冯太后再掌朝纲，也面临着新的挑战。
献文帝死后，政局又动荡起来，不仅如此，官吏贪残刻剥，民众反叛屡起，也使北魏统治面临潜在的威胁。为了北魏的长治久安，也为了巩固自己的权力地位，冯太后恩威兼施，充分施展了她高超的政治智能和政治才干。
首先，冯太后对当初诬死李弈的李下了杀手，既给心上人报了仇，又除掉了一个人人痛恨的贪官，树立了朝廷整顿吏治的良好形象。其他的不法者，如秦州刺史尉洛侯，雍州刺史、宜都王目辰等因为贪赃被处极刑，长安镇将陈提等被罚徙边。一些为官清正廉洁者，则得到不同程度的表彰和赏赐。
为了大权独揽，她还以谋叛罪诛杀了孝文帝的外祖父南郡王李惠。李惠的弟弟、儿子和妻子也同时被杀。为了清除隐患，冯太后不惜大开杀戒，以致因猜忌嫌疑被覆灭者十余家，死者数百人。不过，冯太后对那些明显没有政治野心者，往往能加以安抚笼络。如献文帝的亲信任内三郎的娄提，曾因献文帝被害愤然拔刀自刎，幸而未果。冯太后不仅不怪罪他，反而下诏嘉奖他的节义。有些心怀不满的大臣被她的举动所感服，这在很大程度上化解了潜在的不安定因素。
冯太后为了充分施展自己的政治抱负，还特别注意培养扶植一些贤能之士做亲信，组成一个效忠她的领导核心。在这个领导集团中，有拓跋氏的贵族，也有汉族名士，有朝廷大臣，也有内廷宦官。而其中的汉族名士，不少又是她的宠幸之臣。
李弈被杀后，冯太后的私生活依旧毫无顾忌，不少健美强壮的男子成为其新宠。冯太后对其中的才干之士，任以要职，委为心腹，这些人多成为她政治上的得力帮手和股肱之臣。
如自称出身太原（今山西太原）的王叡，自幼传承父业，精通天文卜策之术，承明元年（476年）后，因姿貌伟丽得到冯太后宠幸，一下就被越级擢升为给事中。不久，又被拜为散骑常侍、侍中、吏部尚书，赐爵太原公。其后，王叡还曾勇退猛虎，保护了太后与孝文帝，因而更受亲重。
另一位是陇西李冲。李冲虽然是因为器能优长得到重用，但因其风度不凡，姿貌丰美，也逐渐被冯太后看中，成了她的情夫。冯太后常常将一些珍宝御物赠给他，素称清贫的李冲，因而成为富室。冯太后临朝时期，他以心腹之任尽职尽责，太和年间的许多改革措施，多有李冲参与谋划。冯太后死后，李冲对孝文帝竭忠奉事，明断慎密，孝文帝也对他“深相仗信，亲敬弥甚”，史称“君臣之间，情义莫二”。
除了那些恩幸之臣外，拓跋丕、游明根、高闾等一时名士也都颇得委重。每当褒美王叡等人，冯太后也会对拓跋丕等一同表扬，以示无私。这些人，成了冯太后临朝时期的心腹集团。
此外，冯太后还对宦官大加委任。宦官本来供事宫中，经常生活在帝妃周围，冯太后临朝听政，对其中有才干者也引为亲信。所以像杞道德、王遇、张佑、苻承祖等皆由底层小宦官得到提拔，一岁之中而进至王公。冯太后利用他们出入禁闱，预闻机要，形成了“中官用事”的局面。但是，在她临朝听政的时期，并没有发生宦官专权、胁迫朝廷的现象。这是因为冯太后虽然利用宦官居中用事，但对其行为作了严格的限制。《魏书·皇后列传》称：“冯）太后性严明，对阉官虽假以恩信，待以亲宠，决不放纵自流。左右之人虽有纤介之愆，便遭棰楚杖责，多者至百余，少亦数十。不过太后生性宽豁仁裕，不计前嫌，事后仍待之如初，有的还因此更加富贵。正因如此，人人怀于利欲，至死而不思退。”
由于培植起一个忠心耿耿的政治集团，冯太后的临朝专政取得了成功，所谓“事无巨细，一禀于太后，太后多智，猜忍，能行大事。杀戮赏罚，决之俄顷，多有不关帝者。是以威福兼作，震动内外”。
回顾冯后的出身，家庭动荡后，冯后在姑母的照料与抚养下长大成人。终日的耳濡目染，使她逐渐熟悉了北魏皇宫内的礼仪和其间的微妙。在还是妃子时，政治风云的变幻莫测，残酷的宫廷斗争现实，使冯后深为触动。联想到父祖以前大起大落的经历，个人由不谙世事到没入宫掖，一桩桩，一件件，不免使当年年仅10余岁的清纯少女对政治斗争多了一些更直观的感受。她开始体会，开始观察，开始明白了这九重天隔、戒备森严的皇宫内院常常隐藏着的无穷争斗与杀机，到处充斥着刺鼻的血腥味。这种早年经历，孕育了冯后的人生观、价值观，造就了她复杂的感情、性格，对她临朝专政后的所作所为有着重大的影响。
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