朱元璋建立明朝以后，为了强化封建专制主义，加强中央集权，对中央和地方的封建官僚机构，进行了一系列的改革。
在中央，明初设中书省，置丞相，统率百官，总理政务。大都督府管军事，都察院与大理寺掌纠察、刑法。1380年（洪武十三年），朱元璋杀掉丞相胡惟庸之后，即废除中书省，不再置丞相，而以吏、户、礼、兵、刑、工六部分别整理全国政务旷军事上，分都督府为五，管理卫所，负责军队的训练与管理。有战事则由兵部征调，派将军统领出征；事成后则上所佩将印于朝，而官军则各散归本卫。司法上，由都察院司纠劾，刑部掌刑狱，大理寺主审查。有大狱则由三法司共同审处。这样，朝廷的行政、军事与司法人权被分割而隶属于几个独立的机关分掌，以互相牵制，防止专权。这些机构的官员都直接向皇帝负责，重大事件，必须报请皇帝批准才能实行。
事权过分地集中于皇帝个人身上，必然使他穷于应付，而需要有人协助。1402年（建文四年），朱棣夺得皇位后，特命翰林侍读解缙、编修黄淮、侍读胡广、修撰杨荣、编修杨士奇、检讨金幼孜、胡俨等7人入值文渊阁，参与机务，称之为“内阁”。但他们官品不高，只是皇帝的顾问。内阁也不置官属，不能管辖诸司；诸司奏事也不向他们通知。仁宗继位，因阁臣杨士奇、杨荣是东宫的旧臣，便升杨士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士，杨荣为太常卿兼谨身殿大学士。他们不久都升任尚书。从此阁臣或加太师太保、尚书、侍郎仍兼学士、大学士衔，内阁职权渐重。英宗9岁当皇帝，朝廷大政都得由阁臣事先代拟诏令旨意。从此，内阁大学士虽无宰相之名，而有宰相之实。孝宗对阁臣更加尊重，在朝会时，也将阁臣的班位排在六部尚书之前。世宗信任严嵩，内阁大学士的权力与宰相完全相同。皇帝口述旨意，司礼监的秉笔太监用碟笔记录（称“批红”），交给内阁，由内阁首席阁臣（称“首辅”），依照“批红”拟成诏谕（称“票拟”），然后，再交皇帝批准颁布。所以首辅的权力又超过其他阁臣。因此，内阁阁臣中争夺首辅权力的斗争经常发生。
在地方，1376年（洪武九年），废除行中书省，把全国分为十三布政使司（俗称省），设立承宣布政使司（简称布政司）、提刑按察使司（简称按察司）和都指挥使司（简称都司），合称“三司”，分理地方政务。布政司，设左、右布政使各一人，下属左、右参政等若干人，执掌一省的行政事务，把朝廷的政令下达所属府（州）县。按察司设按察使一人，副使、佥事若干人，掌一省的刑狱按察等事，凡有关官吏好坏，军民利病，各种兴革等，都可查问纠举。但职权仅限于对布政司、府（州）县的官吏“笞杖”以下的处罚，“徒、流”以上的处理，都必须交中央三法司审议。都指挥使司，是一省的军事机构，设都指挥使等，管理本省的卫所。职权是训练和管理地方卫所部队，但没有调遣权。平时，保卫地方政权，维护社会治安。遇有战事，则听从中央调动和指挥。
地方上布、按、都三司并立，分别掌管地方的行政、监察和军事，互相制约，防止了地方专权的现象，达到了集权中央的目的。但也由此引起了三司相互掣肘、推诿，以致政权机器运转不灵的弊端。明王朝为了改变这种状况，又设置了巡抚、总督。
巡抚之名起于洪武时期，1391年（洪武二十五年），朱元璋派遣太子朱标以巡抚之名视察陕西地方。1421年（永乐十九年），朱棣派遣大臣分巡天下，了解军民疾苦。1430年（宣德五年），朱瞻基派遣御史于谦等6人，分别以侍郎的官衔巡抚山西、河南等省。这时的巡抚，还属临时派遣，“事毕复命”。没有固定的地区和任期，连家属也不准携带。1453年（景泰四年），因巡抚与都察院派往地方的巡按御史不相统属，时有矛盾。于是，朝廷加巡抚以都御史职衔。世宗嘉靖年间，又以巡抚兼提督军务，任期往往三、五、七年，或一二十年。管辖地区一省至数省不等。于是巡抚俨然成为某一地区总揽行政、监察和军事的地方长官。原来地方三司长官的职权日小，变成了巡抚的属员。
总督的设置始于英宗正统时，以兵部尚书王骥总督军务，征麓川。后来在两广及三边等边境地方为了加强对防御和镇压的统一指挥，又设置总督或总制。巡抚以下、总兵，都听其节制。总督由朝廷派重臣担任，综理一省或数省的军政事务，而且逐渐成为地方的专设官员，地位又在巡抚之上。
明朝废宰相而又增设内阁大臣，废行省丞相而又置总督、巡抚。废而复设，并且一直为清代所沿袭，说明当时的政权设置本身存在有这样一种需要。但是在废、置之间，已有崇、卑的差别。宰相是百官的首领，内阁是皇帝个人的助手；行省是中枢在地方的分司，总督、巡抚只是受派遣的地方官长。因此，无论阁臣或总督、巡抚，都是明代高度专制主义中央集权体制的一个环节。