1949年的8月下旬，兰州城里更是一片混乱，险象环生，学校加紧做好应对事变的各项准备工作。盛彤笙没有离开学校，没有离开师生，他镇定自若有条不紊地安排护校事宜，勉励员工各负其责，坚守岗位，保护好校产，静待人民的胜利。在他的感染下，师生没有惊慌失措，大家团结一致，分头负责，沉着应对。经他提议，学院成立了护校队，由总务长常英瑜带领员工在校内挖避弹壕，准备蔬菜、粮食、水和一些消防器材；由教务长朱宣人负责组织师生将所有贵重的仪器及图书、档案资料等，全部坚壁到伏羲堂二楼的天花板上。当解放兰州的战役全面打响后，马家军欲做垂死挣扎，以伏羲堂影响炮兵视野为由，扬言要将其炸毁。愤恨之余，为防范马匪败兵抢劫、纵火和杀害师生，学院将大部分师生和教眷迁到兰州大学躲避战火，又将存放在楼顶上的所有仪器及图书、档案资料，转移到兰州大学保存，学院平时所节存的少许黄金和银元也埋藏在地下，避免遭乱兵抢劫。甘肃省档案馆编写的《解放兰州》一书也对师生们应对兰州战役的情况有以下记载：
“国立兽医学院的地下党员李宝锐、沈斌元和广大教职员工组成护校队，一部分人在校内巡逻值班，保护学院，一部分人将图书、仪器和家属送到兰州大学防空洞里看护，同时还派教授马汝邻和办公室主任王志良利用熟人关系，到马步芳之子、国民党82军军长、兰州前线总指挥马继援处打探消息，随时掌握情况，以便做好解放兰州的策应工作。”
上面一段文字，出自解放初期，自然要说到兰州地下党的功绩，其实当年国立兽医学院的中共地下党员只有沈斌元一人。据本人说，当时也没有什么出头露面的活动。护校的主要工作还是盛彤笙、朱宣人、常英瑜为首的学校应变委员会在领导，盛彤笙以一介文弱书生，面对艰难复杂的形势，冷静处置，砥柱中流，才使得全院78名教职工，89名学生，没有出现一个人员伤亡；包括伏羲堂、教职工宿舍、学生宿舍等404间房屋以及42台显微镜等众多的仪器设备，由于师生们舍生忘死的保护，没有发生一件财产受损。正因为如此，才能在兰州解放后仅20天就开学复课，这在当时的兰州，不能不说是一个奇迹。以上人员和财产在兰州解放后，被兰州军管会文教会教育处正式接管。
高级知识分子是国共两党共同争夺的对象。北平解放前夕，风雨飘摇中的国民政府还制定了一个“学人抢救计划”。在蒋介石的授意下，政府要员朱家骅、傅斯年、杭立武、蒋经国、陈雪屏等于南京紧急磋商谋划，拟定了“抢救人员”名单，名单包括四类：
（一）各院校馆行政负责人；
（二）因政治关系必离者；
（三）中央研究院院士；
（四）在学术上有贡献并自愿南来者。
除平津的学者外，兰州的盛彤笙与辛树帜、易价、路葆清都在“抢救人员”名单之列。兰州解放前数日，国民政府教育部还派一名督学乘飞机专程来到兰州，想接四院校校长前往广州。盛彤笙等四人决心与学校共存亡，都拒绝前往，飞机只得空载而返。
不特自己如此，他的大弟在国民党部队搞技术工作，当得知弟弟准备随部队撤到台湾时，他不忍骨肉离散，有负父母临终嘱托，一面给大弟的上司写信，请求将其弟留下来，一面赶赴厦门港口码头，当面加以劝阻。弟弟说，不走不行，我的行李都上船了，最终还是去了台湾。
1949年8月20日，中国人民解放军第一野战军对盘踞在兰州的马步芳匪军形成强大包围。24日，解放兰州的战役正式打响。国立兽医学院南门的华林山、狗娃山炮火连天，烟尘飞扬，子弹在头顶呼啸，炮弹也在周围炸响，夜晚照明弹将学院内晃得亮如白昼，战斗异常激烈，但护校的师生没有离开兽医学院，而是紧闭院门，日夜轮流巡逻，提防乱兵趁机抢劫，并做好灭火的准备工作。由于解放军英勇神速势不可挡，解放兰州的时间比预想的提前，才使马家军在仓皇溃逃之际，未来得及拆毁校舍，原定要杀害在兰各大学师生员工，也因逃命而自顾不暇，未来得及下手，人员、校舍、器材等才得以完整地保存了下来。盛彤笙曾经回忆说：“那三个月的日子，真是充满了无穷的恐怖，无限的血腥，是我们每一个人永远也不能忘记的”。
8月26日晨10时，战斗结束，兰州宣告解放，师生们终于冲破黎明前的黑暗，迎来了灿烂的阳光。
兰州解放后，城外各路解放大军云集，马匹负伤和患病的也不少。当得知有一个高水平的家畜病院时，纷纷将病畜牵来就诊，一时碱沟沿热闹异常，学校院内外拴满了病畜。这是一个激情燃烧的岁月，在人民解放军伟大牺牲精神的感召下，刚刚获得新生的师生们于兰州解放的次日，即将移藏城内的药品器械运回学校，家畜病院开始接诊，昼夜治疗伤病马匹，工作非常紧张。最多时，每日治疗伤病骡马竟达80多匹，甚至晚间还要在灯下工作到深夜，很多时候连饭都顾不上吃。大家表示，“能以实际行动支援前线，为革命事业尽一点绵薄之力，是无上光荣而崇高的事情。”
8月30日，中国人民解放军第一野战军举行了规模盛大的入城式。骑兵、步兵、炮兵、摩托化步兵和高射炮部队、坦克部队，依次进入兰州城里，受到成千上万的市民夹道欢迎。当日的《甘肃日报》报道：
“兰州大学、国立兽医学院、志果中学等校的学生兴高采烈地燃放鞭炮，争先恐后地把‘人民解放军万岁！毛主席万岁！中国共产党万岁！’‘天摇了，地动了，兰州人民翻身了！’等鲜艳夺目的大红标语贴到大炮筒上，欢呼雀跃的女学生们将五彩缤纷的鲜花撒在炮车上，载歌载舞，欢迎解放军。”
9月2日，兰州市军事管制委员会主任张宗逊将军，副主任张德生、吴鸿宾、韩练成、任谦等发布命令，任命辛安亭同志为军管会军事代表前来接管国立兽医学院。至此，盛彤笙一手创办的学校，终于完整地回到了人民的手中。
间尝以为学府之必要条件有三：完备之图书仪器，良好之师资，优美之学风。重辅以宽敞之校址，恬适之环境，庶克有济；悬的以求，凡个人智能所达，靡不悉力以赴，成败利钝，所不计及，道远任重，有志竟成。
———盛彤笙