治疗口腔单纯疱疹的药物大体可以分为两类，即抗病毒药物和免疫调节药物。
抗病毒药物：①阿昔洛韦，又名无环鸟苷，克毒星。对1型和2型单纯疱疹病毒有较强的抑制作用和高度选择性。其抗毒能力依次为1型、2型单纯疱疹病毒、水痘带状疱疹病毒、EB病毒，对巨细胞病毒无效。用药方法和剂量为：一般原发性病人，200毫克口服，每4小时1次（每日5次，成人），服5～7天，复发性者则服3～5天。有免疫缺陷的病人或有并发症的病人可以用静脉滴注，5～10毫克/千克，每8小时1次，疗程5～7天。但本药不能控制单纯疱疹病毒的复发，对免疫能力差的病人患单纯疱疹时效果较好。因有致畸作用的风险，所以儿童、孕妇和哺乳期妇女应该慎用。②利巴韦林：又叫病毒唑，三氮唑核苷，具有广谱抗病毒作用，对疱疹病毒有防治作用。用法和剂量：口服每日0.6～1克，分3—4次。肌内注射每公斤体重10～15毫克，分两次给药；0.1%溶液滴眼可治疗疱疹性结膜炎，但不宜长期大量使用，以免引起严重的肠胃反应，孕妇禁用。③干扰素和聚肌胞：二F扰素抑制病毒具有种属的特异性、广谱性、高活性、作用迅速、相对无毒和无过敏等特点。每日1～2次，肌注或皮下注射后均在4～8小时内达到血药峰值，不通过胎盘。由于干扰素治疗I型单纯疱疹病毒感染效果低于阿昔洛韦，而且不良反应比较多，价格比较贵，所以一般不作为首选药物，但是对复发频繁或有免疫力低下的患者可以考虑使用。聚肌胞是一种人工合成的干扰素诱生剂，同时能刺激巨噬细胞，增加吞噬功能和抗体形成，每次1～2毫克肌内注射，12～24小时可以达到血峰值，因此2～3天给药一次。
免疫调节剂和其他：对于单纯疱疹感染复发较严重而且频繁者，除了抗病毒药物之外，还应该选用免疫调节剂。①胸腺素、转移因子、左旋咪唑；转移因子皮下注射，2毫升/次，1～2周1次，以1～3个月为1疗程。胸腺肽每次2～5片，一日3次。左旋咪唑每次50毫克口服，每日2～3次。②环氧化酶抑制剂：如吲哚美辛（消炎痛）25毫克，每日3次，口服。布洛芬每次服200毫克每日4次，使用1个月到数月。可以使复发性疱疹的复发频率和发作严重程度明显下降。③局部用药：口腔黏膜用药对原发性感染引起的疱疹性龈口炎是不可缺少的。0.1～0.2%洗必泰，复方硼酸溶液（多贝尔漱口液），0.1%依沙吖啶（利凡诺）溶液，都有消毒杀菌作用；2%～2.5%的四环素水溶液只能消除继发感染，减轻症状。抗生素糊剂：如5%金霉素甘油糊剂，或5%四环素甘油糊剂，0.5%达克罗宁糊剂。散剂：如锡类散、养阴生肌散、西瓜霜粉剂均可局部使用。含片：可用洗必泰片，西地碘片、溶菌酶片等。