牙牙合畸形，特别是牙列不齐，不仅影响美观，而且影响局部的生长发育和全身的健康。
牙牙合畸形如前牙拥挤错乱、上颌前突、下颌前突、深覆牙合、深反牙合以及开牙合等，都影响到口腔颌面部软硬组织的正常发育，从而影响面容的美观。如反牙合（地包天）可阻碍上颌牙弓的发育，使下颌发育过快，导致下颌前突畸形，面中部凹陷，甚至可影响颞下颌关节的发育，影响咀嚼功能。张口呼吸可使上牙弓狭窄、腭盖高拱，使上牙前突、开唇露齿，牙龈因受空气刺激而发生增生及炎症，也可影响鼻腔及鼻咽的发育。
由于错牙合拥挤的牙齿排列不整齐，不易保持清洁，易发生龋齿。错位的牙又会引起创伤，导致颞下颌关节疾病，如弹响，疼痛张口受限等，也可引起牙周组织的病变，如低位牙没有咬合接触，不能发挥功能，牙周组织也可以因缺少功能刺激而发生萎缩及退行性变。
牙牙合畸形对咀嚼及语言功能也有影响，如前牙深覆牙合，深反牙合、深超牙合、锁牙合及开牙合等，影响咀嚼功能。牙列拥挤及开牙合等影响发音。
牙牙合畸形对全身的影响主要是其使咀嚼功能降低，增加胃肠负担，日久会引起胃肠疾病，从而影响营养物质的吸收及全身健康。张口呼吸不仅可引起错牙合，而且患者吸入的空气未经鼻腔滤过及调节湿度，直接进入下呼吸道，易引起呼吸道疾病。
由于牙牙合畸形对面容及发音的影响，儿童的心理受到不良的刺激，有的儿童因此不愿与其他孩子交往，容易形成孤僻的个性。