子二十余斤，二将军、三将军重一二千斤，冲天炮、劈山炮威力都很大，还有喷筒，杀伤力强，满兵弓箭也很厉害。因此，虽然大金川拼命抵挡，但清军仍连战连胜，步步进逼，直至勒乌围。
他于三十九年八月初二日以官兵围攻逊克尔宗，将抵勒乌围，即谕告军机大臣，宣布必灭金川，他说：“官兵既近逼贼巢，大势已失，……金川负恩肆逆，罪大恶极，自取灭亡，必当明正刑诛，以快人心而慑边徼。……著传谕阿桂等，若逆酋索诺木及莎罗奔兄弟等，此时诣营求降，惟即擒拿俘献，不得稍有游移。”
此后多次，他又不断重申此意。
狡猾的索诺木见形势恶化，便向阿桂请降，并愿缚献僧格桑以表诚意。乾隆得信后，下谕说：“两金川罪大恶极，万无可逭，并非缚献逆酋所能完局。况今
各路进兵，尤不宜复通文檄，设或贼人情急，派人诣军门献俘求降，均宜置之不理，……一面督兵上紧进剿。各路将军均当深体朕意，切实办理，朕惟早盼喜音之至。”六天后，阿桂之折又到，奏称给丰升额增派三千余名兵士。大金川头人丹巴沃咱尔等喊禀：“伊土司欲将僧格桑献出，请差一二兵丁往验。”“臣饬令卡兵，严斥不理”。乾隆帝奖励阿桂“所办俱合机宜，可谓尽心筹谋”，给丰升额增兵是“尤能悉秉诚心，不分畛域”，“体国奉公”，“甚属可嘉”，并着重提出不能允许金川投降。
索诺木见势不妙，便药死僧格桑，奉上其尸，要求投降，乾隆帝下谕，拒绝其请。
清军顽强攻击，从三十九年三月初十日起，直到第二年八月十六日，才将勒乌围攻下。定西将军阿桂、副将军丰升额、参赞大臣海兰察、额森特于当日具折，向乾隆奏报此战情况说：
查勒乌围碉寨高坚，墙垣巩固，其南为转经楼，又过甲尔日桑桥而南为科布曲山腿，与官寨互为椅角，枪炮俱可以相及，其间寨落木城石卡又皆鳞次栉比，联络接应。前阻大河，后负高磡，对河扎乌古、阿尔古一带之枪炮既能隔水救援，而其后之高磡层层，每层丈余至数丈不等，砌上都有卡栅碉座，备御甚严，且自转经楼而甲尔日磉桥以到达科布曲，陆路既可通行，而用皮船过渡，亦为便易，是以贼人希图死守。奴才等自压至勒乌围之上，分兵围攻，既用大炮轰摧，复将冲天炮击才丁，惟恐尚需时日，因从勒乌围转经楼碉卡密排之中，一面攻抢占据，一面拿栅捞截而下，以断其后路，并令冷角寺一带官兵由西北合轰官寨，沿河向南拿栅，以断贼人下水之路。
但荣噶尔博以及喇嘛科尔等处遁回贼人全聚于此各碉寨内，而贼酋等复悉索噶喇依一带番人均因此合力抗拒，枪炮倍为紧密，且高磡陡削，兵力难施，因又令官兵砍伐树林以作柴捆挡牌，并将口袋装盛沙土，令官兵匐匐地上，头顶柴捆土袋，以手扳转而行，一至磡沿，层层堆起，赶运木植，连起三层高栅以击石勘下之贼，并于地道中运往炮位，轰击从砌下挖沟抗拒之贼，总计高磡八层，均被官军连日逐步抢占。
……（十五日夜里）维时预备攻打勒乌围官寨之兵，奴才海兰察率同纳木扎格勒尔德自官寨东南进攻，普尔普、台斐英阿自南进攻，福康安、特成额、明仁从
西北进攻，而伍岱攻其东北，奴才丰升额领兵为各处策应，其额尔特、岱森保于攻得木城之后又并力前往攻打，官兵四面围攻，呼声震天，抛掷火弹，诚如流星闪电，官兵乘势各自攀援上登。贼人始犹抗拒，等见到我兵四围蜂涌而入，胆落欲逃，被我兵歼戮者更为不少，遂于十六日子刻将勒乌围官寨攻克。
阿桂将此闪胜利用红旗火速报捷，仅用了七天的时间，于八月二十四日丑时送到木兰行在。乾隆皇帝十分高兴，立于当日下谕：“此实仰赖上天眷顾，成功迅速，而将军、参赞实心宣力，调度得宜，将领弁兵各奋勇集事，均属可嘉”，著将阿桂等交部从优议叙。他于八月三十日读到阿桂等呈叙战事详情的奏折，获知此战攻获敌方“碉房、寨落、木城、石卡六十余座，杀贼数百人，夺获枪炮刀矛无算”，大悦，下谕说：“此皆由上天垂佑，尔等同心协力，方能成此大业，喜悦之外，几欲垂泪，更当合力前进，速成大功，以俟厚奖。”
阿桂、丰升额、海兰察等已于八月十七日即继续出兵，追讨逃到噶拉依的索诺木。此时，满汉官兵有七万余人，加上士兵，约有十万人。清军于四十年十二月十八日抵达噶拉依官寨，团团围困，猛烈进攻，官寨无力抵抗。索诺木之母阿木之长兄莎罗奔冈达克来营投降。阿桂、丰升额、明亮三路大军齐抵噶拉依官寨，激烈攻打，索诺木再也抵挡不住了，遂于四十一年二月初四日，带同兄弟和其妻及其大头人、喇嘛、大小头目和藏民二千多人出寨，乞免诛戮，阿桂遵旨将索诺木及其他头人槛送京师，并红旗报捷，至十二日，用了八天时间，火速送到桃花寺行在。
乾隆帝十分高兴，立即下谕嘉奖将帅官兵，随即于四月二十七日举行慰劳大典，次日献俘社庙，并御门受俘后，将索诺木等千刀万剐，又上皇太后徽号，勒碑太学及两金川地。乾隆帝大加封赏立功人员，封定西将军阿桂为一等诚谋英勇公，进协办大学士、吏部尚书、军机大臣、赐御用鞍马、紫缰、四团龙补褂、金黄带；对副将军果毅公丰升额再赏赐一等子爵，封参赞大臣海兰察为一等超勇侯，封副将军明亮一等伯，对领队大臣奎林、福康安、和隆武、普尔普等各封晋爵位，其他将弁士兵及从征土司、土目、土兵，各奖赏有别。
将军阿桂依照乾隆旨意，紧张安排金川善后事宜，主要是安插降番和治理新区。阿桂、丰升额、明亮三路进军以来，陆陆续续收容了“投出番人二万有零”，除将形迹可疑及罪恶极大之人及时正法外，其余人员分别安插到革布什咱、绰斯
甲布、梭磨、布拉克底、巴旺、明正、卓克采、从噶克、丹坝、木坪、沃什、瓦寺等十二个土司，各土司又将他们分别安置于各寨，委派头人管束，“垦耕安业，尽力农功”。大小金川人丁分居力单，从此再也不能滋生事非。
乾隆帝谕在金川设镇驻兵，阿桂遵旨回奏，于大金川驻兵三千名，在勒乌围设总兵一员、游击一员、都司二员、守备二员，噶喇依置副将一员，噶尔丹寺、茹寨、马尔邦、曾达各设参将、游击、都司、守备等官。在小金川安兵三千名，美诺设总兵一员，底木达、僧格宗、翁古尔垄、约咱各设参将等官。每兵三人，给地亩一分，“两人当差，一人耕种”。官兵所需盐菜等银七八万两，于江浙等省酌裁名粮抵补。帝命此银由正项开支，余依议。
乾隆帝在四十一年四月二十八日行受俘礼后，颁下《御制平定两金川告成太学之碑》文，命勒石大成殿阼阶前。此文对二征金川的原因、经过、艰苦及皇上本人之功过，作了较好的评述。