这次惠州起义的失败，菲律宾军械不能如期运到，可以说是一个最大的原因。孙先生因此在失败后不久，就从台湾回到日本，把这事详细查究。孙先生一到了日本，才知道日本同志也正在一致地非难中村弥六，但孙先生为息事宁人起见，只要求大仓会社偿还原价六万五千元，以便转交彭西，了却这一个责任。可是大仓会社因中村从中得到太多，只答应拿出一万二千五百元。这时犬养毅和远藤诸人，也非常愤怒，一听到大仓会社的话，就格外攻击中村的见利忘义，同时又发现中村伪造的函件和印章等，中村的人格，更宣告破产。东京《万朝报》把这一切欺诈的情形，都尽量地发表出来，事情愈弄愈糟了。犬养毅因中村是进步党党员，有关全党的名誉，就派人要中村自行脱党，但中村竟不肯，犬养毅就用总务委员的权力，把他开除党籍。孙先生也因为中村毫无诚意，请了两个律师三善和梅井，想在法庭起诉。但后来经过详细地研究，知道这事情与中、日、菲、德四国都有关系，牵连太多了，可以变成一个国际的极大交涉，不是一下子可以解决的。恰恰这时候，头山满出来调停，劝孙先生收回中村的赔偿一万三千元，孙先生也就答应了，这一场很大的风波，就算了结。
这一个骗案草草了结了，孙先生因为有事情，就派宫崎到上海去一下。宫崎在这案情中也是一个重要人物，他因为发现受欺诈，也尽过许多奔走的义务。但他到上海以后，许多日本同志竟对他大不满意，恶声四起，甚至有的写了一封很长的信告诉孙先生。这大概是同志的误会吧！孙先生也不想穷究这事情，就没有什么动作。不久，宫崎从上海回来，到横滨去见孙先生。宫崎所办的上海的事情，没有什么成绩，孙先生也不责难，却把这信拿出来给宫崎，很温和地说：
“你到上海去的几天中，许多同志对于你有很多闲话。”说着随手把信拿给宫崎看，接着又说：“你看了这封信，不必动怒，古往今来的事情，都是成则争功，败则嫁罪；英雄的志气，就像螺旋式的枪弹，要打破疑难的空气而往向前去，决不后退，所以你不能因此就失去向前的决心。”
宫崎出乎意料地读到这一封攻击他的信，但听到孙先生这样的一番话，也就心中爽然，再没有像在“佐渡丸”中那样的偏激的感情了，孙先生等他读完了这封信，就拿来烧掉，笑着说：
“你胸中如果有一些不平静的波动，就像这信一样把它烧去了吧。”
宫崎很满意地回到东京。犬养毅也为同志间对于宫崎有误会，特邀集了许多日本同志，设宴调解，在欢乐的宴会中，终于因为内田良平的穷问，头山满又因事未到，无从解释，宫崎和他就拔刀恶斗，结果宫崎的额上受了伤，经过十多天才痊愈。事后，宫崎悲愤交集，就写了一封长信给孙先生，详述这次解决菲律宾军械案的经过。这是显然的，他受了委屈后的诉苦，也可看出他对于孙先生慈祥伟大的气度的感动的深刻。我们从他这一封长信中，却可以看出当时这案情的真相，也是一件无意中留下的革命史料。
当孙先生在日本交涉菲律宾军械的时候，广东都督德寿已密奏满清政府，通缉孙先生等，同时，因为史坚如的事情，更注意到杨衢云。但孙先生远在日本，满清政府是无可如何的；杨衢云在香港，也不是广东都督势力所能到达的。隔了不多时，德寿就贿买了一个陈林，把杨衢云在香港暗杀，这时杨衢云正在学塾中授课。孙先生接到这个消息，非常悲痛，就于十二月七日在横滨永乐楼开会追悼，当众演说杨衢云的生平事迹，并发起募捐，以抚恤他的遗属。同时又用了自己的名义，代发讣告，寄发各地同志。杨衢云为人好虚荣，意志薄弱，两次起事，都出了乱子，但他毕竟也是最早发起革命的一个人，孙先生于公，固然不满意他，于私是一个情深手足的同志，所以这样地悲痛，这样尽力为他谋划善后。那时革命党人的情义，是何等的深厚而亲切啊！
从惠州失败到杨衢云的被刺，一个未尽的余波，到这时暂告平息了。第二年，纪元前十一年（1901年）满清政府因为义和团的变乱，引起八国联军的大祸，议和的事情，已经办妥了，就是由满清政府拿出赔款四百五十兆两：这是最惹起人民反对的一件事，因为这乱事是由政府造成的，但这样巨额的赔款，却必须从人民的骨血中榨取。因此海内外志士，都感到满清政府是失望了，就渐渐地倾向革命，对于孙先生也不像从前一样地不敢接近了。那时，东京留学生的思想言论，都集中于革命问题，吴禄贞在留日学生会馆演说，比会馆为美国费城的独立厅；洗翔云、戢翼晕、张溥泉等也发起创刊《国民报》，鼓吹民族主义。冯自由、冯斯乐、王宠惠等组织广东独立协会，孙先生也加以赞助。那时，汉口起事失败而逃亡日本的人也很多，梁启超还是在横滨办《精议报》、《新民丛报》，常常到孙先生这边来谈话，但议论始终不能接近。孙先生到东京时，就在对阳馆做会客地点，去见孙先生的人，络绎不绝，革命的空气，已笼罩了留日的学界。
时代不断地前进，革命的思想终于取得了领导时代前进的主力。在这时代以前，因为国人由于传统思想的支配，对人是崇拜士大夫阶级，对政治则君臣之义，超于一切。因此当戊戌变法进行的时候，康有为、梁启超一流人物，在国内的声望，居然高于孙先生。康有为是出于所谓“以理学传家”的家庭，且新由举人得中进士，他的主张又是迎合了不忘君臣大义的士大夫阶级的心理，因此取得了一时的领导地位。孙先生第一次广州起义以后，国内人士，虽然因此有知道他的名字的，但是报纸上讲到孙文，都要把“文”字旁加上三点水作“汶”，形容他与强盗乱贼一样。以为这位姓孙的有什么红眉毛，绿眼睛，是最厉害的公道大王。一般带着传统的腐败头巾习气的人，都以为他不是科第中人，不是经生文人，甚至疑心他不识字。（见吴稚晖先生著《我讲一讲中山先生》）到了康梁变法失败，孙先生在惠州第二次起义以后，他的身份，就大不相同了。粤督德寿对于史坚如和惠州之役发布的告示和奏折，虽然在孙文的“文”字上，仍旧加上三点水作“汶”，却把孙先生和康梁并称，什么“无非因康梁孙汶各逆，从中煽惑”，什么“康孙各逆，勾结土匪”。把这次革命运动，也牵到保皇党身上去，对于康梁未免冤屈了一点，但是把“绿眼睛红眉毛的”的孙先生，公然放在“帝师”一例，却承他过于抬举了。
满清政府对于孙先生的看法如此，留学界对于孙先生革命思想的接受，又是那么深切而热烈，孙先生这时事实上也成了领导时代前进的唯一人物了。在这里，我们可以把吴稚晖先生的一段记载，写在下面：
那天他们已经约定钮（惕生）先生，要邀我同到横滨去看孙文。我虽不曾骇成一跳，暗地里吃惊不小，其时听见孙文与梁启超，都在横滨上下其议论。我说：“梁启超我还不想去看他，何况孙文。充其量，一个草泽英雄，有什么讲头呢？”他们二人（尚有程家柽）微笑而出，约我下午在浅草上野公园精养轩候他们回来，同吃晚餐。他们傍晚果然回来了，我马上去问孙文的状貌，是否像八蜡庙里的大王爷爷，魁梧奇伟么？钮先生说：“你大大地弄错了，一个温文尔雅、气象伟大的绅士。”程是已经来往得好久的，说道：“你不相信他是革命的领袖么？”我说：“与梁启超如何？”程摇头道：“梁是书生没有特别之处。”钮羼说道：“你没有看见。看见了一定出于你的意料之外。”其时钮先生以书院有名的学者，被梁鼎汾所赏识，介入湖北陆军学校，与后来《申报》主笔的陈冷血，梁所谓为二难，亦受到张之洞看重。我就问他：“梁鼎汾是顽固人物，不必论，难道孙文就有张之洞的气概么？”他说：“张之洞是大官而已，你不要问，孙文的气概，我没有见过第二个。你将来见了，就知道了。”于是我就倒有点尴尬，就把草泽英雄的猜想，完全解除了。（《总理行谊》）
吴先生这段话，可以代表当时经生文人对于孙先生认识转变的经过。他那时事实上已把孙先生看作洪秀全以上的人物。不久也成了一位很重要的革命同志。
纪元前十年（1902年）三月，章炳麟、秦鼎彝、周宏业等，发起在十九日明崇祯帝殉国的忌日，举行亡国纪念会，这是最能表现民族主义的一种仪式。要求孙先生署名为发起人，孙先生就立刻答应。但是不久清使蔡钧知道这事情，要求日本政府干涉，劝阻章炳麟等中止举行。到十九日。东京上野精养轩的前面，已站满了许许多多的留学生，这里是预定的开会场所，他们都不知道日本政府的干涉，而从各方面赶来的，日本警察向他们一一劝阻，但已来的和继续前来的，都不肯散去。这时候，孙先生率领了几十个华侨从横滨来，也是参加开会的，一见这情形，就急中生智，把开会改作聚餐，日本警察无可如何，只得纷纷退去。聚餐完毕了，孙先生就急急回到横滨，在永乐楼召集同志，补行开会。这一次事情，因为有章炳麟的一篇开会缘起，和孙先生的竭力提倡，对于留学界思想上，有很深刻的影响。
孙先生见东京的革命空气，非常浓厚，可以不必亲自鼓吹了，就想到别地方去，刚刚这时安南总督韬美托东京的法国公使转请孙先生到河内去参观博览会，已经连接邀请了几回，因此就在这年冬天，决定到安南去。韬美对于孙先生非常钦佩，这一次很恳切地邀请孙先生，是要对于中国革命有所贡献。孙先生于是在十二月初九日由日本搭日轮“八幡丸”到香港，这时香港五年放逐孙先生的时期早已满了。孙先生就安然上岸，到上环永乐街《中国日报》社视察一番，就在社内三楼作寓所。住了一个星期，就转道西贡，往河内去了。这次孙先生到香港，香港政府虽没有干涉，但孙先生离开了，就继续下令禁止上岸，一直到民国成立时，才把这个命令撤销，所以这一次孙先生在香港，可说是民国未成立前最后的一次了！
孙先生这一次到西贡，虽是第二次了，但上一次匆匆地就走，并没有认识什么人，这次来自然也没有熟悉的人了，孙先生就秘密他的行踪。不愿把真姓名拿出来，化名为杜嘉诺，充作美国某大报馆的记者，到西贡来采访新闻，但住了不多时，华侨李卓峰、曾锡用、马培生等，不知怎样地竟知道了孙先生的真名，就像获得了珍宝似的，竭诚招待，并且都很慷慨地捐助巨款。孙先生过了相当时候，就离开西贡到河内去。
这时，河内华侨中来了一位生客，他的名字叫做高达生，住在火车站对面的一家中等旅店，深居简出，不苟言笑，在庄严的面容上，带着似有重大忧愁和不可告人的秘密的神情，这里有一个老华侨黄隆生，是洋服店的老板，有人看见这一位神秘的生客，就告诉了他。他虽是一个商人，却富于民族思想，对国家大事，尤其关心。他那时正同情于康梁一派的立宪运动，一听到河内来了这样一位怪客，他敏锐地感觉着，这也许就是一位亡命的维新人物吧，这种热心为国的志士，是应当尊敬的，他就想法要和这位生客接近。这时正当旧历新年，全埠的华侨，都依照祖国惯例，关铺休息，尽量快活地庆祝新年。隆生就趁这机会，约了几个伙伴驱车访问，探听这位高达生是不是康有为一派的人。由旅店掌柜的介绍，他才见到高达生，那掌柜说：
“他是一个当地的殷实华侨，在埠上很有些面子，今天特来拜访，想和先生出去逛逛。”
这位高先生对于华侨，是很喜欢接交的，和他闲谈了一回，就同坐车到各处游玩，大家谈了一些很平常的事情，玩了一回，就到隆生的洋服店楼上闲坐，渐渐地就谈到国家大事。隆生极称维新变政的好处，并以满清政府没有断然采行，是一件非常可惜的事情。但高先生却大不为然，他说：
“那班主张维新的人，是最不彻底的，变政也不是最好的办法，康有为这些人结果一定会失败，要希望他们来救国，是绝不可能的。”
这议论，使隆生吓了一跳，实出了他意料之外。因他初意以为高先生或即是康有为，现在高先生却反对康有为，这真是奇怪了。但他又不便问他是不是康有为，抑是另外一个人，或是高达生就是高达生。谈完了话，隆生送高先生回到旅店以后，他整夜没有释去这个疑团，苦苦地想高达生究竟是怎么样的人？
第二天，高达生回拜黄隆生，在洋服铺楼上，两人痛快地谈着，隆生从高先生犀利的辞锋中，才恍然大悟，知道高达生不是康有为，原来就是孙先生，高达生是化名。他高兴得不禁随着孙先生的大笑，也笑得仰前倒后，紧紧地握着孙先生的手，说道：
“原来先生是中国革命党领袖，我真相见恨晚。”
我们现在追叙孙先生刚到河内的情形。那时韬美因为等不及孙先生的来，已请假回法国去了，他临走的时候，托秘书长哈德安臣宁代表接见，因此孙先生到河内以后，只见到了这一位哈德安，却没有遇到韬美。高达生就是当时孙先生的化名，现在被黄隆生发现了。不久，龙州边防督办苏元春不知怎样地也知道了孙先生到河内的消息，就派了二个干练的武弁来侦察他的举动。孙先生看见这两个人，跟在后面左右不离，就知道是满清官吏派来的侦探，他就不慌不忙，和他们接近。一天，孙先生竟邀请这两个人宴会，两人知道孙先生已经察破他们的行径，竟不敢拿起箸来，孙先生看出他们的心事，就把自己的杯箸和他们的分开，拿着酒杯说道：
“请吧，我生平做事，光明磊落，决不会拿毒药来害人的。”
二人听了面面相觑，孙先生就继续说了许多关于革命意义的话，最后很郑重地说：
“我们的革命，是汉人的一种天职，苏元春也是汉人，如果明白我们的宗旨，应当早有独立的决心，为什么在这天南一角，还拥戴着满清政府呢？请你们把这个意思转达贵督办吧！”
被侦探的却窥破了侦探的行动，这两个人一听了孙先生的话，暗暗地惊叹孙先生胆量见识的伟大，口上却讷讷地不能说什么了。第二天就不看见这二人的踪迹，早已回到龙州去报告了。
黄隆生自发现了孙先生以后，他所认识的当地华侨如甄吉亭、甄璧、杨寿彭、张焕池、曾齐等，也都先后知道了，他们于是一齐到孙先生的寓所来，要求加入兴中会，经过孙先生一番详细的指示，不久就成立了兴中会分会，但对外仍不说出孙先生的真姓名。这次兴中会在河内成立，可以说就是替四年以后镇南关和防城、钦廉诸役预伏的种子，但当时孙先生也许没有想到会有这样大的效果，这真是一个意外的收获。这时候，陈少自在香港抱病，孙先生就要他到河内来。一面养病，一面帮助孙先生办理事务。陈少白来了也用在日本时惯用的一个日本名字，叫做服部二郎，他就住在孙先生的旅馆里。不久，陈少白认识了几个到河内来参观博览会的满清官吏，他们也很同情革命，但孙先生始终不愿把真相告诉他们。一天，其中二人来看陈少白，孙先生恐怕他们看破了，反有不便，就把帽子戴在额前，很镇静地出来，和他们周旋，少白也就向他们介绍道：“这一位是新加坡的华侨，是广东人。”大家随便谈了一番就散去。陈少白住了十二天，就别孙先生先回香港。孙先生到第二年，纪元前九年（1903年）六月光景，才回日本横滨。
当孙先生旅居河内的时候，革命的风潮已从日本影响到国内，并且普遍地在发展起来了。如纪元前十年有洪全福、李纪堂等在广州的起义，上海的蔡元培、章炳麟等也成立了中国教育会和爱国学社，收容南洋公学和南京陆师学堂等因学潮而退学的学生。纪元前九年，上海《苏报》因为介绍邹容的《革命军》一书，并发表《章炳麟驳康有为政见书》，引起了满清政府和人民的交涉，正在会审公廨起诉。《苏报》的主持人陈范、陈撷芬等都向日本逃来。因此孙先生一回了日本，留学生和亡命客都前来访问，横滨山下町的孙先生的寓所，顿时热闹异常。
那时，在日本留学界中有一个极困难的问题，就是驻日清公使曾经向日本政府交涉，凡留学生抱革命思想的，一律撤销他的官费，禁止学习陆军。当时中国学生肄业兵事的，只有振武学校，但入学资格以官费生为限。这样一来，同志中想以私费来学陆军的，都无从问津。于是要求孙先生想办法。孙先生对于军事人才本来是很注意的，就请日本同志日野少佐，在东京青山附近，筹备组织革命军事学校。孙先生对于战术，是很赞成最新式的南非洲波亚人的散兵战术，日野也同样地有研究，因此就拿这波亚战术做教学的原则，定学期为八个月。为避免日本政府的干涉，一切采取秘密主义，但第一期来学的只有李锡清、桂少伟等十四人。后来外面有些知道了，都说这军事学校是东京的梁山泊，那时革命空气的紧张，也就可见一斑了。