食品安全与食品卫生的发展经历了漫长的历史过程。在原始社会，人们穴居野外，茹毛饮血，以渔猎为主。当时虽日日以鱼兽之肉为食，却不知讲卫生。有时因食用不卫生的肉而致病，则归之于鬼神作怪。人类在远古时期学会了使用火对食物进行加热制备的方法，古代发明了食物干燥方法，几千年前发明了酿造等方法，这些方法除了有利于改善食品风味或延长食品贮藏期以外，还是有效的保障食品安全的方法，这些标志着古典食品安全与卫生学的建立与发展。中国早在3000年前的周朝，设置了“凌人”，专门负责掌管食品冷藏防腐。设有“庖人”专职进行肉品检验。中国古代思想家孔子对食品安全也有深刻的见解：“鱼馁而肉败，不食。色恶，不食。臭恶，不食。失饪，不食。不时，不食。”这是文献中有关饮食安全的最早记述。东汉张仲景《金匮要略》中就有记载：“六畜自死，皆疫死，则有毒，不可食之”；“肉中有如米点者，不可食之”，对病死家畜肉和囊尾蚴肉有了较为详细的记述。《唐律》（公元624—737年）规定了有关食品卫生的法律准则，如“脯肉有毒，曾经病人，有余者速焚之，违者杖九十；若故予人食，并出卖令人病者徒一年；以故致死者，绞”。在古医籍中，孙思邈的《千金翼方》中描述“食鱼面肿烦乱，芦根水解”，记录了食鱼引起的组胺中毒的症状与治疗方法。还有南北朝的《养生要集》、《食经》、《皇帝杂饮食忌》，唐代孙思邈的《急备千金要方》，元代忽思慧的《饮食正要》等著作，都记载了有关食品安全与食品卫生的内容。
在国外，公元前2000年，在犹太教《旧约》中记载：“不应食用那些倒毙在田野里的兽肉”。16世纪欧洲文艺复兴后，法国和意大利等国相继开始屠宰检验。俄国于18世纪初、美国于1906年才开始进行肉品兽医卫生检验。古代的食品安全与卫生学只停留在感性认识和个别现象总结阶段，未能构成一门系统学科，直到19世纪初，自然科学的迅速发展，给现代食品安全与卫生的发展奠定了科学基础。1837年德国生理学家施旺(Schwamn，1510—1882）与1863年法国生物学家巴斯德（Pasteur，1822—1895）分别提出了食品腐败是微生物作用所致的论点；1855—1888年，美国细菌学家沙尔门（Salmon）等人发现了沙门氏菌。这些都是现代食品安全与卫生早期发展的里程碑。此外，英、美、法、日等国是最早建立有关食品安全与卫生法律、法规的国家。如1860年英国的《防止饮食品掺假法》、1906年美国的《食品、药品、化妆品法》、1851年法国的《取缔食品伪造法》、1947年日本的《食品卫生法》等。
我国真正建立为人民大众服务的食品卫生检验工作是从1949年新中国成立后开始的。新中国成立后，由于生产关系的变革，我国畜牧业生产和动物性食品加工得到了迅速发展。为了保障人民的健康，1950年就建立了多级卫生防疫站，对食品加工企业进行卫生管理。各地农业部门建立了畜牧兽医站，广泛开展了动物疫病防治工作。国家大力兴建、扩建了许多大、中型肉类联合加工厂、蛋品厂、乳品厂、水产品加工厂，县级有了合乎卫生要求的屠宰场。并且统一了组织管理，将肉类联合加工厂、蛋品厂、屠宰场统一划归原商业部中国食品公司领导；同时规定中国食品公司要在农业、卫生部门和原国家商检局的监督下，组织好肉品、蛋品的卫生检验工作。乳品、水产食品因生产比较集中，其产品仍由本企业自行检验，由卫生部门进行市场卫生管理。食品冷冻加工也有了迅速发展，全国附有冷库设备的肉类加工厂比解放前增加了50多倍，基本上形成了全国范围的冷藏网，冷藏运输、冷藏销售也有了一定的基础。这一切都为开展动物性食品卫生工作奠定了物质基础。
在组织机构上，从中央到地方，已建立起各级卫生监督管理机构和卫生监督体制。先后成立了国家级的中国医学科学院营养与食品卫生研究所和卫生部食品卫生监督检验所。食品生产经营主管部门和企业也建立起本系统的食品卫生管理、检验和研究机构，县（区）级以上的畜牧兽医行政部门都有专门负责动物及动物性食品的卫生监督检验检疫机构。国境口岸也设有食品卫生监督机构，负责进出境食品的卫生检验与监督工作。起初，我国出口食品的卫生监督与检验工作由商检局负责，后来转交国境口岸的卫生检疫局负责。为了精简机构并协调出入境检验检疫工作，从1998年起，我国将原农业部直属的动植物检疫局、对外贸易部直属的进出口商品检验局和卫生部直属的卫生检疫局合并，成立中华人民共和国出入境检验检疫局，各省（直辖市、自治区）口岸的三个检验检疫单位也合并，成立相应的出入境检验检疫局，全面负责进出境动物及动物产品、进出口食品的检验检疫和出入境人员的卫生检疫工作。为适应加入WTO的需要，2001年6月，中华人民共和国出入境检验检疫局与国家质量技术监督局合并，组建中华人民共和国质量监督检验检疫总局。
新中国成立以来，我国政府十分重视和关心食品安全管理工作，先后制定和颁布了一系列食品安全管理的法律、法规和条例，使我国食品安全工作逐步走上了法制化的道路。1955年，国务院就在《关于统一领导屠宰场及场内卫生和兽医工作的规定》中明确规定，各地卫生部门对于屠宰场的建筑、设备、环境卫生、肉品卫生、肉品加工、贮运和销售方面的卫生要求进行监督和指导。1959年，卫生部、农业部、对外贸易部、商业部联合颁发了《肉品卫生检验试行规程》（简称四部规程），对商品畜禽的宰前检验和宰后检验及卫生处理做了一系列的规定，为肉品安全利用、防止畜禽疾病传播，提供了切实可行的标准。1982年，国务院正式颁发了《中华人民共和国食品卫生管理条例》。1982年11月19日，第五届全国人民代表大会常务委员会第二十五次会议通过了《中华人民共和国食品卫生法（试行）》，自1983年7月1日起试行，开始了我国食品卫生法制管理的新纪元。1985年，国务院发布了《家畜家禽防疫条例》，同年，农牧渔业部又颁发了《家畜家禽防疫条例实施细则》。1987年，农牧渔业部、国家工商行政管理局发出了《关于加强城乡集市贸易市场畜禽及其肉类管理、检疫的通知》。1990年11月，农业部发布了《中国兽医卫生监督实施办法》。1991年，农业部对《家畜家禽防疫条例实施细则》进行了修改和审议，并于1992年4月8日发布施行。1995年10月30日，第八届全国人民代表大会常务委员会第十六次会议通过了《中华人民共和国食品卫生法》，于公布之日起施行。1997年7月3日，第八届全国人民代表大会常务委员会第二十六次会议通过了《中华人民共和国动物防疫法》，自1998年1月1日起实施。1997年12月19日，国务院发布了《生猪屠宰管理条例》，自1998年1月1日起施行。全国人大常委会于2009年2月28日表决通过的《中华人民共和国食品安全法》（以下简称《食品安全法》）于2009年6月1日正式生效，《食品安全法》呈现的特点：明确食品安全监管体制、确立安全风险评估制度、统一食品安全国家标准、强化经营者的社会责任、食品添加剂必须安全可靠、对保健食品实行严格监管、有效处置食品安全事故、确立了惩罚性赔偿制度。国务院第73次常务会议于2009年7月8日通过《中华人民共和国食品安全法实施条例》（以下简称《食品安全法实施条例》）自2009年7月20日实施，《食品安全法实施条例》进一步落实企业作为食品安全第一责任人的责任、强化各部门在食品安全监管方面的职责；在《食品安全法》规定风险评估、体现预防为主、科学监管的指导思想基础上，条例明确规定应当启动食品安全风险评估工作的情形；建立食品批发零售销售记录制度；详细规定了召回制度；细化了食品附件制度；明确了食品安全日常监管信息内容；进一步明确了“病毒性肝炎”的范围。此外，有关部门为了保障食品安全，还下达了一系列有关食品卫生的单项规定。总之，由于社会生产力的发展、人民生活水平和文明程度的提高，我国的食品卫生管理已从道德观念上的约束发展到了严格的法制管理，这对预防、扑灭人兽共患病，提高人民的健康水平，保障养殖业的发展都有着重大的意义。