国有资本经营预算编制程序结束后，即进入预算审批阶段。在相应的制度安排中，需要明确审批的主体、审批的形式、审批的机构以及程序等内容。按照我国宪法的规定以及保持政府预算统一性要求，应当把国有资本经营预算纳入公共财政预算体系之中，并以附加预算的形式提交人大审批。
一、国有资本经营预算审批主体的确定
国有资本经营预算审批首先需要明确审批主体。可以肯定，审批主体的选择不能在政府内部产生，而是需要来自政府外部的、客观的、民主的制衡力量的强力介入。
1.人民代表大会制度是我国人民群众参加国家管理的基本制度我国的政体是人民代表大会制度。这一制度表明，我国的一切权力属于人民。人民在普选的基础上选派代表，组成全国人民代表大会和地方各级人民代表大会作为行使国家权力的机关；其他国家机关由人民代表大会产生，受人民代表大会监督，对人民代表大会负责。从我国宪法对人民代表的选举程序的各项规定看，人大制度是从政治组织上保障人民实现当家作主权利的民主制度，是我国最高权力机关。因此，人民代表大会应当是国有资本经营预算惟一的审批主体：①宪法赋予了人民代表大会审批监督政府预算的职能；②人民代表大会能够反映最广大人民群众的利益；③满足审批国有资本经营预算的依法理财、民主理财的根本要求。
2.人大审批国有资本经营预算符合市场经济的基本要求
在市场经济体制下，社会公众与政府之间的关系本质上是一种委托—代理关系，即社会公众委托政府为其提供公共产品或者服务。政府要履行这方面的责任就需要一定数量的社会资源来承担代理成本，这是政府为社会公众提供公共服务所形成的损耗，而这些社会资源就是政府通过税收、收费、国债等形式筹集到的现金流量（对国有资本经营预算来说就是国有资本变现或经营收入），以及由过去和当前筹集到的现金流量所形成的存量资产。其实，政府所掌握的这些社会资源从根本上来说是属于社会公众的，公众在享受政府提供的产品与服务的同时，还享有对政府行为的监督、审核以及知情的权利。而从经济学的角度看，预算其实就是通过政府代理行为为公众提供公共产品或者服务的一种机制，因此，政府需要遵循社会公众的意志进行活动。在我国，人民代表大会制度就是公众实现对政府预算审核、监督的最优制度安排。
3.人民代表大会制度审批国有资本经营预算的主要内容
人大审批国有资本经营预算的要点包括：①国有资本经营预算收入必须经人民代表的许可和通过，严格规范其来源及规模；②必须按照经人大批准的预算安排支出，人民代表大会以法律的形式确立国有资本支出预算，实际上就是市场通过人民代表大会并借助法律手段直接而具体地规定和约束政府的行为；③在预算执行过程中如要调整业经批准的国有资本经营预算，必须经过人民代表大会或代理机构的同意才可以变更。可见，人大审批预算的目的是使人民代表掌握政府及其财政行为的根本决定权和监督权，进而将政府财政的根本权限转移到了社会大众手中，这也正是现代政府预算制度中“依法理财、民主理财”的核心内涵。
二、国有资本经营预算的审批形式
明确人民代表大会依法履行对国有资本经营预算的审批权后，还需要考虑通过何种方式使国有资本经营预算送达人民代表大会。基于国有资本经营预算是政府复式预算体系的有机组成部分，因此最佳的方式是把国有资本经营预算以公共财政预算的附加预算形式提交人大。
1.国有资本经营预算要纳入公共财政预算体系之中
国有资本经营预算必须包括在公共财政框架内，这一点已经成为理论工作者和实际工作部门的共识。更准确地说，国有资本经营预算应该是在公共财政框架内一个复式预算里相对独立的预算。这一定位强调的是两方面的内容：一方面肯定的是国有资本经营预算的独立性。国有资本经营预算和公共财政预算在权能依据、收支范围、收支形式等方面都存在着较大的不同，因此，其具有相对独立的特征。另一方面是强调国有资本经营预算要从属于公共财政预算。这种从属首先表现为国有资本经营预算的最终目标要服从于公共财政预算的目标，即追求最佳的社会效益，取之于民，用之于民，以人民的根本利益为目的和出发点，创造社会和谐的良好氛围。其次，这种从属是国有资本经营预算要依托现有的公共财政预算体系。在技术基础具有共性的前提下，制度上的依托可以降低建立国有资本经营预算的成本，便于监督国有资本收入的使用和国有资本监管本身的绩效。再次，增强国家集中调度分配资金的能力，防范各种可能的公共风险，包括各种社会矛盾的平衡和突发事件的处理。
2.国有资本经营预算以公共财政预算的附加预算形式向人大提交在公共财政预算体系下，国有资本经营预算由国资委和财政部共同编制后，可以保持其相对独立的特征，以公共财政预算的附加预算形式报送人大讨论，接受人大的审批。这样既保证政府预算的完整性，又可以将国有资本经营预算和公共预算区别开来，便于人大的重点性审批。在具体操作中，可以结合当前预算改革的进程，以国有资本经营预算这一新生事物为契机，加强人大相关委员会作为专门工作机构的职能，通过完善人大审批程序，推动预算管理的法制化、民主化进程。
三、加强国有资本经营预算审批的科学性及合理性
我国的政府预算管理在法制化方面还存在很多问题，包括预算审批环节。国有资本经营预算作为新生事物，在具体的制度安排和程序设置上，应当尽量规避这些问题，保证预算审批的科学性和合理性。
1.我国预算审批中存在着一些突出问题
首先，财政运行的无预算约束。每一个预算年度里，我国的财政都有相当长一段时期是在无预算的状况下运行的。因此，在国有资本经营预算的审批中，在具体制度安排上、在程序设计方面要加强合理性，真正使审批发挥应有的作用。成熟的市场经济条件下，政府的理财活动应当时时刻刻都处于政府预算的约束下，没有预算是不能进行相应的财政收支活动的。美国联邦政府就曾多次因为国会没有批准联邦预算而部分机构关门，其中所体现的就是政府预算对政府活动的约束以及政府对预算的遵守与尊重。其次，预算审批的形式化。由于财政部门提交人大审查的预算草案过于粗疏，加之预算审查专业性、技术性很强，而目前各级人大预算审查专业人员匮乏，因此，人大很难对预算进行细致的审查。不仅如此，由于人大对预算案审查的时间过短，要在很短时间内完成对预算草案的实质审查往往不太现实。一年一度的各级人民代表大会会期一般不超过15天，而人代会要依法进行各项预定的议程，其中审查预算的时间最多不超过一天，地方的人代会由于会期较短，留给审查预算的时间甚至只有几个小时，因而代表们没有充裕的时间仔细查阅预算草案。多数代表在举手表决时其实并不知道政府预算的内容，更不用说对预算内容的真实性和合理性进行判断。这样造成人大对政府预算的审议走过场。政府的预算没有经过严格把关就生效并付诸实施，其结果是预算的执行和监督也同样失去意义，而且人大这种未尽职责的态度反过来助长了政府编制预算的随意性。
2.成立专门的国有资本经营预算审批责任机构
为加强对国有资本经营预算的审议能力，应当在人大机关中专设国有资本经营预算审批的责任机构，该机构辅助人代会行使预算审批权，辅助人大常委会行使预算调整审批权和决算审批权。该机构人员并不一定要多，但是一定要有精于国有资产管理和财政预算业务的专门人才。设置该机构的目的一方面是要提高审批国有资本经营预算的专业水平和能力，毕竟国有资本经营预算和公共财政预算有所区别，需要相关的专业人士进行审查；另一方面在一定程度上可以规避无预算运行的现象。对于预算年度与人代会会期不一致的问题，可以通过该机构的提前介入、设立临时预算的方式来解决（变动人代会的会期可能性更小），一定程度上规避预算下达晚所导致的财政运行中实际无预算的问题，通过形式上的改革树立起“无政府预算授权就不能进行财政收支”的观念。
3.探讨人大审批国有资本经营预算的新形式
国有资本经营预算是政府复式预算中相对独立的组成部分，同时又是我国独有的新生事物。为了使其更好地反映民生民意，提高预算的绩效水平，在审批环节做足文章十分必要。应当赋予人大机关内设的国有资本经营预算审批责任机构更多的自主权，允许其积极探索审批国有资本经营预算的一些新形式、新方法。针对国有资本经营预算整体盘子规模并不庞大的特点，可以采取公示、听证会的方式广泛地听取公众和专家的意见。特别是对于一些重大的国有资本经营性再投资项目，更应当积极调动政府外部力量、加大审批力度，使审批真正发挥作用，落在实处。