1947年3月7日，赵朴初接到太虚法师召唤，要他到玉佛寺去一趟。
觉园离玉佛寺路很近，赵朴初很快到了玉佛寺。太虚像平常一样表情自若，将自己写的《人生佛教》送给赵朴初，勉励他努力护法。
太虚晚年提出“议政而不干政”，受到非议。赵朴初为大师辩解说：“今日中国的佛教，是没有人权可言的。以一个没有人权保障的佛教，而求它担当起弘法利生，护国济民的事业，就是戏论。当前佛教徒的任务，应当是为佛教的人权而奋斗。太虚大师的一生的努力，正是如此。”太虚法师看出赵朴初是一个僧伽护法人才，所以临终前约见他，嘱咐后事。在佛教经典中，被视为观音菩萨的化身。
十天后的下午，太虚法师在玉佛寺圆寂。
赵朴初听到噩耗，立即赶到玉佛寺。
大师的徒弟说：“师数日前说，将往无锡、常州。初未知其暗示无常也。”
赵朴初听了，豁然觉悟。十天前，大师送书给自己，也是临终嘱托啊！自己当时怎么就没有想到呢？大师真是当今禅宗登峰造极之人，只因先机不可泄露，没有明说。这正是禅的要领：语忌十成，只能说九成，一成留给别人悟，若把话都说完了，别人就无悟的余地了。大师圆寂前的参语，分明作了暗示，但只讲了九成。
仰望乌云密布的天空，赵朴初心头涌起一阵不安。如今天下仍是战烟四起，正需要大师这样的人鼎力济穷救世，不料关絅之谢世几年后，现在大师又忽然辞世了。
在《太虚法师挽诗》中，赵朴初写道：
旬前召我何为者，付我新编意倍醰。
遗嘱分明今始悟，先机隐约话头参。
神州风雨沉千劫，旷世光华掩一龛。
火宅群儿应不舍，再来佇见雨優云。
“旬前召我何为者，付我新编意倍醰”是说，太虚十天前送给自己著作，实际是临终托付；“遗嘱分明今始悟，先机隐约话头参”是说，自己不知道当时太虚是临终遗言，今天才领悟；“神州风雨沉千劫，旷世光华掩一龛”是说，社会暗淡，而太虚这样有思想的旷世稀少的高僧，却撒手人寰了；“火宅群儿应不舍，再来佇见雨優云”是说，太虚的徒弟舍不得烧太虚的遗骨，赵朴初重新来祭奠时，正是春雨绵绵的阴雨天气，与其悲痛的心情相映衬。
此后，赵朴初以弘扬太虚法师的佛教思想为己任，努力发扬光大太虚大师的弘法利生的思想。
在重庆北碚缙云山，竖立着太虚大师塔，上刻朴老书写的挽联，云：
智通三藏，机应五乘，旷代高僧传千载；
学贯古今，名扬中外，四海弘法第一人。
“四海弘法第一人”，可见太虚大师在朴老心目中的地位。
1947年冬天，赵朴初太湖老家在土改中，出现了“左”的偏向，赵朴初的母亲陈仲瑄因“地主”成分，不幸遇难，年65岁。母亲蒙难后，二儿媳妇贺孟珍与宏昌师太等僧尼，将陈仲瑄的遗体厝放在太湖海会寺。
母亲的噩耗传来，赵朴初心手无措、泪雨滂沱。家中的突然变故，没有改变赵朴初的信仰。为了和平大愿，他继续战斗在第一线，继续去关心别人。他以超常的毅力，将这杯苦水悄悄地吞下。
母亲遇难后，赵朴初的父亲、弟弟等家人避难到上海。赵朴初不仅要克服自己的痛苦，还要安慰家人，并以佛陀的精神，去关心他人的痛苦。
43年后，赵朴初以异乎寻常的慈忍之心，回到了家乡，微笑地面对母亲曾经留连的“一丘一壑”。
1948年，国民党《中央日报》连续发表了“三查王芸生”后，《大公报》专栏主任编辑王芸生的家被特务盯梢了。妻子冯玉文因担惊受怕，患了精神失常症。
赵朴初知道后，对王芸生说：“夫人可以念念‘佛经’，或可暂时忘掉人世间的‘惊扰’。”平常，赵朴初每日都看《大公报》，称自己是《大公报》的一个学生。
佛门医术别具一格，其中治疗精神受刺激者一法，便是念“药师琉璃光如来”几个字。这七个字是一个佛的名号，每天念这一佛名，可消灾延寿。家人也可以陪念，每天念108遍，渐渐增加到几百遍或几千遍。对于普通的人，集中思想重复念一句话，至少可以达到集中精力，转移注意力，达到忘我的境界。在佛教八大门派中，念经是其中最简易、便于普及的一派。
王芸生说：“上次周太玄先生也劝内人念佛。”
王芸生的妻子冯氏接受了赵朴初的建议，开始念经。一段时间后，冯氏心情逐渐安定下来，晚上可以正常睡觉，吃饭也增加了。
王芸生感激地对赵朴初说，“现在好多了，她自己念，还劝我念呢！”
赵朴初笑了，说：“叫她坚持下去。”
年底，王芸生经台湾、香港逃往华东解放区。