胡公冕到上海汇报了情况，陈独秀召集了中央会议。他认为，现在还不清楚国际的态度，广州区委不能冒冒失失与蒋介石搞僵，要设法阻止群众上街抗议示威，防止把蒋推到军阀一边去。最后，会议决定派张国焘去广州，同时等待布勃洛夫回国后的国际指示。
国民党中央宣传部秘书茅盾问陈延年：“事情如何结束？”陈延年说，“中央来了电报，要我们忍让，要继续团结蒋介石准备北伐。我们已经同意撤回了第一军中所有的党员。但蒋介石要求解聘季山嘉，这不是中国党的事，让蒋介石自己向莫斯科交涉。”
张国焘于1926年4月2日赶到广州，立即在文明路的广州区委会议室，向陈延年等区委领导人传达了陈独秀的意见。广东区委办公地点在文明路七十五至八十一号，是一栋欧式建筑风格的三层楼的房子里，朝街的八扇窗户十分高大。
陈延年说：“我一开始便同意毛润之意见，对蒋介石来一个回击，无奈中央害怕影响团结，怕吓退国民党资产阶级，硬不同意……不错，蒋介石有军队，可是我们有群众，不怕他，任他怎样跳，怎么也跳不出如来佛的掌心……老头子糊涂极了，他不相信工农群众的力量，对蒋介石破坏国共合作，排斥共产党人的阴谋视而不见，不敢同国民党右派斗争，将会把革命断送。”“老头子糊涂极了”，指陈独秀不同意反击。
张国焘离开上海后，尽管共产国际关于三·二〇事件的指示还没有来，陈独秀根据和布勃洛夫谈话的要点，于4月3日写了《中国革命势力统一政策与广州事变》一文，为了不引起共产党和国民党的分裂，他说，“蒋介石是中国民族革命运动中的一个柱石”，广州事变的根本原因，是帝国主义、军阀及右派分离革命势力。
同一天，陈独秀写《广州事变之研究》，说：“李之龙方被共产党处以留党察看的处分，中山舰案初起，共产党颇疑心是李之龙受反动派运动所为，今竟指为共产党倒蒋阴谋，岂非世间不可思议之事！”说“李之龙方被共产党处以留党察看的处分”，不知是策略考虑还是真实情形。
十天后，陈独秀写了《什么是帝国主义？什么是军阀？》一文，对于蒋介石假意辞去军职一事说：“蒋君的责任是在不把自己变成军阀，并努力使国民党及国民政府没有军阀发生，自己个人消极的辞去军职，这是不对的。”
陈独秀心里清楚，蒋介石的行为与军阀没有区别。他自己也巴不得退出国民党，改为党外联盟，但自己无权，只有等共产国际的指示！因为不舒服，陈独秀写好文章后，到五马路亚东图书馆去散心。
在亚东，陈独秀遇到自广州来的高语罕。高语罕是安徽寿县正阳关盐店巷人，清末在安庆测绘学堂读书。1920年10月经李大钊、张申府介绍加入北京共产主义小组。三·二〇事件时，蒋介石拿黄埔军校中的共产党员开刀，高语罕逃到上海。陈独秀急于了解三·二〇真相，见到高语罕十分高兴。
6月4日，陈独秀写《给蒋介石的一封信》，提到高语罕：
先生所举各种阴谋之第三个事实是：“至于在学校里面。政治主任教官高语罕……彰明较著说我们团体里有一个段祺瑞，要打倒北方段祺瑞，就先要打倒这里的段祺瑞。”我们早已闻有此说，曾函询广东的同志，他们回信说：“语罕同志初回国，要好心太急切，期望国民党尤其期望黄埔军校也太急切，因此语罕态度都不免急切一点，至于‘打倒我们的段祺瑞’之说，绝对汉有，乃翻译之误，语罕已在报上声明过，当不至因此发生误会。”语罕来此，我亦当面诘责过，他亦力辩无此事，我曾告诉他，如果无此事，你应详细向介石先生说明，以免误会。语罕是我的老朋友，我深知他，他一向很老成，当不至有这样荒谬的见解，望先生再详细调查一下。
三·二〇事件发生后，陈独秀给共产国际写报告，主张退出国民党，得到了托洛茨基、季诺维也夫的支持。但斯大林、布哈林坚持中国共产党继续留在国民党内。
5月13日，斯大林作报告说：“联共中央确信，反对派关于立即同总委员会决裂的要求，实际上是利用一些困难进行极左投机，它只会削弱国际共产主义的阵地，导致苏联无产阶级的国际处境进一步复杂化，而反对派要求共产党人退出国民党和实质上把国民党的领导权交给国民党右派的方针，则是拱手让出中国革命阵地，迎合取消派，不再让中国无产阶级成为资产阶级民主革命的领袖。”
一年后，1927年4月14日，已被撤去共产国际主席职务的格·季诺维也夫写《关于中国革命的提纲》，指责莫斯科掩盖蒋介石叛变革命的事实：“关于1926年3月20日蒋介石的政变（当时俄国共产党人遭到逮捕），我们的报刊连一个字也没有提，俄国的工人，同样整个国际无产阶级，都对这一事件毫无所知。”
托洛茨基1927年5月在共产国际八大上说，苏联在三·二〇事件发生前，仍然在帮助蒋介石说话：“3月16日，即蒋介石实行政变以前不足一个月，《真理报》的一篇社论指责反对派，说准备叛变的资产阶级按照反对派的样子窃居了国民党和国民政府的领导地位。《真理报》不是向中国工人澄清这个事实，而是愤怒地否定这个事实。它声称，蒋介石是服从国民党的纪律的，就好像反对派在革命迅猛发展的时候就能服从联合党的政治纪律似的。”
陈独秀提出退出国民党，将党内联合改为党外联合，无意中与新反对派不谋而合，因此遭到布哈林严厉批评。1929年12月10日，陈独秀写《告全党同志书》，说到此事：
我在3月20日事变后对国际报告中，陈述我个人的意见，主张由党内合作改为党外联盟，否则其势必不能执行自己的独立政策，获得群众的信任。国际见了我的报告，一面在真理报上发表布哈林的论文，严厉的批评中共有退出国民党的意见，说：“主张退出黄色工会与退出英俄职工委员会，已经是两个错误，现在又发生第三个错误，中共主张退出国民党。”