中国古代由于科技文化的局限，在遇到自然灾害之时除了积极救治外，往往还通过各种迷信手段以此来消弭灾害。这其中最重要的是信奉各种神祇，所谓“国之大事，莫先于事神，肆古昔帝王率用兹道”。明代也信奉诸多神类，以图风调雨顺，天灾不降，国泰民安。当时信奉神祇主要有：城隍神、山神、水神、社稷、雷神、药王神、蝗神以及其他一些地方上有影响的神类。
（一）城隍神
明初制定府州县城隍，用以旱来祷雨，雨而祈晴，从而首次将城隍神纳入国家祀典。并且封“京都为承天鉴国司民升福明灵王，开封、临濠、太平、和州、滁州皆封为王。其馀府为鉴察司民城隍威灵公，秩正二品。州为鉴察司民城隍灵佑侯，秩三品。县为鉴察司民城隍显佑伯，秩四品。衮章冕旒俱有差”。“凡圣诞节及五月十一日神诞，皆遣太常寺堂上官行礼。国有大灾则告庙。在王国者王亲祭之，在各府州县者守令主之”。
（二）山神
明代列入国家祀典的山神，最主要的是“五岳”、“五镇”。五岳之神为：“东岳泰山之神，南岳衡山之神，中岳嵩山之神，西岳华山之神，北岳恒山之神”。这五岳分别位于：山东泰安州、湖广衡山县、河南登封县、陕西华阴县、山西大同府浑源州。五镇之神为：“东镇沂山之神，南镇会稽山之神，中镇霍山之神，西镇吴山之神，北镇医无闾山之神”。这五镇分别位于：山东青州府临朐县、浙江会稽县、山西霍州、陕西陇州北、辽东广宁卫。
（三）水神
明代的水神相当之多，最初列入国家祀典的水神，最主要的是“四海”、“四渎”。四海之神分别为：“东海之神，南海之神，西海之神，北海之神”。分别位于：山东莱州府、广东南海县、山西蒲州、河南怀庆府济源县。四渎之神分别为：“东渎大淮之神，南渎大江之神，西渎大河之神，北渎大济之神”。分别位于：河南南阳府泌阳县、四川成都府、山西蒲州、河南怀庆府济源县。
除此之外，明代政府还公布了其他一些比较重要的水神。
如大小青龙神，相传为二童子所化，一大一小，有祈雨之应。洪熙元年（1425年）因久旱派出官员祷于大青龙和小青龙之神，不过一日则天降大雨，因而便“封大青龙神为弘济大青龙神，小青龙为灵显小青龙神”，而且在这以后凡是京城内有水旱灾象，明政府均要派官员祭此大小青龙二神。
金龙四大王，景泰七年（1456年）十二月，时任左副都御史的徐有贞奏请在沙湾河决处，建造“金龙四大王祠”，帝从其请，“命有司春秋致祭”。
开封以东的黄陵冈原有“昭应河神之祠”，但因此处濒临黄河，屡次河决，神祠遭到破坏。正德十一年（1516年）九月，总理河道赵璜请求重造神祠，令有司致祭，得到朝廷的批准。
隆庆四年（1570年）八月，穆宗下诏在夏镇、梁山各建一座河神祠，名为“洪济昭灵”，由夏镇闸、徐州洪主事负责每年春秋两次致祭。
其他水神还有，万历时册封金山黑龙潭龙王为“护国济民神应龙王”，以及漕河沿岸的“张将军”、“柳将军”、“耿七公”、“吕梁洪神”等。
（四）社稷
社稷是明代崇奉的最重要的神祇之一。明初洪武年间（1368～1398年），就定下祭祀之制。当时“凡各处乡村、人民，每里一百户内立坛一所，祀五土五谷之神，专为祈祷雨旸时若，五谷丰登。每岁一户轮当会首，常川洁净坛场，遇春秋二社，预期率办祭物。至日约聚祭祀，其祭用一羊一豕，酒果、香烛随用，祭毕就行会饮。会中先令一人读抑强扶弱之誓，其词曰：‘凡我同里之人，各遵守礼法，毋恃力凌弱，违者先共制之，然后经官。或贫无可赡，周给其家，三年不立，不使与会，其婚姻丧葬有乏，随力相助，如不从众，及犯奸盗、诈伪，一切非为之人，并不许入会’”。由上可以看出，明代祭祀社稷的目的就是为祈求风调雨顺，灾害不加，五谷丰登。
（五）雷神
明代崇信的雷神，一为自然之雷；二为陈朝时雷州人陈文玉，死后神化，被当地百姓奉为雷神。明代的广东雷州英榜山，有雷神庙，庙中之神，端冕而绯，左右还列侍天将，堂后又有雷神十二躯，以应十二方位，还供奉有雷公、电母、风伯、雨师诸神。此庙名为“雷震”，建于陈朝，五代十国时南汉将其列入祀典，宋时被封为王爵，明初改称为“雷司”。每年二月，雷将大声之时，当地知府就至雷神庙为雷司开印。八月，雷声将闭藏之时，知府再至庙为雷司封印。六月二十四日，雷州人必供雷鼓，用来酬劳雷神。
（六）药王神
明代国家的药王庙在北京天坛之北，为武清侯李诚铭所立。庙内祭祀伏羲、神农、黄帝，并且将秦汉以后的名医附祀。每月朔、望民间那些已经用药或未用药、药已有效或无效之人，就在此庙焚香、烧纸，祈祷药王保佑身体健康。此外太医院内还设有三皇庙，为祭祀古代神医之庙。三皇分别为伏羲、神农、黄帝，其他配祀的名医有华佗、孙思邈等数十人，每年仲春、仲冬的上甲日遣大臣行礼，并定为制度。
（七）蝗神
明代国家崇奉的蝗神是“八蜡”和“刘猛将军”。八蜡信仰历史悠久，载于《周礼》、《礼记》等儒家典籍。八蜡之祀，一先啬、二司啬、三百谷、四农、五邮表畷、六猫虎、七坊、八水庸。八蜡之神，无所不主，其创设功能也比较齐全，到后来八蜡庙多成为祭祀蝗虫或者驱蝗神的庙宇，民间尤其如此。刘猛将军是载在祀典的驱蝗正神，是国家崇信的禳除自然灾害神灵的重要代表。刘猛将军的出现比较晚，关于刘猛的传说有好几个版本，总起来说，有刘锜说、刘锐说、刘宰说、刘承忠说等。
除此之外，各地还有自己地方特色的神祇，温州府的横山周公庙每值大水有显应，唐代被封为“平水显应公”，不久便“加王爵”，宋代加“通天护国仁济之号，从祀效坛，赐庙号曰仁济”，洪武初年，封其号为“横山周公”。另外，福建妈祖信仰更是影响深远。
有了这么多的神祇，对神的祭祀是当时从上至皇帝下到黎民百姓最重要的社会活动之一。京城是帝国政府统治的根本之地，因而明统治者对京城境内的灾害现象尤为重视，一旦雨雪愆期或是久雨等，皇帝便时时会亲自领头斋戒、祭告，并派出官员到京城内的寺观、祠庙、神祇等地四处祈祷。如洪武二年（1369年）二月，“上以春久不雨，告祭于风云雷雨岳镇海渎山川城隍旗纛诸神”。正统三年（1438年）六月，“遣官祭大、小青龙之神，以久不雨故也”。另外，可能缘于增加应验机会的心理，往往官员都是祷遍整个京城的神祇才肯罢休。景泰四年（1453年）五月，“以久不雨，命少傅兼太子太师礼部尚书胡濙等二十人遍祷于在京寺”观。景泰五年（1454年）三月，“以久不雨，遣太保宁阳侯陈懋等遍祷在京寺观及龙潭之神”。成化八年（1472年）“夏四月，京师久旱，运河水涸。癸酉，遣使祷于郊社、山川、淮渎、东海之神”。
地方官员在地方上也经常身先示范，组织祈攘活动。永乐二十二年（1424年），直隶大名府濬县蝗蝻生发，“知县王士廉斋戒，率僚属耆民祠于八蜡祠”。永乐年间（1403～1424年），浙江处州府境内原本郡多虎及旱蝗，知府谢子襄亲自祷于神，“大雨，二蝗尽死，虎亦遁去”。正统年间（1436～1449年），福建泉州府知府尹宏在任时“旱祷辄雨，岁因以丰”。
“御灾捍患”是神的职责。大致说来同人一样，神类也各司其职，因而在不同类型的灾害发生后，祈神、祭神活动里神的主角也会有相应的转换。在地方上出现严重的瘟疫时，政府便会派出官员作代表象征性地祭告当地的山神。永乐九年（1411年）陕西境内发生大的疫病，死亡者众，当时朝廷“遣户部侍郎王彰往祭西岳华山及陕西山川等神”。正统十年（1445年），由于“浙江台、宁、绍三府，陕西西安府各奏瘟疫”，“遣礼部左侍郎兼翰林院侍讲学士王英祭南镇会稽山之神，通政使司右参议汤鼎祭西岳华山之神，西镇吴山之神”。在与水利有关的疏河道、修堤岸的情况下，祭告的对象则为水神，主要是河神和江神。如由于南京龙江关等处堤岸屡次被冲决，因此正统二年（1437年），“命襄城伯李隆祷于大江之神”。景泰三年（1452年），在疏濬东昌河湾河道时，“遣工部左侍郎赵荣祭河泊之神”。另外，地方上延续下来的一些神类如果对消除某种灾害特别灵验，在这种灾害发生时便会成为祈祷的对象，如宣德十年（1435年）保定蝗灾蔓延，当时左通政周铨“闻清苑县有神祠一区，祠旁古碑载灭蝗灵验甚悉，遂率知府周监等往祷之，三日蝗果灭”。
总之，明代时的崇神、祭神既是当时人们愚昧无知、科学知识贫乏的表现，也是面对自然灾害无奈的一种表现，是人们对风调雨顺、五谷丰登美好愿望的一种精神寄托。我们不应该以现今眼光来批判当时人们的这种活动，而应当给予充分理解。