一、按照财权、事权相统一原则，进一步完善县级财政体制
总的原则是首先确定事权，根据事权定支出，根据支出确定各级政府应得的收入。而事权的划分与政府的职能紧密相联。因此完善县级财政体制，一是转变政府职能，明确政府与市场职能分工。政府主要是提供公共产品，并为私人产品的提供创造良好的社会环境，要将那些可由市场机制去介入的领域，逐步从政府职能中剥离出去；二是从中央与地方各级政府的职能划分和公共产品的受益范围这两个层面，合理划分各级政府的事权后，把各级政府的事权用法律形式固定下来；然后根据财权与事权相统一的原则，在完善现行税制的基础上重新合理划分收入，要兼顾中央的宏观调控和地方政府行使职能的需要，保证各级政府都有稳定的税源满足基本需求；三是合理界定各级政府的支出范围，要取消不应由地方政府负担的支出项目，合并各级政府间的重复支出项目，适当下放部分税权，最终将中央与地方各级政府的分配关系纳入法制化的轨道。
目前，县级财政困难，收支矛盾突出，主要根结在于事权划分不清，这是县级财政困难的重要原因之一。有人形容“中央财政过的是美日子，省财政过的是好日子，市财政过的是苦日子，县乡财政没法过日子”。此言不一定正确，但值得我们深思。在这方面，农村义务教育发展是一个典型例子。在当前我国财力分配格局中，中央和省级政府掌握了主要财力，但基本摆脱了或很少承担义务教育经费的责任；县乡政府财力薄弱，却承担了基础教育经费来源的90%以上，使得县级财政支出中用于基础教育就占60%~70%。“小马拉大车”，这种政府间财力与义务教育事权责任的不对称，是农村义务教育发展滞后的重要制度因素，也是基层财力紧张的重要原因。2002年，农村基础教育不再由乡村负担，全部以县为单位拨付，无疑更加大了县本级财政的资金紧张程度。公共财政理论认为，基础教育是公共产品，在某种意义上它的公共性和受益范围远远超过了县域范围，尤其在像我国这样的发展中大国，基础教育更应该在整个教育体制中成为最优先保证的领域，由县级财政承担大头显然是不合理的，也是不现实的。
要理顺农村基础教育发展的筹资渠道，当前和今后一个时期必须强化中央和省级支持基础教育的职责和投入力度，真正将基础教育发展特别是农村基础教育发展摆在国家财政分配的重要位置。要着力调整中央和省级教育投入结构，加大基础教育投入比重，减少诸如高等教育这类准公共产品的投入比例，改变现行重高等教育、轻基础教育的不合理状况。建立适应我国国情的教育发展梯度，切实解决中央投入与基层投入、高等教育与基础教育“倒挂”的现象。此外，需要建立科学有效的中央和省对下基础教育转移支付制度。采取上述政策措施，一方面有利于拓宽农村基础教育资金来源，另一方面也是推进农村税费改革的关键所在，是解决县级收支矛盾的集结点，可以说具有牵一发而动全身的效果。
对于民兵训练等属于国防性质的开支，也应该从由县乡财政负担，转向统一纳入中央政府军费预算。民兵预备役是我国武装力量的重要组成部分，也关系到国防建设质量的高低，由县乡财政“买单”不符合公共财政的要求，与民兵训练情况相类似的还有国防教育等。其他诸如计划生育、科技等涉及国家社会经济发展全局的项目，应主要由中央、省财政负担。事权一旦确定，就要以法律法规的形式明确下来，防止随意变更和增减。属于哪一级政府的事权，与之相关的政策就由哪一级政府制定，尽量避免越权和包办行为；属于上级政府的事权而委托下级政府执行的事务，上级政府应负责提供资金，做到事权清晰、财权明确。对不合理的达标升级活动，要坚决取消，确需保留的，也要充分考虑县级财政的承受能力。
特别需要说明的是，目前地方财政支出中有许多是近几年新增加的事权，在原来的体制规定中并没有包含相应的财权。比如，随着市场经济发展和企业转换经营机制改革步伐的加快，企业下岗职工、低收入人群有所增加，相应要求地方财政负担的下岗职工基本生活保障、城镇居民最低生活保障等支出；因城镇住房制度改革而带来的行政事业单位职工住房补贴支出；1999年以来，为刺激消费，中央实施积极的财政政策，连续出台增资规定，地方工资性支出的刚性增长超出可用财力的增长等等。地方支出职责的不断扩大与财权范围的固化，最终造成地方财政尤其是县乡财政困难不断加剧。
二、完善分税制财政体制，规范转移支付制度
目前的“分税制”财税体制安排不合理，是造成县级财政困难的经济体制原因。“分税制”下的财政体制，财政核算单位分为中央、省、地（市）、县、乡（镇）等五级。按照现有体制，中央拿走增值税的75%和100%的消费税；省里拿走金融系统的全部税收和省属企业上缴的留成，另外还要求地（市）、县上缴一部分税收；而县级以下的财政只有增值税的25%以及营业税、农业税、特产税、土地使用税等零散小额税种，税源严重不足。而县级财政除了要负担庞大机构和人员工资以外，还要管理中小学教师的工资，承担科技、教育、卫生、农业、计生等的投入，承担县级公路、堤防等基础设施建设的投入。这样，有限的财政收入与巨额的财政支出形成了强烈的反差；为实现县域社会经济发展，必然要在税收之外搞各种名目的收费，搞各种乱摊派。可见，目前的“分税制”下的财权分配不合理，而县级所辖的事权和责权又很大，是造成县级财政困难的体制根源。县级财政应以财产税（不动产税）为主要税源，在分离税收征管权，规范税收政策制定权的同时赋予县级政府必要的税种选择权、税率调整权和一定条件下的税收立法权，在中央统一领导下通过县级人大和规定的立法程序来因地制宜建立少数有地域特色的税种，这是进一步深化财税体制改革，给予地方政府相应财权的关键之一，也为规范化的地方政府间转移支付制度打下基础。
转移支付是贯彻国家政策意图、平衡地方财力、缓解基层财政困难的一项重要措施。各国政府间财政转移支付制度与本国的政治体制、经济发达程度等国情密切相关，不存在完全统一的模式。但从多数市场经济国家的实践来看，转移支付制度一般具有以下共同特征：（1）公式化。多数国家都按照因素法设计了较为科学的公式，计算转移支付的数额，使转移支付程序化、规范化，提高其透明度，排除转移支付过程中的随意性。各级政府可以就公式的合理与否展开讨论，公式一旦被认可，就应照此办理。（2）弹性化。各国中央政府对地方政府的补助，从额度、形式到结构，都不是一成不变的，一般不采取定额补助办法，或实行定率、定额递增办法，以避免固化中央政府的支出结构，适当保持中央政府宏观调控的灵活性。（3）法制化。不仅转移支付制度运作的外部环境应当法制化，转移支付制度本身也应以立法的形式加以确立。
自“分税制”改革后，我国实行了“过渡期转移支付办法”。这一办法是由中央财政从收入增量中拿出一部分资金，逐步调整地区利益分配格局，重点在于缓解地方财政运行中的突出矛盾，体现对民族地区的适度倾斜。就过渡期的转移支付办法来说，其原则与方案与以往的上缴下拨形式和税收返还办法相比，具有一定的进步。但在中央财政可用于转移支付的财力并不十分充裕的情况下，财政转移支付的规模较小，力度和广度非常有限。对县级财政尤其是国家级贫困县、民族自治县暂未作为转移支付的对象。应当在界定县政府职能的基础上，建立中央与省级政府直接面对县级政府的规范转移支付制度，尤其是省对县直接补助制度。1994年分税制改革的总趋势是财力层层向上集中，到2000年中央级财政收入占全国财政收入的52.2%，省级财政集中度从1994年的16.8%提高到2000年的28.8%，年均递增2个百分点，这样一来，基层财政财力就越来越小。农村税费改革后，受冲击最大的恰恰还是县乡财政，尤其是西部农业占主要地位的省区更为突出。有必要通过中央、地方事权的重新界定，加大转移支付的范围和数量。中央对省的转移支付已逐渐规范，目前亟待解决的是省级财政对县的转移支付办法，按照“分级管理，逐级转移”的原则，建立本地区内的转移支付框架，促进地区间均衡发展，逐步缩小省内市与县、县与县之间财力差距，真正建立起“县努力、市尽责、省帮助”的财政激励机制，逐步缓解县级财政困难：一是省对县的纵向转移支付。将纵向平衡和公共服务均等化作为最重要的两个目标，按人均相关因素计算后，以县为单位，由省财政通过拨款方式弥补缺口。二是县（市）间横向转移支付。通过横向转移来实现地区公共服务水平的均衡，以弥补单一纵向转移支付的不足，经济发展快的地区财政收入的增量部分以一定比例补助给落后地区，加大向落后地区的资金转移力度，使其具备能够快速发展的能力，从而防止两极分化，推进各地区协调发展，实现综合国力的提高，达到共同富裕的目的。三是完善各项政策性专项补助。对省内有区间外部性的基础设施建设进行补助，比如农田水利设施等。四是对财政周转金“拨改贷”的借款、农村合作基金会和城市信用社实行政策性清理而发生的借款酌情给予豁免或补偿，减轻县级财政的债务包袱。