一、企业研究开发中的代理问题
研究开发活动中产生代理关系的最直观原因是专业化发展和个人能力、精力的约束以及研究开发的复杂性。研究开发人员拥有的人力资本具有很高的专用性，处于特定行业的人力资本专用性使团队开发成为必然，资产联合使用时所产生的价值要分散使用所创造的价值更大。
研究开发团队内的相互专用性表现在以下几个方面。首先是研究开发部门经理和研究开发团队成员之间的相互专用性。研究开发团队在承担开发项目时，形成密切的协作关系，团队成员之间相互作用相互依赖。研究开发部门经理可能既是精通技术的专家也是具有开拓性的管理者，他能够营造一种创新气氛、协调研究开发人员之间的关系，成为研究开发团队核心。研究开发部门经理在面对开发项目时必须依靠团队协作才能完成，这样他就与研究开发部门成员形成难以割舍的相互专用性。同时，企业的研究开发进程是累进的，也就是下一阶段的工作是上一阶段工作的继续，研究开发项目的连续性也加强了研究开发部门经理和研究开发成员之间的相互专用性。由于人力资本的专用性，研究开发人员一旦离开企业就难以找到合适的职位。因此无论从静态和动态上来看，研究开发团队成员之间都具有高度的相互专用性。其次是研究开发部门经理及项目经理之间的相互专用性。大中型企业的研究开发一般同时进行多个项目，每个项目经理负责一个项目小组。研究开发部门经理可能从项目经理的专长上受到启发。项目经理之间的相互专用性一方面表现在：由专业知识带来的个人在智力、经验等各方面各有所长，往往需要相互取长补短，通过互动激发创新灵感。另一方面，他们会在项目开发过程中相互借调对方的员工，最终形成了项目经理之间的相互专用性。最后是研究开发成员之间的相互专用性。企业的研究开发人员在刚刚进入企业的时候，需要在研究开发部门经理或项目经理指导下与同事共同开发项目的过程中使他的人力资本增值，在逐步增长才干的同时形成了各自的专长，这种专长只有在特定的研究开发团队中才能发挥作用，也就是研究开发成员之间的人力资本专用性。
研究开发团队高风险和高度专用性的特点，使企业与研究开发人员比较容易就特定的研究开发项目形成契约。用代理理论分析，研究开发过程中涉及的代理主要有企业经理与研究开发部门（以研究开发部门经理代表）之间的代理关系、研究开发部门经理与内部成员之间的代理关系。前者处理的好坏直接影响到研究开发过程中风险的大小，后者处理的好坏涉及研究开发团队的工作积极性以及研究开发的成果。
理论上，完美契约可以解决研究开发人员的激励问题。然而完美契约需要具备非常严格的条件：契约制定双方一定要预测到与制定契约有关的所有情况，并且他们能详细地描述所遇到的情况以及针对每种情况决定采取哪种行动。但是现实中由于信息不对称及存在随机因素，几乎不存在完美契约。有限理性会导致契约不完善，由于契约签订时不可能预见到所有可能发生的情况而产生了非对称信息，信息不完全使处理信息的代价高昂，契约中包含的不明确的自然语言（自然语言固有的不确定性）等原因使人们在签订契约时往往难以全面考虑所有的因素造成契约不完全。“败德”行为及寻租行为的存在也会产生代理问题，由于企业经理往往无法观察到研究开发部门的努力程度及其机会主义行为，使研究开发部门可能会在损害企业利益的情况下追求自身利益。研究开发部门的活动也会遵循租金最大化原则，他们不惜通过增大成本的方法来增加研究开发经费投入。还有一个问题是研究开发部门风险承担能力。由于研究开发部门的效用函数、风险的态度因人而异，尤其是研究开发部门经理的风险态度对研究开发项目影响较大，其风险态度取决于其资本存量的大小。因此在对研究开发部门实施激励时，应使研究开发部门经理的基本报酬能增加他的风险承担能力，给予研究开发部门经理较高的基本报酬增加其风险承担能力，使激励报酬与风险分担相挂钩。
研究开发部门作为一个由多个代理人组成的工作团队，研究开发团队有这样一些特点，首先是共同利用各种资源；其次是研究开发成果是各成员协作劳动的结果；另外团队具有个人难以达到的开发能力，每个研究开发人员对成果的贡献依赖于其他人的作用，难以独立观测。
由于研究开发团队是由不同专业领域的高技术人才组成，成员之间也存在着高度的信息不对称，而团队的成果又难以区分，容易引起团队成员的“搭便车”等机会主义。通常可以通过测量团队成员的边际贡献或相互监督来抑制机会主义行为，但在研究开发团队中观测成本很高而且不容易监督。因此必须采取另一种方法———激励约束机制来激励和限制团队成员，以降低研究开发风险。
二、研究开发目标
由于绩效评价标准对研究开发主体行为的影响非常大，企业可以通过制定与目标相关的评价指标来约束和激励研究开发人员、提高研究开发效率、降低绩效损失和研究开发成本。目标激励兼容约束是利用经济激励手段使研究开发部门披露自己的真实信息，使研究开发项目的上级管理部门与研究开发部门目标一致。要对研究开发部门进行激励约束，就要针对研究开发部门的特点，以报酬激励为主并辅之以其他激励手段。
工作性质决定了研究开发部门本身的层次并不明显，而研究开发部门经理和企业经理所构成上下级关系可以理解为一种代理关系。企业经理和研究开发部门经理之间的代理问题归因于双方效用函数不满足一致性假定，在协调研究开发部门的目标时应注意分析研究开发部门目标函数的性质及特点。研究开发部门的代理人部门经理属于中间决策者阶层，他的目标是多元化的，不仅有经济收益的需求，而且有晋升的欲望，此外，研究开发部门风险态度的差异也可能影响开发项目的确定。
对研究开发部门的组织激励首先要解决的是报酬问题，报酬的确定实际上是企业经理和研究开发部门的博弈过程，且博弈双方信息不对称。在目标确定过程中，企业经理需要用一种“换马”博弈。该过程中企业经理的博弈思路是：在信息不对称的情况下，给予研究开发部门很大的研究开发项目决策权和发言权以避免研究开发任务无法实现时推卸责任，与此同时约束研究开发部门滥报开发能力，使用利益导向引导研究开发部门报出一个他通过努力可以达到的最高目标。然后根据市场和企业具体情况确定一个和研究开发部门所报的目标相挂钩的奖惩规则，使研究开发的绩效与企业的绩效相一致。具体博弈过程如下（胡祖光，1999）：
（1）企业经理和研究开发部门共同确定目标（这个目标可以具体表现为研究开发项目的收益），最终契约目标C是企业经理要求数D与研究开发部门自报数S的加权平均数。取权重W（由双方的实力决定），则C=（1-W）D+WS，契约目标C全部给企业经理。
（2）当实际数A超过契约目标C时，超过部分的Q1（%）将作为对研究开发部门的激励，若AWQ1时，S在达到边界值A时（S≤A），净收益N达最大值。还需注意到，企业经理在使用上述博弈过程中，研究开发部门期初的自报数S与期末的实际完成数A正好相等的可能性不大。通常作为理性人的研究开发部门在期初自报时会留有余地。为使研究开发部门尽可能地做出最大的努力，必须使超契约目标获奖的系数Q1大于超自报数受罚的系数Q2.总之，为使所设计的博弈过程达到最佳效果，Q1、Q2之间必须满足Q1>；Q2，Q2>；WQ1.
因为所设计的博弈中，未规定“多报有奖”，研究开发部门决不会多报———抬高目标，故S≤A。为使研究开发部门贡献自己的最大努力，必须使超契约目标获奖的系数Q1大于超自报数受罚的系数Q2.而要使所设计的博弈过程达到最佳效果，Q1、Q2之间必须满足Q1>；Q2，Q2>；WQ1.
但研究开发项目的效用不仅表现为当期的经济收益，在对研究开发部门进行目标激励的同时，还要兼顾研究开发人员对自我实现、成就感、自主开发、挑战性的工作、对成果的认可等方面的追求，在充分的经济激励基础上，还要充分运用技术本身所产生的激励以及精神、环境等因素对研究开发人员的激励作用，使研究开发人员既同时满足低层次和高层次需求。因此，在制定研究开发目标时应该考虑到技术的先进性和可实现性。研究开发技术的先进性和技术的可实现性都会成为对研究开发人员的内在激励。先进的技术开发可以提高研究开发人员未来的人力资本价值，而可实现性技术的开发可以增加研究开发人员的成就感和当期收益。
三、研究开发人员报酬的激励兼容
经济激励作为主要的激励手段是通过给予研究开发人员报酬实现的，如何实现对研究开发人员报酬的激励兼容就成为了必须要面对的问题。
1.研究开发人员的报酬机制
（1）报酬机制的理论分析
报酬机制是企业补偿研究开发人员的主要手段，是激励机制中最重要的一部分。企业的报酬机制主要有两类：对称信息下的报酬机制和信息不对称下的报酬机制。
①对称信息下的报酬机制
建立在完全信息基础上的古典经济学理论可以用来对研究开发部门的报酬理论进行分析。如果研究开发部门的劳动是完全可以观察的，研究开发成果由劳动唯一决定，那么有如下的分析过程（范里安，1994）：
企业经理的目标函数：
MAX[F（X）-S（F（X））]7-1
研究开发部门的约束条件：
S（F（X））-C（X）≥U 7-2
其中，X：研究开发部门劳动量
F（X）：研究开发成果
C（X）：研究开发部门劳动成本
S（F（X））：企业给予研究开发部门的报酬
U：研究开发部门在企业中工作的机会成本
在满足企业利润最大化的条件下，研究开发部门约束条件必为：
S（F（X））-C（X）=U 7-3
即：S（F（X））=U+C（X）
代入式7-1，有MAX[F（X）-C（X）-U]7-4
为无约束最大化问题，可知在MP（X*）=MC（X*）所决定的劳动量X*、产量F（X*）、报酬机制S（F（X*））下，企业获得最大利润。
上述分析表明，在信息完全的情况下“雇佣劳动”（按研究开发部门付出的劳动支付报酬）可达到最优状态。这种情况在研究开发部门中并不存在，现实中往往是非对称信息下的报酬机制。
②非对称信息下的报酬机制
在研究开发项目启动和实施的过程中，研究开发人员与管理者之间的信息是高度不对称的，研究开发又是高风险活动，企业与研究开发部门的风险偏好也会影响报酬机制。报酬机制的功能除了激励以外，还有风险分担功能。在活动选择唯一的情形中报酬机制变为一个纯粹的风险分担问题，依双方当事人风险偏好进行分担。在有一组活动可供选择的情形中，当活动可观察时，报酬机制就在风险分担和效率之间转移。当活动不可观察的时候，激励机制必须以活动的结果为基础，此时激励机制为次优激励机制。但是如果研究开发部门风险中性，那么其报酬模式为T=X-K时可以达到最优。其中：T是研究开发部门的报酬，X是研究开发成果，T=X-K是固定的企业经理所得。可解释为：由于研究开发部门是风险中性，他的基于行为还是基于结果的报酬没有差别（因为研究开发部门的风险规避度为零）。基于行为的报酬需要详细的信息，企业经理就需要为此付出信息搜寻成本。此外，信息的准确度又成了一个新的风险。因此，基于成果（结果）的报酬对双方而言均优于基于行为的报酬。又由于研究开发部门是风险中性的，让其承担全部风险可以实现最大激励，既不存在研究开发部门偷懒的动机，又不会有效率损失。但是在现实中很难操作，因为这种模式所带来的委托代理问题更难解决。研究开发部门经理可能因为没有足够资金而难以承担惩罚，还有非经济损失也难以转移；研究开发部门经理的私有信息使企业经理和研究开发部门经理之间难以达成有效的契约。风险规避的研究开发部门报酬机制要复杂得多，部分依赖于代理成果、部分依赖于代理行为。这包含两层含义：一是研究开发部门不承担全部风险；二是关于研究开发部门的信息都是有价值的。在实际为研究开发部门制定报酬时，由于观测信息需要成本，通常只考虑主要的信息。
（2）研究开发部门报酬制定的原则和模型
研究开发部门是风险规避者而企业经理是风险中性的情况下，线性契约报酬能够简单明了地体现报酬依赖于努力水平和业绩的原则，据此可以制定研究开发部门的报酬模式。
①信息和成本原则
为研究开发部门制定报酬时应遵循信息和成本原则，假设研究开发部门在一项具体的研究开发项目中风险规避度不变，且研究开发部门的效用函数是凹的。设研究开发部门自身努力程度用e表示，x为随机因素，Ex=0，Var（x）=σ2.研究开发部门的报酬不但与产出有关，还与其努力程度e有关。设研究开发部门的成本为努力水平的函数C=C（e），收益也是努力水平的函数P=P（e）。
假设努力指标可以写成z=e+x，考虑是否需要附加指标y来衡量研究开发成果，假设y不直接影响e，但和x统计相关，且Ey=0，Var（y）=δy2.那么报酬w为：
w=α+β（e+x+γy）7-5
这里β表示激励强度。激励强度越大，β值也越大，研究开发部门增加一个单位的e就增加β单位报酬。契约设计的原则之一是给y一个权重γ达到最优激励效果。
通过选择参数e、α、β、γ，可以得到最优契约。上述线性契约中研究开发部门的确定性等价为：
α+β（e+x-+γy-）-C（e）-1/2ρVar{α+β（e+x+γy）}
（其中x-、y-为x、y的平均水平）。ρ为研究开发部门的风险规避度。假设x-、y-为零，则研究开发部门的确定性等价为：
α+βe-C（e）-1/2ρβ2Var（x+γy）7-6
企业经理的确定性等价为：
P（e）-α-βe 7-7
总的确定性等价为：
P（e）-C（e）-1/2ρβ2Var（x+γy）7-8
由于研究开发部门的实际行为可能与契约中规定的行为标准相违背，因此我们通过分析研究开发部门努力水平e与α、β、γ的关系来确定e。由式7-8可见，假设努力成本随努力程度而上升，且递增速度上升（即边际成本递增），最大化研究开发部门的确定性等价的努力水平满足β-C′（e）=0，即满足激励相容约束。
通过选择e、α、β、γ所达到的激励相容契约（满足β=C′（e））中，有效契约是最大化总确定性等价（式7-8）的契约。要解决这个问题，首先可以给定e，通过选择α、β、γ进行优化，这就是给定努力水平的最有效的可实施问题。对于给定的e，使研究开发人员付出一定努力水平的激励强度β等于C′（e）。要将e提高到e1，就要将β提高到β1，激励强度的差额等于努力水平提高的程度乘以边际努力成本曲线的斜率，即β1-β=C″（e）（e1-e）。α对总确定性等价无影响，仅影响由企业经理和研究开发部门经理的讨价还价能力所决定的双方分享份额的大小。而γ的大小对有效契约有影响，可以通过最小化Var（x+γy）得到有效契约中的γ。
信息化原则就是对给定的报酬补偿方式，随业绩（用来确定报酬）评价因素的增加，总确定性等价也增加，给增加的因素以一定的权重可以使估计努力水平的误差达到最小。
由于Var（x+γy）=Var（x）+γ2Var（y）+2γcov（x、y）。使该式最小化就是给附加指标y以权重γ：
这个过程优化确定了研究开发部门的业绩考核指标与激励强度，研究开发部门的不变收益由参与约束唯一确定。且y的方差越小（也就是测量精度越高），相应的权重γ越大；如y与x的协方差绝对值越大（也就是附加指标能更多地反映基础指标中的x），则其相应的权重越大。若考核指标的方差σ（γ）越大，激励强度β应越小。也可以这样来解释：当指标较模糊时，报酬指标的依赖程度降低，那么研究开发部门承担的风险减小，给研究开发部门的风险补偿随之下降，相应减少激励所导致的收益损失，使研究开发部门的收益增加。
通过以上分析可以知道，如果z与y无关，Cov（y，z）=0.则z是充足统计量。y不提供任何信息，γ=0，y不进入契约。如果z与y正相关，Cov（z，y）>；0，γ0可能意味着好的外部环境（较大的x），任何给定的z可能更多地反映了研究开发部门遇到了好的外部环境而不是高水平的努力。较低的y可能意味着坏的外部环境（较小的x），任何给定的z可能更多地反映了研究开发部门高的努力水平。γ0；可以在y>；0时增加研究开发部门的报酬，yAC0 7-13
时就维持原契约。
成本原则就是对任何可以观测到的新变量，只要包含了原来变量未包含的信息，且观测新变量时的成本小于由此带来的代理成本的降低，则新变量就是有价值的，可以加入激励契约，以降低总代理成本。在收集到足够且必要的信息后，根据这些信息确定激励强度、监督强度等。
②激励强度原则
为研究开发部门制定激励报酬时，需要考虑以下四个因素：边际努力带来的边际利润；衡量业绩指标的准确性，业绩测量指标的准确性越小，测量业绩的方差越大，需要的激励强度越低，当业绩容易测量时报酬激励是一种最优激励，当业绩测量极不准确时，报酬激励往往是无效的；研究开发部门的风险规避度，研究开发部门风险规避度越小，使他们承担一定风险的激励成本也越小，研究开发部门的风险规避度越大，达到一定激励效果的激励强度越大；研究开发部门对激励的反应，激励效果与研究开发部门的C″（e）成反比。可以通过最大化总确定性等价得到e从而得到最优激励强度β。由激励约束β=C′（e），目标函数如下：
总确定性等价为：
P（e）-C（e）-1/2ρC′（e）2V 7-14
式6-10表明对任一给定的努力水平，既得到利益又耗费成本。收益为P（e），成本为C（e）和1/2ρC′（e）2V两部分。不同契约中的最优努力水平使总确定性等价一阶导为零。得到最优激励强度：
Β=P′（e）/（1+ρVC″（e））7-15
激励强度原则是通过对激励成本和激励效益进行分析，通过最大化总确定性等价得到最优激励强度和代理人的最优努力水平。
③等补偿原则
当研究开发部门在企业经理要求的不同任务之间分配时间和精力并且企业经理观测不到分配结果时，企业经理应使员工每单位努力的回报相等，否则研究开发部门将不会在低回报的项目上投入精力。
设研究开发部门有两种业务，e1和e2代表部门在两种业务上的努力程度。设部门的机会成本为开发这两项业务而放弃其他开发业务中最高的报酬，总成本依赖于总的努力水平C（e1+e2）。企业经理对业绩的测量依赖于e1+x1和e2+x2，其中x1和x2的期望值为x-1和x-2.假设企业经理给部门的线性激励报酬为w=α+β1（e1+x1）+β2（e2+x2）。研究开发部门选择e1和e2，企业经理选择α、β1、β2最大化其确定性等价：
α+β1（e1+x-1）+β2（e2+x-2）-C（e1+e2）-1/2ρVar（β1x1+β2x2）7-16
假设努力是非负的。如果e1为正数，最大化时，β1=C′（e1+e2）。同样，如果e2为正，那么β2=C′（e1+e2）。因此对研究开发部门的激励β1、β2相等时，才能保证项目同时被重视。
同样当研究开发项目分两阶段进行，且企业经理和研究开发部门的行为是共同知识，即研究开发部门很清楚企业对他们的激励政策，企业也很清楚实施各种激励措施的效果。企业经理也很清楚研究开发部门对激励强度的态度。这相当于企业经理和研究开发部门经理之间进行两阶段动态博弈。第一阶段由企业经理选择激励强度（在契约中约定第二阶段的激励强度依赖于第一阶段的业绩，或通过企业以往的做法来显示第二阶段的激励强度和第一阶段的业绩的关系）。第二阶段研究开发部门根据激励状况选择努力程度。由于每个阶段努力的信息不完全，假设第一阶段的观测指标对第二阶段的业绩制定有一定的影响，第二阶段的激励指标因此在一定程度上依赖于第一阶段的业绩。这种做法往往会产生棘轮效应，要克服棘轮效应，权衡激励与效率时就不能以第一阶段的业绩作为衡量第二阶段业绩的标准，企业要采用相对稳定的激励措施以及适当的激励指标才能实现有效的激励。
2.研究开发人员的报酬结构
总体上说，与其他员工相同，研究开发人员的报酬也是由货币收入和非货币收入两部分组成，其中货币收入包括：固定薪金、奖金、持有的企业股票收益、医疗和养老保险等；非货币收入包括良好的工作条件和福利等。这两类收入在一定程度上可以相互替代，共同作用于研究开发人员的效用函数。
如前所述，研究开发人员的工作有其特殊性，除了研发收益的不确定性和长期性之外，研发成果本身也难以衡量。研发成果测度困难不仅表现为难以用一个或者几个指标准确的衡量其成效，而且由于研发工作是一个多角色参与、分工协作的过程，不容易区分不同部门和某一个员工对研发成果的贡献。因而研究开发部门的薪酬不仅要考虑短期收益而且要考虑长期收益，不仅要注重个人的作用，更要强调薪酬的整体性，以激励性报酬鼓励团队合作。
我们可以简单地把研究开发部门的报酬分为三个部分：基本工资、短期激励报酬和长期激励报酬，表示为：W=A+B+C。从激励方式来看，A为研究开发人员的基本工资；B是对近期研究开发成果的奖励，属于短期激励；C是对长期业绩的回报，属于长期激励。A、B主要是当期收入，C多为延期收入。A是固定收入，B、C是风险报酬。为了增强激励效果，风险报酬的比例有逐渐增大的趋势。
由于研究开发部门对企业的贡献是潜在的，与企业当前利润的相关性较小，因而固定薪金A主要以现金形式支付，用以保证研究开发人员的日常生活。
短期激励报酬B主要以奖金的形式体现，B的确定除了与研究开发项目的市场和企业经营状况有关，还与研发项目的进度、完成质量有关。比较切实可行的方法是在项目开发立项前由企业与研究开发部门确定所开发的产品上市后的提成比率。
长期激励报酬C主要指以股票为基础的报酬，包括员工持股、技术入股、股票期权等方式。对于上市公司，员工持股的激励方式比较普遍；对于未上市的其他企业，企业内部股票主要用来奖励研究开发部门经理和少数技术骨干。其中，技术入股是在一个研究开发项目完成后，由企业经理和研究开发部门经理在核算企业的投入和研究开发部门投入的基础上，把研究开发成果的一部分收益归研究开发部门所有。技术股份不同于其他股份，它不可以转让，研究开发人员在非正常情况下离开企业时，其拥有的技术股份自动作废。这种方法不仅能起到激励的作用而且可以作为“金手铐”抑制研究开发人员离职。