随着工业化和城市化的不断推进，农业的现代化、农村劳动力的转移，以及农村土地征用等将农村土地制度推上风口浪尖，农村土地制度存在的问题受到越来越多的关注，土地制度改革的呼声也越来越高。
（一）现行农村土地制度存在的问题
1.农地流转损害了农民利益
钱忠好等的调查数据显示，尽管现行的土地征用制度曾对中国社会和经济发展起到了一定的积极作用，但是，这一制度安排在相当大的程度上侵害了农民的土地权益，并引发农民的不满。杨宏力等指出，我国的农地非农化过程过多地运用了行政手段，无论公益性目的还是非公益性目的，在征用中对失地农民实行的补偿政策不足够弥补其经济损失，造成较大的效率损失。高进云等指出，农地流转后农民家庭经济状况和社会保障方面较差的状况非但没有得到改善，反而进一步恶化了，农地城市流转对绝大多数被征地农户的福利状况产生了很大的影响，农户福利格局发生变化。其中，农地城市流转后家庭经济状况最差的农户增加了15.2%。石莹等认为，现阶段表现出的农民土地权利被侵害的现象，其实质是土地所有权分离状态下，城市经济利益集团通过地方政府向上侵蚀中央政府的终极土地所有权，向下侵占农民土地使用权的不稳定状态造成的。即便是从法权上明晰了农民的土地产权，只要界定和保护成本过高，侵占就不会停止。
2.耕地资源流失
郭贯成等指出，尽管我国采取了世界上最为严格的耕地保护措施，但我国耕地依然在逐年减少。这主要是因为由计划经济体制向社会主义市场经济体制转变过程中，地方经济权力分化日益明显，地方政府为了自身的利益，出于发展地方经济的需要，有强烈的占用耕地的冲动。同时，“分灶吃饭”的财政体制驱动地方政府通过低价征用耕地然后高价出让的办法获取巨大收益，刺激地方政府将耕地转化为建设用地的欲望。另外，“搭车收费”的获利方式，也使地方政府部门难以关心耕地保护，反而形成占用耕地的恶性循环。田淑英认为，中国耕地资源流失与经济增长存在较大的相关性，耕地资源的超常流失缘于粗放的经济增长方式，而错误的发展观与政绩观是地方政府盲目征地致使耕地资源超常流失的政治根源，土地征用出让的收益则是地方政府征地扩张的经济动因。
3.农村土地权力配置不合理
汪军民认为，首先，我国现行法律中，将发包权配置给主体地位模糊的集体经济组织、村委会或村民小组，致使土地承包合同关系中主体要素“残缺”，土地承包经营制度的目标很难达到，发包权配置存在着不合理的状况；其次，现行土地承包经营权配置的原则是一种静态的、绝对的平均主义原则。这种配置原则带来了土地承包经营权配置中公平与效率的矛盾，为适应土地功能变化，从而带来的土地供求关系的变化；再次，不合理的土地权利配置导致了抛荒现象，而抛荒现象的经济原因在于农户的抛荒成本低，责任小。
4.农村土地使用权制度影响新农村建设
程利仲指出农村土地使用制度影响了新农村建设。一是农村土地承包经营权流转滞后阻碍了现代农业发展；二是农村承包田调整困难造成了村庄规划难落实；三是农村宅基地置换机制不健全制约了农民向城镇转移；四是集体建设用地使用权流转受限影响村集体和农民共享土地增值收益，大大阻滞了农村内在的发展活力。五是征地制度不完善导致失地农民的长远利益缺乏保障。一方面，现行的征地补偿办法和补偿标准还是计划经济时代的产物，已不适应当前农村经济的发展水平，不足以解决失地农民的长远生计。另一方面，目前的征地主体还存在不规范、不合法（谁用地谁征地），影响到征地补偿标准的统一和落实。
5.新农地制度调整依据不充分
王士海等认为，新农地制度有两个明显的政策蕴涵，一是强化承包权；二是突出效率。即以稳定的承包权和促进土地流转及劳动力转移为手段提高农业效率。然而新农地政策的调整依据不够充分，土地承包权对农业绩效的影响，以及土地分配的福利化限制了土地流转和农村劳动力转移。另外，新农地制度的效率意图能在多大程度上得以实现值得怀疑，而且其内部还存在着逻辑上的矛盾，还会带来严重的社会后果。重效率的新农地制度在现阶段和未来相当长的时期是不可取的，农地制度应该兼顾公平和效率且略偏公平，新农地制度的政策倾向应该进行一定的调整。
（二）农村土地制度改革建议
1.坚持集体所有制
陈志刚等认为，在中国转型期间，农地集体所有制无疑要优于私有产权和国有产权。这主要是由于市场化程度的相对落后以及国有制下多层委托-代理关系的高成本弊端等因素的限制，使得农地所有权的私有化和国有化往往是低效或是无效的；而农地集体所有制则随着排他性权利的赋予、农地市场的开放以及村民自治等方面的完善，弥补了私有制和国有制的诸多缺陷，成为一种相对较优的所有权安排模式。
2.改革征地制度
钱忠好等认为，在现行条件下绝大部分农民不愿意土地被征用，原因在于现行的征地制度安排与农民的土地产权认知不相一致，农民感到其土地产权受到侵害和剥夺。要提高农民对现行征地制度的满意程度，就必须根据农民的土地产权认知改革现行的征地制度。特别是，在改革征地制度时要充分考虑现阶段农地所承担的社会保障功能，并在征地补偿费中体现其价值。杨宏力等指出，在农地流转中对于非公益性目的的流转必须通过市场交易取得，完全补偿农民失地损失，维护农民权益。在公益性用地情况下，要提高征地补偿标准，同时，农地转向非农用途的情况下，要增强农民在土地流转中的谈判能力。高进云等指出，国家的征地补偿安置方式不应只发放补偿金，而应以促进农民就业为主。对家庭收入低、被抚养人口多、文化水平低的农户应给予特别关注和照顾。作为长效机制，国家应加大基础教育投入力度，增强农民获得非农就业机会的能力，与此同时，完善农民社会保障体系，尽量减少他们的医疗和教育支出。程利仲指出，在完善土地征用制度方面，应该统一辖区范围内的征地补偿安置政策、适当提高征地补偿标准、积极探索多途径安置保障办法。
3.在土地权利的不同层次上采取不同的所有制
石莹等认为，农村土地产权未必一定要在“公有”或“私有”之间做抉择，而应根据中国的土地权利分离的特点和马克思主义土地所有权分离理论，在土地权利的不同层次上，采取不同的所有制。未来的农地制度必然要同时具有“合作、公有、私有”三种特征。第一，在终极所有权的层次上，决不应当放弃中央政府的“公有”性质，这样对维护国家主权、保障农民基本权利和经济关系的调整都将十分有利；第二，占有权是一个导致实际权利模糊的层次，在现代社会的技术条件下已经丧失了承上启下的意义，应当尽量弱化。第三，“合作”的基础应当是农民使用权的“私有化”。
4.增强农民的主体地位
杨宏力等认为，判断农地制度是否有效率，应当看它对农地制度有关利益主体的激励与约束功能是否发挥充分，它的相关安排对各方是否公平，是否让每一方都有充分的发言权，并保证在制订与其利益相关的规则时他能够获准参与。农地制度的改革只在产权关系上做文章难以有作为，要重视产权的激励作用，逐步推进制度改革，增强活力，更重要的是降低对农民的约束，提高其经济地位，增强其交易谈判能力。在农地制度的变迁中，诱致性制度变迁即农民作为制度变迁主体的效率更高。汪军民指出，要从立法的角度，界定农民集体与各种集体经济组织之间的法律关系，使农民集体成为名副其实的所有权主体，赋予集体经济组织、村委会或村民小组民事主体地位，使其成为具有独立经济利益的代理人。
（三）土地流转
1.影响土地流转的因素
何国俊等2006年底对北京郊区6个村的土地流转情况进行了调查，通过模型检验得出，随着人均收入的提高，农户的土地流转意愿在增强；社会保障或其替代物的出现能够提高农户流转意愿；同时，外出找到工作所耗费的时间越长，农户的土地流转意愿越低。京郊农民的人均年收入水平已接近建立社会保障对农户流转意愿影响最优所对应的收入水平。
陈永志等认为，影响土地流转的因素包括内在动力和外部条件两部分。从内在机理看，农村经济发展是形成农地使用权流转的内在动力。首先，农地使用权流转的源泉主要来自劳动力相对价格以及技术这两个方面的变化；其次，规模化生产、专业化分工、农业生产结构调整以及农业产业化经营都带来利润，对潜在利润追求是农地使用权流转的驱动因素。从外部条件看，第一，剩余劳动力的非农就业是农地使用权转出的关键条件；第二，规模化经营的相对优势达到或超过农地使用权的流转价格是农地使用权转入的关键因素；第三，清晰稳定的土地产权制度是农地使用权流转的核心条件；第四，健全的社会保障体系是农村土地使用权流转的制度保证；第五，完善的市场体系是农地使用权流转的前提条件。
张丁等指出，家庭非农经济发展水平、耕地面积、地块数等土地资源状况、不同年龄、受教育程度的家庭的社会和经济特征以及离公路远近、离县城远近等其他方面的因素，都将对农户土地承包经营权流转产生影响。
2.阻碍土地流转的原因
胡瑞卿等指出，中国现实的耕地流转率低主要是因为农民外出就业不稳，而且一旦失业，有关部门又不能为他们提供任何生活和就业保障，这一切都由承包给他们的耕地来承载。耕地巨大的社会功能，加深了农民的“恋土情结”，进而延缓了耕地流转的进程。中国农民恋土情深是多种因素交织的结果，而非耕地流转缓慢的直接原因。可以说，中国耕地有效流转的根本障碍在于耕地的社会压力过重。张丁等认为，现阶段农户土地过于零散、户主受教育程度低下、剩余劳动力转移困难等问题严重制约着土地承包经营权在农户之间的流转。
3.促进土地流转的建议
张丁等认为，户主的受教育年限对农户土地承包经营权流转存在一定的影响，因此，提高农民科学文化水平，不仅能够增加农户的务农收入，而且能为农户从事非农活动创造条件，在更大的范围内加速农户土地承包经营权流转。要加大对农村基础设施建设的投资力度，多修路，修好路，促进农村剩余劳动力顺利转移。还应完善中国农村的土地承包制度，在土地分配方面避免土地细碎化的出现，努力创造条件促使农户在规模化的土地上耕作，降低农户的耕作强度。在制定促进农户土地承包经营权流转的相关政策时，要权衡各因素的影响，兼顾效率与公平。
胡瑞卿等认为，要使耕地有效流转，必须首先解决三大难题：一是要建立健全农村最低生活保障制度；二是要为农民工创造良好的就业环境和提供稳定、公平的经济待遇；三是要为农业隐含剩余劳动力的转移提供更广阔的就业途径。
陈永志等指出，要促进农村土地流转第一要创新农地产权制度，赋予农民稳定而完整的土地承包权；第二要促进农民与农地、农村分离，激活土地供给机制；第三要提高农业的比较利益，增加土地使用权市场的需求；第四，建立完善的农地使用权流转市场，为农地使用权的流转提供运行载体。
陆文聪则提出，促进土地流转，一是政府应加强对农地流转的分类指导，根据不同的制约因素给予分类指导，对症下药，不能简单地搞“一刀切”；二是促进粮田流转，关键在于提高粮食生产的机械化程度，提高劳均承担最大农地规模，以增加农民对粮田流转的需求；三是促进菜田规模经营，关键在于提高菜农的土地供给意愿；四是政府应着力推进农业领域的招商引资工作，提高现代农业水平。
（四）农村建设用地
1.农村集体建设用地存在的问题
高圣平等指出，经过20多年的改革，伴随工业化和城市化的进程，农村土地的价值不断提升，农民的土地权利意识越来越强，集体建设用地隐性市场普遍存在。许多地方也在进行农民集体建设用地进入市场的探索，但是地方政策和法规由于与国家大法冲突，无法根本保护农村集体建设用地所有者和使用者的权利，集体建设用地市场亟待规范运行。黄庆杰等指出，农村集体建设用地流转中存在着农村集体建设用地流转中的违法、违规问题比较严重、集体建设用地规模大，但产业发展不足、农村集体建设用地利用分散，不符合节约和集约利用的要求、集体建设用地流转收益分配缺乏规范，农民权益得不到有效保障、政府缺乏对集体建设用地流转的有效管理等问题。
2.破解农村集体建设用地困境的建议
高圣平等指出，农村集体建设用地市场必须在政策和法律上寻求根本突破。首先，从根本上改变土地制度的二元性，实现农民集体土地与城市国有土地的“同地、同价、同权”；其次，尽快修改《土地管理法》中禁止集体建设用地出租、转让的条款，制定规范集体建设用地进入市场的条文；再次，充分保障农民获得集体建设用地流转的土地级差收益的权利；最后，改造农村集体所有制，确保农民成为土地流转收益的主要获得者。
黄庆杰等提出应该按照城乡统筹发展和建设社会主义新农村的要求，进一步深化农村集体建设用地使用权制度改革，推动农村集体建设用地在符合规划和土地用途管制的前提下进入市场，进一步完善法律制度，实现集体建设用地与国有建设用地“同地、同价、同权”，达到“两种产权、一个市场、同等权利”的目标，打破土地制度上的城乡二元结构，保障农民的土地财产权利，促进农村经济发展和工业化、城市化进程。包括加快土地制度创新，积极探索集体建设用地流转制度改革、加强规划指导，严格集体建设用地的总量控制和用途管制、加快建立和完善农村集体建设用地流转的价格机制、规范土地流转收益分配关系，切实保护农民合法利益和加强政府对集体建设用地流转的监督和管理。