一、经学（包括哲学）方面的：
1、《麟经指月》，十二卷，泰昌元年（1620）刊，科举用书。
2、《春秋衡库》，三十卷，附录三卷，备录一卷有天启五年（1625）本，科举用书。
3、《四书指月》，今存《论语》六卷，《孟子》七卷有明末刻本，科举用书。
4、《春秋定旨参新》，三十卷，疑为书贾改头换面之《春秋衡库》。
二、历史学（包括方志）方面：
1、《甲申纪事》十三卷，包括《甲申纪闻》、《绅智略》、《燕都日记》，系冯氏的记、文、诗和他人的著作及揭帖、塘报等。
2、《中兴实录》，一卷，有南明弘光元年（1645）刻本，多收大臣奏章。
3、《中兴伟略》，一卷，附在《精刊补注详解纲鉴历年捷报》之后，有隆武。
二（1646）刻本。
4、《中兴从信录》、《清代焚毁书目》著录，辑揭帖、塘报、杂记等，分为仁、义、礼、智四集。书未见。
5、《纲鉴统一》，三十九卷，论题一卷，有黄道周崇祯十五年（1642）序。
6、《寿宁待志》，二卷，原书存日本，今有福建人民出版社整理校勘本，且有冯氏的一些诗文。地方志书。
三、文学方面的：
1、诗集：
（1）《七乐斋稿（集）》，今不见。
（2）《游闽诗草》，一卷。
2、散曲集：
（1）《宛转歌》，为个人创作，今不见。
（2）《太霞新奏》，十四卷，时人散曲选辑。
3、词谱：《墨憨新谱》未完稿，未刻。其内容收入沈自晋《重定南词全谱》。
4、小说：
（1）《古今小说》（《喻世明言》），四十卷四十篇，篇两图，有天启年间天许斋本。
（2）《警世通言》，四十卷四十篇，篇两图，有天启四年金陵兼善堂刊本。
（3）《醒世恒言》，四十卷四十篇，篇两图，有天启七年金阊叶敬池刊本。
（4）《智囊补》，二十八卷，始辑《智囊》后增定有明刊本。
（5）《情史》，二十四卷，又名《情史类略》、《情天宝鉴》，有刊本，选历代笔记八百七十余则。
（6）《古今谭概》，三十六卷，明叶昆池刊本，为诙谐的史传、杂录故事选辑。
（7）《古今笑》，三十六卷，墨憨斋刻本，系《谭概》易名。
（8）《笑府》十三卷，笑话集。
（9）《广笑府》，十三卷，笑话集。
（10）《太平广记钞》，为《太平广记》选本，有天启六年（1626）李长庚序刻本。
（11）《皇明大儒王阳明先生出身靖乱录》，三卷，中篇传记小说，原刻存日本。
（12）《新列国志》，一百零八回，据余邵鱼《春秋列国志传》增编，原本二十八万字，扩改为一百零八回七十六万字。
（13）《增补三遂平妖传》，或称《新平妖传》，四十回，泰昌元年（1620）嘉会堂刊本，存日本内阁文库。
（14）《燕居笔记》，十三卷，冯氏增补，有清初刻本。文言短篇为主，间有白话短篇。
（15）《两汉志传》，书未见。
（16）《李卓吾评忠义水浒全传》，与袁无涯共同校对删削，附以杂志、遗事。
5、戏曲（《墨憨斋定本传奇》）：
（1）《双雄记》，二卷，冯梦龙撰，有明刻本。
（2）《万事足》，二卷，冯梦龙撰，有明刻本。
（3）《三报恩》，二卷，毕万侯撰，龙子犹（冯梦龙）改定。有崇祯刻本。
（4）《风流梦》，二卷，汤显祖撰，龙子犹改定。有明末刻本。
（5）《永团圆》，二卷，苏门啸侣（李玉）撰，龙子犹改定。有乾隆刻本。
（6）《人兽关》，二卷，苏门啸侣撰，龙子犹改定。有乾隆刻本。
（7）《梦磊记》，二卷，史磊撰，龙子犹改定。有明末刻本。
（8）《洒雪堂》二卷，梅求己撰，龙子犹改定，有明末刻本。
（9）《新灌园》二卷，张凤翼撰，龙子犹（冯梦龙）改定，有明刻本。
（10）《酒家佣》二卷，陆无从，钦虹江撰，龙子犹改定，有明刻本。
（11）《女丈夫》二卷，张凤翼、刘晋充撰，龙子犹改定，有明刻本。
（12）《量江记》二卷，佘翘撰，龙子犹改定，有明刻本。
（13）《精忠旗》二卷，李梅实撰，龙子犹更定，有明刻本。
（14）《邯郸梦》二卷，汤显祖撰，冯梦龙重订，有明刻本。
（15）《杀狗记》二卷，徐田臣著，龙子犹订定，有清刻本。
（16）《楚江情》二卷，袁于令撰，龙子犹改定，有明刊本。
（17）《一捧雪》李玉原作，龙子犹改定，今已不存。
（18）《双丸记》史盘作，龙子犹改定，今不存。
（19）《占花魁》李玉撰，龙子犹改定，今不存。
6、俗曲、民歌：
（1）《挂枝儿》一卷，“童痴一弄”俗曲集，收四百多首，有明刻本。
（2）《山歌》十卷，“童痴二弄”民歌集，收三百五十多首，有明弘光刻本。
（3）《黄莺儿》一卷，四十首时曲，全为咏妓之作，明刻本。
（4）《吴侬巧偶》一卷，补遗一卷，为吴语对偶集，有明刻本。
（5）《黄山谜》一卷，明弘光刻本。为谜语集，收字谜，天文、花木、鸟兽、文史、器用、人事七类，共七十七则。
四、杂著：
1、《折梅笺》七卷，明刻本，为书信、公函格式及例文。
2、《牌经》一卷，《马吊脚例》一卷。
还有一些冯梦龙编订及伪托冯梦龙的著述，不列。