（1）胃肠通过试验：本检查是服用不透X线标志物20个小时后，拍摄腹片一张（正常时多数标志物已经抵达直肠或已经排出），48小时摄片的目的是有可能观察到此时的标志物分布，如多数已经集中在乙状结肠和直肠区域之内或尚未达到此区域，那么则分别提示通过正常或延缓，在72小时再拍摄一张，若多数标志物仍未抵达乙状结肠和直肠或仍在乙状结肠、直肠，则分别支持慢通过便秘或出口梗阻性便秘。
（2）肛门直肠指检：肛门直肠指诊是重要的检查方法，也是判断有无出口梗阻性便秘的常用、简易手法。尤其是增强括约肌张力，力排时括约肌不能有所松弛，反而更加收缩紧张，提示长期极度费力排便，导致括约肌肥厚，同时在力排时处于矛盾性收缩。
（3）胃肠X线钡剂造影：根据钡剂在胃肠道内运行的情况，了解结肠的运动功能状态，区分张力减退性便秘和痉挛性便秘，并可及时发现器质性病变，如先天性巨结肠、肿瘤、结核等。
（4）直肠镜、乙状结肠镜及纤维结肠镜检查：这几种检查可直接了解肠黏膜状态。由于便秘，粪便的滞留和刺激，结肠黏膜特别是直肠黏膜常有不同程度的炎症性改变，表现为充血、水肿、血管走向模糊不清。此外，在痉挛性便秘可见到肠管的挛缩性收缩，肠腔变窄。
（5）肛管直肠测压术：肛管直肠测压术是儿科常用的一种了解直肠肛门功能障碍的技术。遇有严重便秘的患儿可用测压术确定直肠扩张时的阻力、肛管的静息紧张度、肛门随意肌收缩的强度，以及患儿对直肠扩张的自我感觉，并可对肛门括约肌反射做出评估。
（6）肌电图：对盆底肌和肛外括约肌进行肌电图观察是评估慢性便秘的有用方法。正常人休息时盆底横纹肌的张力维持紧张状态。应用体表皮肤电极探测，正常小儿排便时肛外括约肌张力下降，而便秘患儿仅42%有耻骨直肠肌或肛外括约肌出现肌电活动下降。