1948年10月，建成的兽医馆即伏羲堂投入使用。在兰州大学上课的学生也一致要求搬到小西湖新校去，经教育部同意，结束了为期两年的合作办学。虽然伏羲堂已经建成，但宿舍、住宅甚至连大门其时却再也无力兴建，其他生活设施几乎一无所有。土马路、土操场，起风时院内尘土飞扬，下雨时又满地泥泞，条件自然十分简陋。
学生宿舍由两座马厩改建而成，只能容纳66人，所以招收学生的规模一直难以扩大；而单身教师住的房舍，只是稍加整修的原兰州卫生防疫处牧场的牛舍，即使带了家眷的教师，住的也是小土房。冬天虽然能生火炉，但因煤炭供应紧张，教室、实验室、办公室每个炉子每天仅发一两块煤砖，教职员住宅每户8公斤煤炭，自然显得十分寒冷，一些科室为节约起见，就合署办公。用电也严格限制，以一室一灯为原则，除了教室和教授、副教授的住宅可用100瓦的灯泡，其余教职员只能安装25-50瓦的。学校吃的水，每天用驴驮或大马车到黄河边去拉，夏天河水混浊，拉回后倒在大缸里，用明矾沉淀后再用，往往一缸水有五分之一是泥沙，冬天还要破冰取水，一辆毛驴拉的运水车为全院师生的用水进进出出，整天忙个不停。
小西湖离城3公里，进出学校的是硷沟沿边上的一条土路，要绕过黄河拐角处一个叫“骚泥泉”的地方，才可通过。这里“无雨三寸土，有雨骚泥窝，”十分难走。说起骚泥泉，还有点来历，据老兰州人介绍，过去在小西湖与马家花园（现在陆军总院）之间的黄河沿岸，有许多泉眼，水流喷涌，其中有一眼为温泉，过去附近的穷人冬天就围在四周取暖。当时，周围有许多养牛养羊户，在河滩上放牧，牲畜的粪便和温泉的水混在一起，腥臊味臭，故名“骚泥泉”。
学校初建，连围墙都没有，周围人家很少，一出房门就是荒郊野外，坟包垒垒。一到夜晚，狼群嚎叫之声不时传来，社会治安自然混乱。刚搬去不久，在盛彤笙家中还发生了抢劫案。经向兰州市警察局申请派人护校，来了七八个校警荷枪实弹地日夜巡逻，师生的安全才有了保障。那时，生活虽然十分艰苦，但师生们毫无怨言，情绪乐观。
解放战争期间，随着东北、华北许多地盘和大型厂矿等经济命脉在国共之间相继易手，南京政府经济崩溃，货币贬值，物价飞涨，生活费用较战前上涨数万倍。1948年8月，国民党政府出于内战的需要，改革币制，滥发金圆券，致使物价飞涨，而可怜的老百姓只剩下一堆废纸，导致了一场中国近代史上最严重的通货膨胀，物价如脱缰的野马，一路狂奔。
在兰州，更能感受到物价飞涨带来的恐慌，货币一日三贬，物价一日三涨。1947年12月，兰州物价指数已较十年前上涨了10万多倍，仅次于北平、南京。当时面值百万元的大钞，已不能抵补印刷费了。到1948年8月中旬，情况更加恶化，一次理发费居然就要240万元。800万元金圆券不能兑换一块银元。
飞涨的物价，使学校纷纷向上告急。国立兽医学院在给西北军政长官公署的报告中称：
“员工一个月薪饷所得平均每人不敷购买面粉15斤，换而言之，即每人半年薪饷所得不足以维持一人一月膳食之需，本校员工多已无力为炊，惶虑万状。请转饬中央银行兰州分行准予按照本院原预算数额15倍先行垫借，以便早日发放，籍延喘息。”
兰州各国立院校馆教职员联合会也致电国民政府教育部，“恳请钧署转饬兰州中央银行按拨款数透支，以应急需，并配拨实物”。但等到1949年4月底国民政府教育部发文同意透支，文到之日，一月费用已贬值为一日所需。同年5月，已南迁到广州的国民政府教育部为兰州四大学增拨5月份周转金150亿，其中兽医学院20亿元，下达的指标当月如能取出，还可在黑市上兑换400来块银元，等到6月份拿到手时，市面早已拒绝使用，等同一堆废纸，市场交易货币均为银元。生活费无着落，于是兰州大学校长辛树帜、兽医学院院长盛彤笙、西北农专校长路葆清、西北师范学院院长易价又联合致电教育部，“恳请体念员工生活艰苦，请求改发银元，用最迅速的方法汇兰，以苏涸困”。但那时国民党正在将金银运往台湾，自然不会配发。各学校纷纷自想办法，力克时艰。为了不使手中的货币贬值太快，盛彤笙发动手下职员将法币在黑市上兑换了一些黄金和银元，以备不测，因为还有200多号人的生活问题还要解决。后来由于兰州战局发展很快，解放时，学校还存有88两黄金、89块银元、48块银元本票，交到了军管会接收组手中。盛彤笙又通过西北军政长官公署作保，转而向甘肃省田赋粮食管理处借小麦，请求兰州市政府配售面粉、猪肉、食盐，加上及早动手囤积了一些粮油食品，学校艰难地维持了师生员工的生活，没有发生“断炊之虞”。盛彤笙以后多次谈及这一段经历和建校的艰辛，总是感慨“真可以当得上‘筚路蓝缕’和‘惨淡经营’这八个大字”。
“疾风知劲草，板荡识诚臣。”1949年4月至兰州解放这半年里，是学院最困难的时期。物价飞涨、社会动荡、战火逼近、人心惶惶，但在盛彤笙的镇定处置下，全校师生齐心协力，共赴时艰。学校的教学照常进行，教学秩序也井然有序。8月14至16日，解放兰州的战役即将打响，招收录取新生的工作没有停顿。当时因各地战事紧张，全国报名的考生不多，仅录取19名，后补录15名，共34名，如期于9月15日开学，19日上课，这在全省高校中尚属第一家。解放前夕，不论是要求戡乱演讲，还是抗议物价飞涨上街游行，盛彤笙都没有让学生参加其中，而是紧闭校门，静心学业，不与政治合流。他认为，现在社会环境如此险恶，贸然参加，只会让学生作出无谓的牺牲，现在唯有完成学业，今后才能为社会、为民众做更多的事情。这期间，没有出现一个学生流失、一名员工出走的现象。