扁桃体炎治疗不彻底或反复发作可以导致心、肾等重要脏器的病变。扁桃体炎本身是一个良性的疾病，不过因为导致扁桃体发炎的病原体不同，以及感染的严重度和机体抵抗力的强弱，可以见到一些其他脏器的病变。如果致病菌只是造成扁桃体的局部感染，感染病程过去就没事了。但有的致病菌会有全身性的影响，就可能有较复杂的病程或不好的后遗症，如关节炎、肾炎、心肌炎、心内膜炎等。扁桃体炎的发病形式，很直接，可目视扁桃体的状况。让患儿张大嘴巴，观察扁桃体及口咽的变化则可以知道是否有扁桃体炎。不过专科医生除了要诊断是不是扁桃体炎之外，另一个重要工作是要区分到底是细菌性感染还是病毒性感染，有没有全身性感染，是否伴随有其他并发症。通常细菌性疾病可能需要使用抗生素治疗，而病毒性疾病则不需要抗生素，有需要的话可以验血来帮助诊断。
