中国是多民族的大家庭，我国的少数民族历来多居住在边远山区，那里土地瘠薄，交通闭塞，经济相对比较落后，特别是高原地区，深山老林，生活在那里的各族人民，大都过着十分悲惨的生活。清王朝中期，由于实行“改土归流”，加强了对少数民族地区的直接统治……实际上形成了“土流并存”的局面，各族人民遭受流官和土司、汉族地主和本民族地主的双重压迫。残酷的封建统治和剥削，已使各族人民难以生活下去了，因此少数民族人民不断举起反清斗争的义旗，进行武装起义，真是“野火烧不尽，春风吹又生”。
苗、瑶、侗族反清之战乾隆五年（1740年）湖南绥宁龙家溪瑶民栗贤宇自称能识别窖银，号召苗民挖掘，于是苗民聚众日渐壮大。清朝地主官吏便派兵拘捕，栗贤宇投奔广西义宁（桂林西北）小江寨。当时小江寨的苗民正酝酿反清斗争，栗贤宇便乘机组织苗、瑶族各寨联合起来，起兵反清。
4月28日，清晨，沅道杨辅臣，靖州副将姜瑞曾派绥宁把总欧国障等率军进剿，中伏而大败，清朝官员多被俘虏。次日，瑶各族义军乘胜反击，把清军游击许天良包围在湖南城步新寨。莫宜峒苗民起杨清保自称太子，与栗贤宇部联合。于是湖南、广西两省边界地区的苗……瑶、侗各族民众起来响应，他们攻击烧毁营讯，反清声势越来越大。清军集中湖南、广西省兵力向绥宁、义宁中间地区进攻。苗、瑶、侗族军民采取“官有万兵，我有万山，其来我去，其去我来”的战术，利用自己熟悉有利的地形英勇抗击清军。清军分三路进攻：一路清军由界溪向白水洞；一路由绥宁向竹岔；一路向长塘。由于苗、瑶、侗各族军队奋力抵抗，所以清军三路均被阻截，数月不能前进。
清王朝立命张广泗统一指挥五省军事。“丁卯，张广泗奏获苗匪栗贤宇等及附瑶匪之戴名扬等，克平溪等寨”。张广泗率兵1.5万多人进到湖南绥宁的六马，就遭到岩款苗军的袭击，又因为山区地形复杂险要无法继续前进。“遍询响导无有应者。”一时找不到向导，张广泗便采取分化瓦解的政策，在当地群众引导下，由高坪抚过三郎田到达长安坪，然后分兵进攻地灵、长塘、五川隘、岩款等地。苗、瑶、侗军遭到突然袭击，失守后退据十八里兰山……张广泗沿山筑长围，分兵进山搜剿，栗贤宇、杨清保被俘后遭杀害。十二月，清军大部人马撤退，而留兵在城步、长安坪筑营驻守。
苗、瑶、侗族反清失败以后，还有一部分武装在竹岔山一带时聚时散，坚持反清。清王朝为了彻底镇压少数民族的反抗，便着手在各地招募乡勇。乾隆六年二月，教谕吴中孚率乡勇陈兵于竹岔山下，用以牵制反清各少数民族的军兵，瑶族首领兰某带领他招募的“侗勇”自后山向反清军民进攻，经过激烈战斗，苗、瑶、侗族的武装抗清人员全部战死。为了防止这一地区少数民族起事造反，清王朝便在苗、瑶、侗族聚居地区编立保甲，加强对这一带少数民族的统治。
到了1832年（清朝道光十二年）湖南瑶民赵金龙起义反清。道光十年十二月，湖南江华（湖南江华瑶族自治县）锦田寨瑶民赵金龙聚众起义，攻占了两河口，很快就发展到二三千人……12月2日，江华县知县林先梁、永州镇左营游击王俊率兵镇压，被起义军击攻。起义军乘胜进军宁远地区。两广总督李鸿宾派提督海凌阿率军进攻。在池塘墟（兰山县境内）中了起义军的埋伏，海凌阿被战死，清军溃退。起义军声势更大，引起强烈震动。
清朝皇帝曼宁急忙调兵遣将，派总督卢坤、湖北提督罗思举率兵进击。而赵金龙在罗思举领清兵还未到达之前，先发制人，亲自率领八排散瑶军及江华、锦田各寨为一路，赵福才率常宁、桂阳瑶军为一路，赵义凤率新田、宁远、兰山谷瑶军为又一路，每路有二三千兵一举攻下新田县城，杀死知县王鼎铭。这时清军主力到达起义军所据守的常宁洋泉镇，清军知道理峒天险而不敢深入进攻。皇帝曼宁命清军把起义军引诱到山外再各个击破，并抽调驻贵州镇篁苗疆清军增援。罗思举集合各路清军进行围攻，而起义军凭借地势险要，墙垣坚厚固守。经过激烈战斗。清军没能攻下洋泉镇，而后清军改用火攻，清军向起义军投掷火弹，围内起火，起义军死伤数千人。赵金龙率部突围，不幸中弹牺牲。余部2000多人由赵子青率领……在锦田濠江中（江华瑶族自治县东北）也被清军打败。起义终于失败。
同年，广东连川黄瓜寨瑶民，因为清朝官府的吏役劫夺财物，摇民非常愤怒，于是聚众响应赵金龙，举行起义。清朝广东提督刘荣庆派兵进行围剿，但是却中了起义军的埋伏，所以清军大败，死都司以下清朝军官数10人，于是清朝两广总督禧恩又改用招抚政策，令按察使杨振麟用银、米、盐、布等生活急用品散发山区瑶民。8月间，起义群众归降。
道光十六年（1836年）湖南新宁瑶族生员兰正樽，以传教授徒，聚众数千人，进攻武冈州城，被清军击败。兰正樽率领余部退走，而与乡勇遭遇，经过激战，起义军失败，兰正樽在作战中牺牲。
回民反清起事清朝乾隆三十年（1765年），新疆乌什回民发生暴动。清军占领了新疆以后，以哈密伯克阿布都拉为阿奇木伯克与清副都统驻乌什办事大臣素诚同驻乌什……阿布都拉极为暴虐，素诚也荒淫惨暴。当地人民不堪压迫，公众一致推选小伯克赖黑木图拉为首领发起暴动。回民攻杀官吏，烧毁衙署，杀死阿布都拉，素诚自杀。清朝驻阿克苏办事大臣弁塔哈率兵500多人赴乌什镇压，暴动群众开城门出迎，而弁塔哈竟下令向群众射击，于是群众又反把城门关闭。弁塔哈围攻乌什不克，暴动群众2000多人出击。弁塔哈敌不过暴动群众，于是败走。清朝皇帝弘历派明瑞办理乌什回民暴动事件，明瑞继续围攻乌什，回民群众对清营发动夜袭，但因清军已有防备，所以把回民群众击退，并射死其首领赖黑木图拉。群众又推其父额色木图拉为首领继续领导回民抗击清军。明瑞亲自督阵，派600多名清兵乘夜携云梯攻城，但也未能破城。并且从3月到8月多次攻城都未成功。明瑞知回民固守乌什城坚不可摧，于是改变战术，采取了长期围困的办法，作长围断其水道。乌什被困达半年之久，城内暴动群众因缺粮、缺水而无援助，所以内部开始分裂，沙布勒擒额色木图拉等42人出城向清军投降，暴动失败。
乾隆四十六年（1781年），兰州回民苏四十三起事。甘肃安定（甘肃宝西）伊斯兰教教长马明心创立新教，新老教徒之间时常发生冲突。清王朝支持老教。乾隆四十六年三月，苏四十三及韩二等率新教教徒进攻老教各村，杀死老教户长韩三十八及老教徒100多人。清朝陕西、甘肃总督勒尔锦派兰州知府杨世机会同河州协副将新柱带兵200多人前往查办。苏四十三等袭杀杨世机和新柱，夺取军械后进攻河州（甘肃临夏），攻克河州后，率领新教教徒2000多人，夜攻渡洮河后直逼兰州。陕西、甘肃总督勒尔锦率兵增援河州，忽闻回军进攻兰州，便急忙回军守兰州城，并派人飞驰清朝当局，请求援助。
3月30日，清朝皇帝弘历命阿桂赴甘肃督统清军。甘肃布政吏王廷赞逮捕马明心，命令他说服回民起事民众投降，马明心不从，被杀害。因首领被杀，所以回民攻城更急。4月1日……清政府又命尚书和珅、额附拉旺多尔济、领侍卫内大臣海兰察以及额森特等赴甘肃进攻回军。并命令明亮率四川军从巩昌入甘助战。海兰察等到达兰州后，即督后兵进攻龙尾山并武装老教徒，让他们作为先导。阿桂到达军营后，命海兰察统一指挥各路清军。回军扼守“崖深陡深数十丈，斜经仅通一人”之华林山，并挖掘堑壕，截断小路，坚守要隘。清军多次进攻，都未奏效。作战中总兵图钦保阵亡。
“壬寅甘肃循化厅撒拉尔回匪苏四十三等作乱陷河州命西安提督马彪同勒尔谨剿之癸卯回匪犯兰州命阿桂往甘肃调度剿贼机宜夏四月甲申朔命尚书和珅额驸拉旺多尔济领侍卫内大臣海兰察并巴图鲁侍等赴甘肃剿贼”。
5月，海兰察指挥明亮、额森特等各路清军1万多人，分左右两翼，猛攻华林山。回军因水被截，多次突围匀未成功，6月，华林山失守，苏四十三战死。回民余部死守华林寺，清军放火焚寺，回军全部战死。清军击败回民义军主力之后，又攻占河州。对洮河以西安定、河州、循化等地新教徒进行镇压，残酷地杀死许多人。事后移陕西提督于固原，移固原总督于河州，加强了对回族居住地区的控制。
清朝乾隆四十九年（1784年），甘肃回民田五、马四圭起事。据《清史稿》，《高宗纪》记载：“丙午甘肃新教回人田五等作乱，命李侍尧、刚塔剿之”，“已巳命福康安海兰察赴甘肃剿捕回匪”。
苏四十三起事失败后，马明心的信徒新教阿訇（hōng轰）田五，在通渭县石峰保修筑工事，作为根据地，于乾隆四十九年四月起事，攻克通渭，进尔围攻伏羌（甘肃甘谷）。陕西、甘肃总督李特兴命固原提督刚塔率军进攻。回军看清军来势很猛，又众寡悬殊，所以便自动撤退。清军追击到浪山时，田五中弹阵亡。马四圭率领余部退到沼泽地带，诱使清军追击，因清军不熟悉地形，故淹死1000多人。回军转攻靖远，这时总督李侍尧驻军在靖远，急调刚塔救援。回军撤走。清军追击到马家堡时被回军击败，刚塔中箭。清皇弘历以甘肃清军久战无功而龙颜大怒，5月革去李侍尧总督职务，又派大学士阿桂赴甘肃督师，以福康安为陕西、甘肃总督，海兰察为参赞大臣。这时回军主力已退守石峰堡，用一部分兵力驻守靖宁的底店山。海兰察于6月11日率领4000多清兵进攻底店山，经过激烈战斗，回军败阵，死伤数百人。清军又乘胜紧逼，围攻石峰堡。经过20多天的激烈战斗，回军伤亡惨重。
马四圭带兵突围中伏，伤亡1000多人。石峰堡又被清军占领，马四圭、张文庆等2000多人统统战死，起事告以失败。
彝民反清之战清朝嘉庆二十二年（1817年），云南彝民高罗衣聚众反清。云南临安（府治云南建水）边区彝民高罗衣自称窝泥王，设官分职，并用汉人为官，聚众1万多人，袭扰瓦渣（云南元阳东南）、溪处（元阳西北）两土司地盘，并渡过元江向内地进军。清朝云南、贵州总督伯麟带领清军镇压，击败高罗衣以后，便议定了一些善后条规，使各土司各自安民，不得互相讨伐、攻击。
次年高罗衣从侄高老五等在藤条江一带又聚众攻扰郡城，也被伯麟俘虏。
清道光元年（1821年），云南永北厅彝族人民起义反清。云南永北厅（云南永胜）大姚彝族、拉枯族人民因不堪忍受清王朝的官吏的压迫，在唐老大率领下发动起义，清朝皇帝曼宁命令云南、贵州总督庆保派兵镇压；并派呢玛善为钦差大臣督办云南军务。清军先把拉枯族各寨洗劫一空。然后进剿彝各寨，起义军经过2个多月的奋战，终因寡不敌众，首领被俘，起义失败。
道光十三年（1833年），四川彝民起兵反清。彝民首领桑树格起兵反清，占据越嶲、清溪、峨边等地。四川提都桂涵率兵进剿，到越嶲时病死；扬芳代领涵军继续进攻清溪彝军，经过激战，彝军败走；进攻峨边时，十二姓熟彝全部投降，清军放火烧毁山内彝民所居栅寨，首领数人俘虏后被杀。桑树格也被俘斩首。余部皆降。
山东王伦起义清朝乾隆三十九年（1774年），寿张县（山东阳谷南）人王伦宣传清水教（白莲教别支），以运气治病，教授拳术，组织群众，提出反对额外加征等口号在寿张起义。
王伦发动起义后，清朝寿张知县沈济义派兵拘捕。9月4日，王伦率领起义军攻入县城；
教徒王经隆在堂邑也起义响应。两部分起义军会合后，王伦命其义女乌三娘为先锋，带兵出击，接连攻下了寿张、堂邑、阳谷、临清等城。每到一处，开仓济贫，得到贫苦民众支持。
清朝山东巡抚徐绩率兵镇压，清军开至临清南梁家浅，被起义军包围。于是清朝山东德州城守尉格图肯，兖州镇总兵唯一，先后派兵增援，但是各路清军都被起义军打败。清帝弘历闻讯大怒，责其无能，俱都处以死刑。而后乾隆又派左督御史阿思哈，率键锐、火器二营兵增援徐绩，同时命大学士舒赫德以钦差大臣之身份，由天津飞驰山东，督师清军。王伦以为清朝派大部援军会集，是为了给梁家浅解围，于是王伦率军直趋运河，想阻止清军，不料被清直隶总兵万朝兴所率清兵阻击，经过激战王伦所率义军被清军击败，退守临清。这期间舒赫德领兵到来，王伦派义军1000多人北出牵制清军，自己又亲自率领精锐五六百人在归城东门列队迎战。而舒赫德派侍卫音济图等率领禁旅300多人控制北门，自己率军去进攻东门，两军相遭遇，义军英勇作战，但必竟清军人多势众，武器精良，起义军战败，王伦退守城内，清军猛烈攻城，巷战尤为激烈，短兵相接，血肉横飞，乌三娘在屋顶上指挥巷战，不幸中弹牺牲，义军伤亡甚是惨重，王伦自焚而死，起义告以失败。
台湾朱一贵、林爽文等起义清康熙六十年（1721年）台湾朱一贵起义。据《清史稿》记载“丙寅，台湾奸民朱一贵作乱，戕总兵官欧阳凯。”“福建水师提督施世骠平台湾朱一贵，解京诏奖，淡水营守备陈策固守功超攉台湾总兵。”
清王朝对台湾人民在政治上的压迫、经济上的剥削十分惨酷。
知府王珍横征暴敛，淫刑勒索，激起人民的反抗。朱一贵是福建漳州府人，于康熙五十二年到台湾，后与黄殿、李勇、吴外、郑宝瑞等来往密切，他们看到台湾地方官员只知道饮酒、赌博，民心和军心都不振，于是认为不如趁此起义。且朱一贵说：“我姓朱若以明朝后裔耸乡村，归者必众。”大家认为可以。夏4月19日，李勇、吴外、郑定瑞、王玉全、陈印等52人在黄殿处结盟，公推朱一贵为大元帅。招集群众近干人，首先乘夜攻占冈山讯。冈山距府城30多里，消息传到郡府，总兵欧阳凯立即召集带兵各将商议出兵，派清游击周应龙率兵800多人前往镇压，这一天，细雨蒙蒙，周应龙率领清兵和土番行5里，驻半路店。第二天又行15里，屯兵角带围，两天仅前进20里。起义军继续进攻糠椰林，汛防把总张文学迎战，被起义军击败。而周应龙率军仅一溪之隔不敢救援。待清军进到冈山时，起义军已转移到山里。周应龙不敢追击，只是纵兵焚掠附近村庄，更激起民众的反抗，各乡群众纷纷聚众反抗清军。风山人杜君英聚众起义，响应朱一贵并攻下淡水讯。他们又招集粤东种地佣工客民，与陈福寿、刘国基等商议掠台湾府库。又有郭国正、翕义在草潭起义，戴穆、江国沦在下埤头起义，林曹、林骞、林琏在新园起义，王忠在小琉球起义，都愿意和杜君英、朱一贵共同共事，他们联合作战在赤山击败周应龙，杀死干总陈元等。府城大震，台湾总兵欧阳凯、副将许云、游击刘得紫等率兵1500多人进攻起义军，5月1日在春牛埔被朱一贵、杜君英等联合抗击，清军忽然内乱，清军百总杨泰响应起义军，刺杀欧阳凯坠马；起义军勇猛杀敌，守备胡忠义、千总蒋子龙、把总林彦都战死。刘得紫率兵援救，也战败被俘。许云与水师游击崇功均被击毙。台厦道梁文煊、知府王珍乘舰出鹿耳门逃走，周应龙逃回大陆。义军当日攻占府城；北路义军在赖地、张岳率领下攻占诸罗，杀死参将罗万春。七日之内，起义军发展到30万人，除清军守备陈策仍守淡水外，台湾全岛都被起义军占领。
朱一贵公推为中兴王，建元永和。
清王朝闻变后，大为震动，浙、闽总督觉罗满保进驻厦门，福建水师提督施世标率水师出港，满保又调南澳总兵兰廷珍率水师和陆军约1.2万人，船400艘开赴澎湖列岛与施世标会师进攻台湾。清军商议分三路进军，施世标认为南路打狗港在台湾正南，6月南风较大不宜停泊船舟；北路清风隙距府百余里，粮饷运输困难；决心直捣鹿耳门，进攻起义军的主力要害。施世标派游击张率兵增援，淡水陈策亲自统领水、陆军2万多人，战舰600艘于6月10日出澎湖，派澎湖守备林亮为前锋，率水兵570人，直趋鹿耳门。起义军将领苏天威利用炮台阻击，双方展开激烈的炮战，清军炮火集中火力向起义军占据的炮台火药库轰炸，引起爆炸，炮台失守。清军战舰400余艘，在林亮部的掩护下直抵一鲲身，这期间正值涨潮……所以清军得以迅速登陆，占领滩头，起义军退守平安，兰廷珍率清军攻占平安镇，起义军两次反攻都被清军击败。次日在七鲲身进行了激烈的海战，起义军战败后退守府城，施世标令林亮率兵2000人，兰廷珍率兵5500多人，于夜间分别乘战舰挺进到西港仔，拂晓登陆，袭击起义军侧背，令游击朱文率领部队经过七鲲身，从盐埕、大井头分道进攻府城，经过两面夹攻，起义军伤亡惨重。19日，清军攻占府城。这时，施世标击败了西、南两路起义军后，也在这一天到达府城。
朱一贵、杜君英等先后被俘牺牲，起义失败。余部退入山中继续坚持反清斗争。
清朝雍正十年（1732年），《清史稿》载“庚戌台湾北路西番滋事官兵讨伐平之。”
台湾彰化大甲溪人林武力起义反清，台湾北路各社番民多有响应。清朝台湾总兵吕瑞麟率兵镇压，台湾府治空虚。凤山人吴福生乘机于3月28日带兵起义，夜袭冈山汛，又烧毁社汛，又有虎头山、赤山各社也起义响应。4月3日，吴福生率起义军进攻陴头，又另外派遣一部分兵力攻占万丹巡检署，于是凤山全县引起震动。
清政府忙派兵镇压，这时已调福建水师提督、尚未到任的原台湾总兵王郡，急忙率兵星夜兼程，与参将候元勋，守备张玉三路会攻，经过激烈决战，吴福生战败，越日被俘，于是台湾南路起义失败。
吕瑞麟在北路镇压起义军遭遇不利，被起义军包围，王郡又率兵至鹿仔港，派遣参将李随越、游击黄贵等合兵攻阿束社，参将靳光瀚、游击林黄彩各自把守要隘，然后渡过大甲溪进攻起义军。结果林武力败走南日山，该山地势险要，仅有羊肠小道可上山，王郡用炮火掩护，亲自督阵进攻，起义军抵挡不住，内乱，缚林武力向清军乞求投降，因此台湾北路起义军也告失败。
乾隆三十五年（1770年），台湾省府大穆降人黄教，多结交流民。因不堪清朝官吏的剥削和压迫，10月间聚众起义。陈宗宝、郑纯等率众响应。夜袭冈山，杀汛兵据守。清朝台湾知府邹应元会同当地镇兵联合进攻，围战数日，双方互有杀伤，经过5个多月的战斗，起义军战败，黄教带领残余部队退入山区，而清军则谎报黄教死于乱军之中。
乾隆五十一年（1786年），清台湾知府孙景燧，副将赫生额为镇压天地会，带领400多名清兵到彰化大墩。挨村搜捕天地会信徒，焚烧了附近的村庄，因而激起这一带人民的愤怒，奋起反抗。
天地会首领林爽文以安民心、保农业、顺天行道为号召，以大理代（yì亦）为根据地率众起义。11月27日夜，首先袭击大墩，杀死副将赫生额，知县余峻。起义军乘胜又于29日攻克彰化县城，杀死台湾知府孙景燧。起义军把得到的钱米分给广大群众，并且严明纪律，不许有私人有丝毫妄取，因此受到广大人民的拥护。起义军队伍很快发展壮大起来。清台湾总兵柴大纪正在彰化，当时知县俞峻请求他留下帮助镇压，而柴大纪却推托说回府城调兵。过了半个月，则彰化已被起义军攻下。12月6日，起义军又攻克了诸罗（台湾嘉义），连克淡水（台湾新竹）等地。
凤山（台湾高雄）天地会首领庄大田与其族弟庄大韭、庄大麦等领导农民数千人起义响应……并一举攻克凤山。两路义军会合，起义军壮大到10多万人。他们分四路围攻府城。台湾省沙土浮流，经常发生地震，“故城无砖石，皆掘濠树竹为城”。所以府城也是树城而已。总兵柴大纪、兵备道永福等守城。起义军攻城，柴大纪拒战于盐埕桥。起义军进攻失利，牺牲了1000多人，还损失了船只数10艘，桥距府城50里，是水陆交叉点，柴大纪固守，起义军仍继续围攻府城。
清朝浙江、福建总督常青闻讯后，急调水陆各军支援。命水师提督黄士简到鹿耳门（台湾台南市），陆路提都任承恩至鹿港（台湾漳化西），总兵郝壮猷及副将丁朝雄到淡水。各路兵渡海到台湾后，黄士简命柴大纪攻诸罗，郝壮猷攻凤山，一北一南各率兵2000人。柴大纪在当地地主武装配合下，迅速攻克诸罗。而郝壮猷南进仅20里即遭起义军坚强阻击。经过50多天战斗，起义军主力撤离，清军才进入风山。凤山城已空，招民复业，起义军战士混入其中，也没被察觉。内外配合，3月10日，凤山又被义军占领，游击郑嵩战死，郝壮猷又回府城。又任承恩至鹿港，距大里杙代起义军营地仅40里，也不敢进攻。中路起义军庄大田部万余人，以南谭为中心，先后攻占盐水港、笨港，切断诸罗粮道，诸罗告急。
清朝皇帝弘历以两提督久战无功，乃命常青亲自赴台指挥。4月，常清至台后，派总兵魏大斌率兵增援，但被起义军击退。常青屯兵桶盘线，距南潭仅5里亦不敢出战。
乾隆以常青“调度失当”，命福康安为将军，代理常青总统台湾军务，以海兰察为参赞大臣。分别由鹿仔港、笨港登陆，时值起义军围攻诸罗而数月不下。清朝提督蔡攀龙增援，也未能解围。福康安部经新埤，海兰察自笨港分五路向诸罗进军，但沿途屡遭起义军阻击，进展迟缓。
11月柴大纪奏言：“诸罗为府城北障。诸罗失，则‘贼’尾而至府城，府城亦危。且半载以来，深濠坛壘，守御甚固。一朝弃去，克复甚难。而城箱内外，义民不下4万，实不忍委之于‘贼’，惟有竭力固守待援。”上览奏堕泪。诏曰：“大纪当粮尽势急之时，惟以国事民生为重，虽古名将何以加兹。其改诸罗县为嘉义县，大纪封义勇伯，世袭罔替，并令浙江巡抚以万金赏其家，俟大兵克后，与福康安同来瞻观。”福康安中途听说起义军声势很大……也求援兵而后进。
一夜顺风，清兵6000多人，还有乡勇千余人，11月8日，与起义军遭遇于仑仔顶。海兰察率巴图鲁侍卫数十，冲入起义军营地杀伤义军甚多，接着又怒马杀人。起义军埋伏于竹蔗林，清军五路分战，起义军在牛稠山战败。清军解诸罗之围。即日海兰察抵达嘉义城，次日福康安亦至。海兰察跟踪追击，连续攻占大埔林、大埔尾、斗六门等地及起义军根据地大里代。林文爽带领家属走集集埔，退入山区。
12月，清兵伐箐腾险而上，林文爽在老衢崎被俘，4月在北京就义。
乾隆五十三年二月，清军在攻占凤山，肃清中路义军后，转攻南路，与庄大田部在琅桥进行了激烈的战斗，庄大田战败被俘后牺牲，起义失败。
蔡牵反清之战福建同安人蔡牵，因不满清政府对渔民的剥削与压榨，以浙江、福建沿海为根据地，号召渔民起来反抗，他带领沿海渔民，聚众起事，起义者拥有海船100多艘，在沿海一带不断打击清军。清朝浙江提督李长庚与浙抚阮元建造巨船30艘，名为霆船，配备大炮400门，准备进歼海上义军蔡牵之部。
嘉庆六年正月，李长庚所率舰队在定海海面与蔡牵船队遭遇，清军舰队恰乘上风之势，于是发炮攻击，而蔡牵船小失利，只得向福建方向退却。蔡牵便制造了比霆船更大的舰船数10艘，又与朱溃等部联合起来。增强了实力，拥有巨舰已达80多艘，小船还有数百条，军威空前。于是便进攻温州。温州总兵胡振声慌忙率水师截击，两军在海上展开战斗，蔡牵义军击沉清军舰船许多艘，胡振声中炮沉入大海。嘉庆八年（1803年），清提督李长庚率领舰队向马迹洋无名岛蔡牵义军舰船停泊处发起进攻，展开了马迹洋之战。清军用炮火猛烈轰击。一面又用巨舰冲击蔡牵的舰队，起义军船舰多艘中弹，队形紊乱，蔡牵所坐舰船也遭炮击，船篷起火损坏，清军又击沉起义军大舰2艘，蔡牵见形势不利，不宜恋战，为保存实力急令舰队撤出战斗。清舰追赶不及，便返航回港。
嘉庆十一年（1806年）正月，蔡牵重整旗鼓率战舰100多艘，一举进攻台湾，先由鹿耳门登陆，并在鹿耳门布置防御工事，以便阻止清军在此登陆，蔡牵登台湾岛后，得到了台湾反清各部吴老四、洪淮四等的响应，联合起来的起义军壮大到2万多人，声威颇大。于是便进击凤山、淡水等地，仅府城尚未攻下。蔡牵在台湾坚持斗争达1年多，此时他已被推举为镇海王。
嘉庆皇帝急命成都将军德楞泰率四川兵3000多人赴台增援。
李长庚经过较长时间准备后，率领浙、闽水师及部分陆军赴台，在鹿耳门登陆，被义军阻击，又改为平安港登陆，直接用陆军支援府城。蔡牵率起义军兵分几路抵挡，陆战五次起义军终未取胜，这时蔡牵只好放弃台湾，带领舰队回师浙江海城。
到了嘉庆十二年十二月，在黑水外洋，起义军舰队与浙、闽水兵遭遇，展开一场海战即黑水洋之战。清军在李长庚指挥下用舰艇冲击蔡牵舰船，起义军舰队散乱，恰在这时，蔡牵的坐舰舷篷中炮起火，情况十分危急，幸好蔡牵后船发炮，清提督李长庚中炮身亡。清军水师提都张见陛见统帅阵亡，顿时紧张起来，立即指挥清舰队撤退。蔡牵于是得胜返航。
1809年（嘉庆十四年）9月，清朝浙江、福建水师由提督邱良功、王德禄率领，联合进攻蔡牵，于是在定海渔山洋面展开海战，交战整整一天，不分胜负。第二天邱良功改变战术，采取“分船隔攻”的方法，先分割起义军的舰队令他们首尾不能相互支援，然后用自己的坐舰靠近蔡牵的坐舰，进行激烈的接舷战。邱良功和王得禄都负伤，但仍坚持指挥不退却。可是蔡牵的坐舰得不到其他舰船的支援，弧立作战，铅丸又用尽了，用银元当炮子，继续发炮射击，船上战士已死亡30多人，船尾又起火，这时清军蜂拥而上，蔡牵拉响舰船首尾巨炮，将船炸裂而沉入大海，余部在浙江向清军投降，起义最后失败。
天地会、天理教、先天教的反清起义清朝康熙四十七年（1708年），天地会首领张念一聚众起义，声称尊奉朱三太子，以浙江大岚山为根据地，曾一度攻占慈豁、上虞、嵊（shèng胜）县等地。浙江巡抚王然派兵镇压，张念一被俘。山东巡抚赵世显在山东拿获明宗室朱三父子解往浙江，与张念一同时被害，起义失败。
台湾天地会于道光十二年（1832年）由张丙、陈办等聚众起义，围攻嘉义，把清朝台湾镇总兵刘廷斌困于弧城。清朝福建陆军提督马济胜率2000清兵渡海增援，和起义军在嘉义城下展开激战。起义军撤围退却，清军追击至笨港尾双方又接火激战，起义军伤亡很重，首领张丙被俘牺牲。起义军由陈办、赖满等率领分散活动。清军屯兵盐水港，开始分兵搜剿。清帝曼宁又命令福建将军瑚松额督师赴台。这之前，起义军集兵1万多人进攻盐水港，马济胜乘义军不备时出击，义军失利溃败。第二年，瑚松额率部抵台后，进行大搜捕，俘虏各战义军首领20多人，战士300多人，起义失败。
清道光十五年（1835年），山西赵城（洪洞北）先天教首领曹顺，以治病传教，号召群众，并打造兵器准备武装起义。他们约定8月在乎阳府（临汾）、霍州（霍县）、洪洞同时举兵起义。3月，起义的消息被赵城知县侦察得知，于是派兵镇压。首领曹顺知起义之事已泄漏，便提前行动，聚众后先以一部分人潜入赵城城内，里应外合，举火为号，焚烧县城，乘夜间释放“狱囚”，攻入县署，杀死知县杨延亮等。而后又转而围攻霍州，清军鄂顺安率部进剿，起义军败退。曹顺率余部东走山东，在现城与义军战士82人同时被清军逮捕，起义以失败告终。
清嘉庆十八年（1813年），天理教李文成、林清起义。天理教是白莲教的支派。李文成、林清等利用山东、河北、河南、山西一带天理教在各地的活动，秘密组织群众，准备起义。商定于9月15日在直隶（河北）、山东、河南同时起义。并预定由林清偷袭皇宫，推翻清政权，李文成派千余名义军战士化装进城助战。
李文成命牛亮臣在大伾山下制造武器，机密泄露，9月5日，滑县知县强尧捷将李文成逮捕，进行严刑拷问，但李文成、牛亮臣均拒不吐实。县官准备把李文成、牛亮臣解往省城。李文成妻张氏，人称李四嫂，与宋元成、黄兴宰、黄兴相等提前起义。
9月6日李四嫂率起义军3000多人，乘夜潜伏在滑县城外，第二天拂晓，事先潜入城内的义军战士，在城墙上升起信号，李四嫂指挥战士猛攻，迅速攻入城内，救出了李文成、牛亮臣，知县以下官吏均被杀死。
嘉庆皇帝急速命令直隶总督温承惠率军与河南清军联合行动，镇压起义军。
李文成出狱后被推为天王，建立政权，设官分职，以滑县为阵地，加强城防，派徐安国守道口镇；用一部分起义军队伍北上进入直隶。进军长垣、开州（河南濮阳）、东明之间，攻占三东定陶、曹县（山东菏泽）后，又进而围攻浚县。李文成因为清军即将到达，没有及时派兵增援林清。
林清虽未得到李文成的援军所助，但仍按原计划于9月14日，派起义军200人分成两支，暗藏武器，化装进入北京城、潜伏在酒楼茶馆内，准备袭击皇宫。15日陈爽一队由教徒太监刘德财等引导入东华门，陈文魁一队由教徒太监等引导入西华门。两路义军迅速会攻紫禁城。起义军与宫内护军在“隆宗门”外展开激烈战斗。部分义军冲至养心门，宫内一片混乱，惊恐万状。这时清禁军入宫反击，可是起义军外援末到，双方兵力悬殊太大，起义军寡不敌众，只好退出皇宫，袭击皇宫失败，还牺牲了30多名义军战士。
嘉庆皇帝认为温承惠作战不力，改任陕西、甘肃总督那彦成为钦差大臣，提督杨遇春为参赞，统帅直隶、山东、河南清军及吉林、黑龙江马队驰赴河南，镇压起义军。
杨遇春围攻道口镇，义军守将徐安国败退到滑县城，清军追击，进攻滑县，这时定陶、曹县相继失陷，形势对起义军不利，战况十分紧张。李文成趁清军还未合围，率义军4000多人向辉县转移，以分散清军兵力。清军总兵杨芳率兵追击。11月8日，在司寨白土岗，双方激战，这一仗清军伤亡惨重，那彦成派兵增援，清军集中兵力围攻司寨，义军“据险掷石，枪炮齐发”，清军屡次冲击均遭失败。清朝皇帝严令杨芳不惜一切代价，剿杀起义军，于是杨芳冒重大伤亡，终于攻破司寨。李文城“举火自焚”，起义军战士大部分牺牲。
留守滑县的李四嫂、宋元成、牛亮臣、徐安国等率义军2万多人，多次打退清军进攻。
李四嫂还率小分队，夜捣清营，三进三出，杀死清军许多人。清军攻滑县城不下，便掘地道用炸药轰城，起义军在城内用水灌、堵截、抛巨石打陷井等办法阻止清军侵入。经过40多天的激烈战斗，清军突然入城，双方展开了极为壮烈的巷战。李四嫂身负重伤后自杀，宋元成在巷战中牺牲，牛亮臣、徐安国被俘，天理教起义失败。
杨起隆北京反清起事康熙十二年（1673年）底在北京发生了杨起隆反清起义……认真地说，这只是一个起义计划。因为它在正式爆发以前，就被清朝政府扼杀在襁褓中了……但是这次起义事件就其性质来说，却仍然是一次旗下的奴仆、佃户要求人身解放的正义斗争，反映了八旗主奴矛盾、主佃矛盾的极端尖锐化。
清朝顺治元年（1644年）定都北京后，八旗贵族分驻北京城区各地。他们在入关前后通过俘虏和抢迫汉人投充等方式而拥有大量的奴仆。这些奴仆的社会地位低于正八旗人，婚丧嫁娶都不能自主，担负着八旗的官员、贵族家内的一切劳役。清初法律上虽然规定主人不得随意地杀害奴仆。但实际上却有大批的奴仆在主人的买卖和鞭挞下“锁禁致死”。这种情况直到康熙初年仍在继续。康熙本人就公开承认说：“近闻奉差官员及督抚提镇等大小文武官员……不思尽职，惟图利已，及买良民为奴，甚至多买馈送亲友。”由于主人“逼债过甚”，奴仆“自缢、投水身死报部者甚多”。康熙的话充分证明当时八旗内部主奴关系是很紧张的，旗下的奴仆所受的剥削和压迫非常残酷，无法生存下去。他们大批的逃亡，形成清初严重的“选人”问题。奴仆在忍无可忍的情况下自发反抗主人的事件，也时有发生。武装起义形势正在逐步形成。
杨起隆正是这次武装起义的组织者和领导者。正当杨起隆积极组织准备起义的时候，这时吴三桂叛乱的消息已经在北京传开，“京师汹汹”，形势紧急。杨起隆显然认为这时候起义是有利的，因此他决定把原定次年元旦起事提前。他诈称明末崇桢皇帝的三太子，组织镶黄旗监生郎廷枢的家仆黄裁缝、正黄旗周公直的家仆陈益等约有干人准备起义。
12月21日晚，杨起隆与黄吉、陈益等30余人在周公直家（北京西城鼓楼西街）秘密开会……布置有关起义事项。会上杨起隆决定建年号“广德”，参加起义奴仆称为“中兴官兵”，并且约定于12月23日五更，“额皆裹白布，身束红带为号”，“约于京城内外放火举事”。
可惜，在奴仆的队伍里并不是团结一致的。就在杨起隆密谋策划的当晚，事机就已泄露……郎廷枢家仆告变，郎廷枢就执缚黄吉等4人首告，周公直也向本旗都统图海处告发，“次早，凡家奴出首，主人执送者不绝”。起义还处在酝酿阶段就遭到致命的打击，这首先是被奴仆自己出卖的。
杨起隆被迫在没有完全准备就绪的情况下，再把时间提前于12月22日仓皇举火起义。
起义地点就在鼓楼西街周公直家。当镶黄旗官员鄂克逊走经鼓楼时，看见大火冲天，跑到高处看时，只见起义者披甲露刃，于是就跑到兵部报告了兵部尚书明珠、都统图海、宏烈、与副都统觉罗吉哈礼，随派兵围住周公直的家，起义者纵火、放箭与官兵大战起来。杨起隆在混战之中与同伙张子房等7骑奋勇杀敌，冲破官兵的包围跑了出来，而陈益等人没能冲出官兵的重围，虽在院内坚持战斗，但终因弧立无援，寡不敌众，被鄂克逊首先冲进院内，陈益与杨起隆的妻子马氏和随从都被清兵捕获。接着清政府进行了大逮捕，大屠杀。逮捕首先针对在逃的首领杨起隆。清政府先下令“缉获假称朱三之杨起隆”，并且一度暂闭城门，因为有人举报杨起隆潜伏在京城之内，故行严缉。同时大规模搜捕余党，城上布满了官兵，关闭城门，按册排甲逐一搜捕。凡是被捕的都用黑布蒙住面孔。城中不准升火煮饭三天……可是仍然到处起火，闹得白天昏黑，城中的百姓惶惶不安。由于捕获的起义者过多无地处决，就用车装满送出九门外斩首，城外的尸首堆积如山。这种情形一直持续了8天，清政府才下令，不要杀戮过多，凡是只有红布，无扎付和信件的都不予追究。这样放出来就有几千人。这次大逮捕、大屠杀株连了很多完全无辜的平民。因吴三桂没叛乱之前，京城盛传不久当有大难，凡是头和腰裹红布的就可以免灾。所以暗藏红布的平民颇多，于是虽然不在起义者的名册，但只要搜得有红布的人也被处斩无数。
起义被清政府血腥镇压下去了，只有起义首领杨起隆仍然在逃未获。一直到康熙十九年（1680年）九月，又有人自称朱三太子，广散扎付，活跃在陕西汉中、兴安一带，被清政府逮捕。据《清史列传》中说这个被捕的朱三太子就是杨起隆。但又据《清塑祖实录》一书中讲这个被捕的朱三太子不是杨起隆。不管这个被捕者是否是杨起隆，两种说法都证明，至少杨起隆是起义的参加者，多年后还在坚持反清斗争。
杨起隆起义有它的特点：一、它发生在清朝统治的心脏北京，这是140年后在北京爆发的林清天理教起义的前奏。在帝王京城发动起义是前所未有的，这说明了晚清封建统治的深刻危机；二、杨起隆在起义中自称朱三太子，部众号称“中兴官兵”，这是直接借复明之名以反抗清朝统治，争取旗下的奴仆、佃户参加；三、杨起隆的组织、发动工作做得很深入，“八旗下无家不编”，特别是皇帝直辖的上三旗中的镶黄、正黄旗奴仆，形成了这次起义的主力。这是有重大意义的，因为它充分反映出，八旗内阶级矛盾的尖锐化，已经达到了即使由皇帝亲自控制也会出现裂缝的程度。
湖北麻城农民起义（黄金龙、何士荣起义）清朝康熙十二年（1674年）九月，黄金龙、刘尹孚等聚结民众数千人在湖北麻城起义。清廷麻城知府于成龙，诱骗刘尹孚投降……受骗随刘尹孚投诚的民众1000多人。黄金龙被迫率领余部1000多人和邹君申等人据守山砦……于成龙率领清兵以刘尹孚为响导，进击山砦。黄金龙战败被俘牺牲。余部大部分都加入另外一支农民起义军，继续反抗清廷的斗争。
十月，何士荣占据永宁乡，陈鼎业占据阳逻，刘启业占领石坡，周铁瓜、鲍士庸占领泉畈，各自聚结民众数千人，先后起义，共推何士荣为首领。起义军与湖口、宁州等地的起义军遥相呼应，准备进攻黄州（今湖北黄冈）。此时黄州的清军都已调走征讨三藩去了，城内空虚，城中清延的官吏见势惊慌，提议退守麻城。知府于成龙认为黄州是对三藩作战的补给重镇，一旦失守，势必影响大军作战，所以必须死守。于是，就征集乡勇2000多人，首先命令黄冈知县李径政带领所部乡勇进攻阳逻，来解除起义从四面对黄州的威胁。李径政攻占了阳逻，阵鼎业被俘牺牲。
何士荣率领起义军从牧马崖出发，分兵两路进黄州。于成龙命令千总罗登云率领乡勇1000人在东路阻止起义军；自已率领乡勇1000多人从西路反击，命令千总吴之兰为左翼，武举张尚圣为右翼，自己在中路指挥。起义军首先猛攻清军的左翼，击毙干总吴之兰，清军败退。清军的干总李茂升组织反击，督率清军拼力奋战，起义军的进攻受阻。张尚至所率领的清军袭击起义军的侧背。起义军腹背受敌，向泉畈（fàn饭）方向撤退，清军追击，何士荣亲自担任后卫，战败被俘牺牲。清军攻占泉畈，起义军首领大部分牺牲。起义军经过24天的激烈战斗，终于失败。
蒙古布尔尼反清之战康熙十二年，满清王朝调遣蒙古察哈尔亲王布尔尼出兵平定三藩，布尔尼拒不接受清延的命令，并且搧动奈曼等部叛清。康熙任命信郡王鄂扎为“抚远大将军”，图海为副将军共同督师征讨。此时清廷的八旗兵劲旅大部分南下进剿三藩……图海以八旗的家奴临时组织成的兵卒从征，并率土默特等部的蒙古兵向察哈进军。到了岐尔哈台，侦探到布尔尼屯兵达禄。清军大将军信郡王鄂扎命令清兵轻装前进，攻击达禄。布尔尼在山谷中设下埋伏，以3000人马诱敌，清军在搜山时遇到了埋伏，致使土默特的兵马初战受到挫折，副将军图海率领主力进击，双方激战多时，布尔尼兵大败。布尔尼仅率领30骑兵突围，中途被科尔沁额附沙津射死。察哈尔遂平。
朱统锠反清贵溪之战明朝的后裔朱统锠举兵起事，先接受耿精忠的封号，耿精忠归降清廷后，自称宜春王，率兵攻占贵溪等地，康熙十六年十月遣派他的尾部陈龙攻占光泽。清廷福建按察使吴兴祚率领轻骑兵进攻光泽，陈龙等投降。吴兴祚派遣投降的士卒伪称逃回，以为内应，派陈龙引军进攻贵溪。朱统昌战败，他的部属将领冯珩缚之投降了清军。
江西杨玉泰起义杨玉泰乘三藩掀起战乱，号召人民起来反抗清廷的统治，他在宜黄、乐安、崇仁等地山区集合了起义的队伍，派蔡仕伯率领一部分起义军进驻宜黄，自己率领起义军主力踞守乐安，以便互相支援。清廷江西总督黄卫国为了巩固对三藩作战的大后方的安全，决心派兵进攻。起义军作战失利，在宜黄、崇仁相继失守后，蔡、沈投降清军，杨玉泰在大岭抗击清军失败后退守乐安。清军攻占乐安，杨玉泰也投降了清军，于是起义失败。
夏逢龙起事康熙二十七年（1688年），三藩战乱平定之后，清王朝大量的裁减士兵，被裁减的兵勇流落在湖南、湖北之间，无生活门路，聚集在一起密谋叛乱。原清军督标兵夏逢龙向来以和解行伍中的争端为大家所信服，被裁减后被推举为首领率领大众围攻巡府的衙门。襄阳总兵许盛奉令亲督清兵抵抗，被夏兵射伤，清军溃散，巡抚永昌投井自杀。于是夏军占领了武昌。众兵勇又推举夏逢龙为总统兵马大元帅。被裁减的清军相继投入夏军的行列。夏军的声势日益壮大，先后攻了嘉鱼、咸宁、武昌、蒲圻、濮阳等县城。夏军很快发展到数万人。夏逢龙留下所设置总兵胡耀乾驻守武昌，自己率领主力大军攻占了汉阳、德安，夏军攻击石城未能攻下，向应城方向转移。清帝康熙派遣瓦岱为振武将军调江宁的满、汉各军水陆兼程前进，增援武昌等地。湖广提督徐治都率领清兵进击，到达应城与夏遭遇，双方经激烈的战斗，夏军稍却，清军进入了应城，夏军1万多人围攻应城，徐治都分兵出击，使夏军腹背受敌，就撤围，转攻德安。夏逢龙自率水师战舰20艘顺流而下，到了龙川矶进攻清军。经过一天一夜的激战，夏军伤亡惨重。夏逢龙率领余众漂泊鲤鱼潦（）。徐治都派郭兴、杨明锦等率部防止起义军登陆；自己率领水师进攻夏军的船队，夏军的船舰多被焚烧，夏军的水兵伤亡很重。夏逢龙率众登陆，又战死700多人，遂单骑逃到武昌。此时他设置的总兵胡耀乾已献武昌投降清军，汉阳也被清军占领，夏逢龙转奔黄州。振威将军都统瓦岱所统领的八旗兵于七月追到黄州，夏逢龙所置设黄州总兵赵得等迎降，夏再逃到黄冈，被清军俘虏斩杀。
吴三桂余部反清起事吴三桂起兵叛乱失败后，其余部窜入山区，等待时机反清起事。康熙三十七年（1698年），满清王朝在茶陵等地方私增摊派粮款，激起民愤。吴三桂的旧部陈丹书等乘机攻击茶陵，黄明等攻击端州（广东高要），都遭到了清军镇压，起事失败。