抗战期间的大西南条件是极为艰难的。日军无数次的空袭轰炸，加上国民党政府腐败，物质匮乏，法币贬值，教师工资极低，生活很难维持。盛彤笙的困难更甚于他人。他的父母因病于1942年前后相继去世，全家老幼的生活和教育费用，都得靠他一个人的微薄薪金维持。当时他的生活窘迫的程度，盛彤笙在自传中有个回忆：
“我的一件黑呢大衣从出国穿到回国，从武功穿到成都，袖子磨破一个大洞，真是‘捉襟露肘’。在不得已的情况下，只得出卖我由德国带回的心爱的原版书籍。其中医学书籍很易脱手，只托友人在李庄的同济大学医学院贴出一张出售的书目，立即抢购一空。唯独一部德文《兽医畜牧百科全书》，共八大卷，不易找到买主。恰好当时陆军兽医学校在兰州成立一个分校，我估计他们参考书籍一定非常缺乏，便去函向他们兜售，果然他们不惜高价购去，可惜等到我将书寄去，他们再将款寄来时，已经贬值到不值几文了。解放后，这部书被兰州军区后勤卫生部军马卫生科所接管，从来很少有人翻过。1981年，经我商得兰州军区后勤卫生部慨允，用我新译的《家畜的传染病》十部换回，事隔近四十年，又物归原主，虽然参考价值已经不大，但却刻印着旧社会一个贫苦知识分子的一段辛酸历史。我除在书首略记其经历始末外，还将我与兰州军区后勤卫生部的来往信件粘贴于书后，希望后代珍藏之，以留永念。”
前方的将士在与日寇浴血奋战，后方的教师也挺起了脊梁，担当起教育救国的重任。中大畜牧兽医系主任陈之长，教授罗清生、熊大仕、盛彤笙、汪启愚、吴仲贤、汤逸人等，不畏艰辛，在社会动荡、设备简陋、经费紧缺的情况下，恪尽职守，安贫乐道，相继培育了不少英才。其职业精神，亦令人感动。
抗日战争爆发后，中央大学迁往大西南，当时学校只负责图书仪器和师生员工的运送，而畜牧兽医系还有许多种畜无法内迁，这些种畜大多是从美国引进，既是教学所必需，又是有钱难买的珍贵品种，教师们不忍心扔掉，于是该系就自行联系了民生实业公司的船只抢运。由于战火逼近，轮船到不了南京，只能靠岸武汉，教职员就抢在日寇占领前，步行赶着种牛、种猪、种马往武汉转移，一路上跋山涉水，风餐露宿，夙夜辛劳。其中的美国纯种乳牛，一天赶着只能走十多里，路上要给牛喂草、喂料、喂水、挤乳，挤出乳就在当地廉价卖，路上还有孕牛生产，要接产、护理牛犊，慢慢地让小牛跟着母牛走。他们就这样全部无损地将畜群赶到武汉，再上船运到重庆，转运到成都，在沙坪坝借用巴县中学的五亩学田，建简易牛舍安顿下来。见到眼前的这一切，时任中央大学校长的罗家伦先生十分感慨，赞叹说：“千里赶牛羊，不亚于上战场，真不容易啊！”相对比中央政府大员纷纷逃窜山城，而几个文弱书生却这样驱赶着上百头种畜千里大转移，为以后的科研、教学和良种繁育“保种”，实在是鲜明的对照。
在成都浆洗街安置好后，学生们在日寇飞机的不时轰炸下如期上课。在教学上，盛彤笙也充分展现了才华和风范。他作风严谨，一丝不苟，上课总是准时进入教室，先关好门，迟到的学生需敲门打报告才能进来，所以学生几乎没有出现迟到的现象。讲课前，先来5分钟的测试，这是当时流行的一种促使学生及时温课的方法，将分别写在纸片上的不同题目发给学生，每人一题，5分钟内写完交卷，作为平时考核的成绩，测试后才开始讲课。授课只拿几张卡片，提纲先用英文和德文写在图书卡片上，字迹工整清秀，笔触极细。盛彤笙授课板书美观整齐，声调平静清晰，同学反映听他的课是一种享受，课后稍加整理便是一篇很好的文章。由于他备课非常认真，资料十分丰富，讲课条理分明，善于诱导，语言精练，使学生容易理解和记忆，因而他的讲课一直深受学生们的欢迎。
对于盛彤笙的执教情况，中央大学畜牧兽医系1940年毕业的李仲连回忆说：“盛师彤笙先生1941年到系时，我已任助教，他态度严肃，不苟言笑，讲课非常认真，讲家畜病理学时，我旁听了全课程。他是兽医学博士又是医学博士，因此被华西坝的几个医学院请去讲课，讲课时不带讲义，只有卡片提纲。当时有名的教授都是这种讲法，讲课时常常有学生以外的人旁听。我们也学这派头，讲课前充分准备，讲课时只带卡片、图表。由于受严师的熏陶和爱国思想的鼓舞，系内学术空气浓厚，同学们都发奋学习，刻苦钻研，争取出国深造。”
国立中央大学农学院当年在四川的办学，至今还能给人以启迪。世界上的事情就是有点怪，有时候各种条件都给你提供了，反而一事无成；有时候看似条件不具备，却能取得一些重大成果来。在成都当时那是怎样的环境啊！
学校西迁后，借用的是四川省家畜保育院的住房，说好听点叫“家畜保育院”，其实也就是个畜牧场。除了教室好点，是个二层小楼，其他都是畜棚、厩舍改装的，有的房顶上还盖的是茅草，夏天像个蒸笼，冬天又像个冰窖。加上战乱不安的环境和随时出现的衣食之忧，办学条件可想而知。但这里却聚集了许多名师大家，有着浓厚的学术空气和宽松的学习环境，有着严谨认真的教风和学风，大家心无旁骛，静心学业。正所谓“艰难困苦，玉汝于成”，许多中国畜牧兽医界的大师级人物就从这里诞生，又从这里走向了世界，真是创造了中国教育史上的奇迹。
“桃李不言，下自成蹊。”盛彤笙在中央大学的弟子很多，前后五届不下百人，他们后来大都成为新中国畜牧兽医事业的开拓者和奠基人，有的在国外成为学术界的领军人物。其中的谢铮铭、朱晓屏、李振钧和廖延雄四人在他的手下当助教，更是他的衣钵弟子，得其真传，在他的潜心指导下，以后都考取了公费留学，分别赴英、美深造，获得博士学位，学业有成。谢铮铭、廖延雄后来成为国内著名学者；李振钧留学美国，后任美国联邦环保局高级科学研究员，兼任华盛顿医学院、比萨斯大学药学院教授，日内瓦世界卫生组织顾问；朱晓屏1946年就读于英国剑桥大学，取得博士学位后留校执教，任动物病理研究所副所长，是世界著名的禽病专家。20世纪八十年代初全国政协开会，畜牧兽医界共8名委员，盛门师徒就有盛彤笙和任继周、刘麟书、刘尔年等4人，盛彤笙高兴地称“占了半壁江山”。
盛彤笙在学生中享有很高的威望，弟子们都尊他为“老板”，再传弟子又尊他为“祖师爷”。许多人回忆，只要“盛老板”在场，弟子们都不敢坐，只有“垂首恭敬听教诲”的分。除了学术上崇拜外，很多细节上也榜样在前。据说盛彤笙在西北农学院执教时，有个学生一次在校园偷着抽烟，远远看见盛彤笙来了，慌乱之中将没有熄灭的烟头塞进裤兜，等盛彤笙走过去后一拿出来，裤子已烧了个大洞。