珀尔修斯是宙斯的儿子，出生后不久，他的外祖父阿耳戈斯王将珀尔修斯和他的母亲达那厄装在一只箱子里，投入无边的大海。因为一种神谕警告国王：他的外孙将会夺取他的王位并谋害他的生命。宙斯保佑着在大海中漂流的母子，引导这只箱子躲过风浪，最后箱子一直漂到塞里福斯岛，靠近了海岸。
这海岛是狄克堤斯和波吕得克忒斯两兄弟所统治的国土。当狄克堤斯正在海边捕鱼时，这只箱子浮出水面，他将它拖到岸上。他和他的哥哥都热爱着达那厄和她的孩子。波吕得克忒斯娶她为妻并用心抚育宙斯的儿子珀尔修斯。
当珀尔修斯长大成人以后，他的后父鼓舞他出去从事一些可以使他得到荣誉的探险，这青年也很愿意这样做。他们决定让他去寻访墨杜萨，割下她那可怕的头颅，并将它带到塞里福斯的国王这里来。
珀尔修斯整理完行装很快就上路了。诸神引导他一直来到了远方，那是可怕的众怪之父福耳库斯居住的地方。珀尔修斯在那里遇到了福耳库斯的三个女儿：格赖埃。她们生下来就是满头白发，三个人只有一只眼睛、一颗牙齿，彼此轮流使用。珀尔修斯设法夺走了她们的牙齿和眼睛。她们要求归还她们这些不可或缺的东西。他提出一个条件，要她们指明到仙女那儿去的道路。这些仙女都会魔法，而且有几样宝物：一双飞鞋，一只神袋，一顶狗皮盔。无论谁，只要有了这些东西，就可以随心所欲地自由飞翔，而别人却看不见他。福尔库斯的女儿们给珀尔修斯指明了去找仙女的道路，这才讨回了她们的眼睛和牙齿。
到了仙女那里，珀尔修斯顺利得到了三件宝贝。他把神袋背在肩上，把飞行鞋穿在脚上，把狗皮头盔戴在头上。赫耳墨斯又借给他一副青铜盾牌。他用这些宝贝把自己装备起来，飞向海洋，飞到福耳库斯另外的三个女儿居住的地方。这三个女儿中只有最小的女儿是凡人，名叫墨杜萨，珀尔修斯就是要来砍她的脑袋。珀尔修斯发现她们都在睡觉，她们没有人的皮肤，浑身长着龙甲，她们没有头发，头上盘着无数条毒蛇，她们长着野猪一样的牙，长着一双铁手，长着金翅膀可以在空中飞行。任何人看到她们都会立即变成石头。
珀尔修斯知道这个秘密。他背过脸去，不看熟睡中的女人，然后用光亮的盾牌做镜子，清楚地看出她们三个的头像，并辨认出了谁是墨杜萨。雅典娜又指点他怎样动手，所以他顺利地割下了女妖的头。珀尔修斯还没有收起刀，突然从女妖身躯里跳出一匹双翼的飞马珀伽索斯，后面又紧跟着一位巨人克律萨俄耳，他们都是波塞冬的后代。珀尔修斯小心翼翼地把墨杜萨的头颅塞在背上的神袋里，离开了那里。这时候，墨杜萨的姐姐们醒来，她们看见了被杀死的妹妹的尸体，便立刻展开翅膀，飞到空中追赶凶手。可是珀尔修斯戴着仙女的狗皮盔，躲过了他们的跟踪和追捕。
他在空中飞行时，大风吹得他像浮云一样左右摇摆，也摇摆着他的神袋，墨杜萨的头颅渗出的血液，滴落在利比亚沙漠的荒野，很快变成各种颜色的毒蛇。从此以后，利比亚开始遭受蝮蛇和毒虫之害。珀尔修斯仍然向西飞行，直达到阿特拉斯国王的国土才停下来休息。
这国王有一片结着金果的小树林，派了一条巨龙在上空看守着。珀尔修斯要求在这里住一夜，但得不到允许。阿特拉斯国王恐怕他的宝物被偷，所以将他驱逐出宫殿。这使珀尔修斯很愤怒，他说：“因为你拒绝了我的请求，我倒要送给你一件礼物呢！”于是他从神袋里取出墨杜萨的头颅，将它向着那国王举起来，国王看后即刻变成了石头，或者说得更确切一点，他的身躯变成了一座高山。他的胡须和头发变成广阔的森林，他的双肩、两手和骨头变成山脊，他的头变成高入云层的山峰。现在珀尔修斯又将飞鞋绑在脚上，神袋挂在身旁，狗皮盔戴在头上，飞腾到空中。
他一路飞行，来到埃塞俄比亚的海岸边，这是国王刻甫斯治理的地方。珀尔修斯忽然看到耸立在大海之中的山岩上捆绑着一个年轻貌美的姑娘。海风吹乱了她的头发，姑娘泪流不止。珀尔修斯为她的年轻美貌所动心，便跟她打起了招呼。“你为什么捆绑在这里？你叫什么名字，家住哪里？”姑娘反背着双手，起初沉默不语，害怕同一个陌生人说话。假如她能动弹，恨不得用双手蒙住脸。
为了不使陌生人误会她真的做了什么见不得人的事，所以她噙着眼泪，回答说：“我叫安德洛墨达，是埃塞俄比亚国王刻甫斯的女儿。我的母亲曾经吹嘘，说我比海神涅柔斯的女儿，即海洋的仙女们更漂亮。海洋仙女们知道后十分愤怒。她们共有姐妹五十人，一起请海神发大水淹没了整个国家。海神还派了一个妖怪，吞没了陆上的一切。神谕宣示：如果想使国家得到解救，必须把我——国王的女儿，丢给妖怪吃掉。国民顿时闹得沸沸扬扬，纷纷要求我的父亲献出女儿，拯救国家于水火之中。万般无奈，国王只好下令将我锁在这里。”姑娘的话刚刚讲完，滔天的海浪滚滚而来。
这姑娘吓得尖声喊叫，她的父母也闻声赶来，满怀着悲痛，她的母亲感觉到这是由于她的过错给女儿和国家带来灾难，便更加痛苦。他们拥抱着女儿，但除了哭泣和悲痛以外，却没有任何办法。
于是珀尔修斯说：“哭总是有时间的。但行动的机会却很快就消逝了！我是珀尔修斯，宙斯和达那厄的儿子。神的翅膀使我能在空中自由飞行，墨杜萨已死在我的宝剑下。假使你们的女儿是自由的，并可以在许多人之中选择她的配偶，我也是配得上她的。但像她现在这个样子，我仍要向她求婚，并愿意搭救她。”这时，欣喜的父母不仅答应把女儿许给他，并以他们自己的王国作为她的嫁妆。
这时，妖怪已经游了过来，转眼之间就要到达那块岩石上了。珀尔修斯双脚一蹬，就飞到了空中。妖怪在海面上看到他的影子，便飞快地向他扑去，好像意识到有敌人要抢走它的猎物。珀尔修斯像雄鹰一样扑了下来，落在妖怪的背上，用杀死墨杜萨的宝剑深深地刺进了它的身体，只剩下剑柄露在外面。他又使劲抽回自己的宝剑，妖怪就像一头受伤的野猪，时而跳向空中，时而沉人海底，疯狂地向各个方向撞去。珀尔修斯向它连刺几剑，最后，妖怪口中冒出了浓浓的黑血。但是，珀尔修斯的翅膀也沾上了水，不敢在空中久留。幸运的是，他看见了一块从水面露出的礁石，就用右手按着礁石，用左手在妖怪的肚里又连搅了三四次。海浪涌来，卷走了妖怪的尸体，不久妖怪就从海面上消失得无影无踪了。
珀尔修斯飞到岸边，登上山顶，解开姑娘的锁链，把她交给她的父母亲。他也因此受到隆重的款待，成了宫廷里的贵宾佳婿。正当婚礼在欢乐地举行时，王宫的前厅里突然骚乱起来，并传来一声沉闷的吼声。原来国王刻甫斯的弟弟菲纽斯带了一批武士闯了进来。他从前曾经追求过安德洛墨达，但在她危难时却舍弃了她。现在他竟然厚颜无耻地来重申自己的要求。菲纽斯挥舞着长矛闯进婚礼大厅，并朝着惊讶的珀尔修斯大声叫喊：“我来找抢去我未婚妻的贼人复仇！任你的翅膀还是你的父亲宙斯，都不能使你逃脱！”他一面说着，一面把矛头瞄准了珀尔修斯。
这时，刻甫斯站起来，冲着他的兄弟喊道：“你发疯了吗？你怎么能干这种坏事？并不是珀尔修斯抢去了你的未婚妻。当我们被迫同意让她牺牲的时候，你舍弃了她。那时候，不管是作为叔父还是情人，你都袖手旁观，看着她被绑走而不援救。你自己为什么不去悬崖上夺取她呢？现在你至少应当让她归于那个正当地赢得了她的人。”
菲纽斯无言以对，他死死盯住他的哥哥和情敌，好像在思考先从哪一个下手。终于，他在疯狂中用尽全力，朝珀尔修斯掷出他的长矛。可是他的眼力不好，长矛一下子扎进了垫子里。珀尔修斯乘机跳了起来，朝门口投出他的标枪，标枪直朝菲纽斯飞去。要不是菲纽斯及时跳到祭坛后面，标枪肯定会穿透他的胸脯。虽然菲纽斯躲过了，但他的一名随从却被刺中了前额，这下武士们全拥了上来，和参加婚礼的客人打成了一团。闯进来的武士人多势盛，把珀尔修斯、国王夫妇和新婚妻子团团围住。箭如飞蝗，从各个方向射过来。珀尔修斯背靠一根大柱抵挡敌人，奋力阻止他们前进，杀死了一个又一个进犯的敌人。
但敌人数量太多了，他知道单凭勇气已经没有用了，他迫不得已，只好使出了最后的手段。“是你们逼我这样做的，”他喊道，“让我的过去的仇敌来帮助我！请这里所有的友人都回过头去！”于是他将挂在肩上神袋里的墨杜萨的头颅取出，向最逼近的攻击者举起。这人看了一眼便轻蔑地大笑起来。“去，让你的魔法去作弄别人去吧”他叫道。但当他刚一举手想要投矛时，他却变成石头了，他的手仍然举在空中。别的人也逐一遭到了同样的命运。最后只剩下两百个人了，珀尔修斯高举墨杜萨的头，使大家都可以看见，于是两百个人都立刻变成了岩石。
直到这时，菲纽斯才后悔不该这样无理取闹，挑起事端。他看着左右两面姿态不同的石像，呼喊着朋友们的名字，但没有一人能够回答。他难以置信地用手触摸他们的躯体，然而他们都已变成了花岗岩。他惊恐万分，一改往日的骄横，绝望地哀求着：“饶我的命吧！王国和新娘都给你！”说完他转过身子。可是珀尔修斯不想宽恕他。“你这个恶徒，”他怒骂道，“我将在岳父的宫殿里为你永远竖立一座纪念碑！”菲纽斯左躲右闪，不想看到那可怕的头颅，可是他终于没有躲过。菲纽斯顿时变成了石头，他站在那里，双手下垂，神色恐怖，完全是一副卑贱的奴仆模样。
珀尔修斯带着新娘回到了自己的家乡，从此过着幸福的生活。他再次见到了自己的母亲达那厄，但最终却没有逃脱神谕。阿耳戈斯王由于害怕神谕，逃到了彼拉斯齐国王那里。有一次他参加一场体育比赛。而珀尔修斯到阿耳戈去，正好路过这里，也参加了这场运动会。在会上，他一不小心，掷出的铁饼不幸砸死了外祖父阿耳戈斯王。他的心中非常悲痛，就把外祖父葬在了城外，然后卖掉了所继承的王国。从此以后，命运之神再也没有伤害珀尔修斯了，妻子为他生了一群可爱的儿子，他们一直保持着父亲的荣耀。