肾的主要生理功能是主藏精、主水和主纳气。肾的系统联系是：与膀胱相表里，在体合骨，其华在发，开窍于耳与二阴，在志为恐，在液为唾，与冬气相通应。肾病以人体生长、发育、生殖、呼吸、水液代谢和骨、髓、脑、发、耳等功能失调为主要病理变化。
一 生理、病理特点
01 主藏精
肾主藏精，是指肾具有贮存和封藏精气的作用。这为精气在体内充分发挥其主要生理效应创造了必要的条件。
精有精华之意，指人体最重要的物质基础。肾所藏的精气包括“先天之精”和“后天之精”。“先天之精”是禀受于父母的生殖之精，是构成胚胎发育的原始物质，即《素问·本神》所说的“生之来，谓之精”，所以称“肾为先天之本”。“后天之精”是指出生以后，来源于摄入的饮食物，通过脾胃运化功能而生成的水谷之精气，以及脏腑生理活动中化生的精气通过代谢平衡后的剩余部分，藏之于肾，故《素问·上古天真论》曰：“肾者主水，受五脏六腑之精而藏之。”当五脏六腑需要时，肾再把所藏的精气重新供给五脏六腑，故肾精的盛衰对各脏腑的功能都有影响。
“先天之精”和“后天之精”两者相辅相成，在肾中密切结合而组成肾中精气，维持机体的生命活动和生殖能力。其主要表现在以下两个方面：
促进机体的生长、发育与生殖
人在整个生命过程中，由于肾中精气的盛衰变化，因而呈现出生、长、壮、老、已的不同生理状态。人从幼年开始，肾精逐渐充盛，则有齿更发长等生理现象；到了青壮年，肾精进一步充盛，乃至达到极点，机体也随之发育到壮盛期，则真牙生，体壮实，筋骨强健；直至老年，肾精衰退，形体也逐渐衰老，全身筋骨运动不灵活，齿摇发脱，呈现出老态龙钟之征象。由此可见，肾精决定着机体的生长发育，为人体生长发育之根。如果肾精亏少，影响到人体的生长发育，会出现生长发育障碍，如发育迟缓、筋骨痿软等；成年则出现未老先衰，齿摇发落等。临床上称这种病理变化为“肾精亏虚”。
调节机体的代谢和生理功能活动
肾的这一功能是通过肾阴和肾阳来实现的。
肾阴，又称元阴、真阴，为人体阴液之本，主要具有滋养、濡润机体和制约阳热等功能。肾阴是人体的物质基础，是生命活动的源泉。若肾阴不足，则阴精亏耗、津液不足，可出现月经不调、不育、口干咽燥、潮热盗汗、五心烦热、脉细数、舌红少苔等症状。此外，还可见腰酸腿软、阳事易举和遗精、早泄等肾阴虚表现。
肾阳，又称元阳、真阳，为人体阳气之本，主要有促进机体的温煦、运动、兴奋和气化的功能。对机体各脏腑组织具有推动、温煦作用。如果肾阳不足，则全身新陈代谢降低，机体生理功能活动减弱，临床上可出现面色苍白、畏寒、肢冷、脉无力而迟缓，或见浮肿、精神萎靡、反应迟钝等症状。此外，还可见腰酸腿软、阴部清冷、性与生殖功能减退等肾阳虚所特有的症状。
由此可见，肾阴和肾阳是互相制约、互相促进，对人体的代谢和生理功能起着重要的调节作用。
02 主水
肾主水，是指肾具有主持和调节人体水液代谢的生理功能。
人体水液代谢的全过程，必须由肺、脾、肾三脏共同完成，其中肾的气化作用尤为重要。水液进入肠胃，经由脾的运化，津液上输于肺，通过肺的宣发将津液（清中之清）的部分敷布全身；肺气通调水道，将代谢后浊的部分下输于肾；再经肾的气化作用，将浊中之清的部分，再上输于肺；而浊中之浊部分则下注膀胱。肾对膀胱又起着开合作用，因而小便排泄正常。如果肾的气化不利，排出的尿液其量或多或少；其质或清或浊，或浊废内留，或精微俱下，均属津液代谢障碍，可表现出尿少、尿崩、水肿、尿毒症等。因此，水液代谢的最后关键在于肾的调节作用，故肾有“水脏”之称。
03 主纳气
肾主纳气，是指肾具有摄纳肺所吸入之气而调节呼吸的作用。
人体的呼吸运动，虽然由肺所主，但只有依赖于肾的纳气作用，才能保持呼吸均匀、气道通畅。故有“肺为气之主，肾为气之根；肺主出气，肾主纳气”的说法。肾主纳气，实际上就是肾的封藏作用在呼吸运动中的具体体现。如果肾的纳气功能异常，则会出现呼多吸少、张口抬肩、动则气喘的临床表现。
二 肾的系统联系
01 在腑合膀胱
肾通过经脉，与六腑中的膀胱相互络属，从而使得两者在生理和病理上都密切联系，相互影响。
膀胱的主要生理功能是贮存和排泄尿液，其功能还依赖于肾的气化功能。故所谓膀胱气化，实际上隶属于肾的蒸腾气化。膀胱的病变主要表现为尿频、尿急、尿痛，或是小便不利、尿有余沥，甚至尿闭，或是遗尿，甚则小便失禁等。一般来说，实证者，多责之于膀胱，以治膀胱为主；虚证者，多责之于肾，治疗常从补肾入手。
02 在体合骨，生髓
肾在体合骨，又称“肾主骨”，这是指肾具有促进骨骼生长发育，滋生骨髓、脑髓、脊髓的作用。
髓是肾精所生，藏于骨腔之中，以充养骨骼。脊髓与脑相通，髓聚为脑，故称“脑为髓海”，说明肾与骨髓、脑密切相关。当肾气充足时，骨得髓养，则骨骼坚强、四肢强劲有力。若脑髓盈满，则智力聪敏、精力充沛、耳目聪明，所以有“头为精明之府”的说法。若肾气不足，可导致骨腔空虚、脑髓空虚；若骨失所养，则骨骼痿软、行动无力。脑髓空虚，可出现耳鸣、全身疲乏、记忆力减退等症状。
03 其华在发
发为肾之外候，《素问·五脏生成篇》曰：“肾之合骨也，其荣发也。”头发的荣枯、黑白等变化常随着肾中精气盛衰的变化而变化。
从幼年时期开始，肾的精气开始充盛，头发开始生长；青壮年时期，肾的精气旺盛，因而头发乌黑发亮；老年时期，肾中精气渐衰，故头发变白、枯槁少华、容易断落。这些都属于正常的生理变化。临床所见，凡未老先衰、头发枯萎，或早脱早白者，多与肾中精气亏损有关。
04 开窍于耳及二阴
肾在上开窍于耳，在下开窍于二阴。
耳的听觉功能有赖于肾精的充养。若肾精旺盛，则髓海得养，故听觉灵敏；若肾精不足，则可引起听力减退，甚至耳聋。至于老年人的耳聋失聪等，则是由于肾中精气生理性衰减所致。二阴，包括前阴和后阴。前阴，指外生殖器，有排尿和生殖功能；后阴，即肛门，主要排泄大便。粪便的排泄，虽然主要和大肠、脾等有关，但也与肾的气化、温煦、封藏功能有关。因此，人患有肾病时，粪便的排泄也常受到影响。例如，若肾阴虚，则大便秘结；若肾阳虚，则大便溏泄；若肾气不固，则久泻滑脱。
05 在志为恐
恐是一种恐惧、害怕的情志活动，与肾的关系密切。
《素问·阴阳应象大论》曰：“在脏为肾……在志为恐。”由于肾藏精而位居下焦，肾精化生的肾气必须通过中上二焦，才能上布全身。恐使肾气不得上行布散，反而下走，所以说恐伤肾，恐则气下。
06 在液为唾
唾是唾液中较稠厚的一部分，多出于舌下，有润泽口腔、滋润食物及滋养肾精的功能。
唾由肾精化生，经肾气的推动作用，沿足少阴肾经，从肾向上经过肝、膈、肺、气管，直达舌下之金津、玉液二穴，分泌而出。故《素问·宣明五气》曰：“五脏化液……肾为唾。”由于唾源于肾精，若咽而不吐，则能回滋肾精；若多唾久唾，则能耗伤肾精。故古代养生家主张吞唾以养肾精。
07 与冬气相通应
五脏与自然界四时阴阳相通应，肾主冬。
冬季是一年中气候最寒冷的季节，一派霜雪严凝、冰凌凛冽之征象。自然界的物类，则静谧闭藏以度冬时。人体中肾为水脏，有润下之性，藏精而为封藏之本。同气相求，故以肾应冬。冬季气候寒冷，水气当旺，若素体阳虚，或久病阳虚，多在阴盛的冬季发病，即所谓能夏不能冬，若患阳虚性慢性疾病，如肺病、心脏病、胃肠病、骨关节病等，则易在冬季寒冷时复发。
三 肾在五脏关系中的特性
01 肾为先天之本
人先天禀赋的状况，对人的健康有重要的影响，因此先天肾气充盛是五脏功能正常的基础。
02 肾主元阴元阳，为水火之脏
肾主藏精，为元阴元阳之府，凡五脏之病，久病均可及肾。同时肾中存命门之火，张景岳云：“命门为元气之根，为水火之宅。五脏之阴气，非此不能滋，五脏之阳气，非此不能发。”故不能仅认为肾为水脏。