“中国共产党左派反对派统一大会”后不到二十天，1931年5月23日，国民党抄查了托派中央机关。逮捕了托派中委郑超麟、王文元、陈亦谋、宋逢春、濮德治五人，此外，被捕了何资深、何妻张以森、江常师、楼国华、郑超麟妻子刘静贞及一姓王的工人，王妻子、女儿共十三人。
原来，马玉夫因没有选上托派中委，到上海龙华国民党警备司令部告密。马玉夫不知道陈独秀、彭述之家，两人幸免。陈独秀捶胸跺地，大骂：我不识人，马玉夫是工人，哪里想到他会如此下流。
郑超麟等人被抓后，罗汉、区芳躲了起来，王平一在徐家汇开了纸烟店，梁干乔没有当上托派中委，到南京投靠了戴笠，后来当上了“复兴社”十三太保。
郑超麟等人被逮捕后，陈独秀、尹宽、宋敬修、蒋振东等成立一个临时托派中央。不料8月的一天，宋敬修、尹宽、蒋振东、金鸿图、孙玉杰等人在上海英租界振华旅馆开会，被国民党全部抓获。托派机关第二次大破获后，陈独秀、彭述之和刘仁静重归于好，恢复了托派中央活动。
九·一八事变后，陈独秀以托派中央名义发表了“为日本帝国主义侵占满州告民众书”，在《火花》上发文，谴责日本帝国主义罪行。
年底的一天，潘兰珍告诉“李先生”，听说楼上亭子里住着一个“老西”（老C，指共产党）。陈独秀怕是国民党的特务，在郑超麟帮助下，再次搬家，搬到周家咀一条弄堂，岳州路永兴里十一号二楼居住，后面是一家裁缝店。
12月，蒋介石下野，离开南京。陈独秀积极性大增，创办了《热潮》月刊。几乎每一期《热潮》上，都有他的短文七八篇。陈独秀写短文化名“顽石”和“三户。”“楚有三户，亡秦必楚”，陈独秀自喻三户，表示虽势单力簿，仍有信心能治国平天下。此外，中共中央机关1925年设在“三曾里”，这里只有三户人家，陈独秀取“三户”，有怀旧之意。
1932年1月28日，日军进攻上海，沪淞战争爆发。当时蒋介石重返南京，与汪精卫联合执政。陈独秀向彭述之、罗汉提议，向中共中央提出合作抗日。罗汉大革命时曾任国民革命军第四军政治部主任。当时，王明已去莫斯科，张国焘去鄂豫皖苏区，周恩来去了江西中央苏区，中共中央临时政治局由博古、张闻天、卢福坦、李竹生、康生、陈云组成，博古任总负责。
2月10日，托派中央委员会讨论陈独秀起草的政治决议案《目前形势与我们的任务》，提出各地托派分子“组织及参加各地工人、农民、城市贫民的义勇军运动，使之坚决地举起反日及国民党的旗帜……在已有的农民苏维埃的省份，城市苏维埃或义勇军占领的城市。”这次，陈独秀改变了以前瞧不起红军的态度。会上，刘仁静、陈岱青、陈其昌、赵济、王平一、李特等人不赞成陈独秀与苏维埃红军汇合行动的主张，认为这仍然是机会主义投降了斯大林派的主张，违背了托洛茨基的不断革命论，提出要与陈独秀进行坚决无情的斗争。陈独秀则说他们是取消主义。
4月，顾顺章逮捕叛变，很快向忠发逮捕、叛变，并被杀。中共中央联络地点全部更换，罗汉找到施小君夫人，请她转信。中共中央收到陈、彭、罗三人信件后，认为这是维持在工人中的欺骗活动。在给国际的信件中，明确表示，“党不能与陈独秀派开联席会议，革命的共产党与反革命的陈独秀是不能联合在一起的”。
春天，和郑超麟一起被捕的宋逢春、濮德志（清泉）因狱中流行时疫，保外就医。陈独秀拼凑了一个托派中常委：陈独秀、彭述之、罗世凡、宋逢春、濮德治，谢德盘任秘书长。
濮德志是陈独秀亲戚，从狱中出来后，想找个工作混口饭吃。陈独秀给蔡元培去信请求帮忙。在这之前，蔡元培的亲戚周仲奇先生给陈独秀看了肠胃病。去年深秋，为陈训丹找工作，陈独秀也给蔡先生去过函。这次，陈独秀请柏文蔚将信转给蔡元培，蔡元培转请中山大学罗家伦校长、暨大沈鹏飞校长，又找了商学院裴复恒校长等，因为陈独秀讲濮曾在沪、皖任教，所以蔡在几所大学为濮找事。后来濮德治几经周折，在上海招商局月刊任编辑。
这一阵，陈独秀常和潘兰珍经常吵架。不久前，一位逃荒妇女因患血吸虫病，腹内积水，想把四岁女儿送人。潘兰珍是贫穷人，自己的孩子夭折，一直喜欢小孩，和陈独秀商量后，把这个孩子收养了。小女孩跟潘兰珍姓，叫潘凤仙。因为经济困难，加上多了一个孩子吃饭，陈独秀情绪不好，脾气很大。终于有一天，潘兰珍带了养女，回浦东了。陈独秀生活困难，在潘兰珍走后，将她的羊皮袍及驼绒被当了，将当票和潘兰珍一点值钱的东西用一个小布袋装好，放到中间抽屉里面。他想，潘兰珍气消了，或许还会回来。
陈独秀没有想到，他等不到潘兰珍回来了。托洛茨基于1932年9月下旬和1932年10月上旬给陈独秀连写了三封信，也无法收到了。