戚继光转战浙江的几年中，福建的倭患也十分严重。他们攻破县城，杀死县官，抢劫百姓，十分猖獗。1560年后，倭寇在浙江接连遭到致命打击，便转移到南方，福建的倭寇更加严重起来。北起福宁，南到漳州、泉州，沿海千里，到处都有倭船，到处都有倭寇的巢穴。
这几年中，福建兵力空虚，无力抗倭。福建副总兵余大猷率军去江西镇压农民起义，而福建别的军队都十分软弱，不堪一击。福建的形势十分危急。
福建巡抚游震得急急向京城告急，请求派在浙江抗倭中屡屡建功的戚继光前来帮助抗倭。朝廷很快同意，命戚继光带兵支援福建。
1562年7月，戚家军将士6000人和浙江都司戴冲霄部下1600人，在戚继光的带领下，向温州进发，从温州乘船到达平阳，然后从旱路到达福建。一路上纪律严明，给久受官兵骚扰的福建人民以良好的印象。
军队临行前，戚继光就制定了战斗策略。他一贯认为：打仗要争取先机，要进攻。防守被动而不自由，进攻才能达到战胜的目的。戚家军已有6000人，战斗力很强，他坚信：凭他的队伍，可以打败任何一支倭寇。他了解到，倭寇在福建有几个大的巢穴，如横屿、牛田、林墩等。他决定主动出击，拿下这些巢穴，这样才能断了倭寇的后路，最终取得胜利。
8月初，戚家军开到宁德，驻扎在那里，准备收复横屿。横屿在宁德县城东北二十余里，是海中的一个小岛，离岸约十里，和大陆隔着一片浅滩。潮来时，一片汪洋；潮退后，都是烂泥。倭寇在岛上安营扎寨，筑起坚固的防御工事，打算长期盘据，做为四处抢劫的根据地。他们依靠险要地势，根本瞧不起明军。明军如果水进攻，万分困难；如果用船进攻，又有搁浅的危险，简直拿他们毫无办法。岛上有倭寇一千多人，另外加上分散在宁德、福清境内的倭寇一万多人，彼此呼应，力量不可忽视。
戚继光拜会了福建巡抚游震得，把他的作战计划告诉他。游震得素闻戚继光的大名，对他十分佩服。他对打仗不大懂行，听说要打横屿，十分吃惊，说：“横屿有什么可打的，上面不就八九十人吗？”戚继光向他解释半天，他才明白过来，表示全力支持戚继光，让他放开手脚抗倭，只要他开口，他就着手安排。戚继光很感动。
军队休整几天后，戚继光开始动员收复横屿。忽然探马来报：前方不远有个张湾镇，镇上有许多奸民，经常和倭寇勾结。他们听说戚家军要收复横屿，知道饶不过他们，便组织起来，打算与我们决一死战。
长期的战斗实践中，戚继光十分清楚“上兵伐谋”的道理。对于敌人，用计谋打败他们，尽量避免自己的损失，是最上等的策略。对于这些奸民，他认为不应该攻打，而应该收抚。
第二天，张湾镇的主要街道都贴上了告示。四周围满了人，议论纷纷。不识字的凑上去，问写的什么。原来这是一张“安民榜”，上面的大意是“凡是与倭寇勾结的人，其罪都免，再不追究。并希望他们能以民族利益为重，不与官兵作对”。那些与倭寇勾结的人都不想跟戚家军为敌，但不知戚继光说话算不算数，是否真的不再追究他们。他们决定先派一个人去试探试探，如果真的不受追究，他们决定从此再不与倭寇为伍；如果是假，是戚继光的圈套，他们就联合起来，和戚家军作对。
一个叫李十板的人被派去见戚继光。一见面，他双膝跪倒，诉说了自己的罪行，并表示从此悔过自新。戚继光扶起他，说：“倭寇为敌，大家都活不下去。有些人和倭寇为伍，只是混口饭吃。没事，我不怪罪你。你回去告诉别人，说我戚继光说话算数，只要你们悔过自新，绝不与你们为难。”
李十板十分感动，回去告诉了那些人。那些人心中有愧，自动解除了武装，有些人还愿意帮戚继光杀倭寇，李十板自己就成了戚家军的向导，出了许多计谋。戚继光不费一刀一枪，瓦解了2000多人，表现了战略战术的日益成熟。
戚继光带着李十板和一些卫兵，到海边勘探地形。他问了许多情况，如岛上有多少倭寇，倭寇的据点如何分布，兵力布置等，李十板一一做了回答，戚继光对岛上情况有了初步了解。
他又找来一些有经验的渔民，询问了潮汐规律和气候、风向变化等情况。对这一带的情况有了深入的了解，破敌的计策也形成了。
戚继光又一次拜见游震得，刚好汪道昆也在那儿。汪道昆是胡宗宪的同乡，浙江抗倭时，与戚继光交往甚密，这次重逢，非常高兴。
戚继光大事在身，寒暄几句后，开门见山地说：“巡抚大人，我需要十万斤稻草，你能替我解决吗？”
“你要那么多稻草干啥？”游震得不解地问。
戚继光上前，冲他耳语几句，游震得脸上露出微笑。一旁的汪道昆不解地问：“什么事这么隐秘？”
戚继光哈哈大笑，把计划告诉他，汪道昆连连点头，“好计，好计！”
戚继光周密布署，一切按计而行。士兵们天天休息，等待作战命令。
八月初八，是小潮的日子。戚家军从张湾镇出发至关田渡，原地严阵待命。戚继光把手下军官叫来，指着对面海岛说：“这次战斗，敌人早有防备，必是场恶战。并且我们趁落潮时登岛，如果不能消灭敌人，潮起时，战船也过不去，那时后果就不可设想了，所以今天是破釜沉舟，背水一战。当然，这个行动很冒险，需要坚强的意志，需要很大的胆魄，如果诸位没有信心，这个险就不必冒了。”
众将听了，十分激动，纷纷说，“我们千山万水来到这里，为了什么？我们能在这个时候胆怯吗？”
戚继光故意说：“有这样的胆子当然好，可我就怕大家心有余而力不足。”
众将群情激奋，争先表示：愿意以实际行动证明戚家军的威名。
戚继光见士气如此高昂，暗自欢喜。他接着说：“好！那么我们准备进攻。我为你们擂鼓助威。”
潮退了，露出浅滩。远望横屿，隐隐可见倭寇的旗帜和堡垒。进攻的鼓声响了，戚继光和十几个壮小伙，脱了外衣，使劲擂鼓，鼓声隆隆，传出老远。每个士兵都背一捆稻草，遇到烂泥就铺草垫路，即使这样还是不好走，泥太软，一不小心便会掉到泥里去，士兵们只好在草上爬着走。鼓声一停，他们就休息一下，鼓声再起时，继续前进。
逐渐接近岸边。倭寇们早有准备，沿山麓布成阵势，还有大批倭寇在巢穴的木城边守卫，戒备森严。戚家军将士很清楚，这次是背水一战，只能进，没有退。吴惟忠部最先上岸，他们的任务是攻打木城。登岸之后，人人奋勇，向敌人杀去。陈子銮、童子明的部队也上了岸，他们向南冲杀。陈大成军队也上来，直向敌军冲去。岛上一片混战，天空被硝烟和尘土弥漫，喊杀声和战鼓声掩盖了大海的涛声。
担任断绝敌军后路的王如龙见主力部队已登岛，立即率部随后赶到，投入战斗。
吴惟忠部点火焚烧栅栏，岛上冲起一道道浓烟。倭巢着火，倭寇人心浮动。众将见吴惟忠部已经得手，便从四面合围，向中心突破，很快控制全岛各处要道。倭寇见大势已去，到处乱窜，企图逃命。戚家军乘胜追击，共消灭倭寇2600余人，夺回被掠百姓3000多人。不到一天时间，戚家军收复了被倭寇占领长达3年之久的横屿。消息传出，福建人民欢欣鼓舞，倭寇胆战心惊。
农历八月十五，戚家军凯旋进入宁德县城。百姓们张灯结彩，既为欢庆胜利，又为庆祝中秋佳节。这晚，天空如碧，明月皎洁如银。戚继光为庆贺胜利，与将士们共同赏月。可惜军中无酒，戚继光就口授《凯歌》一曲，命令士兵传唱。戚家军将士慷慨激昂，打着拍子，同唱《凯歌》，“万人一心兮，泰山可撼。惟忠与义兮，气冲斗牛。主将亲我兮，胜如父母。干犯军法兮，身不自由。号令明兮，赏罚信。赴水火兮，敢迟留？”声音豪迈雄壮，响彻天空。