胃肠道最主要的功能是给机体连续不断地提供充分的水、电解质和营养成分。由大脑传递到胃肠道的交感神经和副交感神经信号直接作用于内在神经系统。胃肠道神经递质受体是神经系统的重要活性物质，作用于这些神经递质的任何药物都能影响胃肠道的功能及营养状态。
（1）持续的、剧烈的呕吐会影响营养成分的吸收。呕吐是多数药物的不良反应。但是人们很少关心营养并发症。细胞毒性化疗药物是高度致吐的。儿科常用的化疗药物如环磷酰胺、柔红霉素、阿霉素、氮芥，用这些药物多半是消耗性疾病，营养不良及水电解质紊乱十分常见。
（2）增强胃肠动力或导致胃肠不适的药物可导致腹痛、抽筋或腹泻。像呕吐一样，如果这些不良反应是持续和剧烈的，将会改变营养成分的吸收。儿科常用红霉素琥珀酸酯和西沙必利，可引起胃肠道刺激；儿科常使用止泻药物，止泻药物使胃肠功能的减弱，用来治疗腹泻，可导致便秘和肠梗阻。
（3）抗胆碱药物通过阻断胃肠道副交感神经上乙酰胆碱受体结合位点，而减弱胃肠功能。常用的抗胆碱药物有阿托品、颠茄制剂、山莨菪碱、东莨菪碱和苯海拉明。儿科常用山莨菪碱、苯海拉明等。对便秘者应该停用上述药物或考虑替代疗法。