1978年8月7日，兰州市遭遇了一场50年不遇的特大暴雨。3天后的《甘肃日报》以“军民并肩战洪灾”为题，报道了这一灾情：
“从七日凌晨三时到早上八时的五个小时内，降雨八十九点二毫米，大约相当于全年降雨量的四分之一。暴雨造成山洪暴发，洪水咆哮着冲向市区和农田。顿时，宽阔的马路变成长河，低洼的地区积水一米多深。洪水冲毁了一些房屋，阻塞了一些地区的交通，毁坏了一些农田，有的工厂被迫停电停产。
当暴雨还在倾泻的时候，全市军民就已紧张地动员起来，英勇地同暴雨、洪水进行搏斗：巷道里，一队队解放军指战员跑步奔向险区；马路上，一辆辆满载抗洪物资的汽车驶向深水地段。广大机关干部、工人、学生和街道居民纷纷提上水桶，同洪水展开巷战。”
上面之所以引这样一段报道，是因为当年的这场雨，改变了盛彤笙以后的人生轨迹。他虽然在兰州兽医研究所工作，但家仍在小西湖的兰州中兽医研究所院内。这里虽然较西津路稍高，但南面的伏龙坪地势更高，上面山洪暴发，洪水漫入院中，眼前一片汪洋。盛彤笙当年在国立兽医学院修了教授楼，但自己住的一直都是土坯房的小院，以后中兽医研究所修建锅炉房，小院被拆除，他的家搬到另一处土坯房中，情况比原来的还要糟，坐南朝北，终日阴暗，地势低洼，水一浸泡，全部坍塌。他毕生的藏书、多年来积累的资料以及家中的衣物用品等，均被泥水损毁，仅儿子盛天舒赤身逃得性命。
从外地赶回小西湖家中的盛彤笙夫妇见到眼前这一片狼藉之状，相顾无言，痛楚不已。且事隔多日，竟然无人抢救搬运。从“反右”到“文革”，邹东明未曾流过眼泪，而今面对此景，伤心至极，禁不住失声痛哭。使盛彤笙尤为痛惜的是，原本想利用自己独有的医学和兽医学的双重学术背景，撰写《比较免疫学》和《比较流行病学》两部填补空白的开拓性著作，作为晚年的收官之作，他为之作了长时期的思考，收集了大量资料，不意也在这场大雨中毁于泥浆之下。以他的年龄、精力，已经不允许他收拾残局，从头开始了，儿子从他痛苦万状的表情中清楚地听到了父亲的喃喃自语：“我该走了！”
他的夫人邹东明本来就有高血压，在突如其来的打击下，惊悸之中突发脑溢血，经医院紧急抢救，虽然保住了性命，但却也落下了后遗症。想要调换住房，所里又无法解决，只得暂在伏羲堂的一个角落里栖身。正在这时，中国农科院副院长左叶来兰州兽研所视察工作，专门到家中看望了盛彤笙，当看到这样一位大学者简陋的住房、艰难的处境，不禁唏嘘不已。当盛彤笙提出因身体多病要求调到南方工作时，左叶副院长慨然相允。本来中国农业科学院仍希望他去北京，他婉辞了。在农业部的关照下，经甘肃省委和江苏省委同意，1978年冬，盛彤笙调往江苏省农业科学院。至此，他为大西北的畜牧兽医事业整整奋斗了32个春秋，他的青春年华和黄金时段都献给了大西北，他是带着深深的遗憾和无限的依恋离开的，因为这里曾经寄托了他的理想，有他未竟的事业，还有他同甘共苦过的同事和弟子。离别时，他已近68岁。
盛彤笙调到南京工作不久，原甘肃省委书记，后任江苏省委书记处书记的张仲良得知后，特意备了一桌宴席，一来为他的到来接风，二来当面表示自己的歉意，但又担心当年造成巨大的心灵创伤，盛彤笙是否能接受邀请。但豁达大度的盛彤笙如约前来了。“正是江南好风景，落花时节又逢君。”两个过去的“冤家”对头又在南京聚首，两双手紧紧地握在了一起，但见四目相对，双方均觉千言万语不知从何说起。终于，“盛老，您好！”“书记，您好！”一声问候泯恩仇，两人又成了经常往来的契友。后来，张仲良生病住院，盛彤笙更是多次到医院探望，给了他不少慰藉。1983年3月，这位老领导病故，盛彤笙前去吊唁，其夫人说：“盛老，您蒙受的冤屈，他一直深感内疚，真的对不起您！”这一声“对不起”的道歉是逝者自我反省的表达，然而，殊不知当时的一错，却断送了一位爱国科学家的大半生，阻碍了他充分发挥专长、提高我国畜牧兽医教育和畜牧业生产水平的愿望和机会，何尝又不是一个历史的悲剧！