萍浏起义失败以后，民气的激扬，已不可复抑。满清政府知道这是由居留东京革命党人鼓动而起，因此命出使大臣杨枢力求日本政府驱逐革命党重要人物出境，使他们无活动余地，日本政府为要讨好于满清政府并希图从中索取权利起见，竟答应了，在纪元前五年（1907年）一月，正式迫孙先生离境。这是孙先生的家常便饭，十二年前第一次广州起义失败后，香港政府就有禁止五年入境的命令，到纪元前十二年（1900年），已五年满期。孙先生上岸了一下，又重申前令，革命党人的生活，是常常遭受人家威胁的。但这时孙先生活动的范围，比从前更广大了，因此对于日本放逐的命令，毫不在意。同时孙先生因为萍浏起义失败以后，必须要继续不断地从事实际行动，使满清政府疲于奔命，而且上一年早已派黄克强到过广西和桂林巡防营统领郭人漳游说反正，现在郭人漳的军队，刚由广西调到广东的罗定，正是活动的绝好机会。另一方面，在潮州党人的运动，已经成熟，准备起事的报告，正在这时到达，潮州的事情，是由许雪秋主持的。雪秋自在新加坡加盟，奉了孙先生命令回来了，积极进行，时机更熟，孙先生也派了乔义生、方瑞麟、郭守毅、张煊、方次石、方汉城、梁鸣九，及日本同志萱野长知、池亨吉等前往襄助，于是决定一月七日发动，分两路起事：一路从浮山进取郡城；一路从黄冈进取汕头。第一路有郡城内的十八馆同志为内应，第二路由惠来、陆丰、揭扬、丰顺等地同志，准备响应。其他总务，财政，外交等事宜，也都派定了负责的同志。这样决定了，就在七日晚上发难，许雪秋、方瑞麟、谢良牧、李次温等都骑了马到湘子桥边，静候义军到临。但浮山一路发动后，数百同志走到澄福铺，忽然风雨大作，各乡同志不能如约集合，只在大雨淋漓中旋聚旋散，不能到达潮州城。雪秋等候至天明，看见毫无动作，就悄然而散，黄冈一路也停止发动，这次的事情，就这样流产而失败了。雪秋于是一面通告各同志暂停动作，一面把经过报告孙先生。孙先生接到了报告，就答复道：“以后潮属举事，须与惠州钦、廉同时并起，以牵制清军，万勿孟浪从事，徒伤元气。”因为孙先生早有准备西南大革命的成算，所以要雪秋等待机再动，一面也就决心离开日本回到南方来了。
这时候孙先生很穷困，竟没有方法筹集一笔旅费，正好有一个日本朋友铃木五郎仗义疏财。他是一个造船发财的人，宫崎和他非常熟识，就运动他帮助了一万四千块钱。孙先生有了这一笔款，就很有把握了，于是拿二千元交给《民报》社作为出版费用，其余都留作同志的路费。但《民报》社一部分同志，对于孙先生这种办法，竟发生许多误会，因此起了种种纠纷，我们留待以后再说。
这次跟孙先生一路去的，有黄克强、胡汉民、汪精卫等，二月初一日到香港。孙先生派克强、精卫留驻下来，准备到郭人漳营中去游说。克强住在一家日本人开设的松原旅馆，是要避免外人的注目。但不久有一个同志张伯乔从广州来报告消息，说人漳又调驻钦州，并且省城的当局已探得克强的行踪，要求港督引渡。同时松原旅馆也忽然有几个清吏派来的侦探窥伺；克强知道一时不易着手进行，因此派胡毅生跟人漳到钦州，相机行事，自己就回到日本。精卫和汉民也搬到普庆坊机关部去暂住，于是许多同志，如许雪秋、刘师复、邓子瑜、廖平子等都来接洽，经过几次计议，他们都先后分赴广州、汕头、归善、钦州各地去积极进行。孙先生也带了胡汉民到新加坡转往安南，经营粤、桂、滇军事。
孙先生坐的是日本船。先到新加坡，耽搁了几天。负责潮州军事的几位同志如黄乃裳、许雪秋、陈芸生、萧竹漪等，也都先后到新加坡晚晴园来，向孙先生报告一切，面领机宜以后，就回去分头工作。孙先生又和张永福、林义顺、陈楚楠等会面几次，准备赶赴河内布置一切。临行时交下密电码、通讯暗号及通讯地址等。
在革命运动中，通讯是一件很重要的技术，关于革命起义的情报，军事机宜的指示，军械军饷的筹划，和其他一切活动情形，都需要通讯来联络和指挥。孙先生在这一个重要技术上，也费了不少脑筋。三年以前，纪元前七年（1905年）孙先生匆匆过此时，曾和张永福等约了一个密电，那是很简单的，只是就已有的电码，稍为变通它的番号罢了。当日约定的原则是：来电照加一〇三，去电照减一〇三，如收到来电是二一二三，就应该加上一〇三，即二二二六号。是代表电码上的一个什么字。如果要发二五九六这个字，则须减去一〇三，用二四九三这个假号数发出去。这种办法，用现在的眼光来看，似乎和明码一般，完全不能保持什么秘密，但在那时，也有它的效力。
孙先生这次在新加坡，又自己发明了一种新的电码密本，亲自编写，印发应用。以后就成为同盟会在纪元前四年左右通用的密本。全部密码共计二十六页，每页用一个英文字母代表，但不必依次排列。每页之内，各分十行，每行二十字，全页二百字。二十六页统计，除少数空格之外，共约五千多字，普通所用的字数，大体已够。至于它的用法，大致如次：
每面十行，各以一个字母代表。由左至右，分写上ABC……J等。每行二十字，同样各以一个字母代表，由上至下，分写为ABC……T。因为当时收发电报，多在海外，故以英文为主。应用的办法，是以三个字母归为一组。把它看成一个单字，再查电本。第一个字母，代表页数，A字母查A面，Y字母查Y面。第二个字母，代表横的各列，如G字母在第七行，S字母在第十九列。第三个字母，代表直的各行，照中国习惯由右至左的数法，B字母在第九行，H字母在第三行。拿目前通用的密码本来说，即是先横后直的意思。不过目前的中文电报，是以四个号码组成一个单字，前两个号码代表页数；而这个办法则以三个密码（字母）组成一个单字，把第一个号码（字母）代表页数罢了。当时的原电，现存的已少，我们曾经在张永福所著《南洋与创立民国》中，见到一张影印的电稿，兹将原文列出，并举例说明于下（同时亦可大略推知密码全部）：
原电系以五个字母组在一个单字，共计十二字。
Keamn Wesehrlhgy Jrjmj gdaxh hmina emieb retqh rrhiy exreh bhciz myfxo。
但把每三个字看成一组，当做一个单字来算的话，则共有二十字。如：
Kea mnw eae hrl hgy jrj mjg dax hhm ina emi ebr etq hrr hiy exrehb hci zmy fxo。
按密码本翻出来，乃是（XX君昨晚由西贡搭法公司来星望落船招待孙。）
为什么发电时用五个字母为一组，而译电时又用三个字母为一组呢？这除了关于秘密的作用以外，还有一个节省电费的好处。照当时电报局的通例，明码每字不得超过十个字母，急电或缓电相同，密码则只以急电为限，而每字不得超过五个字母。因此，孙先生为达迅速和节省的目的，便决定了这个办法。比如上面所举的例，电报只需付出十二个字，却可以收到二十个字，几乎能节省一半。如果秘密泄漏，又可随时另行约定。更改页数的字母，和将横直字母的次序改换。
以后（纪元前一年），孙先生在日本又另外印有铅本一种，字数稍多，字母的编排也稍有不同的地方。
此外，还有一种文字信件秘密通讯法，原底式也由张永福保存着，是用表格式，直行十八格，横行二十五格，填直行格内，每行可填人几个数目，每一个数目下，空着不填，由右至左，按次填去。全页共有九十九个数目。由一至九十九。没有填数目的格内，不是完全空着的，间或填人特别的记号——〇。全页共有二十五个圈，分注在三、六、一〇、一四、二〇、二五、二八、三〇、三四、三八、四一、四五、五〇、五八、六〇、六_二、六五、六九、七一、七七、八二、八六、八八、九四、九八等二十五个数目下的空格内。这种圈的分布，没有一定的规则，既是任意错乱的罗列，则除了保存这个底式的人以外。便不容易找到线索。可惜张永福对于这底式的用法，没有说明，大概这一个个圈，就是所代表的秘密符号了。从这一件小事情上，我们可以知道孙先生对于革命工作的规则，真是无微不至，精神贯注。
孙先生离开了新加坡，就到西贡，又转赴海防。在西贡时，和王和顺等会面，并由和顺的介绍，认识了一个在法国银行里当买办的曾锡周。这位曾锡周，很能帮助革命，前后捐助的钱不少。
由海防到河内的时候，甄吉亭、黄隆生、杨寿彭等都热诚招待。孙先生为避免人家的注目，仍用五年前到此用过的假名。叫做高达生，汉民也改成陈同。在甘必大街六十一号租了一所房子，作为机关部，开始和在安南的同志接洽。孙先生的行动，十分机密，他曾致函新加坡同志张祝华说：“河内同志已成立分会，诸会员多热心之士，办事认真。惟弟居此，严守秘密，除三四办事之人外，无知弟在此者。兄处如有书信至河内分会，不可提及弟之所在。其与弟往复信件，若系公函，可寄至香港转交，若系兄等秘密函件，则寄来此处。因现在有事之时，较诸平日，更当机密，方便于筹策。兄对于新加坡同志，亦望坚守此秘密为要。”
这时，关于经费的筹划，是很困难的。孙先生曾经写信给香港冯自由，要他和陈少白向香港富商陈庚如、陈席儒、杨西岩等，合筹军饷十万元。少白曾于去年（丙午年）为了粤督岑春煊攘夺粤汉铁路的事情，和陈杨等一致反对，在他所主持的《中国日报》上，大事鼓吹，因此他和陈杨等原是很熟悉的。但他这次把孙先生的信送到德忌利士轮船公司陈庚如以后（陈为该公司买办），竟杳无消息。因此他很悔恨当初不应和这些资本家合作，第二天在《中国日报》上发表了《民族与铁路》一文，痛论：“今日救国，须以实行民族主义为根本问题。根本既解决，则其他枝节可以迎刀而解，争路事件不过枝节之一端。有志救国者，应从根本设想。”孙先生知道了这消息，也很失望。幸这时还有西贡曾锡周等的帮助，此外河内同志杨寿彭、黄隆生、梁和、甄吉亭等，海防同志刘岐山、甄壁等，提岸同志李晓初、李卓峰、黄景南等都先后醵助巨款，不致陷入绝境。其中黄景南是在提岸开设卖豆芽小店的，市人都称他为“豆芽祥”，他因为倾慕孙先生的人格，信仰孙先生的革命主义，每天把赚下来的钱，都存贮在“扑满”里，拿来捐助革命军饷，尤为难能可贵。同时，孙先生又忽然想起了前年在欧洲遇见的张静江，他约定只要拿ABCDE几个字母打电报去，就可依照数目寄款子来，因此命汉民打一个A字电报去试一下，果然不久就有一万元汇来了。这样经费有了来源，就准备各方面军事的发动。
孙先生这时期的军事计划，是侧重在惠州、钦廉等地。惠州的事情，想从潮州两阳等处，同时并举，使清军不能兼顾，潮州余既成恰恰这时也到安南，孙先生就要他回去准备发动。当余既成回到潮州的时候，黄冈同志因前次失败后，正在待机再起，设立总机关于挑水巷泰兴号，定三月一日，合海阳、揭阳、惠来、铙平、澄海各县，同日举事。各方面都部署略定，不料事机不密，被黄冈都司隆启、同知谢兰馨侦悉一切，立刻报告了潮州镇总兵黄金福，金福于二十一日派兵捕去余姓二人，形势就紧张起来了。余既成、陈涌波到香港向汪精卫等报告，这时汉民也奉了孙先生命令到香港来帮着主持一切。各同志都主张先举事，以便营救被捕同志。汉民说：“这不是孙先生原定的计划了，必须静待一下，万不可因这小故就轻举妄动。这无计划的举动，必然遭受很大的无谓牺牲。我们应该候孙先生命令到达以后，再发动不迟。”
“我们的同志，因为人被清吏捕去了，都非常愤激，形势十分紧急，怕再不能制止他们不动了，并且这激昂的士气，似乎很可发动一下，也不失为一个利用机会的上策。”既成和涌波都这样主张。
“既是这样，你们不妨先回去，和黄冈诸同志仔细商量一下，如果能够静候，就候到孙先生命令来了以后，和惠州、钦、廉同时举事；如果的确不能制止他们的动作，就请先打电报来，以便准备。”汉民还是很恳切地劝着，说罢，又拿了一束电报纸，交给余陈二人，留作打电报用。
既成、涌波走后，汉民也就把这些情形报告孙先生，但很久没有消息。大约在四月初，有黄冈绅士余某，突然把二十多党人的姓名，密报守备黄其藻，其藻就转呈镇总兵黄金福，于是已熄的革命火焰，又燃烧起来了。黄金福也正等着机会要扑灭革命党，接到密报，就派巡防营哨弁蔡河宗带兵前往查办，定四月九日出发，但党人早于八日得到这个消息，决定先发制人，由吴炳文、吴椎等统兵数百人，在九日晚上，埋伏于黄冈附近，等蔡军经过，就起来截击。可是等到黎明，踪迹杳然。原来蔡河宗从井洲航路而来，已进扎协署了。党人的计划既然失败，本来可以暂时不动，但跟着蔡河宗来的一个侦探，仗势横行，声言要搜查泰兴机关，因此义激起党人的愤恨，立刻开会讨论应付办法。但仓促之间，大众还没有具体主张。这时涌波、既成恰从汕头带了一笔款子回来，主张立刻举事，迟了就被敌人所制，一面派余耶到汕头转达消息，一面派余永兴于十一日下午七时在距离黄冈三里的连厝，召集各同志，听候调遣。这一天晚上，月明星稀，天朗气清，党人的精神都兴奋极了，九点钟时已会集七百多人，队伍整齐，号角齐鸣，声势非常浩大。由主盟余永兴誓师，并宣布军法十条，一时军声雷动，震撼了寂静的山岳。誓师典礼告终后，已经十时左右了，就开上前阵，由涌波、既成等领一队人南门，攻守备署，由林钟、张亦麒、张跃等领一队入东门，攻拓林司巡检署，由余渭螺、余御言、余卖等领一队入西门，攻海防厅和都司署，主力军集中在协署。那时清兵驻守协署的，除蔡河宗一哨外，还有警察三十人。革命军一下冲锋令，击毙了两个守卫的清兵，其余部队都退守二门，死力抵抗，大家相持不下，涌波见形势不佳，急中生智，就把协署纵火烧起来，以寒敌心而壮士气。不一会，火光冲天，军威大振，蔡军失去了屏障，只有缴械投降。同时攻打南门、东门、西门几路，也大获胜利，俘虏拓林司巡检王绳武和城守把总许登科，因为他们都不肯受命，于是宣告死刑。此外都司隆启、同知谢兰馨和士绅余某等也都逃了，革命军因此占领了黄冈。雪秋原由孙先生早委定为东军都督，但这时远在香港，因此大家都推余既成为正司令，陈芸生、陈涌波为副司令，在旧都司署，成立军政府，依照革命方略的规定，就布告安民，并通知商店照常交易，废除一切苛捐杂税，人民都欢欣鼓舞，表示拥护。
黄冈在满清政府统辖下之下，轻轻地被革命党夺回去了，这是在革命史上何等光荣的事情。在满清官吏的心目中，却急得魂不附体了。兵备道沈传义接到黄冈失守的消息以后，就携眷逃到汕头，急电粤督周馥报告，周督也就下令统带胡令宣率第十二营，水师提督李准率亲军三营续备队一营，驰往救援。并电商福建总督请派漳州镇督带福毅常备军赴诏安堵截会攻；一面痛责黄金福失职之罪，着即立功自赎，闹得满城风雨。黄金福迫不得已，率领了他的部队扼守洴州要道，于是又掀起了一场革命战争。
当黄金福部队开向洴州的时候，洴州的同志，就飞报黄冈军政府请求派兵迎击，并愿为内应。十三日傍晚，余既成、张亦麒就带了一军到洴州去准备迎战黄金福，陈涌波也总领一军往攻潮汕。黄冈距离洴州，大约有二十里路程，必须经过两道小河，第一道河的水很浅，可用竹筏渡过，第二河就是巫峡河，水稍深，非用船不可。但大队人马临到了河边，想渡河是很困难的。因为船只缺乏，是最显著的事实，于是只有用小艇陆续载运过去。这样很迟缓地前进，时间是很不经济的，等到人马完全渡过，已经东方大白了。清军早已觉察革命军的行动，因此颇有准备，革命军只是把他们的钟姓巡官一名捕去。待两方队伍接近时，忽然听到锣声大响，革命军以为这是乡人的内应，就赶紧开始向前去。不料这正是清军的诡计，他们早已暗通这乡里林姓大族，联合来犯，因此革命军前进时，就弹如雨下，顿时阵亡了二十余人。涌波正在出发潮汕，一听到洴州战情紧急，就回头赶到洴州来助战，这时清军已占据丁东灶后高山，革命军开到下围乡，就分兵将黄金福包围，血战二小时，清军已有不能支持的形势，革命军正逼迫他们缴械，忽然从山上望见一只轮船急速地开来，清军知道他们的救兵到了，就死力抵抗。加着洴州乡人又帮着清军的救兵数百人，冒死冲锋驰救，被围的清军，立刻增加了生力，革命军却寡不敌众，因此只得退守下围乡。
留守黄冈的陈芸生、方汉城等几个人知道前方吃紧，一面电知香港同志，请他们探报广州的军事行动，一面亲率百余人前往洴州助战。但这时清军扼守险要，居高临下，处处都占着便利的形势，革命军虽奋勇进攻，但军械穷劣，射击力不能到达清军，自十五日清晨一直到夕阳西下，死伤了不知多少，大家知道万无胜利的希望了，因此又退回到黄冈来，准备整军再战。但黄冈人民看见革命军退回了城里，不免浮动起来，一时谣言纷起，陈芸生为镇定人心起见，就把已捕获的钟巡官和侦探魏大老等六人正法，一面即在当天晚上又集队出发潮汕。不幸李准带兵二千来汕抵抗的消息，忽然传来了，基础未固的军政府同志，当着这样势穷力蹙的情形之下，自然不能再应付，大家很焦急地商量着，有的主张退守饶平，这是一个卷土重来的计划。但当芸生发现仅有足够一天的粮饷以后，知道再没有维持的可能。他又不忍向人民搜刮，经过几次郑重地讨论，只有暂时解散军队，等机会到了再动。这样决定了，由既成、余通等十余人沿途保护着方汉城、陈芸生到香港，涌波也率领了十个同志避匿黄冈左近的南岭山。轰轰烈烈的黄冈革命，就这样失败了！黄冈人民自革命军克复以来，立刻感到是从满清政府束缚之下解放出来了，所以都很愉快地安居乐业，一见到军队解散了，却起了极大的恐怖，为的是怕无纪律的清军骚扰，因此在十六日早上全城七八万人，都携老带幼，各自逃生。黄金福起先还不敢进城，直等到蔡河宗报告革命军已全部撤退，才敢带兵进城，但清军一进城门，就大肆抢掠，到十八日，惠潮嘉道、潮州府才出示安民，人心稍定，逃亡的人民，也渐渐地回来，这一个革命后的骚动，也平静了。从一月七日，潮州事情到这次黄冈起义，是孙先生革命运动第三次的失败，同时也是前次惠州失败以后，第一次在南方革命的再起。
孙先生在潮州黄冈军事运动进展中，早已向日本秘密地订购军械，想从潮州海门、洴州港、籍盘港、后宅港等处选定了一个地方起卸，但正在两方洽商中，黄冈的事情，已经在很短促的时期内失败了，运械的计划也就暂时停止。同时孙先生也曾令调黄耀庭、余绍卿、邓子瑜三人从南洋回到香港来规划惠州和阳江、阳春等处军事，以便响应黄冈。黄耀庭在庚子惠州、三洲田一役，曾充革命军先锋，大家知道他是善于作战的，并且与惠州会党素来极有关系，所以孙先生要他担任这次惠州发动的主干。余绍卿是两阳大盗，在绿林中很有号召力，敦他在军事上活动，也很适宜的。但他们三人于三月初回到香港机关部，余绍卿领去了一千五百元以后，就杳无消息，黄耀庭也领到了一千二百元，听到香港警察对他注意，就急急地逃回新加坡，再不敢问事了，只有邓子瑜一个人还留在香港进行一切。孙先生知道余绍卿走了，原是野性难驯，不足深责，但黄耀庭居然也怕警察而逃，倒不免有些诧异，但也无可如何，只是笑着对左右说：“黄耀庭怕是患了畏葸病吧！”于是惠州的事情，都责成邓子瑜一人担任了。
邓子瑜与内地会党也很通声气的，他原定计划在归善、博罗、龙门等处分三路起事，派陈纯、林旺、孙稳等统率同志，但结果只有七女湖一路发动。七女湖距离惠州府城二十里。是归善县的著名墟场。四月二十二日少数会党就揭竿而起，一举而劫夺清军防营枪械，毙巡勇及水军巡船哨弁多人。二十五日，进攻泰尾，守兵闻风就逃，于是连克杨村三达等墟。二十七日又乘胜进展至柏塘，清军拒战，被革命军杀了一个哨弁，并且把他们完全缴械，跟着又分攻八子爷、公壮等处，各乡会党都纷纷来会，声势大振，震动了惠州城的人心。惠州的官吏立刻向省城告急，粤督急檄调驻惠各路营勇。东路巡防各营管带洪兆麟、李声振、吴鳌等率所部合拒，犹恐兵力不敷，又调新会右营守备中路巡防第十营管带钟子才赶速赴援。这时革命军在水口、横沥、三泾、蔗浦等处进兵，已经很顺利，所向披靡。当五月二日，洪兆麟率兵到八子爷时，林旺所部从山上激击，洪兆麟中枪坠马，士兵死伤的，更不知其数。李声振、钟子才各部也连战连败，革命军的声势，真是压倒腐败的清军。
李准的水师这时刚到汕头，本想攻扑黄冈的革命军，但黄冈革命军早已自动退却。粤督就急电李准要他从汕头移师惠州，顺道由澳头登岸，革命军也就奋力迎战，混战了十多天，来去飘忽，使清军疲于奔命。但不久邓子瑜从香港派人来报告，才知道黄冈起义失败后，没有其他响应，并且弹药缺乏，势难持久，因此只有把队伍转移到梁化墟附近的小村落中，一切枪械也埋藏了地下，又宣告解散。子瑜在香港，不多时被勒令离境，孙稳也被清吏以虏劫的罪名，向香港政府控告，不久引渡解回广州加害。这是接着潮州黄冈以后，孙先生的第四次失败。