“贝格尔”号离开澳大利亚继续航行。4月3日，达尔文和费茨·罗伊访问了马来亚人的一个村子，这个村子坐落在一个岛屿的一角。他们在那里观看了一种在死人墓上跳的“木勺舞”，这是在望月时举行的一种半崇拜偶像的仪式。
4月6日，他同费茨·罗伊访问了紧靠礁湖入口处的一个岛屿，并看到了居民们是怎样坐着两只小船捕捉海龟。达尔文对猛烈的海浪在迎风的岸边碰得粉碎的情况感到惊讶。这位年轻的博物学家当时情感上非常激动，他在日记中谈论这一印象时用那些富于表情的话写道：“……我很难解释，为什么这些珊瑚岛的外侧海岸的景象总是使我感到极其伟大。在这类似壁垒的岸边，在这绿色的灌木丛和高大的椰子树的边缘，在那大片紧实的、到处都散布着巨大碎块的死珊瑚岩上，最后还有在那从四面八方袭击的波涛汹涌的巨浪中，包含有多少纯朴之处。大洋把自己的波浪抛送到宽阔的珊瑚礁之外，好像是一个不可战胜的、强大无比的敌人似的；可是我们看到，仍旧可以用一种方法去抵挡它，甚至去进攻它。
虽然这种方法初看起来好像是软弱无力而又不中用似的。大洋并不宽恕珊瑚岩，因为这些散布在珊瑚礁上、堆积在生长着高大椰子树的海岸上的巨大碎块，清楚地表明了波浪的威力。海洋从来没有过一段安静的时间。在广大的海洋表面上，永远吹拂着同一方向的风。这种微弱但却永不停息的信风所引起的巨大海浪，能够产生一种十分强大的波涛，其力量几乎等于温带地区的一阵大风暴所发出的力量，而且这种波涛还是在永不停息地咆哮着，在看到这些波涛时，你会不得不相信：假定一个岛是由最坚硬的岩石构成的，譬如说是由斑岩、花岗岩或者石英石构成的，那它终究也是要被这种难以抵抗的力量所征服和毁灭的。可是这些低矮而微小的珊瑚小岛却依然站在那里，而且成为斗争中的胜利者，因为出现了另外一种对抗的力量在斗争中帮助了它们。一些有机体的力量从波涛汹涌、泡沫飞溅的波浪里，不断地分离出碳酸钙的原子来，而这种原子又逐渐地结合成一种对称的结构。
让飓风把它们撕裂成千万块碎片好了，因为如果同无数个建筑师夜以继日、成年累月所积累的劳动总量比较起来，这又有什么意义呢？我们从而看到，一个水螅虫的柔软而有黏液的身体，依靠生命规律的作用，正在战胜大洋波涛的巨大的机械力量，而这种力量，既不是人的技能，也不是自然界任何无生命的创造力所能制服得了的。”
第二天达尔文访问了西岛，这里的植物要比其他岛屿上的植物更加茂盛。在这里干燥的陆地上，到处都可以看到一种吃椰子的陆地椰蟹。达尔文根据当地一位居民的描述，对蟹如何吃椰子的情况做了记录，他还观察到了两种蓝绿色的鱼经常咬破珊瑚并以吃珊瑚为生的情况，以及许多生活在珊瑚礁中的无脊椎动物。
4月12日，他们离开了礁湖。在这一天的笔记中，有他关于珊瑚礁和环形珊瑚岛起源的着名理论的初稿。
他写道：“我很高兴我们访问了这些岛屿，这些形成物无疑是自然界最稀有的现象。这并不是一下子就能够使我们的肉眼感到惊讶的奇迹，而是在经过了一定的思考之后才使我们的理智为之惊讶的奇迹。当旅行家告诉我们某些古迹的伟大结构和庞大体积时，我们是感到惊奇的，但是那些古迹中即使是最大的古迹，如果同这里的由各种最小的动物尸体堆积起来的物质相比的话，那它们就微不足道了。在这些面积广大的岛屿上，每一个组成部分——不管是从哪里弄来的，是最小的微粒还是巨大的岩石碎块，都常有曾经遭受过有机物方面的力量作用的痕迹。费茨·罗伊舰长在离海岸一海里远的地方，用7000英尺长的一根绳索，测量了海的深度，但没有测到底。因此，我们应当把这个岛看做是一座陡峭的高山的顶峰。至于珊瑚虫工作的结果究竟延伸到何种深度或厚度，这是根本无法知道的。
“有一种意见认为，制造岩礁的水螅虫是随着岛的基底在火山力量的作用下，经过一定的时间不断向上加高自己的建筑物。如果认为这种意见是正确的话，那就可以认为，珊瑚石灰石一定有很大的厚度。
“在太平洋里，我们看到一些为珊瑚礁所包围的岛屿，而许多海峡和静水区，把这些珊瑚礁同海岸远远隔开。各种各样的原因都可能阻碍那些最能在这种条件下发生作用的珊瑚岩的增长。因此，如果我们设想这样的岛屿经过很长时期之后，要像南美大陆那样，不过是向相反的方向下沉若干英尺的话，那么珊瑚将从周围珊瑚礁的底部继续向上生长起来。将来中间的陆地将被海水所淹没。而珊瑚则将完成它那围墙式的建筑。那时我们不是将会得到一个环形的珊瑚岛吗？从这个观点来看，我们应当把环形珊瑚岛看做是由无数的建筑师建筑起来的一座纪念碑，它标明从前的陆地是在什么地方被淹没在海洋深处的。”