（一）公共部门的边界
刘小玄等认为，中国公共部门存在着政府失灵，其根源在于政府目标的错位，在于缺乏公共需求对于公共供给的决定机制和信息互动反馈机制。由此导致了以政府目标为基础的公共部门的边界经常是模糊不清的，对部门利益的追逐则产生了负面的社会效应，大大缩减和侵蚀了公共部门的实际边界。公共部门的合理边界的决定，首先取决于社会资源在公共物品与私人物品之间的最优配置，对于混合性质的公共部门，合理边界应当以社会效益最大化为目标，以社会效益的零边际值为界，以满足市场无法解决的公共需求目标为宗旨。其次，在社会正效应的前提下，实际的公共边界取决于政府的可支配收入在各个不同的公共部门之间的合理配置，公共资源优先投入到社会效益较大的部门，能够有效扩大公共部门的边界。再次，最优边界的确定很大程度上取决于公共部门的经营效率，否则名义上的公共部门投入很庞大，而实际上公共需求目标无法满足，公共部门的边界事实上将被大大缩小。因此，无论是国营方式，还是民营方式，选择那些最有利于实现公共需求目标的较高效率的供给方式是必要的。
林义等则指出，由于新型农村合作医疗发展中存在着市场失灵，要实现新型农村合作医疗的可持续发展和效用最大化，政府必须充当新型农村合作医疗发展的公益人、监管人、调控人和守夜人的角色。当前，政府应主要在设计和创新制度、提供法律公共品、基金筹集与监管、人才培养等方面为新型农村合作医疗制度发展提供积极支持。朱四海认为，反哺农业的主体包括政府、市场、公民社会多个反哺主体，其中政府反哺主要围绕农村公共品供给、粮食安全、生态安全以及政府对农业的支持与保护四方面展开。所谓政府反哺的实现机制，也就是在财政支农资金、生态建设基金等财力保障下，以各级政府及其职能部门为反哺主体、完成“四项基本任务”的过程，包括制度供给、决策机制、运行机制和激励约束机制四方面的内容。工业反哺农业首先要明确的是政府与市场、政府与社会、政府与农民之间的分工，但分工离不开协作。统筹政府反哺与社会化反哺的要义就在于在明确分工的前提下搞好协作，构建政府、市场、社会和农民相结合的反哺机制。
（二）政府治理模式改革
1.中国政府治理（公共治理）存在的问题
（1）官僚制面临危机。陈国富认为，官僚制是政府治理的一种组织形式。在工业社会时期，官僚制曾经发挥过重要作用，但在信息社会，官僚制正面临深刻的危机，官僚制内部信息结构和激励结构的困境是引起危机的根源。
（2）地下市场困扰。刘圣中指出，当前公共治理存在一个死结，即地下市场。地下市场具有寄生性、隐蔽性、分散性和流动性的特征，传统的治理策略没有特殊的效果。必须改变传统的粗放-运动式的治理策略为精细-日清式治理。这种治理的特征是常态性、日清式、小范围调适、职能明晰。而要建立这种机制又必须依靠三种变量来建立具体的运作机制，这三种要素是信息、风险和价格。以此三种要素为核心建立的新机制将能够有针对性地克服地下市场这一难题。
（3）文化对管理公平的影响。蒋廉雄等指出，对处于转型社会中的公共管理而言，当文化概念对管理的结果公平发生影响时，文化概念在制度结构层次上的集体目标、在意义和社会行为层次上的管理者个人目标以及公共管理的公平目标具有“不一致性”，中国文化对公共管理公平的影响表现为“偏向效应”：即文化概念对管理公平的影响偏向于让社会期望发生的没有发生或相对少地发生，“好”的社会期望出现“不好”的结果。
（4）政府危机绩效评估不完善。吴建勋认为，现阶段我国政府危机管理绩效评估存在政府与市场关系的偏差、激励机制和惩罚机制不健全、绩效评估体系不科学等问题。我国政府危机管理研究体系中，绩效评估研究是薄弱的一环，需要进一步研究绩效评估在政府危机管理体系中的地位及其与该体系中其他因素之间的关系，进一步提升我国各级政府的公共危机管理意识和应对能力。
（5）行政垄断的危害。姜付秀等指出，垄断者所具有的市场势力一般而言将导致高价，从而造成整个社会的福利损失；不仅如此，在我国，由于行政性垄断行业较高的工资福利所导致的收入分配效应也是极大的，即它可能拉大社会各行业职工的收入差距。我国的行政性垄断对社会福利性损失已经到了严重威胁国民经济平衡发展和导致初次收入分配严重不均衡的地步，利益集团的形成有可能使改革难以深化，从而危及执政的社会基础。行政性垄断的改革势在必行！陈爱贞等则指出，拥有行政垄断地位或政府权力资源的企业，是实现行政垄断市场效应的载体。为获取政府权力资源，国有企业、跨国公司、民营企业会与地方政府展开博弈，使政府权力资源向非国有企业渗透，出现行政垄断载体泛化趋势。由此，一些非国有企业也成为行政垄断载体，并依靠政府权力资源获取市场竞争优势。这不但扩大了竞争机会不均等的范围，而且也使一些行政垄断与经济性垄断等交织在一起，增加了行政垄断的隐蔽性，导致反行政垄断甚至反经济性垄断的难度加大。于良春等也指出，行政垄断是政府机构利用行政权力对竞争进行限制和排斥，行政垄断会造成资源配置扭曲、社会福利损失、收入分配不均以及地方保护和区域市场分割等恶性问题，但行政垄断又是客观和普遍存在的。
（6）地方官员的晋升锦标赛模式导致扭曲性后果。周黎安指出，晋升锦标赛是由上级政府直至中央政府推行和实施，行政和人事方面的集权是其实施的基本前提之一，而晋升锦标赛本身可以将关心仕途的地方政府官员置于强力的激励之下，因此晋升锦标赛是将行政权力集中与强激励兼容在一起的一种治理政府官员的模式，它的运行不依赖于政治体制的巨大变化。但另一方面，晋升锦标赛作为一种强力激励，也产生了一系列的扭曲性后果，导致中国政府职能的转型和经济增长方式的转型变得困难重重。在相当程度上，由于晋升锦标赛自身的一些缺陷，尤其是其激励官员的目标与政府职能的合理设计之间存在严重冲突，中国目前的这种地方官员的治理模式又是当前经济面临的各种重大问题的主要根源。
（7）政府主导的经济增长模式存在弊端。张进铭认为，改革开放以来，特别是20世纪90年代以后，中国国家财政收支的年均增长速度远远高于国内生产总值的增速，而且投资占国内生产总值的比重不断上升。这表明，在中国经济高速增长的过程中，政府发挥了主导性的作用。这种由政府主导的经济增长模式存在着严重的弊端，主要表现为：投资增长过快引起消费需求不足，影响中国经济转轨进程；政府管理成本（行政管理费）急剧增加，容易造成资源浪费；社会公共产品供给不足；城乡差距进一步拉大；腐败难以根治，等等。许克祥也指出，政府是我国各种重大政策问题的主要提出者，在政策问题的提出过程中发挥着主导作用。同时我国政府理论的又一个特点就在于它特别强调政府的主体能动性。这样一来在政策议程领域政府就成为独一无二的法权主体，这种内在推动体现在公共政策议程的各个阶段，使我国公共政策议程具有很强的内在推动特征。
2.政府治理改革的建议
（1）降低行政管理成本。李章泽等指出，我国目前是世界上行政管理成本最昂贵的国家之一。行政管理成本攀升最终都可归结为帕金森定律和黄宗羲定律。从制度的角度看，可以通过以下途径降低行政管理成本：缩小规模、创新流程、优化结构；建立低行政成本的政府框架，完善制度约束；建立绩效评估制度，推动行政成本正向激励；强化行政成本监管，在制度设计上为“公共领域”创造条件等。
（2）政府治理模式创新。陈国富认为，在世界范围内兴起的“新公共管理”运动就是对这一危机的反应，政府治理模式的创新实际上就是对官僚制所作的改革。首先，引入信息管理技术，建立电子化、网络化政府；其次，引入听证等程序，调和工具理性和价值理性之间的冲突；再次，引入市场机制，改善公共物品供给的激励；最后，引入非政府组织（NGO），构造合理的分工格局。张进铭也指出，我们应该加快政府改革的步伐，实现由经济主导型政府向公共服务型政府的转变。
（3）打破行政垄断。陈爱贞等指出，应有效控制政府权力资源向更大范围的进一步蔓延，在实施反行政垄断时，要从行政垄断载体而不是行政垄断企业的角度来判例。于良春等也认为，行政垄断制度虽然在特定的经济环境中作为资源配置的一种手段，发挥了市场调节无法实现的作用。但是以电信产业为例，随着电信产业的技术进步和市场需求的不断扩张，同时伴随着我国市场经济体制改革的不断深化，依靠市场竞争机制配置资源的效率将不断提高，而依靠行政垄断进行配置资源的效率将不断降低。另外，我国电信产业由于目前行政垄断的不合理实施，所造成的巨大社会总成本也需亟待降低。未来电信产业的改革就是要进一步减少行政垄断，增加市场竞争。
（4）建设公共话语场。唐任伍等指出，随着全球化、信息化的深入发展，政府面临着越来越多的公共问题，这对政府的治理能力提出了严峻挑战。要应对这些挑战，就需要建立一个更加完善、更有效率、更能回应时代需求的政府，为此就应建立能够集思广益、让公众有效抒发自己意愿的公共话语场。公共话语场具有平等性、扩展性和多维性，并具有交往、维护、批判、监督及公共治理等功能。公共话语场要能够有效运作，必须具有一定的话语规则，要有成熟的舆论环境和公共意识的觉醒，政府要有开放性和易进入性，话语表达要有经济保障和制度保证。建设公共话语场，有利于动员整个社会资源，维护公民的合法权益，保护弱势群体，推进民主政治建设，提高政府的治理能力和应对公共问题的能力，推进和谐社会建设。