盛彤笙为人秉性耿直，心怀坦荡，凡事都有自己的定见，不肯看脸色行事，可谓极心无二虑、尽公不顾私。1949年初，甘肃省参议会张鸿汀议长亲自写信，向他推荐保送三名学生免试上国立兽医学院，盛彤笙坚持要考试录取，不肯通融。1954年奉命筹建中科院西北分院兽医研究室，盛彤笙因难以物色到高级专业人员，加之有兰州畜牧兽医研究所，业务重复，力量分散，打算将兽医研究室与研究所调整合并，数次向兼任中科院西北分院筹委会主任的省委书记张仲良汇报，被明确表示反对，虽然最终还是合并，但这些都给领导留下了抗命的印象，为他的厄运埋下了伏笔。
1956年夏，时任中国农业科学院副院长的程绍迥来到兰州，转达上级欲调盛彤笙到北京，任中国农业科学院副院长兼兽医科学研究所所长的意图。特别是中科院学部委员、时任中国农科院院长的金善宝，当时对盛彤笙充满了信任和期待，希望他能在发展畜牧兽医事业上有一番作为，多次催促赴任。当时他因筹建中科院西北分院工作刚刚铺开，想干点眉目再走。甘肃省委在得知消息后，也是爱才心切，向中央致专电，提出“西北是国家畜牧业重点发展地区之一，畜牧兽医高级科学家极缺，由外地向西北调配此类人才又极为困难，为此故需从多方面劝盛彤笙继续留在甘肃工作为好”，使他未能成行。
谁知1957年夏，情况发生了意想不到的变化，成为他人生道路上的一个重大转折点。
这年5月，《光明日报》派到各地点火的记者韩洪文来到兰州，对盛彤笙进行采访，说报社拟召开一次帮党整风的座谈会，希望他参加。他当时要去北京参加中科院学部大会，火车票早已买好，自然不能如约，但韩记者说谈一点意见也行。一贯言行谨慎的盛彤笙仓促之间确实也不想说什么，但禁不住韩洪文又是“上面号召”、又是“知无不言”地一再动员，而且说愈尖锐愈好，平淡的话没有人愿意看。于是，盛彤笙抱着帮党整风的真诚愿望出发，当着韩的面直话直说地谈了对一些问题的看法，有些疑惑当时也一吐为快。时隔50多年后，让我们来看看盛彤笙当年曾经向《光明日报》记者究竟谈了些什么！下面是记者整理的原文：
宗 派 主 义 点 滴
科学院西北分院筹委会副主任 盛彤笙
毛主席教导我们要谦虚，每个人都举双手赞成。但在报刊的宣传上，似乎共产党人还没有很好地贯彻这个指示，不够谦虚。
无论在新闻或文章上，往往提到“在党和政府的英明领导下……”把党放在政府的前面。自然，政府是由共产党领导的，但从范围上看，党是一千多万人组成的，政府是六亿多人民组成的。如果谦虚些，把政府放在前面，不会减低党的威信。这是不是从苏联搬来的“经验”？
再从名字的排列上扣一下。在宴会或往机场欢迎的人名单上，“委员长在总理的前面，但副委员长却经常在副总理的后面。全国人民代表大会是国家的最高权力机关，常务会领导人的名字放在国务院领导人的前面，是完全合情合理的。现在来个反常，是否因为副总理都是共产党员，有些副委员长是民主人士的缘故？如果谦虚些，让它正常化，我看也不会减低党的威信。
在许多会议上，有些非党人士发表了精辟的见解。这些见解往往很少在报纸上刊出，或者登的很少。而党员领导的发言，即令并不怎么高明，也常是长篇登载，名之曰“指示”。为什么一定要这样，难道不如此不足以表明党的领导吗？
要说党的宗派主义，这些宣传就会助长宗派情绪的蔓延。
现在大家所揭发的大多是下层的宗派主义，其实，上层若没有宗派主义会造成这种风气吗？宗派主义是从上面来的，上面谈的就是例证。
宗派主义在兰州也相当严重，解放以来，我待了几个机关，比较满意的还是这里———科学院西北分院筹委会。但就在这里也不是完全没有宗派主义作风的。我们的办公室主任、副主任、科长、副科长，没有一个不是党员。我曾有一个设想：在全国抽查一千个机关，看有几个办公室主任是非党人士的。难道真的已经达到这个程度：找不到一两个非党人士来担任这里的科长、副科长？当然不是的。只是挑选范围太窄罢了。目前一般机关的非党行政干部工作情绪不高，感到没有奔头。有些年纪轻的，但有可能，就一心只想学技术，因为技术和研究人员的提升，到底要凭业务，不能完全凭政治，要教条地批判他们“名利”思想容易，但能全部归之于思想问题吗？
机关中人事科的权力太大了，人是最复杂的动物，处理人事原不简单。根据我所待过的机关来看，人事科的党员干部往往水平不够，引起群众的反感。曾有一个干部对我说：“到了人事科，就像进了公安局，两眼不敢四望，生怕触及机密文件，将来要挨整。”群众所以怕，还因为有一个人看不到的档案袋，人调到哪里，档案袋跟到哪里，而这个袋里又不知道放的什么“药”。万一有些不正确的、不利于自己的文件怎么办？
这次党的整风要和风细雨，要贯彻“团结、批评、团结”的方针，这是很对的，听说在1942年党第一次整风时，采取的就是这个方针，于是我想起知识分子思想改造运动的时候，采取的却是狂风暴雨的形式：“大会压、小会挤，学生把关、先生过关；当众脱裤子，忍痛割尾巴。”至今想来，余威犹存。这不能不使知识分子怀疑，为什么那个时候不提这个方针呢？是不是以后才有先见之明呢？坦率地说，这恐怕也算是宗派主义吧！
（光明日报记者整理）
———见甘肃农业大学馆藏档案“定期”员怨缘愿年党委办第缘卷
以上这篇书面发言，不排除记者为达到轰动性的效应而采用较为“尖刻”的用词，仅就所举的事例本身来看，至今仍发人深省。比如选拔使用民主党派和非党人士的问题，比如人事档案的问题、比如对知识分子的改造问题等，至今还在改进、还在完善，何况20世纪50年代。通篇看完，我们听到的是直语诤言，看到的是肝胆相照。但在那个年代里，却触犯了政治上的大忌。记者将谈话整理出来，先是在座谈会上代为发言，并准备随后见报。以盛彤笙中科院学部委员的身份，自然反响很大。盛彤笙自忖不妥，特地致函记者注明为“访问谈话记录代替发言”，不要见报。但结果还是捅了大娄子，最要命的是记者还加了个“宗派主义点滴”的标题。试想，说党有“宗派主义”，这不是“恶攻”是什么？加之在1949年以后的“三反”“五反”、“思想改造”等接二连三的运动中翻出的“集体加入了国民党”、“与反动军阀称兄道弟”等历史问题，联系在一起，就成为反党反人民反社会主义的铁证，自然就成为大右派。虽然以后的实践证明所提的意见多是正确而且富有远见的，但却有悖于当时的政治形势，受到了严厉批判。世界上的事情往往是复杂的，明明动员大家提意见，却设了“引蛇出洞”的玄机；也许本身就存在问题，仅仅因为别人提了出来，就认为是“猖狂进攻”。就连他不赞成将西北畜牧兽医学院迁到黄羊镇、认为这样不利于教育事业的发展，因而与省委书记张仲良发生争执的事，都成为罪证之一。
还有一个也是盛彤笙跌入人生谷底的致命问题，这就是1957年5月在中科院学部委员会上，关于“取消国务院的科学规划委员会”的发言。他提出将它的任务“交给科学院来担负，科学院要义不容辞地成为领导全国科学的学术中心，只要赋予科学院以权力，让郭沫若院长、李四光副院长这样的人来领导，科学院是可以做好科学规划委员会的工作的”。洞见深刻的盛彤笙看到了其中存在的问题，觉得有必要向党和政府进言，以期改进科学规划工作。他的这一真知灼见，在科学院却引起轩然大波。许多赞成的学部委员认为说出了他们的心里话，觉得这个委员会的设立是对科学家还不够信任的表现；而反对者祭起了“反对和抗拒党对科学工作的领导”，“狂妄自大，目无组织”，“挑拨党与科学家的关系”等一顶顶的大帽子。科学规划委员会是国务院1956年成立的统筹全国科学发展规划的一个机构，在科学院之上还设有这样一个委员会，的确有叠床架屋之嫌，且其中的领导成员大多又不是科学家，自然有外行领导内行之说。后来的实践证明，他的这一发言，仍是极富远见，时隔不久，中央就撤销了国务院科学规划委员会，完完全全由科学院来担当这一任务。俗话说：“人无远虑，必有近忧。”但有的时候，虑之太远，其忧亦近。“反右”中，盛彤笙却落了个“党不能领导科学”的罪名。
1957年7、8月间，盛彤笙多次受到批判斗争，最终被戴上“右派”帽子。现实是如此残酷，一代宗师盛彤笙被撤销了西北畜牧兽医学院院长、中科院西北分院筹委会副主任、中科院学部委员、全国人大代表等职务职称，仅改任全国政协委员一职，工资由科研一级降为科研三级。自此，梦想片片破碎，青春渐渐凋零。这年他才46岁，正是壮怀激烈，大展宏图之际，却落得大鹏折翅、龙游浅滩的命运，岂不悲哉！
冤情就这样坐定了。1957年10月，盛彤笙随同他所创建的兽医研究室，从中科院西北分院分出，合并入中国农科院西北畜牧兽医研究所。他曾呕心沥血为之筹建了3年多的中科院西北分院，在1958年正式成立时，他的名字连提都没有提，仿佛他压根就没有参加过筹建一样。1958年7月，西北畜牧兽医研究所奉命西迁黄羊镇，他又被分配到新成立的中国农科院中兽医研究所。1969年，中兽医研究所并入到兰州兽医研究所，盛彤笙又被分到该所情报室任研究员，直至1978年底调往江苏南京，才逐步落实政策，推倒一切不实之词，这一沉冤整整压了他20年。