一、资金来源不足，研究经费匮乏
资金不足是不少企业技术创新的最大障碍，这既包括通过市场融资非常困难，也包括政府的支持力度不够。而在政府的支持中，既包括政府直接的资金支持不足，又包括政府采取的间接扶持手段不力。由于中小企业生存率和期望的平均收益率都很低，而且金融机构向中小企1业贷款的管理成本相对较高。因此，中小企业主要依靠内部有限的融资取得发展，以致往往缺乏所必需的风险投入资金。
一般来说，中小企业无论是采取直接融资方式，还是采用间接融资方式，都会遇到种种困难，而且，与大企业相比，中小企业融资的成本要高得多。其结果是很多企业在创业时难以从资本市场或金融机构获得足够的资金，只能凭借个人的积蓄和亲戚朋友的帮助，甚至以更高的成本和风险从非正式的资金市场（如黑市）获取创业资本。中小企业由于创业资本很少，使他们无法很快进入技术创新领域。因此，大多数中小企业的技术创新洁动需要一个很缓慢的过程。并且，中小企业从政府获得的扶持其技术创新活动的资金极为有限，无论是绝对量还是相对量都是如此。中小企业从政府所获得的支持与中小企业的贡献份额似乎在很多方面都很不相称。在美国，中小企业占GNP的份额约在50%左右，而其所得到的评论资金支持约为30%左右；中小企业创造了55%的技术创新成果，但中小企业从政府的科技费用中所获得的比例却仅仅是极小一部分。大企业的R＆D经费中26%由政府支持，而小企业却只有11%。即使是在近些年推出的专门用于支持中小企业技术创新的各项计划中，类似情况也同样有所反映。
二、技术、人才、信息等严重缺乏
除了一些新兴的中小高新技术企业之外，绝大部分中小企业在技术、人才、信息等方面都处于非常不利的状况：中小企业通常缺乏熟练的工人、开发型技术人员和高技术产品的推销人员：由于人才与资金不足，中小企业一般不能大规模、全方位地搜集新技术信息和建立自己的信息网络，因此往往很难及时捕捉有潜力的发展动态；并且由于缺乏人力和财力，中小企业通常无力购买或保护已购买的技术专利。同时，中小企业一般也无力向研究机构提出帮助请求。据英国一项对300家企业的调查，有103家企业曾对研究机构提出过需求，而其中雇员在300人以下的中小企业只占9%。因此，中小企业实际J；很少利用研究机构的现成力量与成果。由于自身开发能力有限，大多数中小企业不得不借助于外来技术，通过技术转移等方式获得技术成果。但即使如此，仍有相当一部分中小企业缺乏基本的技术人才，使得他们在技术转移过程中面临更多的困难，甚至在政府部门或有关组织提供一定技术支持的情况下，一些中小企业仍然因为缺少能理解和接受这些技术支持的人力资源而未能有效利用。中小企业不仅技术人员数量少，而且，每个技术人员往往又不得不从事多方面的工作，使得他们在技术的深度方面难以与大公司的同类人员相匹敌。据韩国中小企业协同组调查，中小企业技术人员缺14.8%、技术工人缺8.7%、其他人员缺7.3%，而且随着企业规模的减小，人员缺乏的情况愈加严重。
因此，技术人员、技术工人的严重不足被认为是韩国中小企业面临的最大困难之一。今后随着产业升级，人力资源缺乏的问题将日趋严重。
三、技术创新风险大
与大企业相比，虽然中小企业技术创新的投资回报率高于大企业，但也面临更多的创新的风险。这既有技术方面，也有市场方面的风险。在技术方面，由于中小企业势单力薄，往往只能进行单一技术的开发活动，很难同时从事多途径的替代研究，一旦一种技术的开发失败，则几乎意味着整个技术开发的失败。而且，由于中小企业相对缺乏最优秀的人才（特别是技术上的领导人才），或无法得到政府和研究机构在技术发展方向上的有效指引，也容易造成重复开发和研发方向的偏差，导致技术创新活动的失败。同时，由于中小企业将技术成果商业化的能力有限，即使中小企业在技术开发方面已经获得成功，在商业化过程中也会遇到资金短缺和缺乏开发市场的经验等困难，从而很难将技术成果大规模推向市场，实现技术开发的投资回报。另外，由于中小企业在工资福利等方面处于相对劣势，难以保证研究开发人员的稳定性，容易导致研究开发人员的流失，造成研究开发项目的失败以及知识产权的外流，这也是中小企业技术创新风险较大的一个原因。除此之外，中小企业还常常承担大企业无法承担的风险。一般来说，这些风险包括没有产品标准或产品标准变化快而使开发出来的产品很快过时等。总之，市场的技术和风险性不确定性，以及大量中小企业的并存使得中小企业长期处于高水平的直接竞争之中，从而大大地增加了中小企业技术创新的风险。
四、企业规模小，实力不足
技术的迅速进步致使中小企业为赶上创新竞争所需要投入的研究经费的“门檻”水平不断提高，以致中小企业无力承担。同时，规模的限制也使中小企业适应规章的成本相对较高。由于受到经济规模的限制’中小企业的产品种类受到很大的限制，尤其是产品的种类和设计在适应用户需求的快速变化方面缺乏必署的可塑性和灵活性，因此，往往在新产品的竞争中处于不利地位。有时即使是已经生产出来的新产品，受投资规模不足或是技术力量不足的影响，产品的可靠性和质量常会受到来自市场和用户方面的挑战，这些因素极大地限制了中小企业在新产品开发方面的活动空间。例如，由于对一些产品进入市场所强制规定的检验，往往导致中小企业按单位产出计算要比大企业承担更高的开发成本，从而使市场竞争能力下降。
以澳大利亚为例，雇员少于50人的中小企业开展技术创新的比例相对较少，而雇员人数超过100人的企业开展技术创新比例达90%。在1993～1994年度，销售额少于100万元的企业只有1/4从事技术创新活动，而超过1000万元的企业中，有3/4的企业从事创新活动。
其他因素还包括不利的政策机制、法律体系、结构障碍等等。就结构障碍而言，它是指中小企业一般大量和主要存在于低速增长的传统工业部门，而在这些部门中，中小企业不可能创造足够的收入来支付可以产生较髙生产率的技术或产品所必须的研究投资，从而导致技术创新低效。