武汉一克，咸丰急于求成，拒绝曾国藩以两湖为基础，好好经营一下湖北进而取江西、安徽的稳扎稳打战略，令曾国藩东下，从而导致曾国藩的又一次危机。
于是，曾国藩只好一举而下九江湖口，然后进攻太平军重镇石达开帅府所在地安庆。昔日湘军劲旅，屡战屡败，曾国藩、塔齐布加上官文，他们的对手不过是翼王石达开麾下的前部将校守武昌的太平军主将也不过是初露头角的18岁的陈玉成；现在，曾国藩却想登堂入室，挥师搦战，跟太平军的石达开一试身手，较量一番了。
可石达开仍不亲自出阵，他用燕王秦日纲在田家镇督师，以大将石凤魁（石达开的兄弟），地官副丞相黄再兴为左右两翼，沿江岸布防，检点陈玉成为前路，守蕲州最前线。
从咸丰旧年（1854）九月初九打到九月十九，陈玉成在蕲州损失三十几条战船，兴国州、大冶城相继失陷，湘军一路攻来，但是他们的残忍更令太平军“神”人共愤；他们捉到俘虏，先把两眼挖掉，然后凌迟，也就是千刀万剐细割地处死。
二十九日，蕲州江面大战，陈玉成先胜。彭玉麟、杨载福等七营水师力战不退，湘军虎将四川人鲍超当时还是一名哨官，在这一战中奋勇无比。太平军胜而后败，损失战船一百十余艘。这以后从十月初一打到初十，陈玉成势不能敌，退回蕲州守城。与此同时，秦日纲在南岸半壁山苦战塔齐布，也是先胜后败，死伤数千，退回田家镇去了。
国宗、韦俊、石镇仑、韦以德奉翼王之命，匆匆自芜湖赶来，会合秦日纲，反攻半壁山，但是湘军精锐全出，罗泽南、塔齐布两军拼死抵住，石镇仑、韦以德阵亡，太平军又是一次大败，阵亡千余，溺毙数百，所有将士带伤的十居八九。
十月十九日那一天，曾国藩到了田家镇，他技痒，又来亲自指挥。
二十五日展开前哨战，湘军水师李孟群攻小池口，罗大纲小败。次日李孟群增兵三营，再战，起先互有胜负，石达开从安庆遣一支军来助阵，不援罗大纲，出击小池口外清朝赣军总兵多隆阿，把他的营盘全部烧毁，解了小池口之围，使曾国藩又败一仗。
石达开命秦日纲、罗大纲、韦俊、陈玉成等，在九江北岸集中兵力，因为他早已料定了湘军必自北面来攻。十一月初一，罗泽南、塔齐布、周凤山分三路向黄梅杀来，太平军也分三路迎敌，很可惜，湘军士气正旺，冲锋搏杀，前仆后继，太平军又败，折了三千多人，从河埔的营盘，也被摧毁了五座。
黄梅外围一败，湘军翌日攻城，这一场战事打得异常激烈，湘军主将塔齐布受伤，守备王映珍阵亡，打到最后，湘军越战越勇，秦日纲等不支，弃城退守安徽的宿松和太湖。这算是曾国藩编练湘军，亲临指挥，屡败之余惟一所获的一次小胜。
十二日至十四日，湘军攻乌鱼坝，罗大纲、赖桂英渡江向东南退湖口，九江之北全无太平军踪迹。曾国藩耀武扬威，乘坐统帅座船，直驶九江城外，他要挥兵下九江了。
随后，湘军水师肃清九江江面的太平军。十八日败太平军舟师于江口，将九江、湖口间太平军的营房一扫而光。同日塔齐布自十五日攻克的小池口渡江，大军直抵九江南门外，连营百里，旌旗蔽空，湘军水陆两师全部到齐，曾国藩还怕兵力不够，又调湘、鄂、皖三省的部分部队，都投在九江外围阵线。
石达开将安徽防务交给部将陈宗胜、周胜坤，翼王驾临湖口，不遑休息，立遣湖口守军检点何朝元、黄文金向南进攻吴城镇，驻守的赣军总兵赵如胜不知兵从何来，措手不及，被太平军夺去并焚毁战船一百余号，大炮七百余尊，赵如胜败走南昌。曾国藩万万料不到石达开会有这一招，一举解除九江南面的威胁，并且使屡屡败阵的太平军，精神一振，士气恢复。
先声夺人的石达开，从容部署。他用罗大纲守梅花州，林启荣守九江城，以东岸县城为大营，督饬水陆两师严密布防；又于湖口内扎了大小木牌各一座，东岸筑土城，西岸筑木城，营外广布木桩、竹签，厚达十余丈，然后再沿城掘壕数重，埋没地雷，上用巨木纵横为架，却是遍设铁蒺藜，所有防务工事，太平军倾城而出，一日之内便告完成。翌晨曾国藩又坐官船前来窥探，直惊得他目瞪口呆，石达开似有神助，他竟能在一日间将这座陷于重围的九江城，变成了金城汤池，铜墙铁壁一般！
二十七日，曾国藩使李孟群出战，舟师驶至湖口城边，立被太平军船击退。从这夜起，石达开再施心理作战，他命陆师分为两班，彻夜燃放火毯火箭，大声鼓噪，把乘胜而来，锐不可当的湘军，锐气尽堕，每天夜晚都不能安枕入眠。
大军云集，虽然将士惊怯，曾国藩硬起头皮，也得鼓勇进攻，十二月初六，他令胡林翼、罗泽南的陆师分路进攻梅花洲，被罗大纲杀得大败而逃。次日，又被罗大纲乘胜利余威，出垒杀了一阵。初十，湘军再度猛犯，罗大纲越战越勇，湘军再败。
十二日胡林翼、罗泽南、彭玉麟、李孟群合兵一处，并力猛攻梅花洲，曾国藩心生一计，命水师一百二十余号，精兵两千余人，尽除鄱阳湖口障碍，冲入湖内。翼王哈哈大笑，因为湖口障碍的如此容易清除，正是他的诱兵妙策。当时只听一阵锣响，湖口两侧太平军工兵齐出，飞速设卡筑垒，断了这大队水师的归路，使实力雄厚、所向披靡的湘军水师，在湖里湖外，被斩为两段。
妙在石达开困住了湘军水师，而不去攻打他们。当夜，石达开命梅花洲的罗大纲，尽起舴艋小舟，突击湖口彭玉麟、李孟群的水师，黑暗中彭、李不知来船多少，心摧胆战，被太平军斩了都司史久立，焚掉大船九号，小船三十余艘、李孟群、彭玉麟开船便走，一路痛遭太平军小船袭击，这两员水师大将，差一点儿送了性命。
李孟群、彭玉麟率领残余船只，逃到上游，另一半水师还困在鄱阳湖里，左冲右突，逃不出来。曾国藩急得彻夜不眠，浇舱旁皇，他辛苦经营多年，视为百战百胜无上法宝的水师，被石达开略施小计，一次袭击，损失了一半有余。
不久，石达开挥师反攻破敌。半夜三更，无星无月，他使林启荣自九江，罗大纲由小池口，两面进攻，也是只用了一百多艘小船，突击湘军水师，衔枚疾进，金鼓一鸣，待驶近湘军水寨，火弹喷筒齐发，满江密布火网，曾国藩麾下的战船，纷纷起火燃烧，一队舢板，直扑曾国藩的“坐驾船”——旗舰，黑夜之中，远近不辨，吓得曾国藩衣冠不整，跳入江中，被护卫救上小舟，仓皇逃到陆上，投奔罗泽南的大营而去。
他“旗舰”上的管驾官、监印典吏、两名把总、无数卫士全部被杀，水师全溃，将士四散奔逃，湘军的文卷册读，粮台银两，尽入太平军之手，是役湘军水师一百多号战船被烧得精光。曾国藩在罗泽南的营里，目睹水师覆灭，船沉勇溃，他实在是活不下去了，愤不欲生，又一次赴水求死，幸为罗泽南、刘蓉竭力拉住。
曾国藩的这一次惨败，使声誉鹊起的湘军，水师尽灭，陆营战志全堕。曾国藩自杀不死，黯然逃到南昌，受尽天下的冷讽热嘲，奚落讪笑，他自己也说：“乙卯（咸丰五年）九江败后，赧颜走入江西……丙辰（六年），被困南昌，官绅人人目笑存之。”
湘军与太平军的争夺，关键在于长江的控制权。因此曾国藩花费了大量心血经营湘军的水师，并根据太平军水师的弱点，将湘军水师设计为大小船配合，有点类似现代海军的航空母舰作战序列的布置，从而具有明显的战术优势。出省与太平军作战，水师发挥了重要的作用，曾国藩因此十分依赖水师，自己也随水师行动。
咸丰四年十二月，曾国藩利用鄱阳湖的地形特征，将湘军水师分为湖内和长江两部，湖内为灵活的小船，长江为笨重的大船。
失去小船保护的大船，成为太平军攻击的靶子，损失严重。从战术的角度，大小船分离之后，湘军水师的战斗力已经明显下降，有军事素养的人都应当理解这一点。曾国藩太看重水师，明知这种情况，仍然坚持随水师行动，犯了明显的战术错误。
十二日水师大败之后，当天晚上，太平军就利用小划子对湘军水师的战船开始了有计划的袭击，湘军水师再次遭受严重损失；次日晚上，又遭袭击，曾国藩不得不退回九江。
面对太平军利用小划子袭击湘军笨重的战船，曾国藩没有想到合适的应对措施，仅仅是调来了杨载福，以为杨载福可以搞定一切。事实上，生病的杨载福直接接手刚刚溃败的湘军水师，很难及时安排合理的防止袭击的措施。
二十五日晚，太平军又利用小划子袭击湘军的水师，并围攻曾国藩的座船，并缴获其座船。曾国藩投水自杀，侥幸被人救起。在岸上，眼睁睁地看着自己苦心经营的水师彻底被毁，痛不欲生，准备策马赴敌而死，被大家拦住。
事实上，湘军水师被分离之后，水师就是挨打的靶子。没有战术观念的曾国藩将自己放在活动的靶子上面，不自杀才怪呢。
战术的失败往往是不可挽回的，曾国藩这一次的战术失败同样没有办法挽回，其实也没有必要挽回，他不可能派人去抢回被太平军夺走的帅船。曾国藩只能是重振湘军，以图将来，反败为胜。
战场的变化是迅速的，太平军在湖口大败湘军之后，乘胜进军湖北，反攻武汉。曾国藩为了收拾残局，就派胡林翼回援武汉。
巡抚陶恩培一直看不上湘军，甚至上书咸丰“罢遣湘军”。胡林翼又使出了湘军的惯用伎俩，坐视太平军攻克武昌，陶恩培兵败自杀，铲除了湘军的一个竞争对手。
武昌回到太平军手中之后，咸丰不得不依靠胡林翼反攻武昌，胡林翼借机在湖北占稳了脚跟。这对于湘军十分关键，是湘军历史上最重要的转折点之一，改变了湘军一直没有地方实权的被动局面。
首先，湖北在整个战局中具有重要的战略地位。湖南是湘军的根基，湖北是湖南的屏障，又可以支持江西的曾国藩，胡林翼坐镇湖北，巩固了湘军的根据地。
其次，曾国藩孤军深入江西，被隔断在长江下游，如果湖北被太平军控制，曾国藩只有死路一条。湖北由湘军自己控制，为曾国藩起死回生打下了坚实的基础。
第三，胡林翼出任湖北巡抚，代表了湘军开始掌握地方实权。湘军在此基础止，联合扳倒了湘军发展的绊脚石——湖广总督杨霈，显示了湘军在政治上也日益壮大。
湖口之战，石达开指挥太平军把湘军的水师分隔成为两个部分，鄱阳湖内仅仅剩下120条小船和2000名水勇，不但不能冲出湖口与外江的水师汇合，连生存都发生了问题，曾国藩必须重新建立水师。
既然进入了江西，曾国藩就决定好好在江西经营，因为江西是满清和太平天国争夺的战略地区，是攻守易位的分界线。
曾国藩动作真得很快，湖口失败之后的一个月，也就是距离投水自杀仅仅半个月，就开始了湘军水师重建的工作，回乡募勇的募勇，造火药的造火药，造船的造船，并调彭玉麟统帅内湖水师。
到了三月份，曾国藩成功地将湘军恢复了元气。