对于现代公司的经营活动来说，问题不仅在于要设置一定的组织机构，更重要的在于如何合理地设置公司的组织机构。公司通过合理地设置组织机构，能够有效地完成公司的组织工作任务；能够充分地发挥各类人员的才能；能够节约地使用各项管理费用；能够不断地提高经济效益，使公司的整个经营活动处于良性循环状态。反之，如果公司的组织机构设置不合理，则必定会给公司的各项工作造成巨大损失，甚至使公司陷入恶性循环之中。
为了公司的组织机构更为合理，在设置公司组织机构时，应遵循下列原则。
一、决策权、执行权和监督权三权分离原则
一般情况下，从所有权出发，公司的全体股东拥有支配公司经营的全部权力，以及经营成果的分配权。即所有权决定了使用权和收益分配权。但是，一方面由于股东多，且每个股东的股份较小，让成千上万的股东来共同负责公司的经营管理活动是不可能的。他们实际上仅关心红利分配和股票价格；另一方面，公司经营管理是一种复杂劳动，需要具备很高的素质和很强的能力，绝大部分股东往往很难胜任管理工作。鉴于这两方面原因，全体股东通过股东大会，选出一个既能代表他们利益，又能胜任管理工作的机构，即董事会代其进行公司经营管理工作，而他们仅仅保留很少的事关重大的权力，如，公司章程的修订、审议并通过年度预算等重大问题。这样，便出现了财产所有权同使用权的分离。
财产使用权包括财产的经营管理权和财产的实际操作使用权两个方面。从客观上讲，无论财产经营管理权由几个人行使，还是一个人行使，它都包括决策权和执行权两个方面。
随着经济的不断发展，公司的外部环境越来越复杂，市场需求千变万化，公司间的竞争也越来越激烈，非经济因素对公司经营的影响也日益加大。公司面临的主要问题也在不断变化。要在这种复杂的情况下不致使公司落伍、被淘汰，把握时势的正确决策就成为公司生死存亡的关键。这就需要有一个超脱于公司日常事务的机构，对公司的内外部条件作出客观分析，并在此基础上作出较为正确的决策，使公司立于不败之地。目前，各国公司的决策权同执行权分离已极为普遍，董事会负责公司的重大经营决策，总经理负责公司的日常业务活动。
财产所有权同其使用权的分离，是历史发展的必然趋势。但是，为了使财产的使用不偏离所有者的既定方向，建立独立的监督机构，加强对决策者和执行者的监督，就成为所有者维护自身利益的客观要求。监督机构成员由股东大会选出，他们代表全体股东的利益，对公司的一切活动进行直接的或间接的监督，防止公司经理人员从事违背法律、章程的活动，防止公司经营管理阶层弄虚作假、损公肥私。独立的监督机构的存在，制约和限制着公司的不法行为，只要财产所有权同其使用权相分离，那么这种监督机构就是必不可少的。
二、利益与成果相结合的原则
在设置公司组织机构时，必须将公司组织机构成员的利益，同公司经营管理的好坏紧密地联系起来。公司组织机构是公司的领导机构，如何调动公司领导人员的积极性，直接影响到公司经营管理的好坏。为此，许多国家都采取了各种方法，把公司领导人员的利益同公司的命运联系起来，如，选举股东为公司领导人员，让公司领导人员购买公司股票，以及给予较高的报酬等等。各国的董事和监事，虽然其资格未作统一的规定，但他们中的很大一部分是公司的股东。因此，通过股份的形式，可以使公司领导人员同本公司的发展和利润的增长有着密切的利益关系。
三、素质第一原则
公司组织机构中各类人员的配备，应当坚持素质第一的原则。因为公司组织机构成员素质的高低，直接影响到公司经营成果的好坏。
现代公司管理，需要具有现代知识结构和能力结构的管理人才，靠经验办事的传统管理时代已经过去。现代公司的领导人必须具备以下三方面的知识：（1）本公司的生产技术知识；（2）系统的领导科学、管理科学方面的知识；（3）与公司经营活动有密切联系的有关政治、经济、法律、社会、文化等方面的知识。与此相适应，公司领导必须具备与上述三个方面的知识相适应的能力，只有这样，领导人员的素质才是全面的。
公司领导制度的发展依次经历了家长管理、硬专家管理、软专家管理、专家集体管理等几个阶段。随着公司经营及其环境的不断发展变化，对公司领导者的素质要求越来越高，仅仅依靠个人的力量已不能胜任公司的领导工作，为了保证决策的正确性，往往需要集思广益，发挥集体的力量。为此许多公司的董事会中都有相当数量的外部董事，这些董事大多是公司、银行、大学、科研等部门的专家，这些专家见多识广，改变了以往只选择亲属、校友、会友、牌友、球友来当“保险董事”的旧做法。
公司各组织机构的成员，由于其职责的不同，他们的素质存在着一定的差异，各自的专业和能力的侧重点也有所不同。董事长应侧重于协调能力和驾驭全局的能力；总经理就侧重于精明、干练、富有创新与开拓精神，而对于监督机构的成员，则要求他们忠诚、公正，且具有财务和业务方面的知识。