小肠经的循行和大肠经比较相似，只是位置上要比大肠经靠后，从作用上来讲也没有大肠经那么广。
《灵枢·经脉》中记载：手太阳小肠经从小指外侧末端开始（少泽），沿手掌尺侧（前谷、后溪），上向腕部（腕骨、阳谷），出尺骨小头部（养老），直上沿尺骨下边（支正），出于肘内侧当肱骨内上髁和尺骨鹰嘴之间（小海），向上沿上臂外后侧，出肩关节部（肩贞、臑俞），绕肩胛（天宗、秉风、曲垣），交会肩上（肩外俞、肩中俞；会附分、大杼、大椎），进入缺盆（锁骨上窝），络于心，沿食管，通过膈肌，到胃（会上脘、中脘），属于小肠。它的支脉从锁骨上行沿颈旁（天窗、天容），上向面颊（颧髎），到外眼角（会瞳子髎），弯向后（会和髎），进入耳中（听宫）。它的又一支脉从面颊部分出，上向颧骨，靠鼻旁到内眼角（会睛明），接足太阳膀胱经。此外，小肠与足阳明胃经的下巨虚脉气相通。
《灵枢·经脉篇》中说小肠经是"主液所生病者"。"液"包括月经、乳汁、白带、精液以及现代医学所称的腺液，如胃液、胰腺、前列腺和滑膜分泌的滑液等，所以凡与"液"有关的疾病，都可以先从小肠经来寻找解决办法。本经腧穴可主治腹部小肠与胸、心、咽喉病症，神经方面病症，头、颈、眼、耳病症，热病和本经脉所经过部位的病症。例如少腹痛、腰脊痛引睾丸、耳聋、目黄、咽喉肿痛、癫狂及肩臂外侧后缘痛等。
手太阳小肠经共有19个穴位。8个穴位分布在上肢背面的尺侧，11个穴位在肩、颈、面部。首穴少泽，末穴为听宫。
穴位名如下：
少泽、前谷、后溪、腕骨、阳谷、养老、支正、小海、肩贞、臑腧、天宗、秉风、曲垣、肩外俞、肩中俞、天窗、天容、颧髎、听宫
穴位图如下：
第一，肩周炎的必用穴--肩贞穴
小肠经还有一个名叫"肩脉"，里面的肩贞穴就是专治肩关节周围炎的。它位于肩关节的后面，自然下垂手臂时，手贴近身体，在腋后线头向上一寸（同身寸）处。操作时胳膊稍向上抬起，另一手从腋下穿过向上用中指点揉，或者另一手从前面经过，手掌掌根放在肩关节的正上方，中指到达的地方。
循着小肠经按揉可以放松上肢肌肉，疏通经气，不但可以用来缓解疲劳，而且能使肩部的疼痛自止。如，肩周炎的疼痛部位与手太阳小肠经的循行部位相吻合，系风寒湿邪侵袭小肠经，使经脉闭阻，经气运行不畅所致。而自我按摩此经络上的穴位可使小肠经经气通利、经络畅通无阻而疼痛自止。
第二，能治"电脑病"的天宗穴。
天宗穴在进行肩背部软组织损伤的治疗和保健中可以说是必用的穴位。点、按、揉此穴会产生强烈的酸胀感，可以放松整个肩部的肌肉。
随着电脑的普及和职业的需要，长时间的伏案工作或电脑操作会让人觉得整个身体发困，颈肩部僵硬、发紧，也就是现在经常被人提起的"颈肩综合症"。一开始症状轻的时候站起身活动一下，很快就能恢复如常，但日渐加重，先是后背痛，继而脖子也不能转侧，手还发麻。
而小肠经因为它的循行跨过腕、肘、肩三个关节，所以在操作时对关节两侧的穴位进行点按，可以对关节的屈伸不利和周围软组织疾病有较好的辅助治疗作用。如，针对长期打电脑的人，因姿势固定不动而出现肌肉骨骼系统的问题，造成颈部僵硬、肩膀疼痛的情况，若只有肌肉方面的问题，可施行推拿、舒筋的手法，先由颈部风池穴沿肩膀肌肉，手臂肌肉至手腕、手指做处理，再由颈部沿脊椎两旁肌肉往下到腰臀做按摩，再按压肩胛骨的天宗穴，可使颈肩背的肌肉得到缓解，酸痛也随之减轻。严重者，会伴有颈椎或胸椎关节的压迫，出现明显的腰酸背痛、胸闷手麻、臂膀无力，可针对胸椎、腰椎关节施法整脊手法，即可缓解症状。臂膀无力麻痛明显时，可依次将肩关节、肘关节、腕关节以及指关节施以关节活动术，以舒缓关节的压迫感，达到治疗效果。
第三，落枕时的特效穴位--落枕穴。
落枕穴是治疗睡觉时落枕的特效穴道。在手背上食指和中指的骨之间，用手指朝手腕方向触摸，从骨和骨变狭的手指尽头之处起，大约一指宽的距离上，按压有强烈压痛的地方就是落枕穴。
落枕是因睡觉姿式不良引起颈部肌肉疼痛的常见病。如果不积极治疗，任其发展，时间久了，这部分肌肉和肌腱会硬化，而丧失功能。千万不能只认为是单纯的落枕，而不予以重视，还是及时治疗为好。
具体治疗方法： 因落枕脖子不能转动时，可用颈顶穴和落枕穴治疗，颈顶穴在手背中指根部的颈-咽区带内。落枕穴紧靠颈顶穴。颈-咽区带对治疗如落枕一样的颈部酸痛，有奇特的疗效。
凡是轻度落枕，只要用指尖用力按压以颈顶穴和落枕穴为主的颈-咽区带，一定能治好。重度落枕时， 从脖子到肩部一带硬硬的。 只要一歪头，就阵阵作痛，疼痛难忍。 此时。在按压颈顶穴和落枕穴的基础上，再配少泽、肺穴和肝穴治疗。少泽穴在小指指甲缘，肺穴在无名指掌第一关节，肝穴在其下面的关节处。可用发卡、牙签刺或用香烟灸，手法一定要重， 才会有效。
经络感悟：
小肠经还是调控产妇乳汁分泌的重要经络。如果产后乳汁不下或量少清稀，通常是小肠经的经络堵塞不通，我们在吃猪蹄培补气血的同时，刺激小肠经的相关穴位也可促进乳汁分泌。