牙齿患了龋齿等牙体组织病，经过补牙后，一般疼痛逐渐缓解而消失。但有的人补完牙后，在近期或远期牙齿自然疼痛，有的疼痛甚至很剧烈。其原因有以下几方面。
（1）原有疼痛的牙修补后仍然对冷、热、酸、甜刺激敏感，但没有加重，这可能是补牙时未用隔绝材料垫底以隔绝外界刺激或隔绝不完全，或补牙材料本身的刺激，这种情况就需要重新补牙，并彻底隔绝刺激。
（2）如补牙后出现咬合痛，咬合时加重，不咬合时缓解，可能是补牙材料有高点所致，检查时如发现补牙材料上有高点，咬合纸检查发现早接触，可以将其磨除。
（3）补牙后出现激发痛或剧烈自发性痛。如近期出现的病例可能是将牙髓炎误诊为深龋，或有意外穿髓而未被发现。远期出现的病例多为继发龋并发牙髓炎，或由于未垫好基底，长期刺激而引起牙髓炎。此时应进行牙髓治疗。
（4）对做了牙髓治疗，但未行根管治疗后发生尖周炎引起疼痛的病例，均应行根管治疗。
（5）继发龋是补牙后疼痛的常见原因，多发生在充填牙洞底和边缘。发生的原因可为补牙材料与牙齿不密合，补牙材料或牙齿折裂，或原龋坏组织遗留等，均应去除原补牙材料和继发的龋坏牙质，重新补牙。
（6）如相对或相邻牙用两种不同的金属材料补牙，由于两种金属电位差不同，而唾液起到电解液的作用，产生微弱电流，也可引起疼痛，这种情况，应将周围的另一种材料去除，重新填补相同金属材料，并注意垫好基底。
（7）在补牙齿的邻牙合面洞时未恢复好接触点，造成食物嵌塞，或补料在牙颈部形成悬突，均可刺激、压迫牙龈，引起牙龈萎缩、炎症，而致疼痛。这样就应去除原补料再重补，以恢复邻接点，同时注意避免悬突。
（8）如补的牙未发现问题，应考虑是否邻牙的疼痛反射到该牙，应全面检查，积极治疗，以防漏诊。