唐宋以来，陈家一直是皇帝的顺民，恪守封建礼教，不聚众闹事，不追求异端。一千多年后，偏偏在陈家，出了一个“异端”首领，一个“乱党”领袖。横逆而来，霹雳一声，把祖训翻了一个底朝天。
1879年旧历8月24日辰时，陈独秀出生在安庆后营（黄家操场至安庆二中一带）。这里太平天国时是清营，此时是一片菜地，附近住着贫穷的人家。陈独秀夫人高氏曾对其子松年说，陈独秀出生的地点在同仁医院大门和培媛女中大门之间的小门里。基督敦圣公会征用培媛女中西边的菜地建同仁医院时，陈家才被迫迁走。培媛女中大门（后为基督教三自爱国会）今为健康路九号。
陈独秀三岁时，即1882年旧历8月15日，父亲陈衍中在苏州染上瘟疫，死于苏州怀宁会馆。这天是中秋节，别人家是团圆日，陈独秀家是塌天的日子。丧事由窦家办理。窦军门的第五子窦以珏，辛亥革命前任过安徽咨议局议长，后来，他把女儿窦以珏嫁给了陈松年，母亲查氏三十二岁守寡。在陈独秀的记忆里，母亲是个一辈子受穷、忍辱负重的大好人。家里穷得丁当响，乡人有急难，查氏尽力相助。族长手下一个户差，常以各种名义找人要点钱花。一天，户差进门对查氏说，陈家祖宗在阴间缺钱，托话给他，叫他捎钱。说完，户差打了一个哈欠，直挺挺倒在床上，嘴里咕咕噜噜，鬼话连天。查氏也不去揭破他，从箱子底下翻出几块钱。陈独秀知道户差是装神弄鬼，和一群小朋友在屋前屋后一起喊：“失火！失火！”户差一听，慌忙睁开眼睛，说：“我在阴间就闻到烟味，知道失火了。”陈独秀和小朋友们一旁哄笑，说：“一点不灵。”户差恼羞成怒，查氏忙赔不是。白胡子爹爹知道后，大骂陈独秀“翻生货”。
父亲去世一个多月，陈昔凡原配方氏9月24日去世了，年二十四岁。三儿子、四媳妇相继去世，给陈家蒙上了阴影。白胡子爹爹脾气更坏了，抽鸦片、骂人，下人动辄得咎。怀宁渌水乡老家陈家剖屋来人，陈独秀母亲查氏召呼他们，手脚轻些，防止挨骂。
陈独秀六七岁时，祖父叫他背四书五经。陈独秀天资好，但玩性重，急急巴巴的。白胡子爹爹拿篾条抽他。陈独秀挨了打，手上凸起了一道道红色的印子，小嘴倔犟地鼓在一起，两眼狠狠地瞪着白胡子爹爹。祖父气得大骂，“将来长大了，一定是一个杀人不眨眼的凶恶强盗，不成龙就成蛇”。
1889年，七十一岁的白胡子爹爹去世了。家人把老人葬在十里铺老祖山，与陈独秀的父亲陈衍中合墓。
过了两年，陈独秀十二三岁时，二十岁的哥哥庆元已考取了秀才，承母亲的意思，督促弟弟做八股文章。哥哥是个阿弥陀佛的性子，管不住弟弟。陈独秀不喜欢看《四书》、《五经》，埋头看《昭明文选》和杂书，庆元无可奈何。查氏流泪对陈独秀说：“去到考场放个屁，也替祖宗争口气。你这样贪玩，怎么对得起你死去的爸。”见母亲流泪，陈独秀心软了下来，只好硬着头皮做八股文章。