由于转基因技术对食品、人群健康、环境、生物物种等影响，目前还有未知的领域，现阶段公众对转基因食品的长期效应了解也少，例如，基因沉默现象，是目前尚不清楚的RNA水平上进行的相互作用造成的，可能对健康带来潜在危险。2002年英国科学家做了转基因食品安全的第一个人体实验，给12名健康的志愿者和7名切除过部分结肠的志愿者吃含有转基因大豆的汉堡包和牛奶冰激凌。调查发现，健康者的粪便中没有发现转基因大豆的转基因，但在做了结肠切除术的志愿者粪便中发现了少量的转基因大豆残留基因。章 Mazza）等研究证实，经转基因玉米喂养的猪，在它们的血液、脾、肝、肾等器官也发现转基因的碎片。而杰弗里史密斯（Jeffrey M Smith）的研究发现，在老鼠的食品大豆中添加了含转基因的成分后，这些老鼠的日常行为都发生了变化，经常莫明其妙的紧张好斗，而且老鼠的肝脏和睾丸都发现呈病态反应。吃了转基因食物的老鼠繁殖的后代体内不同的部分出现了致命的病变，55.6%的小鼠在一出生或是出生3周内就死亡。食用转基因大豆的老鼠及其后代出现不同程度伤害的实验结果令人震惊。转基因食品能够对一些动物的后代产生严重危害，实际上相当于一个具有延时伤害能力的生化武器。由于啮齿类动物在形态学和生物化学方面都与人类相似，因此，这个结果引起人们对转基因食品的警觉。虽然还有许多科学家做了相关实验，但最终的结论既不能证明转基因食品是安全的，也不能证明它不安全。
世界粮农组织、世界卫生组织及经济合作组织章 国际消费者联会（成员包括115个国家的250个消费者组织）表示“现时没有一个政府或联合国组织会声称转基因食品是完全安全的。
下面是《北京青年报》2005年的一次调查报告，名为：“京城大豆油全是“转基因” 正反观点激辩安全性”，也作一下介绍：
本周，一位姓陈的读者致信北京青年报，反映他在京城几家大型超市、便利店等地均找不到“非转基因”大豆油，他表示尽管自去年5月1日后，市场上销售的转基因大豆油都贴上了“转基因”的标识，消费者确实获得了“知情权”，但想买“非转基因”大豆油的选择权却没有了。昨天，记者在市场作了一番调查，正如陈先生反映的情况，在北京市场找不到“非转基因”大豆油产品。
市场调查
超市、便利店均没有“非转基因”产品，记者调查了包括大型超市、中型超市和一些便利店在内的商业零售企业，发现要想在北京市场上买到“非转基因”产品真是比登天还难。
在小白羊超市苹果园店、家乐福超市白石桥店、超市发的阜成门店、美廉美增光路店和西客隆西外店等超市，记者进行了实地调查。 在家乐福、超市发、美廉美等超市所出售的包括古船、金龙鱼、火鸟、福临门等在内16个品牌的大豆油产品，以及各种含大豆成分的调和油，100%都打着“转基因”标识。
消费者对“转基因”认知度低
记者随机采访了几位消费者。记者发现年纪较大的消费者，多表示并没有十分留意是否是“转基因”大豆油，但他们对于产品的价格比较敏感。一位正在购买食用油的消费者表示，“没有办法，市场上没有‘非转基因大豆油’，如果选择花生油和玉米油等，一桶5升的油价格都比大豆油贵20元以上，一瓶橄榄油则要贵数倍以上，对于一个工薪阶层的市民，由于经济因素恐怕只能被迫食用转基因油了。”
厂商说法：转基因大豆出油率高、国产大豆产量无法满足需求促使“转基因”大豆油盛行
“鲁花”的生产厂家在接受记者采访时表示，选择转基因大豆作为生产原料，主要原因是国内大豆供给远低于市场需求，而不得不向国外购买大豆。金龙鱼、汇福等粮油制造商也认为国内大豆紧缺是使用国外转基因大豆的根本原因。嘉里粮油的吴先生更指出：“国内耗油量大，一些大的城市的年人均用油量达到13公斤，国内的大豆产量根本供不应求，而且，东北大豆出油量小，不适合作为制油原料。”
一位不愿透露姓名的业内人士告诉记者，由于我国并不限制使用“转基因”原料，生产厂家选择“转基因”原料生产，主要还是出于成本考虑。现在进口大豆全部都是转基因大豆，其出油率在20%-21%之间，而国产的大豆出油率只有17%，价格却比进口的贵，因此多数厂家都会使用进口大豆做原料。据估算，平均每桶5升非转基因大豆油要比转基因大豆油的成本贵2-3元钱。由于我国多数消费者对价格还较敏感，对“转基因”产品了解不多，多数大厂商都不愿提高成本，生产“非转基因”产品。
政府监管
北京市农业局：生产转基因大豆油属于企业行为
北京市农业局转基因办公室的江真启表示，目前北京市场“非转基因”大豆油的数量非常少，确实很难买到。但目前政府部门针对“转基因”大豆油问题，主要的职责是按照国家规定，对转基因产品的标明进行监管。对于不按照要求标注的企业，农业主管部门可以对其进行处罚，限期改正，可以没收其违法销售的产品，处以罚款。
至于企业为什么不生产“非转基因”大豆油这样的问题，该负责人表示，这是大豆油生产厂家的企业行为，属于市场调解的范围，他们不便干预。
哪里能买到“非转基因”大豆油
据中国粮油学会专家李志伟介绍，中国国产大豆相比进口大豆，出油率确实较低，用于生产大豆油，成本肯定要比进口转基因大豆高。
目前我国的东北地区有部分厂家生产“非转基因”大豆油。但由于其规模较小，多数产品都在当地销售，北京市场很难见到。据说，曾有哈尔滨粮油生产厂家来京与某著名粮油生产商洽谈，愿意为其贴牌生产“非转基因”产品。但北京的厂家不看好市场需求而放弃了合作。
正方观点 转基因大豆通过了国家质检部门安全性评价
中国农业大学食品生物技术实验室副主任朱本忠认为：“虽然从科学的技术上没有办法直接断定转基因产品是否对人体有害，但转基因大豆还是通过了国家质检部门的安全性评价，应该是安全的。”中国农业大学教授黄昆仑认为：“市场上售卖的转基因食品，都经过国家相关质检部门的检测，进行了安全性评价。目前，我国和已经食用转基因大豆8年的美国并没有在消费者中产生明显的不利症状。根本没有必要举办抵制转基因大豆的活动。而且，转基因技术对农业的发展作用明显，可以赋予农产品增产、防虫等加工特性，有着光明的前景。”
反方观点 尽管尚未发现转基因食品对人的健康造成危害，但是并不表明它就是安全的
国家环境保护总局生物安全办公室的王捷在接受采访时则表示：“尽管截至目前尚未发现转基因食品对人的健康造成危害，但是并不能说它就是安全的，也许它的危害需要一定的时间才能反映出来。比如，过去我们使用的四环素，当时认为很好，用了一段时间后，四环素牙就出现了；链霉素后来发现能导致耳聋。转基因食品也可能会出现这个问题，但不能说绝对。也可能这种食品出问题，那种食品不出问题。一旦出了问题就很麻烦，因为它的遗传性可以影响几代。对于有可能出现的潜在风险，必须引起高度的重视。
六、转基因水稻是不是魔鬼
2010年中央一号文件明确指出，“在科学评估、依法管理的基础上，推进转基因新品种产业化”。这是平静了一段时间的关于转基因水稻的争论波澜骤起。相关权威专家在接受《北京科技报》采访时对以上质疑逐一进行了反驳。中国科学院张启发院士也表示，会在今后的几个月内把转基因水稻安全性检测的相关数据全部公布出来。
焦点一：
转基因水稻是否影响人类健康
中国农业科学院生物技术研究所研究员、博士生导师黄大？告诉本报记者：“Bt蛋白，即苏云金芽孢杆菌产生的蛋白。我国最早的Bt蛋白研究，开始于上个世纪60年代，第一批留苏学者回国后，带回了Bt菌种，从那时起我国开始生产Bt蛋白生物农药，至今仍有大量生产和使用，并且出口其他国家。”黄大？说，“目前被炒得火热的转基因水稻，就是将Bt蛋白的基因，通过转基因手段，植入水稻细胞。”
“章 中国科学院遗传与发育生物学研究所副所长、国家“863”计划农业生物技术领域专家组专家、农业部“国家重大专项转基因生物新品种培育编写组”副组长朱祯这么评价，“传统育种有时候也用到了不同种的植物进行杂交，现在的抗赤霉病的小麦品种，就是小麦和杂草――大赖草的杂交后代。另外，转基因不但没有带来新的问题，反而克服了种间的生殖隔离，提高了育种效率。”
中国工程院院士、中国预防医学科学院营养与食品卫生研究所研究员陈君石告诉《北京科技报》，杂交水稻也意味着基因改变，只不过改变的方式不同而已。在千万年的自然界历史中，物种随着气候和环境的变化，基因也会发生改变。
北京市农林科学院副研究员黄丛林告诉《北京科技报》，因为转基因技术跟常规的杂交技术原理差不多。常规杂交技术转移的不是一个基因，而是很多基因，而转基因是很准确地转移某个基因，这就像装米一样，杂交是把一袋米装到另外一个袋子里，而转基因就像是从米袋里挑出一粒米，然后装到另外的袋子里，是一种更准确细微的转移。
但也有专家在媒体上发问：“既然昆虫吃了会死亡，人呢？”有媒体报道转基因作物曾给试验动物造成健康损害，但是接受采访的众多专家认为，这些报道中的案例都没有得到科学共同体的广泛认可。
中国农业科学院生物技术研究所研究员、博士生导师黄大？介绍了这么一起“转基因翻案”事件：2009年，一位荷兰科学家在《国际生物科学》杂志上发表了一篇文章，报告了抗虫转基因玉米对人的肝肾有损伤，引起各界高度关注。来自欧盟食物安全机构的科学家做了重复实验，结果发现，经过90天的动物喂养实验，没有发现任何健康损害。这一结果基本否定了上述质疑。
这依据的是科学实验的一个基本特征，那就是这个实验必须有可重复性。一项实验结果发表到学术期刊后，其他实验室按照这篇文章的实验步骤、实验材料、实验条件，重复实验，应该能够得到相同的实验结果。如果完全按照论文中描述过程做出的实验结果和原文不符，这项科学成果的真实性，就会受到科学共同体的质疑。
在转基因水稻的安全性上，还有专家称，在小鼠身上实验了没有毒害，并不代表在人身上没有毒害。
中国科学院院士、植物遗传和分子生物学家、华中农业大学生命科学技术学院院长张启发通过邮件告诉《北京科技报》记者：
“国家颁发安全证书代表的是根据现有知识所作出的判断。由国家指定的有资质的单位用转基因大米喂养了很多代白鼠，没有发现转基因大米对白鼠生长、发育、智力、免疫、生殖等有任何不良影响。其中有一项是用纯Bt蛋白对小鼠进行灌胃，剂量达每千克小鼠体重灌注5克纯Bt蛋白，没有发现中毒、过敏、体重异常、脏器病变。每克‘华恢1号’稻米含Bt蛋白不超过2.5微克，按小鼠灌胃剂量折算推知，一个体重60公斤的人吃掉120吨稻米也不会发生中毒、过敏、体重异常、脏器病变。如果按每天吃500克稻米计算，一个人活到120岁，也只吃掉约10吨稻米，不及小鼠灌胃剂量的1/10.
“我们最近查了食品、饮用水等相关国家标准，发现对人体无毒的Bt蛋白在转基因大米中的含量，比国家标准规定的食品中的亚硝酸盐含量还低。亚硝酸盐是经实验证明的中度毒性、高度致癌性物质。国家标准规定亚硝酸盐的含量为每克饮用水中不高于1微克。考虑到饮水量，可以说，我们研发的转基因大米比达标的饮用水还安全。”
中国农业大学食品科学与营养工程学院院长、博士生导师罗云波认为，Bt基因本身是安全的，只是对鳞翅目等昆虫有毒。
“有毒、无毒只是相对的问题，比如我们每天咽下唾沫并无损健康，但有些虫子在唾液里就死了，很多中毒现象的发生是毒分子和相关受体结合的结果，我们有蛇毒受体，所以会中蛇毒；但是很多生物不怕蛇咬，因为没有相应受体。Bt蛋白作用于鳞翅目昆虫肠道，导致其死亡，而实验已经证明了人体的胃肠道中没有Bt蛋白受体。” 罗云波说。
而且，含有Bt蛋白的大米，在入口之前，已经经过了高温处理，60℃以上大多数蛋白都已经变性，失去生物活性。
要是Bt蛋白像导致疯牛病的朊蛋白一样，高温也不会失去活性呢？会不会有其他的健康隐患？
“关于潜在的可能性，大家可以尽情猜测。但是章 中国科学院遗传与发育生物学研究所副所长朱祯说。
在他看来，人们对新生事物的诘难和关注是可以理解的，在转基因食品比较流行的美国至今没有一例确凿案件，报告转基因的食品有安全隐患，这在新食品里是比较少见的。
中国人民大学农业与农村发展学院副院长孔祥智教授在接受《北京科技报》采访时表示，目前水稻是世界上绝大多数国家最为主要的食用口粮，因此各个国家对转基因水稻的安全性极为重视。转基因水稻也是转基因粮食作物中规模化种植在审批方面最为慎重的作物，中国也不例外。
“国际上转基因农作物整个评价过程一般需要8年左右，转基因食品是有史以来评价最透彻、管理最严格的食品。凡是经过政府批准上市的转基因食品均是安全的，中国也不例外。” 孔祥智表示。
转基因作物已经在美国种植了20多年，但是却没有出现反对转基因食品的人所预期的后果。在1997年前，欧盟对转基因技术还是比较开放的。但之后，随着美国转基因农产品对欧盟的冲击，欧盟的政策开始收紧，从1999年起就没有再批准任何转基因作物和食品上市，并开始制定统一的转基因作物和食品上市法规。
“欧盟后来态度转变的实质并不是他们认为转基因食品的安全性存在问题，而是贸易保护与竞争方面的角逐。” 孔祥智指出。
焦点二：
转基因水稻是否带来生态灾难
人们关于转基因作物的另一个质疑，是对于生态安全的影响。比如，拥有外源基因的水稻，可能会将本来不属于水稻的基因传递给野生的水稻。
复旦大学生命科学学院的博士生导师卢宝荣曾经发表学术论文，指出转基因水稻会将这些基因遗留田间，并“污染”野生水稻。
张启发院士在邮件中回应：“野生水稻在我国属于濒危资源，除江西、广东、广西、云南等少数省份有国家建立的野生水稻专门保护圃外，我国已基本上没有自然状态下的野生水稻了。水稻是自花授粉植物，在稻田中的自然传播难以超过1米的距离。两种因素加在一起，转基因水稻的基因不可能飘移（请注意：飘移，不是污染）到野生水稻。”
同时，他还提供了另一个与转基因有关的“翻案”故事：墨西哥玉米“基因污染”事件是用以攻击转基因作物的“伪事件”之一。Quist和Chapela于2001年11月在《自然》发文称在墨西哥南部2000年种植的地方品种中检测到转基因(该地自1998年就禁止种植转基因玉米)。该文引起轰动，也受到广泛的关注与批评。《自然》于2002年4月11日载文2篇，批评该文的结论是对不可靠的实验结果的错误解释。同期发表编辑部申明：该文所提供的证据不足以发表。
朱祯介绍，今天的水稻制种过程非常严格。即使是非转基因的水稻，也几乎都是杂交稻，在制种过程中，严格控制不同花粉的传入；而转基因在控制种质单纯性的操作上和传统育种一样严格。
还有人指出，转基因水稻将带来更多的次生虫害。
对此，中央民族大学生命与环境学院教授、首席科学家薛达元认为，次生虫害问题，受多种因素影响。根据他的调查，长江流域的次生虫害要高于黄河流域，这主要是气候的影响，南方温度、湿度与北方有较大差异，次生虫害也有差异；有些年份雨水特多或气温极端，也会引起次生虫害的大发生。黄大？和朱祯都表示，他们现在正在研制针对次生虫害的基因和其他防治方法。
中国农业科学院植物保护研究所所长兼植物病虫害生物学国家重点实验室主任、研究员、国家转基因生物安全委员会委员、中国农科院植保所研究员吴孔明告诉《北京科技报》记者，次生虫害的问题，并不是转基因水稻本身的问题，而是和人们某些操作改变有关。比如棉田里的害虫有几百种，曾经用农药处理，主要害虫棉铃虫死了，其他虫也死了；现在用转基因水稻止住了棉铃虫，打药少了或者不打药，次生虫害当然出来了，但是比主要虫害轻。而且，完全可以通过其他方法遏制。
焦点三：
转基因水稻是否威胁国家粮食安全
不久前，某知名经济学家对媒体谈到美国孟山都的转基因战略对我国粮食安全将构成巨大威胁。中国批准转基因水稻的规模化生产，可能会落入到这些跨国巨头的陷阱之中，因为转基因稻米中含有多项外国公司的技术专利，而且转基因稻米不能“留种”，这样跨国公司就可能从根本上控制中国的粮食生产，中国农民的生产利润流入外国跨国集团，国家的命脉受制于人，从而给中国的农业经济安全带来巨大的威胁。在很多人看来，孟山都的权谋也涵盖了转基因水稻。
但是中国人民大学农业与农村发展学院副院长孔祥智并不支持这一看法，他告诉记者，中国获得批准的转基因水稻只要实验效果良好，然后大规模地进行推广，就可以迅速保证转基因水稻在国内市场的主导地位，来自美国等一些发达国家的跨国农业公司巨头也很难撼动这种主体地位。
“目前中国的农业科研是国家科研体制，在转基因水稻的研究方面，只要获得了国家政策方面的支持，相关科研就可以迅速走向世界前沿。中国在转基因抗虫棉方面就是一个很好的例子，经过多年的发展，目前我们的国产转基因抗虫棉已经被视为中国转基因作物的杰出代表，并成为世界上第二个拥有转基因抗虫棉自主知识产权的国家。中国在和美国跨国公司的转基因抗虫棉的生物技术竞争方面不仅没有被打败，反而产生了一些领先于世界的技术。在未来的转基因水稻领域，中国同样也会如此。” 孔祥智说。
对于这个问题，从事转基因水稻研究20多年的朱祯研究员坦然告诉本报记者：转基因水稻的整个工艺，不完全是我国的技术。但是这不是阻碍我国发展转基因水稻的原因，因为这个问题不是我国的问题，孟山都这样的公司也会从别的公司购买专利。
“在全球化的今天，我不能想象一个复杂项目中，所有的技术都是一个开发商自主研究成功。就像生产计算机、汽车等产品一样，知识产权不全在我们手里，我们就不生产了吗？”朱祯说，“更何况，转基因水稻涉及的外国技术，有些已经过时，有些根本就没有在中国注册。在所有高新技术中，转基因是我国跟国外差距最小的一种，甚至在转基因水稻方面，我国相对领先，“关键是要不要发展，如果要，那么有问题，也是可以解决的。”