随着政府机构改革的推进及政府职能的转变，行政事业性国有资产管理不断得到重视和加强。针对行政事业性资产产权不清晰、占用不公平、资产使用效率低下等问题，应实行行政性国有资产存量与增量的同步改革，明确财政部门作为行政性国有资产监管的行政机构，并组建行政事业性国有资产的专业管理部门，负责行政事业性国有资产的日常管理。而且，由于事业性国有资产的构成及目标定位比起行政性国有资产来更复杂、更多元，因此对于事业性国有资产的管理要给予更多关注。
一、行政事业性国有资产管理改革的目标定位
行政事业性国有资产管理应该着眼于普遍存在的问题，确立行政事业性国资占用的公平与效率提高的目标。
1.实现行政事业性国有资产占用的公平
在过去的行政事业性国有资产管理中，既缺乏对行政事业性国有资产存量信息的全面掌握，也没有科学合理的资产配置标准定额，导致了资产配置不均衡现象的普遍存在。行政事业性国有资产管理改革的目标定位之一，就是要改变这种基础管理薄弱的现状，实现行政事业性国有资产占用的公平。为了实现这一目标，首先要全面摸清行政事业性国资的“家底”，包括存量资产的数量多少、质量优劣以及公布状况等；其次是要研究定额标准，在摸清“家底”的基础上，研究确定与行政机关所承担职责相匹配的三项定额标准，即实物资产定额、标准费用定额、财政预算定额。因此，实现行政事业性国有资产占用的公平目标，绝不是一种国有资产占有和使用上的绝对平均思想，而主要是指与工作职责相匹配的资产占有和使用上的规则与公平。即制定出公平的规则，并且在行政事业性国有资产管理中切实地执行，这样才能将行政事业性国有资产的管理工作纳入良性循环的轨道。
2.提高行政事业性国有资产使用的效率
提高行政事业性国有资产使用的效率是指行政机关及其事业单位对于非经营性国有资产的使用、消耗在最优的配置和最高的效率下，应当给社会提供更好的公共产品、更多的公共服务。行政事业性国有资产使用上的效率，实际上是指各项资产应物尽其用，尽可能多地发挥出资产的使用价值，并注意日常的维修保养，延长其使用价值。而行政机关及其事业单位配置的资产使用价值并非越高越好，而是要和其工作职能相匹配，电脑、公务用车等的配置应当从实际出发。另外，在资产处置上，提高效率则要求在行政事业性国有资产因各种原因需要处置时，都应按照已定的标准，合理评估作价出售或转作他用。
3.减轻各级财政负担
国家各级行政机关以及事业单位的国有资产主要是由不同政府级次的各级财政部门拨款形成的。只有在实现行政事业性国有资产占用的公平、提高国有资产使用效率的基础上，才能减轻各级财政的负担。由于建国以来我国行政事业性国有资产的管理相对薄弱或处于管理虚置状态，机关单位之间资产配置不均衡、预算分配的不公平，在一些部门形成了大量的闲置资产，造成国有资产流失，同时加重了各级政府财政部门的负担。因此，要盘活这些闲置资产，提高可运营资产的效率，挖掘资产优化整合的潜力，努力减少各级政府的财政负担。
二、行政事业性国有资产监管的统一
现行的行政事业性国有资产管理已经不能适应社会主义市场经济的总体要求。因此，应统一对行政事业性国有资产进行监督管理，明确行政事业性国有资产管理的行政机构及管理部门，并依据行政性和事业性国有资产的不同特点分别加强管理。
1.明确行政事业性国有资产管理的行政机构
当前，按照我国政府职能的设置以及行政事业性国有资产的特点，财政部门作为政府负责行政事业性国有资产管理的行政机构是一个合适的选择。这主要是出于以下几点考虑：①有利于规范资产配置，实现资产管理和预算管理高效结合。行政事业性国有资产管理不仅是一个如何使用和管理国有资产的问题，更重要的是要从公共财政支出的角度如何配置和规范国有资产的问题。考虑到公共财政支出是行政事业性国有资产形成的主要来源，由财政部门负责行政事业性国有资产宏观管理是一种符合逻辑比较理想的选择——有利于充分发挥部门职能优势，切实代行国家所有权。财政部门通过统一负责资产存量的登记核查、统一制定资产配置和处置标准、强化预算审批和政府采购制度等工作，从源头上把好资产购置关，实现存量管理和增量管理、资产管理和预算管理的有机结合。②利于管理效率的提高，实现实物管理和价值管理的高效结合。长期以来，行政事业性国有资产存在着重实物管理、轻价值管理的现象，只强调资产的实物特征，而忽视了资产的价值特征，即资产的可转让性和可交换性，忽视了利用存量资产优化资源配置的可能性。改善这种局面在宏观上既要规范行政事业性国有资产特别是固定资产的财务管理；还要以价值管理为基础，促进行政事业性国有资产的价值流动，优化资源配置。由财政部门统一作为行政管理机构具有价值管理上的技术、信息方面的优势。③利于行政成本的最小化。确定行政事业性国有资产管理的责任单位，还要注意控制管理成本。建国后财政部门一直主导和主持行政事业性国有资产管理工作，对于国有资产管理工作具有机制、职能、资源和信息上的便利优势，因此尽管新的管理体制下管理的内容和方式将有所变化，但财政部门仍然是最佳选择之一：既便于历史沿承，同时又避免了重新设立行政机构带来的行政成本的增加。
2.明确行政事业性国有资产的管理部门
由财政部门对行政事业性国有资产进行统一管理是加强资产管理的客观要求，但这并不意味着财政部门要事无巨细地进行管理，而是要根据情况适当地将一些职责委托给一些单位来完成，形成多层次合理分工的模式。为了保证政资分离、政管分离以及行政事业性国有资产的专业化管理，必须设立专业化的行政事业性国有资产管理机构，并由财政部门授权依法（条例）履行行政事业性国有资产的管理职能。专业化管理机构的设立，可以有效避免行政机构直接介入资产管理工作而引发的行政越位、资产管理不到位的现象。该机构应当定位于非行政机构，采取市场化管理方式，吸收一批专业的精通资产管理、财务管理的人才，主要围绕盘活行政事业性国有资产存量、合理预算资产增量来开展工作，其工作既要接受财政部门的监督指导，同时还要接受审计部门的审计。从我国情况看，我国行政事业性国有资产规模庞大、类型复杂、分布广，因此，在整体上，可以采取“统一政策，专业管理”的体制，即在统一的政策下，由专业化的行政事业性国有资产管理局（处）负责日常管理。
3.明确行政事业性国有资产管理的审计部门
行政事业性国有资产管理制度的落实和管理活动的加强离不开有效的监督审计。党的十六大明确提出了建立健全非经营性资产监管制度的重大任务。按照国家统一所有、政府分级监管、单位占有使用的原则，财政部作为行政事业性国有资产的出资人，理应承担起对行政事业性国有资产的管理监督职能。在部门内部设立行政事业单位国有资产的专门管理监督机构，加强对行政事业性国有资产管理局的监管，规范其处置行为，制定规定，明确各部门、各单位的审批权限；实行信息反馈和跟踪监督。同时，为了实现对行政事业性国有资产管理监督权的制衡，由独立审计署部门行使其独立的审计职能。审计部门可由全国人大下设审计部门，亦可由国家审计署承担独立于监管部门之外的审计工作。而审计中发现国有资产管理机构或使用单位的违规行为，造成国有资产流失的，按有关规定追究责任单位、责任人的责任。
三、行政事业性国有资产存量和增量的管理
在行政事业性国有资产管理和改革的进程中，财政部作为行政事业性国有资产管理的行政机构，应加强对行政事业性国有资产存量和增量的管理，调整行政事业性的资产结构，建立存量资产的调剂制度，对行政事业性国有资产存量进行再分配，并且对行政机关及其事业单位的经营性资产进行分离。优化行政事业性国有资产增量管理、存量调整和资产配置管理，回收和盘活行政机关及其事业单位闲置的资产，提高行政事业性国有资产的整体运营质量。实现行政事业性国有资产占用的公平性。
1.行政事业性国有资产存量的再分配
对于行政事业性国有资产的存量，目前最重要的工作是进行全国性的清产核资工作，将行政机关非经营性资产和事业单位经营性资产区分开，剥离出行政机关中由非经营性资产转变为经营性的资产，明确界定行政事业性的产权，核定资产总量。在现实中，我国行政机关及其部分事业单位中普遍存在着国有资产的存量资产配置不合理、使用效率不高的问题。首先，由于缺乏合理统一的配置标准，或标准没有被严格执行，导致中央部门、单位之间配置不公平。其次，由于资产配置不合理，重复购置严重，在使用过程中又缺乏规范化管理，结果导致目前行政事业单位普遍存在资产闲置与使用效率不高的现象，其中在固定资产方面表现尤为突出。因此必须对行政事业性国有资产管理进行改革，尽快开展行政机关及其事业单位的清产核资，加强对行政机关及其事业单位非经营性资产的实物管理和价值管理，了解这些非经营性国有资产的总体情况，包括总量、分布状况等，而这些数据只有通过价值的计量才能表现出来。
2.行政事业性国有资产增量的管理
应当结合预算改革，建立资产预算与财政预算相联系的制度，合理配置行政机关及其事业单位的资产增量。每一单位应购置哪些资产、资产的数额是多少、以什么样的标准来配备资产是形成合理的国有资产增量机制需要解决的一系列问题。政府的行政事业性国有资产购置必须严格按照《中华人民共和国政府采购法》的规定实施。在必要时，还可引进大额资产购买的听证会制度或专家论证制度。
3.行政事业单位非经营性国资和经营性国资的划分
行政事业性国有资产管理体制运行的一个重要基础是要进行资产的整合工作。由于各种原因，行政事业性国有资产表现出经营性资产和非经营性资产相混淆的特征，而两者之间无论是在性质上还是在管理办法上都存在着很大的差异，难以确定统一的运行方式和规则，带来了诸多管理上的障碍。因此，行政事业性国有资产管理体制运行的基础是必须先进行资产的分类整合，最重要的就是非经营性资产和经营性资产的划分。在划分中，要遵循两个基本原则：一是行政机关必须剥离现有的经营性资产。要严格规范行政机关非经营性资产转经营性的做法，建立健全资产处置的审批制度。行政性国有资产管理部门要确实统计并掌握好各行政机关使用的国有资产数量和种类，将已作经营之用的直接或间接来源于财政拨款的非经营性资产做出处置。二是事业单位的国有资产应当以非经营性的行政事业性资产为主。事业单位的基本定位是属于政府公共服务的范畴，主要是要满足提供公共产品（服务）的需求。这部分资产管理的方向是要提高使用（运营）效率，保证所提供的公共产品（服务）的质量，因此不能附加增值属性，不适合进行市场化经营，不能把保值增值作为资产管理的目标。
4.行政机关闲置资产的回收和盘活
资产使用率不高以及行政事业性国有资产占用的不公平是行政事业性国有资产管理中存在的一个重要问题，不少行政机关单位和事业单位存在着闲置资产，大大降低了国有资产的使用效率。对于购置不用或超过编制定额的固定资产，行政事业性国有资产管理部门应本着物尽其用的原则进行处置和调剂，回收这些闲置的资产，并对其进行再分配。同时对于行政机关及其事业单位闲置的无法合理流动的沉淀的“死资产”，应当采取资本运作的方法进行盘活。也就是利用信托、公开上市等手段进行融资，并通过并购重组、参股等资本运作手段整合资产，发挥闲置资产的潜在价值，促使存量资产由实物形态向价值形态转变。
四、加强事业性国有资产的管理及改革
事业性国有资产管理是行政事业性国有资产管理中的难点和重点。事业性国有资产管理的最终目标是要提高资产的运营效率和保证公共产品（服务）供给的质量，实现资源配置的最优化。管理的重点是提高资产运营效率，挖掘资产优化整合、激活效率的巨大潜力，同时要实行预算绩效评价，使资产增量与绩效评价水平挂钩，推动预算增量改革。
1.事业性国有资产管理应承担效率提高和绩效评价责任
事业性国有资产管理的首要职责是提高资产使用效率。事业性国有资产存在的目的是要完成政府部分社会管理和公共服务职能，衡量资产效率的标准是否满足了人们对公共产品（服务）的需要，是否在既定资产数量下使所提供的公共产品（服务）质量达到了最优，而不是要求资产进入市场运营，实现资产的保值增值。因此，管理机构必须致力于资产存量的整合和盘活，最大限度地调度所有资源、避免闲置和浪费。其次，事业性国有资产管理的重要职责是承担起国有资产预算绩效评价的工作。通过建立预算绩效评价体系和确定相关指标，并根据评价结果确定相应的增量配置，切实把好增量关，在源头上处理好资产形成和配置。这种做法不仅是对事业性国有资产管理的贡献，同时也是对各级财政预算管理优化支出结构和提高支出效率的巨大贡献。我国预算管理一直致力于建立起一套比较完整的财政资金分配、使用和管理机制，提高财政资金使用的规范、安全和有效性。而事业单位机构臃肿、效率低下、配置无序等导致的资源浪费已经成为一个重要的阻碍因素，落实事业性国有资产绩效评价工作将最大限度规避这一因素。
2.具备条件的事业单位可通过弱化行政依附性而公开透明
行政依附特征是我国事业单位存在的一个重要特点，这种行政依附性以及随之而来的寻租利益既不利于形成公平公正的市场机制，也影响到相应单位国有资产的优化组合和科学配置。为了保持事业性国有资产管理的独立和高效，具备条件的事业单位可以通过弱化行政依附性，从而使资产管理工作脱离行政力量的干预而公开透明。从长远看，这是一个基本方向。一直以来，许多事业单位的资产存量管理和增量分配都由事业单位的行业主管部门或上级行政部门负责，缺乏专业化管理和拨款的预算绩效评价环节，从而导致了一系列资产占用和使用上的浪费与不公。行政依附性的弱化，将使事业单位的行业主管部门或上级行政部门只负责辖属单位的业务指导和监督，负责全面提升优化辖属单位公共产品（服务）的质量，而不适合担任事业性国有资产的责任人。相应的，应当在财政部门的指导和监督下，由专业化的资产管理机构行使国有资产管理和处置权。特别是在增量配置中，必须依靠预算绩效评价制度来由专业化管理机构和财政部门共同负责。
3.事业性国有资产管理中的中长期财政拨款预算
在重视事业性国有资产管理和预算拨款有机结合的同时，还要注意到，当前事业性国有资产的购置缺乏长远规划性。和经营性国有资产管理一样，事业性国有资产也必须重视中长期战略性规划和布局调整，做好中长期财政拨款预算。这是从根本上解决事业性国有资产合理配置和关系事业单位可持续发展的关键，也是切实提高预算支出管理效率和透明度的大计。财政部门以中长期拨款来制约和满足中长期事业性支出，既可以避免较大规模的资金无法落实，确保事业单位的可持续发展，同时也能够有效防止规划外支出的发生。在具体执行中，事业性国有资产中长期财政拨款预算的审批部门主要是专业化管理机构和财政部门，其依据重点是资产使用（运营）效率及绩效评价情况。这种中长期财政拨款预算的实行，首先对事业单位自身的资产预算的编制提出了更高要求。事业单位必须充分论证本单位中长期公共服务成本，结合存量资产的现状，做出科学合理、真实完整的资产预算。其次，必须有完善的绩效评价制度为参照，评估事业单位是否在资产占有使用（运营）中达到了预期的绩效标准，将是专业化管理机构的主要工作，也是该机构和财政部门审核批准事业单位中长期财政拨款预算、确定财政拨款增长幅度的主要依据。