如前所述，心、肺、脾、肝、肾五大藏象系统各具不同的生理功能和特有的病理变化，但藏与藏之间不是孤立的，而是彼此密切联系着的：藏与藏之间的关系不单是表现在形态结构方面，更重要的是它们彼此之间在生理活动和病理变化上有着必然的内在联系，因而形成了相互资生、相互制约的关系。五藏之间的这种相互联系和具有内在规律的认识是对五藏系统生理活动规律的科学总结。前人在理论上多是以五行生克理论来阐述五藏之间的病理影响，但五藏之间的关系早已超越了五行生克乘侮的范围，所以，必须从各藏的生理功能来阐释其相互之间的关系，才能真正揭示出五藏的自动调节机制。
（一）心与肺的关系
心肺的功能运动趋势及特点均主要在上焦，心主血，肺主气；心主行血，肺主呼吸。这就决定了心与肺之间的关系实际上就是气和血的关系。心主血脉，上朝于肺，肺主宗气，贯通心脉，两者相互配合，保证气血的正常运行，维持机体各藏系的新陈代谢。所以说，气为血之帅，气行则血行；血为气之母，血至气亦至。气属阳，血属阴，血的运行虽为心所主，但必须依赖肺主之气的推动。同时，积于肺部的宗气必须贯通心脉，得到血的运载，才能敷布全身。肺朝百脉，助心行血，是血液正常运行的必要条件，只有正常的血液循行，才能配合肺主气功能的正常进行。由于宗气具有贯心脉而司呼吸的生理功能，从而加强了血液循行和呼吸之间的协调平衡。因此，宗气是联结心之搏动和肺之呼吸两者之间的中心环节。心与肺，血与气，是相互依存的。气行则血行，血至气亦至。所以，若血无气的推动，则血失统率而瘀滞不行；气无血的运载，则气无所依附而涣散不收。因此，在病理上，肺的宣肃功能失调，可影响心主行血的功能，而致血液运行失常。反之，心的功能失调，导致血行异常时，也会影响肺的宣发和肃降，从而出现心肺亏虚、气虚血瘀之候等。
（二）心与脾的关系
心主血而行血，脾主生血又统血，所以心与脾的关系，主要是主血与生血、行血与统血的关系。心与脾的关系主要表现在血的生成和运行，以及心血养神与脾主运化方面的关系。
1.血液的生成方面
心主血脉而又生血，脾主运化为气血生化之源。心血赖脾藏转输的水谷清阳以化生，而脾的运化功能又有赖于心血的不断滋养和心阳的推动，并在心神的统率下维持其正常的生理活动。故曰：“脾之所以能运行水谷者，气也。气虚则凝滞而不行，得心火以温之，乃健运而不息，是为心火生脾土。”（《医碥·五脏生克说》）脾气健运，化源充足，则心血充盈；心血旺盛，脾得濡养，则脾气健运。所以说：“脾气人心而变为血，心之所主亦借脾气化生。”（《济阴纲目》引汪琪语）
2.血液运行方面
血液在脉内循行，既赖心阳的推动，又靠脾阳的统摄，方能循经运行而不溢于脉外。所谓“血所以丽气，气所以统血，非血之足以丽气也，营血所到之处，则气无不利焉，非气之足以统血也，卫气所到之处，则血无不统焉，气为血帅故也”（《张聿青医案》）。可见血能正常运行而不致脱陷妄行，主要靠脾阳的统摄。所以有“诸血皆运于脾”之说。
3.神志活动
心藏神，在志为喜；脾藏意，在志为思。心“为脏腑之主，而总统魂魄，并赅意志……思动于心则脾应”（《类经·脏象类》）。五藏藏神，心为主导。人身以阴阳为本，血气者，阴阳也。心生血而主血脉，脾胃为气血生化之源，生血而又统血。血为水谷之清阳所化，总统于心而生化于脾。血之与气，一阴一阳，两相维系，气能生血，血能化气，气非血不和，血非气不运。气血冲和，阴平阳秘，脾气健旺，化源充足，气充血盈，充养心神，则心有所主。心血运于脾，心神统于脾，心火生脾土，脾强则能主运化，而生血统血。因此，心与脾在病理上的相互影响，主要表现在血液的生成和运行功能失调，以及运化无权和心神不安等，形成心脾两虚之候等。
（三）心与肝的关系
心主血，肝藏血；心主藏神，肝主疏泄，调节精神情志。所以，心与肝的关系，主要是主血和藏血，主神明与调节精神情志之间的相互关系。
1.血液方面
心主血，心是一身血液运行的枢纽；肝藏血，肝是贮藏和调节血液的重要藏系。两者相互配合，共同维持血液的运行。所以说“肝藏血，心行之”（《黄帝内经·素问》王冰注）。全身血液充盈，肝有所藏，才能发挥其贮藏血液和调节血量的作用，以适应机体活动的需要，心亦有所主。心血充足，肝血亦旺，肝所藏之阴血，具有濡养肝体制约肝阳的作用。所以肝血充足，肝体得养，则肝之疏泄功能正常，使气血疏通，血液不致瘀滞，有助于心主血脉功能的正常进行。
2.神志方面
心主神志，肝主疏泄。人的精神、意识和思维活动，虽然主要由心主宰，但与肝的疏泄功能亦密切相关。血液是神志活动的物质基础之一。心血充足，肝有所藏，则肝之疏泄正常，元机调畅，气血和平，精神愉快。肝血旺盛，制约肝阳，使之勿亢，则疏泄正常，使气血运行无阻，心血亦能充盛，心得血养，神志活动正常。由于心与肝均依赖血液的濡养滋润，阴血充足，两者功能协调，才能精神饱满，情志舒畅。心与肝在病理上的相互影响，主要反映在阴血不足和神志不安两个方面，表现为心肝血虚和心肝火旺之候等。
（四）心与肾的关系
心居胸中，属阳，在五行属火；肾在腹中，属阴，在五行属水。心肾之间相互依存、相互制约的关系，称为心肾相交，又称水火相济、坎离交济。心肾这种关系若遭到破坏，形成病理状态，称为心肾不交。心与肾，在生理状态下，是以阴阳、水火、精血、精神的动态平衡为其重要条件的。具体体现在以下四个方面。
1.水火既济
从阴阳、水火的升降理论来说，在上者宜降，在下者宜升，升已而降，降已而升。心的功能走向主于上而属阳，主火，其性主动；肾的功能走向主于下而属阴，主水，其性主静。心火必须下降于肾，与肾阳共同温煦肾阴，使肾水不寒。肾水必须上济于心，与心阴共同涵养心阳，使心火不亢。肾无心之火则水寒，心无肾之水则火炽。心必得肾水以滋润，肾必得心火以温暖。在正常生理状态下，这种水火既济的关系，是以心肾阴阳升降的动态平衡为其重要条件的。所以说：“人之有生，心为之火，居上，肾为之水，居下；水能升而火能降，一升一降，无有穷已，故生意存焉。”（《格致余论·相火论》）水火宜平而不宜偏，水火既济而心肾相交。水就下而火炎上，水火上下，名之曰交，交为既济，不交为未济。总之，心与肾，上下、水火、动静、阴阳相济，使心与肾的阴阳协调平衡，构成了水火既济、心肾相交的关系。故曰：“心肾相交，全凭升降。而心气之降，由于肾气之升，肾气之升，又因心气之降。”（《慎斋遗书》）
2.精血互生
心主血，肾藏精，精和血都是维持人体生命活动的必要物质。精血之间相互资生，相互转化，血可以化而为精，精亦可化而为血。精血之间的相互资生为心肾相交奠定了物质基础。
3.精神互用
心藏神，为人体生命活动的主宰，神全可以益精。肾藏精，精舍志，精能生髓，髓汇于脑。积精可以全神，使精神内守。精能化气生神，为神之本；神能驭精役气，为精之主。人的神志活动，不仅为心所主，而且与肾也密切相关。所以说：“心以神为主，阳为用；肾以志为主，阴为用。阳则气也、火也。阴则精也、水也。凡乎水火既济，全在阴精上承，以安其神；阳气下藏，以安其志。”（《推求师意》）
4.君相安位
心为君火，肾为相火（命门火）。君火以明，相火以位。君火在上，如明照当空，为一身之主宰；相火在下，系阳之根，为神明之基础。命火秘藏，则心阳充足，心阳充盛，则相火亦旺。君火相火各安其位，则心肾上下交济。所以心与肾的关系也表现为心阳与肾阳之间的关系。故曰：“心肾不交，毕竟是肾水下涸，心火上炎，由于阴虚者多，但亦偶有阳虚证……不独阴虚之证也。”（《蜉溪医论选》）在病理状态下，心与肾之间的水火、阴阳、精血的动态平衡失调，称为心肾不交，表现为水不济火，肾阴虚于下，而心火亢于上之心肾阴虚或水饮凌心、心肾阳虚之候等。
（五）肺与脾的关系
脾主运化，为气血生化之源；肺司呼吸，主一身之气。脾主运化，为胃行其津液；肺主行水，通调水道。所以，脾和肺的关系，主要表现在气和水之间的关系。脾和肺的关系主要表现于气的生成和水液的输布两个方面。
1.气的生成方面
肺主气，脾益气，肺司呼吸而摄纳清气，脾主运化而化生水谷清阳，一部分上输于肺，两者结合化为宗气（后天之气）。宗气是全身之气的主要物质基础。脾主运化，为气血生化之源，但脾所化生的水谷清阳，必赖肺的宣降才能输布全身。肺在生理活动中所需要的物质基础，又要靠脾运化的水谷清阳来充养，故脾能助肺。因此，肺的盛衰在很大程度上取决于脾的强弱。
2.水液代谢方面
肺主行水而通调水道，脾主运化水湿，为调节水液代谢的重要脏器。人体的水液由脾上输于肺，通过肺的宣发和肃降而布散至周身及下输膀胱。脾之运化水湿赖肺宣降的协助，而肺之宣降靠脾之运化以资助。脾肺两藏互相配合，共同参与水液代谢过程。如果脾失健运，水湿不化，聚湿生痰而为饮、为肿，影响及肺则肺失宣降而喘咳。其病在肺，而其本在脾。故有“脾为生痰之源，肺为贮痰之器”之说。反之，肺病日久，又可影响于脾，导致脾运化水湿功能失调。肺脾两藏在病理上的相互影响，主要在于气的生成不足和水液代谢失常两个方面，常表现为脾肺两虚、痰湿阻肺之候等。
（六）肺与肝的关系
肝主升发，肺主肃降，肝升肺降，元机调畅，气血流行，藏系安和，所以两者关系到人体的元机升降运动。
1.元机升降
“肝生于左，肺藏于右。”（《素问·刺禁论》）肺居膈上，其性肃降；肝居膈下，其性升发。肝从左而升，肺从右而降，“左右者阴阳之道路也”（《素问·阴阳应象大论》）。肝从左升为阳道，肺从右降为阴道，肝升才能肺降，肺降才能肝升，升降得宜，出入交替，则元机舒展。人体气血水液运行以肝肺为枢转，肝升肺降，以维持人体元机的正常升降运动。
2.血气运行
肝肺的元机升降，实际上也是气血的升降。肝藏血，调节全身之血；肺主气，治理调节一身之气。肺调节全身之气的功能又需要得到血的濡养，肝向周身各处输送血液又必须依赖于气的推动。总之，全身气血的运行，虽赖心所主，但又须肺主治节及肝主疏泄和藏血作用的制约，故两藏系对气血的运行也有一定的调节作用。在病理情况下，肝与肺之间的生理功能失调，主要表现在气机升降失常和气血运行不畅方面，如肝火犯肺（又名木火刑金）之候等。
（七）肺与肾的关系
肺属金，肾属水，金生水，故肺肾关系称为金水相生，又名肺肾相生。肺为水上之源，肾为主水之藏；肺主呼气，肾主纳气。所以肺与肾的关系，主要表现在水液代谢和呼吸运动两个方面。但是，金能生水，水能润金，故又体现于肺阴与肾阴之间的关系。
1.呼吸方面
肺司呼吸，肾主纳气。人体的呼吸运动虽然由肺所主，但需要肾的纳气作用来协助。只有肾气充盛，吸入之气才能经过肺之肃降而下纳于肾。肺肾相互配合，共同完成呼吸的生理活动。所以说：“肺为气之主，肾为气之根。”
2.水液代谢方面
肺为水之上源，肾为主水之藏。在水液代谢过程中，肺与肾之间存在着标和本的关系。肺主行水而通调水道，水液只有经过肺的宣发和肃降，才能使精微津液布散到全身各个组织器官中去，浊液下归于肾而输入膀胱。所以说，小便虽出于膀胱，但实则肺为水之上源。肾为主水之藏，有利化升降水液的功能，又主开阖。下归于肾之水液，通过肾的化水作用，使清者升腾，通过三焦回流体内；浊者变成尿液而输入膀胱，从尿道排出体外。肺肾两藏密切配合，共同参与对水液代谢的调节。但是，两者在调节水液代谢过程中肾主水液的功能居于重要地位。所以说“其本在肾，其标在肺”。
3.阴液方面
肺与肾之间的阴液也是互相资生的。肺属金，肾属水，金能生水，肺阴充足，输精于肾，使肾阴充盛，保证肾的功能旺盛。水能润金，肾阴为一身阴液之根本，肾阴充足，循经上润于肺，保证肺系清宁，宣降正常。故曰：“肺气之衰旺，全恃肾水充足，不使虚火炼金，则长保清宁之体。”（《医医偶录》）肺肾之间在病理上的相互影响，主要表现在呼吸异常、水液代谢失调和阴液亏损等方面，出现肺肾阴虚和肺肾气虚等肺肾两虚之候，往往需肺肾同治而获效。故又有“肺肾同源”、“金水同源”之说。
（八）肝与脾的关系
肝主疏泄，脾主运化；肝藏血，脾生血统血。因此，肝与脾的关系主要表现为疏泄与运化、藏血与统血之间的相互关系。
1.消化方面
肝主疏泄，分泌胆汁，输入肠道，帮助脾胃对饮食物的消化。所以，脾得肝之疏泄，则升降协调，运化功能健旺。所以说：“木能疏土而脾滞以行。”（《医碥·五脏生克说》）“脾主中央湿土，其体淖泽……其性镇静是土之正气也。静则易郁，必借木气以疏之。土为万物所归，四气具备，而求助于水和木者尤亟。……故脾之用主于动，是木气也。”（《读医随笔·升降出入论》）脾主运化，为气血生化之源。脾藏健运，水谷清阳充足，才能不断地输送和滋养于肝，肝才能得以发挥正常的作用。总之，肝之疏泄功能正常，则脾胃升降适度，脾之运化也就正常了。所谓“土得木而达”，“木赖土以培之”。所以说：“肝为木气，全赖土以滋培，水以灌溉”（《医宗金鉴·删补名医方论》），“木虽生于水，然江河湖海无土之处，则无木生。是故树木之枝叶萎悴，必由土气之衰，一培其土，则根本坚固，津液上升，布达周流，木欣欣向荣矣”（《程杏轩医案辑录》）。
2.血液方面
血液的循行虽由心主持，但与肝、脾有密切的关系。肝主藏血，脾主生血统血。脾之运化，赖肝之疏泄，而肝藏之血，又赖脾之化生。脾藏健运，血液的化源充足，则生血统血机能旺盛。脾能生血统血，则肝有所藏，肝血充足，方能根据人体生理活动的需要来调节血液。此外，肝血充足，则疏泄正常，元机调畅，使气血运行无阻。所以肝脾相互协作，共同维持血液的生成和循行。
肝与脾在病理上的相互影响，也主要表现在饮食水谷的消化吸收和血液方面，这种关系往往通过肝与脾之间的病理传变反映出来。或为肝病及脾、肝木乘脾（又名木郁乘土）而肝脾不调、肝胃不和；或为脾病传肝、土反侮木而土壅木郁。
（九）肝与肾的关系
肝藏血，肾藏精；肝主疏泄，肾主闭藏。肝肾之间的关系称为“肝肾同源”，又称“乙癸同源”。因肝肾之间阴液互相滋养，精血相生，故称。肝与肾的关系主要表现在精与血之间相互资生和相互转化的关系。
1.阴液互养
肝在五行属木，肾在五行属水，水能生木。肝主疏泄和藏血，体阴用阳。肾阴能涵养肝阴，使肝阳不致上亢，肝阴又可资助肾阴的再生。在肝阴和肾阴之间，肾阴是主要的，只有肾阴充足，才能维持肝阴与肝阳之间的动态平衡。就五行学说而言，水为母，木为子，这种母子相生关系，称为“水能涵木”。
2.精血互生
肝藏血，肾藏精，精血相互资生。在正常生理状态下，肝血依赖肾精的滋养。肾精又依赖肝血的不断补充，肝血与肾精相互资生、相互转化。精与血都化源于脾胃消化吸收的水谷精微，故称“精血同源”。
3.同具相火
相火是与心之君火相对而言的。一般认为，相火源于命门，寄于肝、肾、胆和三焦等。故曰：“相火寄于肝肾两部，肝属木而肾属水也。但胆为肝之府，膀胱者肾之府。心包者肾之配，三焦以焦言，而下焦司肝肾之分，皆阴而下者也。”（《格致余论·相火论》）由于肝肾同具相火，所以称“肝肾同源”。
4.藏泄互用
肝主疏泄，肾主闭藏，二者之间存在着相互为用、相互制约、相互调节的关系。肝之疏泄与肾之闭藏是相反相成的。肝主疏泄可使肾司闭藏开阖有度，肾之闭藏又可制约肝之疏泄太过，也可助其疏泄不及。这种关系主要表现在女子月经生理和男子排精功能方面。
总之，因为肝肾的阴液、精血之间相互资生，其生理功能皆以精血为物质基础，而精血又同源于水谷清阳，且又同具相火，所以肝肾之间的关系称为“肝肾同源”、“精血同源”。又因脏腑配合天干，以甲乙属木，属肝，壬癸属水，属肾，所以肝肾同源又称“乙癸同源”。因此，肝与肾之间的病理影响，主要体现于阴阳失调、精血失调和藏泄失司等方面。临床上，肝或肾不足，或相火过旺，常常肝肾同治，或用滋水涵木、补肝养肾、泻肝肾之火的方法，就是以肝肾同源理论为依据的。此外，肝肾同源又与肝肾之虚实补泻有关。故有“东方之木，无虚不可补，补肾即所以补肝；北方之水，无实不可泻，泻肝即所以泻肾”（《医宗必读·乙癸同源论》）之说。
（十）脾与肾的关系
脾为后天之本，肾为先天之本，脾与肾的关系是后天与先天的关系。后天与先天是相互资助、相互促进的。脾与肾在生理上的关系主要反映在先后天相互资生和水液代谢方面。
1.先后天相互资生
脾主运化水谷清阳，化生气血，为后天之本；肾藏精，主命门真火，为先天之本。“先天为后天之根。”（《医述》）脾的运化，必须得肾阳的温煦蒸化，始能健运。所以说：“脾胃之腐化，尤赖肾中这一点真阳蒸变，炉薪不熄，釜爨方成。”（《张聿青医案》）“脾为后天，肾为先天，脾非先天之气不能化，肾非后天之气不能生。”（《傅青主女科·妊娠》）肾中之精又赖脾运化形成的水谷清阳的不断补充，才能充盛。故曰：“脾胃之能生化者，实由肾中元阳之鼓舞，而元阳以固密为贵，其所以能固密者，又赖脾胃生化阴精以涵育耳。”（《医门棒喝》）这充分说明了先天温养后天，后天补养先天的辩证关系。总之，脾胃为水谷之海，肾为精血之海。“人之始生，本乎精血之原，人之既生，由乎水谷之养。非精血无以立形体之基；非水谷，无以成形体之壮。”“水谷之海本赖先天为之主，而精血之海又赖后天为之资。故人之自生至老，凡先天之不足者，但得后天培养之力，则补天之功，亦可居其强半。”（《景岳全书·脾胃》）
2.水液代谢方面
脾主运化水湿，须有肾阳的温煦蒸化；肾主水，司关门开阖，使水液的吸收和排泄正常。但这种开阖作用，又赖脾藏的制约，即所谓“土能制水”。脾肾两藏相互协作，共同完成水液的新陈代谢。脾与肾在病理上相互影响，互为因果。如肾阳不足，不能温煦脾阳，致脾阳不振或脾阳久虚，进而损及肾阳，引起肾阳亦虚，两者最终均可导致脾肾阳虚。临床上主要表现在消化机能失调和水液代谢紊乱两方面。但须指出，由于有“肾为先天”、“脾为后天”之论，因此对脾肾两虚证的治疗大法，有“补肾不若补脾”和“补脾不若补肾”的学术之争。如李东垣、罗谦甫以补脾立论，主张“补肾不若补脾”。许叔微、严用和以温肾为法，主张“补脾不若补肾”。在一定程度上，后天对人体的健康起着决定性作用，但先天也是个重要的因素，应分清孰轻孰重，孰先孰后，或温补肾阳，兼补脾阳；或温运脾阳，兼补肾阳，分别施治。