北京特别会议结束不久，1926年3月12日，发生了日本军舰炮轰大沽口事件。日军轰击了与奉系军阀交战的冯玉祥的国民军，炸死炸伤十余位国民军。事件发生后，日本联合美、英、法等八个帝国主义国家发出最后通牒，提出撤出大沽口中国驻军等无理要求。
3月18日，北京各界民众五千人在中共北方区委赵世炎、陈乔年以及共青团北方区委书记萧子璋等领导下，抗议日军的野蛮行径，举行示威请愿。群众结队来到铁狮子胡同段祺瑞执政府门前时，预伏的军警开枪射击，鲁迅的学生刘和珍、杨德群等四十七人惨死，伤二百余人，制造了三·一八惨案。负伤的人包括乔年，他在铁狮子胡同与段祺瑞的军队拼搏时，不幸被敌人刺刀刺中前胸。
潘赞化后来写《我所知道的安庆两小英雄》，提到乔年受伤的事：“18日，更大的示威游行又发动了，当天李大钊与乔年皆参加在内，乔年胸前曾受兵士刺刀之伤，几穿心脏，衬衣都被鲜血染红，即入医院疗养。不久即调上海。”
鲁迅正在写《无花的蔷薇之二》，他悲愤地将这一天称为“民国以来最黑暗的一天”。过了三天，许羡苏去北京西三条二十一号看鲁迅，鲁迅的母亲不安地对许羡苏说：“许小姐，大先生这几天气得饭也不吃，话也不说。”传说段祺瑞要通缉五十人，鲁迅上了黑名单，他不得不到处避难，并写下了《纪念刘和珍君》一文。
惨案后的第三天，陈独秀为首的上海中央局即发表《为段祺瑞屠杀人民告全国民众》，提出民众团结起来，武装和革命。4月13日，陈独秀在《向导》发表《绅士们请看北京血案的司法调查》，引用了京师地方检察厅致陆军部的信：
计共验死尸四十三具，生伤四十五名，函称负伤而未受验者七十三人……内左四区巡长王文绍供称……在卫队开枪以前，学生仅喊口号，没有别的动作；保安队副分队长郎葆贤供称，学生都拿着旗子传单，没有别的东西，凶器及放火的东西，都没有看见……卫队放了两次枪，大约放了有一千多子弹……开枪时刻均在群众奔逃之际……距国务院大门颇远……此次集会请愿，宗旨尚属正当，又无不正当侵害之行为，而卫队官兵遽行枪击，死伤多人，实有触犯刑律第三百十一条之重大嫌疑。
不久，张作霖、张宗昌的奉系占领了北京，并与直系军阀联合起来，到处搜捕革命党人。李大钊被迫迁往东交民巷苏联大使馆西院的兵营里继续领导北方区委工作。夏天，陈独秀考虑到李大钊在北京工作已十分危险，写了一封亲笔信交中央秘书处同志，派人专程由沪至京，要他离开北京。但李大钊对罗章龙说：“我的意见，你先去，我暂留北京，至少要成立一个北方新区委。”
陈独秀见李大钊不去武汉，又以中央名义来信催。罗章龙临走时，劝李大钊说，“我是南方人，我们一起走方便些。”当时长江已被封锁了。李大钊坚持不走，说：“北方区委人少，现在走我不放心，北伐军很快要打到北京，应先做点安排。”见李大钊不同意走，罗章龙又去做李大钊夫人赵纫兰的工作，赵纫兰摇头说：“守常定下的事，我劝不了。”罗章龙见李大钊主意已定，只好先离京南下。