京师大学堂以“中学为体，西学为用”为办学指导思想。在这一思想指导下，学堂课程分为两大类：一曰普通学，一曰专门学。普通学即基础课程，包括经学、理学、中外掌故、诸子学、初级算学、初级格致学、初级政治学、初级地理学、文学、体操学10门，并且规定所读之书必须为上海编译局纂成的功课书。学生年龄在20岁以下者必须从英语、法语、俄语、德语、日语5种语言文字中，任选一门与普通学课同时并习。基础课程学习年限为3年，毕业后进入专门学学习。专门学包括高等算学、高等格致学、高等政治学(包括法律学)、高等地理学(包括测绘学)、农学、矿学、工程学、商学、兵学、卫生学(包括医学)共10门，学生从中选学一门或两门。学习年限也为3年。学生每日须用6小时在讲堂，由教习督课，用4小时归斋自习。考核采用积分法。每日读普通学功课书，能通一课者，即为及格。除读功课书外，每日还要将读书的主要心得写进札记册中呈给教习评阅、记注分数，以识别高下。西文功课则以背诵、默写、解说三项记注分数，每月总核其数之多寡，列榜揭示。学生每月考课一次，题目出自普通学和专门学，由教习阅定，择优刊布，以为楷模。
学堂设有管学大臣、总教习、分教习、总办、提调、供事等官职，分管大学堂各项事宜；学堂还设有藏书楼、仪器院，以广集中西要籍，以及各种天算、声光、化电、农矿、机器制造、动植物各种仪器。《筹议京师大学堂章程》中还拟通令各省，上自省会，下至府、州、县，须一年内设学堂，府州县设小学，省会设中学，京师设大学。1898年，清政府筹建京师小学堂，学额80名，只招收朝廷大员的子弟入学。这些小学附属于京师大学堂，学生享有特殊的待遇，衣、食、教材都是公费。
此外，维新派还创立了通艺学堂(1897年)、绍兴中西学堂(1897年)、浏阳算学馆(1897年)等新式学堂。
维新派在积极创办新式学堂的同时，还依靠光绪皇帝通令各督抚将各省、府、厅、州、县之大小书院，一律改为兼习中学西学的学堂，省会的大书院改为高等学堂，郡城之书院改为中等学堂，州县之书院改成小学堂。地方自行捐办的义学、社学等，也一律中西兼学。
维新派除创建改建新式学堂外，还对束缚新教育发展的科举制度进行改革，废除了八股文。由于顽固派的强烈阻挠，变法运动以失败告终，许多改革措施未得实施，但是，维新派创办新学堂，改革科举，推动了近代新教育的进一步发展，使新教育制度的建立成为必然。
二、清末近代学制的建立
中国近代学制的建立，经历了萌芽、演变、引进、确立的过程。鸦片战争后，许多有识之士纷纷提出向西方学习，包括学习西方的教育制度。洋务派率先在中国创办新学堂。为了更深入地学习西学，又开中国近代留学教育之先，向西方派遣留学生。洋务学堂和留学教育，进一步促进了西方教育思想和教育制度在中国的传播。1884年，洋务派新式企业家郑观应撰写的《盛世危言》中，又一次指出“学校者造就人才之地，治天下之大本也”。并详细介绍了西方国家的学校制度，特别是德国的学制，进而提出了变更学制的意见，还主张采用“班级授课”制。他
针对中国当时的情况，提出了创建新学制的过渡办法，1898年，康有为的《请开学校折》中，也提出关于改革封建教育、建立近代学制的主张和设想。梁启超一面上疏提出改革教育的建议，一面拟定新的教育体系（参见图9-1）。
1901年，清政府拟行新政后，设立了不少新式学堂，这些学堂或自立章程，或转抄他校章程，以致程度、课程、年限参差不齐。在这种情况下，通过制订全国统一的学制系统来确定标准，加强规范，已成为清政府和办学者的共同愿望。同时，1901年5月创刊的中国最早的教育专业刊物《教育世界》，系统地翻译介绍了日本的重要教育法规、条例和学制，研究探讨教育改革问题，也为学制的制订提供了参照蓝本和人才准备。
（一）“壬寅学制”和“癸卯学制”
光绪二十八年（1902年）清政府颁布了由管学大臣张百熙等人拟订的一系列学堂章程，即《钦定学堂章程》，因当年为阴历壬寅年，所以又称“壬寅学制”。这个学制纵的方面分三段七级。壬寅学制是我国近代教育史上第一个比较系统的法定学制，虽经公布却未实施。
1904年1月13日清政府公布了由张百熙、荣庆、张之洞等人制订的《奏定学堂章程》，因当年为阴历癸卯年，所以又称“癸卯学制”。这是我国第一个比较完整、经正式颁布并在全国施行的近代学制。“癸卯学制”较之“壬寅学制”则更为系统详备。
《癸卯学制》(参见图9-2)分为直系与旁系两大部分。
直系为普通教育，分三段七级。第一阶段为初等教育，分为蒙养院四年，初等小学堂五年，高等小学堂四年，共三级十三年；蒙养院是幼儿教育机构，招收3-7岁幼儿，将其纳入学制系统标志我国学前教育已进入到国家规划发展新阶段。初等小学堂规划为强迫教育阶段，规定儿童7岁必须进入初等小学堂学习。第二阶段为中等教育，设中学堂一级，学制5年；第三阶段为高等教育，共三段三级：包括高等学堂或大学预科3年、大学堂3-4年、通儒院5年。从小学堂到大学堂，学制总年限长达20-21年。
旁系为实业和师范教育。与高等小学堂平行的，有实业实习学堂、初等农工商实业学堂和艺徒学堂；与中学堂平行的，有初级师范学堂、中等农工商学堂；与高等学堂平行的，有优级师范学堂、实业教员讲习所、高等农工商学堂。
该学制从小学堂到大学堂，学制总年限长达20-21年。学生按规定逐级递升，可受普通教育，也可受实业和师范教育。
癸卯学制是我国现代学制初步建立的标志，包含了资本主义和封建性因素，是传统性和近代性的综合产物。但比起传统教育制度来说又具有很大的先进性。表现为以下几方面：
第一，建立起初（蒙）、中、高三段七级衔接的普、实、师三类并列的学制系统，促进了我国教育由传统向现代的转变。
第二，将实业教育正式纳入学制系统中，适应了近代社会经济发展的需要，具有推动民族工商业发展的作用。
第三，重视师范教育，适应了发展基础教育，提高人民素质的需要。
第四，重视学前教育，正式把蒙学纳入学制系统中，标志我国学前教育已进入到国家规划发展新阶段。
第五，将大量近代西学列为教学科目，极大突破了传统课程体系，促进了中国近代科学的发展。
但是，癸卯学制由于是在中体西用思想指导下制定的，带有浓厚的半封建半殖民地性质。半封建性表现在：学制的指导思想仍是“中学为体，西学为用”的延续，没有本质上的突破；强调把“忠孝”和“经史之学”作为办学的根基，教学内容特别重视传统经学课程，培养目标仍是维护封建王朝的统治者；保留了科举制的地位；轻视女子教育等。半殖民地性表现在：从形式到内容、课程、管理都深受外国主要是日本学制的影响，具有强烈的模仿性；特别重视外语教育，虽有利于加强中外交流，反映了国人迫切了解外国的愿望，但也反映了外国势力对中国教育的干涉。此外，癸卯学制学习年限太长，不利于教育的发展，特别是小学年限太长，不利于初等教育的普及。
(二)癸卯学制的补充修订
癸卯学制的颁布，解决了各地兴学无章可依的窘境，促进了新式学堂的发展，各级各类学堂的数量和在校生人数不断增加。
根据形式的发展和实施中的问题，癸卯学制颁布后又作过一些补充和修正，影响较大的有：
第一，在学制中开放了“女禁”。1907年，清政府颁布了《女子小学堂章程》和《女子师范学堂章程》，规定女子小学分初高两等，各4年；师范4年，培养女子小学师资。从此，女子教育在我国取得合法地位。
第二，在学制中规定了强迫义务教育。1907年，清政府又颁布了《强迫教育》10条，规定幼童7岁必须入学，否则“罪其父兄”。这是中国政府提出强迫义务教育(5年)的第一道法令。宣统二年(1910年)，初等小学改为4年，次年，中央教育会议决定，初小4年为义务教育。