腭扁桃体在新生儿期不发达，一般在1岁后随着淋巴组织的发育而逐渐长大，但也有在6～8月的婴儿期就开始发育的。4～10岁时发育到最高峰，14～15岁后逐渐退化。这就是扁桃体炎在幼儿园和小学生时期的小朋友中比较常见，而在小婴儿中少见的原因。因为扁桃体是守卫咽喉的门户，是人体仅次于胸腺的一个大的免疫器官，4～10岁是最发达的时期，因此对各种外界致病原非常敏感，加上儿童时期，集体生活和接触病原体的机会多，因此增加了扁桃体发炎的几率。
扁桃体发炎主要由细菌和病毒引起，以细菌感染为多，细菌与病毒混合感染也不少。包括：乙型溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎双球菌、流感杆菌、腺病毒等，也有厌氧菌感染的。其中最为多见的是乙型溶血性链球菌感染。治疗不及时或失治误治，产生的免疫物质进入人体，使人体发生免疫反应，反复的免疫刺激可导致不少重要脏器受损，如心内膜病、急性肾炎、风湿病等。其中最容易受累的就是肾脏，所以反复扁桃体炎的患儿一定要重视肾功能的检查，防止肾损害。慢性扁桃体炎引起肾损害的主要发病机制为Ⅱ型和Ⅲ型超敏反应，特别是链球菌感染后肾小球肾炎80%以上属Ⅲ型超敏反应。因感染后产生的免疫循环复合物沉积在肾脏内，导致肾小球滤过膜屏障受损，使尿微量白蛋白在尿中排出增加。所以对慢性扁桃体炎患者进行早期肾脏功能，尿微量白蛋白的检测，并对结果异常患者进行早期干预，可以显著改善其肾脏的病理损害，阻止慢性扁桃体炎并发肾炎的发展。