营养状况与药物代谢的关系非常密切。患儿处于极度蛋白质营养不足时，体内细胞和免疫功能均明显降低。机体对疾病抵抗力下降，易并发感染；使用药物治疗时，因缺乏抗体或是淋巴因子也不能获得预想的治疗效果。营养不足对药物代谢的影响，依据营养不足程度、年龄、有无感染，以及肾功能、肝功能及循环系统的功能是否良好而定。饮食营养对药物的影响，首先是糖类和脂肪供给能量不足时，蛋白质作为提供能量的来源，组织内酶的含量，包括参与药物代谢的酶都降低。其次，营养素作为与药物结合的基质，因为来源不足，部分组织分解提供这些基质，结果是不能满足需要。
研究发现，药物代谢活动和药物用以进行代谢的肝酶，与饮食蛋白质含量密切相关。营养不良患儿易被有毒或有害物质伤害，如黄曲霉毒素在营养不良的机体特别容易发生中毒。其次，蛋白质可稳定药物的作用，对营养不良患儿，在饮食中增加蛋白质，可减少代谢物排出而稳定药物疗效；另外，患儿营养不足时，药物转变为有活性酶的能力降低。